쟁점매출처에 대한 거래가 가공거래라는 청구주장의 당부

요지쟁점거래는 1·2차 세무조사 당시 용역계약서 등을 제시하여 처분청이 정상거래로 인정한 점, 금융자료상 쟁점매출처에서 자금이 유입된 후, 쟁점매출처로 다시 반환된 것은 확인되지 않은 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

주문청구법인이 2025.9.29. 제기한 2019년 제1기 부가가치세에 대한 심판청구는 이를 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 처분청은 두 차례*에 걸쳐 청구법인의 부가가치세 세목별 조사를 실시하였고, 조사 당시 청구법인은 매출처 a㈜와 b㈜(두 매출처를 합하여 이하 “쟁점매출처”라 한다)와의 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)가 정상거래임을 주장하였으며, 처분청 또한 가공거래 혐의가 확인되지 않아 쟁점거래를 정상거래로 판단하였다.(2차) 2019년 제1기∼제2기, 2022년 제1기, 2024.5.14. 조사종결나. 이후 청구법인은 2024.12.18. 쟁점거래는 조사 당시 정상거래로 인정받았으나 실제 용역의 제공없이 세금계산서만 발행된 가공매출이었으므로, 2024.12.18. 처분청에 2019년 제1기~2022년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정청구 하였으나, 처분청은 2025.2.21. 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제3항에 따라, 2019년 제1기 부가가치세 경정청구에 대해서는 청구기한 도과하였다는 이유로 각하하였고, 2019년 제2기∼2022년 제1기 부가가치세 경정청구에 대해서는 청구법인이 제출한 자료만으로는 가공거래로 보기 어렵다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.30. 이의신청을 거쳐 2025.9.29. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 처분청의 청구법인 관련 자료상 조사 시 쟁점매출처 대표이사 c의 부탁으로 쟁점거래를 정상거래로 소명하였지만 이는 사실과 다르다.(가) 청구법인이 쟁점매출처로부터 쟁점거래에 따라 수취한 금전은 ㈜d 대표 e과의 협의를 통해서 우회적인 경로를 통해 다시 쟁점매출처의 대표이사에게 지급된 것이 확실하고, 청구법인의 대표이사 f에게 귀속된 소득 및 청구법인에게 귀속된 수입금액은 없기 때문에 경제적 실질 내용에 따라 부가가치세 등에 대하여 경정하여야 한다.(나) 제약 영업경력이 전혀 없는 청구법인의 대표이사가 약국 영업을 할 수 있는 능력이 없음을 처분청은 충분히 예상할 수 있었고, 청구법인의 거래구조가 청구법인이 인수한 기존 거래처의 제약 매출에 대한 일정 비율의 수수료를 인식하는 방식이었음에도, 병원 매출에 관여한 서류상의 기록이 전혀 없는 점 등으로 보아 쟁점거래가 가공거래임을 증명할 수 있었으며, 청구법인의 자금이 최종적으로 청구법인 대표이사의 계좌에서 현금으로 출금되었기에 쟁점거래를 가공거래로 인지할 수 있었음에도 청구법인과 쟁점매출처의 대표이사가 제출한 조작된 증빙서류를 사실관계 조사 없이 행정편의를 위해 정상거래로 인정한 것은 처분청의 잘못이 명백하다.(다) 처분청은 청구법인과 쟁점매출처 대표이사 간 세금계산서 발급을 위한 이메일 내용만 검토하더라도 쟁점거래를 비정상적인 거래라 인정할 수 있는 상황이었고, 쟁점거래가 정상거래라면 쟁점매출처의 대표이사가 청구법인의 대표이사에게 급여를 지급할 이유도 없었을 것이며, 청구법인이 제출한 녹취록의 내용에서도 쟁점매출처 대표이사가 청구법인에게 부과된 이 건 부가가치세 등에 대해 책임을 인정하지도 않았을 것이 명백한바, 쟁점거래는 가공거래가 명백하다.(2) 현재 청구법인의 대표이사는 처분청의 사실과 다른 세금계산서 관련 고발로 재판 진행 중이므로, 이 건 심판청구가 인용될 경우, 더 큰 처벌이 있을 것이 명백하지만, 그 처벌까지 감당하고자 한다.나.

이유 2처분청 의견(1) 이 건 청구 중 2019년 제1기 부가가치세 경정청구의 청구기한은 2024.7.25.로 심판청구일 현재 그 청구기한이 경과한바, 각하하는 것이 타당하다.(2) 청구법인은 2019년 제2기∼2022년 제1기 부가가치세 경정청구에 대해 청구법인이 이의신청 시 새롭게 제시한 일부 증빙(이메일 내용, 송금 관련 문자 대화 내용, 계좌거래내역 일부, 녹취록) 등을 사유로 가공거래임을 주장하고 있으나, 해당 내용은 처분청이 금융거래내역 확인, 거래처 확인 등을 거쳐 정상거래로 확인한 내용으로서 쟁점거래를 가공거래로 보기 어려우므로 처분청의 이 건 부가가치세 경정청구 거부는 타당하다.(가) 처분청의 1·2차 세무조사 당시 청구법인은 문답서 등을 통해 쟁점매출처와의 거래에 대해 일관성 있게 정상거래로 진술하였고, 쟁점매출처 또한 처분청의 거래사실 확인요청에 대해 마케팅 용역계약서, 용역수수료 명세 등을 제출하면서 정상거래임을 주장하였으며, 청구법인은 쟁점매출처에 세금계산서를 발급한 후 쟁점매출처로부터 매출대금을 받는 등 통상적인 금융내역이 존재하였고, 경정청구 당시에는 가공거래임을 증명할 추가 증빙서류 제출하지 않았으며, 쟁점매출처 또한 청구법인과의 거래에 대해 가공매입으로 수정신고·납부한 사실이 없다.(나) 경정청구 거부처분에 대한 이의신청 시 청구법인이 추가로 제출한 금융내역 및 처분청이 조사 당시 확인했던 금융내역을 통해서는 쟁점거래의 대금을 쟁점매출처 및 쟁점매출처 대표이사에게 돌려준 정황을 확인할 수 없고, 청구법인의 대표이사가 조사 종결 이후 쟁점매출처로부터 급여를 수령한 것만으로 쟁점거래를 가공거래로 보기는 어려우며, 청구법인이 추가로 제출한 쟁점매출처 대표이사와의 녹취록은 청구법인의 불복신청일 이후인 2025년 5월에 녹취된 자료로 신빙성이 없을 뿐 아니라, 쟁점거래를 가공거래로 볼 수 있는 구체적 사실관계에 대한 내용이 없고, 가공거래를 입증할 금융거래 내역 등도 확인할 수 없는바, 제출된 녹취록으로는 쟁점거래를 가공거래로 인정하기 어렵다.(3) 청구법인의 심판청구는 비록 형식적으로는 경정청구 기한(5년) 내 청구한 것이지만, 실질적으로는 기 실시한 부가가치세 세무조사 내용에 해당하는 것으로, 이는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 결정 또는 경정 후 경정청구 기한인 3개월을 도과하여 경정청구를 한 것에 해당한다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점거래가 가공거래라는 청구주장의 당부나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재다.

이유 3사실관계 및 판단(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구법인의 사업 현황은 아래 ＜표1＞과 같다.＜표1＞ 청구법인 사업 현황(나) 쟁점매출처의 사업 현황은 아래 ＜표2＞과 같다.＜표2＞ 쟁점매출처 사업 현황(다) 청구법인의 대표이사는 처분청의 1ㆍ2차 부가가치세 세무조사 문답서 작성 당시 쟁점거래를 정상거래라고 소명하면서 가 증빙으로 쟁점매출처 대표이사가 작성한 “거래사실 확인서”와 “마케팅 용역 위탁 계약서”를 제출하였고, 해당 계약서에 따른 마케팅 수수료 정산 내역 및 금융거래 정리 내역, 자금거래내역을 정리하여 제출한 사실이 확인된다.(라) 처분청은 청구법인에 대한 1ㆍ2차 부가가치세 세목별 세무조사 결과, 아래 ＜표3＞과 같이 경정하였다.＜표3＞ 청구법인 부가가치세 신고내역 및 가공거래 결정 내역(단위 : 백만원)가공거래로 확정된 거래처별 매입세금계산서 내역은 아래 ＜표4＞와 같고,＜표4＞ 청구법인 매입세금계산서 가공거래 내역(단위 : 백만원)가공거래로 확정된 거래처별 매출세금계산서 내역은 아래 ＜표5＞와 같다.＜표5＞ 청구법인의 매출세금계산서 가공거래 내역(단위 : 백만원)(바) 처분청은 청구법인과 청구법인의 대표이사를 「조세범 처벌법」위반 혐의로 고발하였다.(사) 청구법인은 2024.12.18.

이유 4쟁점거래가 실제로는 가공매출이었다고 주장하면서 아래 ＜표6＞과 같이 경정청구하였다.＜표6＞ 청구법인 부가가치세 경정청구 내용(단위 : 원)(아) 처분청이 제출한 이 건 경정청구 검토조사서에 따르면 청구법인은 쟁점거래에 대한 자금이 쟁점매출처에서 청구법인 또는 청구법인 대표이사에게 유입된 후 거래처(d, e)를 경유하여, 다시 쟁점매출처로 반환되는 방식의 순환거래를 하였다고 주장하였으나, 처분청이 정리한 쟁점거래에 대한 자금흐름을 보면, 거래처(d, e)에서 청구법인의 대표이사에게 계좌이체되거나 현금으로 출금된 사실만 확인될 뿐 쟁점매출처에 입금된 사실은 확인되지 않는 것으로 확인된다.(2) 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구법인은 쟁점거래가 실제 제공한 용역 없이 세금계산서를 발행한 것이라는 주장으로, 쟁점매출처 대표이사가 청구법인 대표이사에게 보낸 메일들을 제출하였고, 해당 메일에서는 쟁점매출처 대표이사가 청구법인 대표이사에게 세금계산서 발행을 요청하면서 발행시기 및 대금 입금일을 지정한 사실이 확인된다.(나) 청구법인은 OOO대화내용을 제출하면서 쟁점거래 관련 자금 귀속에 대한 증빙이라고 주장하였고, 대화 내용을 살펴보면 e이 g, h, i, j, k, l 등에게 대금을 계좌이체하였다는 내용이 확인되는데, 청구법인은 g는 가공매출 확정된 청구법인의 매출처인 주식회사 m의 대표이고, h은 g의 배우자이며, k, l은 현금인출을 위해 모집하였고, i와 j는 청구법인의 해외 페이퍼컴퍼니라고 소명하였다.(다) 청구법인은 쟁점거래가 실제 용역의 제공 없이 매출세금계산서만 발행한 가공거래라고 주장하면서, 2019사업연도는 청구법인이 쟁점매출처로부터 대금을 받아 청구법인의 다른 가공매입처인 주식회사 d의 대표이사인 e의 계좌로 송금하였고, e이 k 계좌로 송금하였으며, 2020년 이후에는 쟁점매출처로부터 청구법인이 대금을 받아 e에게 송금한 후 e이 청구법인의 대표자, i, j 계좌로 송금하였다고 주장하면서 관련 근거로 계좌이체 내역을 제출하였고, 대표이사 개인계좌, 청구법인의 해외 페이퍼컴퍼니(i)계좌OOO통장사본을 제출하였으나, 상기 계좌에서 쟁점매출처 또는 쟁점매출처 대표이사에게 대금이 지급되었는지는 확인되지 않는다.(라) 청구법인은 처분청 2차 조사기간(2024.2.20.~2024.5.15.) 중 쟁점거래가 가공거래라는 이유 등으로 2024.3.31. 2020년 제1기~2021년 제2기까지에 대해 부가가치세 경정청구하였다가, 2024.5.13.

이유 5취하한 사실이 있다.(마) 청구법인은 쟁점매출처 대표이사와의 대화 녹취록을 제출하였고, 해당 녹취록에서는 쟁점매출처 대표이사와 청구법인 대표이사가 청구법인에게 부과된 세금에 대해 논의를 하는 내용이 확인된다.(바) 청구법인은 쟁점거래를 정상거래로 소명한 대가로, 2차 세무조사 결과 청구법인이 납부해야할 세액(약 OOO원)을 쟁점매출처가 청구법인의 대표이사에게 급여명목으로 OOO원 상당으로 지급하였다는 주장을 하였고, 실제 쟁점매출처는 2024.5.22.~2025.3.31.의 기간동안 총 급여액 OOO원을 지급한 실이 확인된다.(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 먼저, 청구법인의 이 건 심판청구가 각하대상인지에 대하여 살피건대, 처분청은 부가가치세 세무조사 내용에 대한 심판청구이므로 「국세기본법」 제45조의2 제1항 단서에 따라 처분일부터 3개월이내에 경정청구를 하여야 함에도 3개월을 경과하여 경정청구를 하였으므로 각하대상이라는 의견이나,「국세기본법」 제45조의2 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 단서에서 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자에게 결정이나 경정으로 인한 처분을 불복대상으로 삼아 하나의 불복절차에서 다툴 수 있도록 한 것은 소송경제나 납세자의 권익보호를 위한 것이지 납세자의 경정청구권을 제한하려는 것은 아니고, 당초의 신고 등에 관한 경정청구기간이 남아 있는 도중에 과세관청의 결정이나 경정이 있다고 하여 납세자가 당초의 신고 등에 관하여 갖는 별개의 불복수단인 경정청구권 행사가 제한된다고 보는 것도 불합리하며(대법원 2014.6.26.

이유 6선고 2012두12822 판결, 같은 뜻임), 조세법률관계의 조속한 안정을 도모하고자 하는 입법목적은 새로이 증가된 과세표준과 세액에 관한 경정청구권의 행사만을 제한하는 것으로 충분히 달성할 수 있다 할 것이다.청구법인은 2019년 제1기~2022년 제1기 부가가치세에 대한 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 것으로 나타나는 점, 2019년 제2기~2022년 제1기 부가가치세는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 있는 점 등에 비추어, 2019년 제2기~2022년 제1기 부가가치세는 경정청구 대상에 해당한다 할 것이다.다만, 2019년 제1기 부가가치세는 법정신고기한인 2019.7.25.부터 5년(2024.7.25.)이 경과한 2024.12.18.에 경정청구를 제기한 것이므로 처분청의 2019년 제1기 부가가치세 경정청구 거부(각하) 통지는 단순한 민원회신에 불과하여 심판청구의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없으므로, 2019년 제1기 부가가치세에 대한 심판청구는 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하는 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점매출처에 대한 쟁점거래가 가공거래인지 여부에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래가 실제 용역을 제공하지 않고 세금계산서만 발행된 가공거래에 해당하므로, 경제적 실질에 따라 관련 부가가치세를 경정하여야 한다고 주장하나,쟁점거래는 마케팅용역으로서 청구법인이 1ㆍ2차 세무조사 당시 용역계약서 및 수수료율 산정 근거를 제시하는 등 서비스 업종의 특성상 별도의 매입자료가 필요하지 아니하여 처분청이 정상거래로 인정한 것으로 보이는 점, 청구법인이 제출한 금융증빙에 의하면, 쟁점매출처에서 자금이 유입된 후 기 확정된 가공매입처 또는 청구법인 대표이사에게 자금이 흘러간 것으로 보이는 반면, 해당 자금이 다시 쟁점매출처로 입금된 것은 나타나지 아니한 점, 청구법인이 제출한 녹취록은 부과처분 이후에 작성된 것으로 그 신뢰성을 담보하기 어렵고, 그 내용도 청구법인에게 부과된 세금을 걱정하는 것일 뿐, 명확히 청구법인이 쟁점매출처에 가공매출하였다고 한 것으로 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법률(1) 국세기본법제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.제15조(신의·성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다.