쟁점거래와 관련된 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 지

요지실질 거래당사자는 오비OO이므로 관련 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서(가공)에 해당함

주문세종세무서장이 2026.1.5. 청구인에게 한 2018년 제2기～2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(＜별지1＞ 기재)의 부과처분은, 청구인이 단순 기재사항 오류 등으로 당초 세금계산서를 정정·재발행하는 수정세금계산서를 발급한 경우를 재조사하고, 이에 해당하는 경우 당초 세금계산서를 가산세 대상에서 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 A(주)(이하 “A”라 한다)에서 근무하던 중 2018.2.1. 퇴사 후, 2018.6.1. E이라는 상호로 OOO 도소매업의 사업자등록을 하였고, FTA-TRQ를 통해 OOO의 원재료인 OOO를 무관세로 수입하여 A에 판매하였다.＜참고＞ TRQ(Tariff Rate Quota : 관세할당) 개요 □ 제도 개요 ○ 관세할당은 수입국이 특정 품목에 대해 일정 물량까지는 낮은 세율의 관세를 적용하고, 이를 초과하는 물량에 대해서는 고율의 관세를 부과하는 이중관세제도임 □ OOO 관련 TRQ 제도 운영 ○ 수입업체가 OOO를 FTA 체결국으로부터 수입할 경우 0%의 관세율을 적용하고(FTA-TRQ, 할당량 연간 OOO톤 내외), 그 외 WTO 가입국으로부터 수입할 경우 30%의 관세율을 적용하며, 그 외 국가로부터 수입하는 물량에 대하여는 269%의 관세율 적용 ○ OOO의 FTA-TRQ 할당량 배분은 OOO에서 담당하고 있고, 사업자별 신청량에 비례하여 OOO 수입 물량을 사업자에게 할당함 나. A는 2017～2023년 기간 동안 청구인의 사업장인 E을 포함한 총 6개 업체가 OOO의 FTA-TRQ 물량을 배정받아 무관세로 수입한 OOO를 위 업체들로부터 매입(이하 “쟁점거래”라 한다)하였고, 6개 업체에 매입대금으로 총 OOO원을 지급하였다(청구인으로부터 매입한 금액은 OOO원임).다. 관세청은 쟁점거래와 관련하여 A가 무관세 적용 대상인 OOO 물량을 추가로 확보하고자 청구인과 같은 퇴직자 등의 명의로 서류상 회사를 설립한 후, 무관세 적용 대상 OOO를 추가로 신청하는 방식으로 OOO원 상당의 관세를 포탈한 것으로 보아 A 등을 검찰에 고발조치 하였다.라. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.7.24.∼2025.11.21. 기간 동안 청구인에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 청구인이 A에게 국내에서 OOO를 판매하며 발급한 매출세금계산서와 이와 관련한 해상·육상 운송업체 및 관세법인, 세관으로부터 수취한 매입세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2026.1.5. 청구인에게 ＜별지1＞과 같이 2018년 제2기～2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.마. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.15. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 쟁점거래와 관련하여 관세청의 심사 및 수사가 있기 전까지 법적으로 아무런 문제가 없는 거래라고 생각하여 사업을 시작하였다. 청구인이 A에 근무할 당시 담당 직원이 쟁점거래와 관련하여 당시 A 법무팀 및 외부 법무법인의 법률 검토까지 받고, 쟁점거래 업무를 진행한 것으로 알고 있다.또한, 청구인이 2017년도 A에 근무할 당시, 매 5년마다 실시하는 관세청의 정밀 심사를 받았는데, 심사받는 구매팀의 총책임자로써 심사를 받았었지만, OOO Fee 외에는 관세청의 어떠한 처분을 받지 않았기에 법적으로 아무런 문제가 없다고 생각했다. 또한, 2021년도 A에 대한 관세청 정밀 심사 시에도 이 건과 관련한 어떠한 처분도 받지 않았다고 들었었기에 법적으로 아무런 문제가 없다고 생각하였다.청구인은 1985.12.21. A에 입사하여, 2018.1.31.

이유 2희망퇴직 시 까지 32년을 근무하였고, A 근무 시 OOO로써 생산부문에 근무하였으며, A가 B(이하 “B”라 한다)에 매각되었을 때, 아시아-태평양지역 관련 Engineering Project의 중역으로 아시아태평양지역 Zone에 근무하면서 중국 내에 4곳의 OOO공장을 건설하였고, 국내의 A 모든 설비투자도 담당하였다.이러한 생산부문에서의 오랜경험과 B 아시아-태평양지역 Engineering 중역으로 근무 시, OOO 제조와 관련된 많은 설비업체를 알고 있어서, 이를 기반으로 희망퇴직 후에, OOO를 생산하여 판매하는 OOO 제조공장이나 설비를 건설/설치해주는 사업을 구상하였으나, 당시 국내의 OOO들이 판매 부진 등의 이유로 문을 닫으면서 중고 설비들이 시장에 나오는 상황이어서 구상했던 사업을 할 수 없게 되었다.이런 어려운 상황에서 A 구매팀 근무 시 알고 있었던 사업 아이템인 “FTA 쿼터를 받아 OOO를 수입하여 판매하는 사업”을 할 수 없을까 생각해서 관련된 OOO 등에 어떤 조건이 필요한지 문의 후에 특별한 조건이 없고, 사업자등록이 되어 있으면 되며, 수입 통관 시 OOO 품질검사를 하므로 OOO의 “OOO교육”을 수료하여야 한다는 의견을 들었고, 또한 「관세법」상 문제가 없는지 관세법인에 질의 후에 「관세법」상 문제가 없다는 답변을 들었다.이후, 2018년 5월초에 당시 A 구매팀 담당자를 만나서 OOO 안내 내용을 설명하고, 퇴직 시 구상했던 사업이 많은 소규모 업체들이 부도가 나는 상황이어서 매우 힘들게 되었는데, 청구인도 FTA 쿼터를 받아 A에 OOO를 판매하는 사업을 할 수 있는지 문의하였다. 본격적으로 사업을 시작하기 전에 A를 먼저 찾아간 이유는, OOO를 수입하더라도 판로(구매처)가 확보되어 있지 않으면 사업이 진행되기 어렵기 때문에 A를 찾아가 먼저 문의하였던 것이다.이에 당시 A 담당자는 구매팀 및 법무팀의 검토 후에 알려주겠다고 했으며, 2～3주 후쯤에, 법무법인 및 법무팀으로부터 “법리적으로 문제가 없다는 회신”을 받았다며, 사업이 가능하니 협력업체 등록을 해야 하므로 관련서류를 A 구매팀 당당자에게 보내라는 연락을 받고, 2018.6.1. 사업자 등록을 하고, OOO “OOO교육”을 수료한 후 관련 서류를 A 구매팀에 보내고 사업을 시작하게 되었다.A와는 기존에 거래하고 있는 업체들과 동일하게 수입 납품 후, 총 소요금액에 3%의 영업이익을 받고, 매출세금계산서 발부 후, 60일 후에 대금을 받는 조건으로 계약을 하였다. 또한, OOO를 수입하여 납품하기까지 관련된 업체는 청구인이 A 구매팀에 근무할 당시 알고 있던 업체들이며, 당시에 입찰을 통하여 가장 수수료율이 낮고, 운송단가가 낮은 업체들로 A에서 선정을 하였기에, 이들 업체들[C(주), D]에 연락하여, A와 본 건 사업을 하게 되었는데, A와 동일한 조건으로 통관수수료, 운송료를 지불하는 것으로 D 및 C(주) 담당자와 구두계약을 하였고, 보험사는 인터넷 서치 후 견적 비교 후, L보험으로 선정하고 계약하였다.그런 후에, 2018년 8월 OOO에 올라온 유럽산 OOO 수입 쿼터 신청 공고를 보고 처음으로 쿼터 신청을 하고, 쿼터를 받고 A와 사업을 시작하게 되었다. 다만, 문제는 양질의 OOO 수출업체를 찾고, 그 수출업체와 접촉하여 물량을 확보하고 가격을 협상하는 것이 혼자 수행하기에는 힘들었고, A의 일정이나 가격 등 수요에 부합해야 하는 문제가 있었다.

이유 3하지만, A는 글로벌 회사로써 M에서 구매협상력을 가져가기 위해서 B 전세계 사업처에서 사용할 OOO 원료 구매에 대한 협상을 일괄적으로 하고 있어서 당사와 같은 소규모 업체는 가질 수 없는 가격협상력으로 단가 협상을 하기 때문에 A의 글로벌 M의 도움을 받아 A와 동일한 단가로 OOO를 수입할 수 있었다. 당사로서는 B Global이 대신 구매협상을 해주는 것을 마다할 이유가 없는 것이다. 이러한 모든 조건들이 고려되었기에 당사가 A와의 물품거래로 3%의 영업이익으로 계약 합의를 한 것이다.이 사업을 시작한 후에, 수출자에 의한 OOO 선적 이후에는 수입자이자 화주로서 본인 책임하에 각종 결제, 보험가입 및 통관 등의 업무를 수행하였다. 업무 수행 과정 중, 특히 A와의 계약에 따라서 환율리스크를 스스로 부담하였고, 이 때문에 당사의 비용으로 OOO은행 및 OOO은행과 매일 환율 변동을 확인하면서 적절한 시점에 개별 건마다 선물환 약정을 맺었다.사업 초기에는 환헷지에 대한 경험이 부족하여 적은 금액이지만 환손실도 보았고, 또한 코로나 사태 및 미국 금리 상승시기인 2021년도는 환율이 급격히 올라 OOO원의 환손실을 떠안기도 했다. 앞서 말씀드린 바와 같이 청구인은 사업상 실제 당사자로서 스스로의 사업리스크를 지면서 OOO 수입 및 판매 사업을 수행하였다.또한, 사업을 하면서 발생된 클레임 건을 처리하기도 하였다. 5차례 정도 A OOO공장에서 OOO 입고 중에 클레임이 발생하여 직접 담당 품질관리 팀장과 유선 통화하여 클레임을 처리하였고, 2차례 직접 OOO공장을 방문하여 클레임을 처리하기도 했다. 또한, OOO 회사에서 발행된 서류가 잘못되었던 경우는 수십 건의 클레임 메일을 발송했고, 서류가 누락되어 통관 전 서류를 받기 위해서 또한 수십 건의 이메일을 보내기도 했다.이와 같이, 청구인은 스스로의 사업상 이윤을 얻기 위해서 수입 쿼터를 신청하고, 무역을 수행하였으며, 관련서류를 받고, 또한 이를 전달하고, 필요한 클레임 처리를 하였고, 코로나 시기에 급등한 환율로 OOO원의 막대한 환손실을 입었으며, 이에 환율 변동에 따른 위험을 최소화하고자 환헷지를 하는 등 모든 위험을 안고 사업을 해왔다. 이러한 사유로 현재 법리적 다툼을 하고 있는 상황인바, 이에 대한 결정을 유보하는 것이 타당하다.(2) 청구인이 수정 발급한 세금계산서도 환율적용 차이, 숫자 잘못입력, 매입처의 세금계산서 발급 이월 요청 및 번복, 영세율 적용 등으로 정상적인 영업활동 시 발생할 수 있는 것이지 100% 가공 생성된 허위 작성 세금계산서가 아니므로, 이에 대하여도 가산세를 부과하는 것은 조사청의 임의적 확대 해석에 따른 것으로 부당하다.참고로, 조사청에서는 2025.11.11. 결과통지 전 계산 내역 공지를 통하여 OOO원의 부가가치세 가산세가 결과 통지 될 것이라고 하더니, 계산이 잘못되었고 수정발급한 세금계산서도 허위이므로 3%의 가산세를 내야 한다며 2025.11.25. 1차 세무조사 결과 통지 시 OOO원으로 2배 가까운 가산세로 통지 내용을 수정하였다.또한, 2025.12.19.에는 또 계산이 잘못되었다며 OOO원으로 2차 통지를 하였고, 이에 청구인이 항의하자 조사청은 다시 계산해서 통지한다더니, 2025.12.31. 최종통지라고 하면서 OOO원을 통지하고, 2026.1.5. 위 금액으로 부과처분을 하였다. 이렇게 계산할 때마다 달라지는 숫자를 청구인이 신뢰하기는 어렵다.나.

이유 4처분청 의견(1) 쟁점거래의 거래구조 설명OOO는 OOO에 사용되는 OOO로 OOO 제조업자가 수입하는 경우 30%의 관세를 납부해야 하나, 호주·유럽연합·캐나다로부터 OOO를 수입하는 경우 우리나라와 체결된 자유무역협정에 따라 할당관세 제도(‘FTA-TRQ’ 제도)를 이용하여 일정한 할당 물량에 한해 관세율 0%를 적용받을 수 있다.이후, 사업자가 추천대행기관(OOO)에 수입권 배분 신청을 하면, 추천대행기관에서는 자유무역협정에 따라 무관세로 양허된 OOO에 대한 연간 관세율할당 적용 물량 범위 내에서 신청 업체에 균등하게 수입권을 배정하고 있다.한편, 통상 A는 M에서 OOO 수출업체와 단가, 물량 등에 대해 계약을 체결하고, A는 그 계약에 따라 해당 수출업체에 OOO를 주문한 다음 수출업체로부터 해당 무역서류를 받고, 화물이 국내에 도착하면 추천대행기관으로부터 FTA TRQ 추천서를 발급받아 무관세(0%)로 수입신고를 하고 있다.A는 추천대행기관에서 신청 수입업자들에 수입권을 균등하게 배분한다는 사실에 착안하여 청구인과 같은 속칭 ‘에이전시 업체’들을 동원하여 FTA-TRQ 수입권 배분신청을 하도록 하여 FTA TRQ 수입권 배분 물량을 극대화함으로서 관세 및 원가절감을 계획하였다.이후 A는 청구인의 개인사업장 ‘E’을 동원하여 OOO 수입권을 배부받고, 청구인과 같은 에이전시 업체들의 명의로 OOO를 무관세로 수입한 후 이를 A가 국내에서 OOO를 재매입하는 형식으로 상호 간 세금계산서를 수수하였다.(2) 청구인이 A에게 발급한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서(가공)에 해당하는지 여부(가) OOO의 실질적인 수입주체는 A이고, 청구인을 비롯한 에이전시 업체들은 명목상 명의를 대여해 준 것에 불과하다.청구인은 A 등에 대한 관세 조사가 2023.5.15. 시작되자, 1주일 뒤에 또 다른 OOO 우회수입업체를 운영하고 있는 F(G)과 통화를 하면서 F에게 A가 아니라 ‘우리(청구인 및 F)가 거래를 제안했다고 이야기 해야한다’고 강조하며 말을 맞추었는데, 이는 청구인이 쟁점거래를 주도한 것이 누구인지가 쟁점이라는 것과, 동시에 청구인 스스로가 OOO의 실질적인 수입 주체가 아님을 인지하고 있었음을 방증한다.또한, 청구인은 관세 조사 과정에서 전 직장 동료인 H(2013년 A 퇴사)가 사업자금이 부족하다고 하자 본인의 퇴직금 OOO원을 빌려주었다고 하였는데, H는 청구인으로부터 자금을 빌리면서 이 건 FTA-TRQ(0%)를 활용한 OOO를 수입하려고 한다고 설명하였다.H는 2017.11.20.∼2018.12.31.

이유 5기간 동안 I이라는 사업체를 운영하였는데, 사업을 영위하기 위해 관할 세무서에 사업자등록 당시 사업 목적을 기재한 서류를 함께 첨부하였는바, 여기서 H는 ‘일부 업체(A를 의미)로부터는 물건OOO 확보 시 구매를 해주겠다고 언질을 받았다’고 기재하였다.＜표1＞ I(H) 세금계산서 수수 내용(사업영위 기간 전체)○○○심지어 또다른 에이전시 업체인 G의 F은 G(2018.6.25.∼2025.7.7.)의 사업자등록 당시 사업계획서를 제출하면서 ‘A의 요청에 따라’ 사업자등록을 하게 되었다고 스스로 설명하고 있다.더하여, 청구인과 F의 통화기록에서 F은 H(I)가 모종의 사유로 OOO 거래를 못하게 되자, ‘그 업체(I·H)를 그만두고 우리(청구인 및 F)가 들어가게 된 것이다’라고 언급하고 있다.위와 같이 H(I), F(G)은 A의 요청에 의해 각각 사업자등록을 한 것이 확인되고, 아울러 청구인 또한 이와 같은 쟁점거래 행태에 대하여 ‘A의 관세 절감을 위한 것’임을 자인하였는바, 청구인은 스스로 사업을 영위하기 위함이 아니라, A의 관세포탈(원가절감)의 목적에 따라 A의 요청을 받고 사업자등록을 하며 OOO 수입 명의를 빌려준 것에 불과한 것이 명백하다.(나) 청구인은 실질적인 거래당사자로서의 행위를 수행하지 아니하였다.조사청의 의견에 앞서 A의 OOO 주문과정에 대한 이해가 선행되어야 하므로 이에 대하여 설명하고자 한다.A가 속한 B그룹의 계열사로서 원재료 조달 전문 회사인 GPO는 구매정책과 조달 서비스계약에 따라 A가 필요로 하는 OOO 물량에 대하여 조달 주체로서 해외 OOO 공급자(J 등)와 계약을 진행하기에 앞서, 각 B 계열사로부터 차년도 OOO 사용계획량을 취합한 후 보통 9월부터 입찰한 해외공급자와 단가, 물량 등을 협상하여 최종적으로 기본(마스터)계약서를 체결하고 협상결과를 각 B 계열사에 통보한다.이후, A는 12월말 즈음에 차년도 월별 선적물량을 이메일로 보내고 수시로 일정과 내용을 조율하는 과정을 거쳐 주문하게 되는데, 이와 같이 기본계약의 협상결과를 전달받아 주문하는 과정은 A가 기본(마스터)계약에 의거하여 진행하는 단순 구매업무로서, 동 계약에 근거하여 해외 공급자에게 인도해달라고 요청하는 단순한 의사표현에 불과하다.결국, OOO는 구매정책 및 조달계약서에 따라 M가 계약당사자로서 해외 OOO 공급자와 기본계약을 체결하고 A는 해외공급자(J 등)를 상대로 단순 주문만 하는 구조이다.이에 A는 M가 기본 계약을 하는 대가로 B 구매정책에 따라 수입물품 대금과 별도로 조달서비스 수수료를 지급해야 하는바, 본건 수입 OOO를 포함하여 A가 수입한 OOO에 대해 연 OOO불 이상을 M에게 수수료OOO로 지급하고 맥아를 수입하고 있다.쟁점거래와 관련한 일련의 거래과정에서는 청구인이 아니라, A가 해외공급자와의 가격, 물량, 지급조건 등의 계약부터 선적스케줄 조율, 해상운송, 수입통관, 물품대금 정산 등 쟁점거래 전 과정에 실질적이고 주도적으로 관여하였을 뿐이고 청구인은 쟁점거래를 위한 최소한의 업무처리만을 하였다.구체적으로는 청구인은 해외 OOO 공급자와 직접적인 물량, 단가협상 등을 한 사실은 전혀 없이 A가 수입하고자 하는 물량을 배분받은 것에 불과하고, 자신의 명의로 수입통관하는 과정에서 통상적으로 발생하는 서류수취ㆍ발송 등의 업무만을 처리하였다.법원은 사실과 다른 세금계산서를 판단함에 있어 실질적으로 수행하거나 관여한 부분이 없으며 대금 지급에 대한 부담이 전혀 없었다는 점(서울행정법원 2017.3.30.

이유 6선고 2016구합75425 판결)이나, 수량·단가 등 거래조건의 중요한 부분이 이미 결정된 상태에서 단순히 거래에 참여한 점(서울행정법원 2012.10.19. 선고 2012구합13450 판결)을 주요한 그 판단 근거 중 하나로 보았다.판례의 태도와 마찬가지로, 청구인은 OOO를 수입함에 있어서 해외 OOO 공급자와 직접적인 계약이 없어 물량·단가협상도 하지 아니하였고, 설령, 청구인이 A와 같은 저렴한 단가를 받기 위하여 M를 통하여 OOO를 구매하였다고 한다면 A와 마찬가지로 M에게 소정의 수수료를 지급하는 것이 그나마도 상식적이나, 청구인이 별도의 수수료를 주지도 않는 것은 OOO 구입과 관련된 과정 전반을 청구인이 통제할 수 없고 오로지 A가 통제하고 있음을 방증하는 것이며, 심지어 청구인은 A가 청구인을 포함한 에이전시별 OOO의 수입 물량을 조절하고 통제하였던 것을 인정하기도 하였다.좀 더 세부적으로는 청구인이 해외 OOO 수출업체인 J과 직접 당사자로서 계약을 체결한 것이 아니라, A의 직원인 K이 주도하여 E-J 간 계약서를 메일로 송부하고 청구인은 서명만 한 뒤에 다시 K에게 보내기만 하였는바, 청구인이 OOO 수입을 직접 체결하고 사업을 영위한 것으로 볼 수 없는 것이다.또한, 청구인은 검찰 조사 과정에서 쟁점거래와 관련한 청구인의 역할에 대하여 묻자, 본인의 역할을 A로부터 대금을 받아 해외 수출업자에게 물품대금을 지급하는 것이라고 설명하는 등 물품대금 지급에 대하여도 위험부담을 스스로 부담하지도 아니하였는데, 이는 A가 2018년 에이전시 업체를 늘리는 (청구인 사업장인 E이 이에 포함된다) 과정에서 A의 내부 목표달성을 위해 해외 OOO 공급자(J)에게 쟁점거래 사업이 시행되어야 함을 강조하면서 이례적으로 청구인 사업장에 대해 물품대금 지급을 보장하여 준다고 명시한 A 내부 메일에서도 확인할 수 있다.아울러, 청구인의 물량(쿼터) 신청과 관련하여서도 청구인은 K에게 신청을 할지 말지를 물어보고 K이 이에 대해 가부를 말해주는 등 쿼터 신청에서조차 A의 결정이 있었음이 청구인과 A, K 간 주고받은 메시지에서 명확하게 드러나는바, 청구인이 E을 본인의 사업을 위하여 독립적으로 운영한 주체라고 볼 수 없다.세부적으로는 A가 E을 비롯한 에이전시 업체들의 할당 물량을 통합 관리하고, 해외공급자와 논의하여 정해진 OOO 선적 계획에 따라 에이전시 업체들에게 할당 물량을 배정하고 A OOO 수입에 사용하였으며, 배분 과정에서 필요에 따라 어느 사업자로 수입통관을 진행할지 여부, 즉 수입신고서에 기재될 화주를 A가 결정하였다.○○○더하여 청구인은 이 건 조세심판청구 이유서에서는 본인이 클레임 처리를 하였다고 주장하나, 검찰 조사 당시에는 실제 클레임 처리 비용을 E이 지출한 사실은 없다고 진술한 사실이 확인된다.그리고, 청구인은 OOO 수입 시 운송과 관련하여 C㈜을 통하여 업무를 진행한다고 설명하면서, 운송시기, 운송장소에 대해서도 A 주관에 따라 하였다고 스스로 인정한 것이 확인된다.청구인은 C㈜과 D으로부터 OOO 관련 운송과 통관 등 용역을 공급받았다고 하여 세금계산서를 수취하기도 하였는데, 청구인은 두 업체와 계약을 맺은 사실도 없다가 세관 조사가 시작되고 관세 공무원이 계약서를 요청하자, A의 구매 담당자인 K(이 건 관련 실행위자로 고발되었음)의 말을 듣고 계약서를 급히 소급하여 작성하기도 하였는데, C㈜와 D은 모두 A가 기존 거래하던 업체로서, 청구인은 A의 요청으로 수입 명의만 빌려준 것이므로 달리 계약서를 작성할 필요조차 없었던 것으로 보는 것이 타당하다.또한 청구인은 OOO 수입과정에서 발생하는 환손실이나 A의 세관·검찰 조사 때문