쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

요지청구법인은 운송주선사업 허가를 받은 운송주선업자로, 90여개 업체에 215억원의 매출과 130여개 업체로부터 229억원의 매입이 발생하였고, 사내 운송수요가 발생하여 평안과 운송계약을 체결하여 운송을 위임한 것으로 보이며, 배임 유죄 판결은 이 건 판단과 별개의 문제로 보이는 반면, 「조세범 처벌법」 위반 혐의 고발 사건에 대해서는 청구법인이 실체가 없는 업체라고 볼 증거가 불충분하다는 취지로 불송치 결정을 내린 점 등에 비추여 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보기 어려움

주문마산세무서장이 2025.1.21. 청구법인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2019사업연도 법인세 OOO의 부과처분과 2025.5.12. 청구법인에게 한 2020년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 1971.5.18. 개업하여 경상남도 OOO에서 제강 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 2019년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)으로부터 총 OOO원의 세금계산서(총 123매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 아래 ＜표1＞과 같이 관련 매입세액을 공제하고, 공급가액을 손금에 산입하여 2019년 제1기～2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2019～2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 신고하였다.＜표1＞ 청구법인의 부가가치세 및 법인세 신고 주요내용(단위 : 백만원)○○○나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.23.∼2025.3.15. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아, 관련 매입세액을 불공제하고, 법인세 증명서류 수취 불성실가산세를 부과하여야 한다는 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 아래 ＜표2＞와 같이 2025.1.21. 등 청구법인에게 2019년 제2기～2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2019～2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.＜표2＞ 처분청의 경정 고지내역(단위 : 백만원)○○○다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.14. 등 이의신청을 거쳐, 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 경위는 다음과 같다.(가) 청구법인은 압연강재의 재료가 되는 빌렛을 수입하여 OOO공장(부산광역시 OOO) 및 OOO공장(부산광역시 OOO)에서 압연강제를 생산하였고, 2009년에 OOO제강소(경상남도 OOO 소재)를 준공하여 OOO제강소에서 빌렛을 직접 생산한 후 OOO공장, OOO공장으로 운송하여 압연강재를 생산하게 되었으며, 이로 인해 OOO제강소에서 생산한 빌렛을 OOO공장, OOO공장으로 사내 운송하는 수요가 새롭게 발생하게 되었다.(나) 청구법인은 운송업을 영위하지 않았기에, B 주식회사, C 주식회사, 주식회사 D 등 운송주선업자와 계약하여 운송업무를 위임하고 있었고, 추가 운송 수요가 발생하여 A과 추가로 운송주선계약을 체결하게 되었다.(2) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하다. (주위적 청구)(가) A은 인적·물적 시설을 갖추고 있고, 외부감사인의 감사를 받는 권리·의무의 주체가 되는 법인격을 가진 법인으로, 그 실체가 없다는 처분청의 의견은 부당하다.1) 처분청은 A을 인적·물적 시설이 없는 서류상의 회사로 보아, A이 청구법인에게 실제 용역의 제공을 하지 않았다는 의견이나, A은 인적·물적 시설을 갖추고, 관련 법령에 따른 면허를 취득하여 운송주선업을 영위하였는바, 이러한 법률관계는 존중되어야 한다.A은 2009.2.4. 화물운송 중개 및 관련 서비스업을 주요 영업으로 하여 설립된 법인으로, 2015.12.18. 무역업 및 수출입 알선, 대행업을 업종 추가하였고, 본사와 영업소는 각 경상남도 OOO과 충청남도 OOO에 소재하고 있다. A은 「화물자동차 운수사업법」에 따라 경상남도 OOO과 충청남도 OOO로부터 화물자동차 운송주선업 허가를 받았고, OOO 회원으로, 굴삭기 등 건설기계를 보유하고 있으며, 2019년 당시 지입차량 13대로 총 623회를 운행하였다.

이유 2또한, A은 하부 운송업체(E)도 있었으며, F, (유)G 등에 슬래그포트 캐리어와 굴삭기를 임대하는 장비임대업 등도 영위하였다.A은 운송주선업의 특성상 A의 사무실이 아닌 청구법인의 사무실에서 업무를 수행하였으나, A의 OOO영업소와 OOO사무실은 사무실 임차계약을 체결하고 임차료를 지불하였다.2) A은 청구법인뿐만 아니라, H 주식회사(이하 “H”이라 한다)와도 지속적으로 거래를 하였다.3) 처분청은 청구법인의 직원이 청구법인의 사무실에서 A의 업무를 수행하였다는 의견이나, A은 청구법인의 관계사로 원활한 업무처리를 위해 업무 경험이 있는 청구법인의 직원을 임원으로 채용하였고, 관계사 직원의 겸직은 관행적인 것이다.청구법인의 직원이 청구법인의 사무실에서 A의 업무를 수행하게 된 이유는 청구법인의 화물 배차업무는 청구법인의 ERP 시스템에 접속하여 운송물량을 배분해야 하는데, 외부에서는 ERP 시스템 접속이 불능하므로, 실시간 업무 대응을 위해 운송주선업체 직원이 청구법인에서 상주하여 업무를 처리하고 있으며, 이는 청구법인과 거래하고 있는 다른 운송주선업체들도 마찬가지이다.조세심판원은 다수의 관계사를 동일 사업장에서 운영하는 기업의 관계사 간 거래에 있어, 관계사 대표이사가 동일하고 같은 사무실을 사용하며, 관계기업 간에 이윤 없이 거래하고, 심지어 IP주소가 동일한 컴퓨터에서 관계사가 세금계산서를 대신 발급하는 등 영업, 회계 및 자금 업무를 관계사가 대신 처리해 준 사건에 대하여 이러한 사실관계는 가공거래, 끼워넣기 거래의 근거가 될 수 없다고 결정한 바 있다(조심 2011서1121, 2012.10.5.).아래 ＜표3＞과 같이 A의 임원이 청구법인의 업무를 겸직하고 있긴 하였으나, A의 업무처리는 A의 임원(a, b, c) 등의 지시와 책임으로 진행되었으며, 자금 및 회계 등도 청구법인과 별도로 관리하였다.＜표3＞ 청구법인과 A에 겸직한 직원 현황○○○(나) 법인이 운송업자와 직접 계약을 할 것인지, 다른 사업자에게 위임할 것인지는 경영상의 선택이며, 이는 존중되어야 한다.1) 청구법인이 운송업자와 직접 계약을 체결하는 방식과 운송주선업자와 계약을 체결하여 운송의 전반적인 책임을 위임하는 방식 중 후자를 선택한 것은 업무 효율 및 고정지출비 절감 차원으로, 최근 많은 화주들이 아웃소싱을 맡기는 추세이기에, 청구법인도 이와 같은 경영상 선택을 한 것이다.청구법인은 운송업자와 직접 계약을 체결하게 될 경우, 화물연대 파업 등으로 개별운송업자와 적시에 계약이 어려운 경우도 빈번하고, 화물기사들과 건별 계약을 체결해야 하는 번거로움이 있는 반면, 운송주선업자에게 위임하게 되면 업무 일체가 위임되고, 여러 손해를 운송주선업체에 부담시킬 수 있으며, 2차 운송업체들을 지역별로 나눌 수 있는 등 여러 장점이 있다.따라서, 사업자가 운송주선업자에게 위임하더라도, 이는 가장행위나 통정허위 표시로 무효가 될 수 없으며, 계약상 또는 법률상 실질 거래를 부인할 수 없다.2) 본인의 책임과 계산으로 한 거래를 가공거래로 볼 수 없고, 여기서 ‘본인의 책임과 계산’이란 거래에 대한 법적·경제적 귀속이 거래당사자에게 있는 경우를 의미한다.청구법인은 A과 독점적인 운송주선계약을 체결한 것이 아니라, 이전에도 운송주선업자를 통하여 운송의 전반적인 업무는 위임하고 있었으며, 정상적으로 계약을 체결하고 대금을 지급하였다.

이유 3A은 자신의 책임과 계산으로 하부운송업자와 운송주선계약을 체결하고 대금을 지급하였으며, 이는 청구법인과 거래하는 다른 운송주선업자들의 거래와 동일하다.3) 이 건 거래에 있어, 거래 당사자인 청구법인과 A은 부가가치세와 법인세를 정상적으로 납부하여 어느 일방도 세금을 탈루한 사실이 없으며, 조세를 회피하고자 한 의도도 전혀 없었다.4) 조세심판원은 사업자가 독립된 경제주체로서 존재하는 이상 그 명의로 한 개별 거래행위의 효력은 인정되어야 하는 것이 원칙이라는 취지로 결정한바 있다(조심 2019중3455, 2020.7.27.).(다) A이 수출입 대행을 하게 된 것은 청구법인의 특수한 사정 때문이며, A은 신용 공여 등을 통해 실제로 업무를 대행하였다.1) 청구법인은 2015.12.18. 법원으로부터 회생절차개시결정을 받았으며, 2015.12.21. 항목당 OOO원 이상 금원 지출은 법원의 허가를 득한 후 집행하여야 한다는 통지를 받았다. 이후 청구법인의 모든 지출거래는 CRO(법원에서 파견된 최고 위험 관리자)의 감시와 통제 속에 있었고, 검증을 거쳐 집행하였다.2) 청구법인은 연속되는 적자와 대출금 상환압박으로 조달한 자금을 상환할 수 없는 상황이 되어 법정관리에 들어간 후, 은행으로부터 신용을 부여받지 못하여 수출입 업무를 위한 L/C(신용장)를 개설할 수 없었다. 이러한 상황에서 관계사인 A이 수출입 알선, 대행업을 업종 추가하고, d(A 대표이사) 개인의 연대보증과 A 소유 부동산을 은행에 담보로 제공하여 은행으로부터 수입신용장 개설한도(미화 OOO 달러)를 부여받아 원자재 수입을 할 수 있었다.(라) 「형법」과 조세법은 그 목적이나 대상이 다르므로, 조세를 부과함에 있어 구체적 사실관계는 달리 판단하여야 하며, 무조건 형사판결 내용을 원용하여서는 아니된다.1) 검찰은 e(청구법인의 전 대표이사)이 법인(A)을 설립하여 중간에 끼워넣기로 운송주선수수료 상당의 이익을 취하였다고 보아, 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임) 혐의로 기소하였고, 서울동부지방법원은 e에게 유죄를 선고하면서 “피해회사(청구법인)의 영업비용을 불필요하게 증가시킴으로 피해회사가 손해를 부담하게 해서는 안되는 업무상 임무가 있었다”고 판시하였으나(서울동부지방법원 2021.9.10.

이유 4선고 OOO 판결, 이하 “쟁점형사판결”이라 한다), 이는 청구법인이 운송업을 영위했을 경우를 가정하여 판단한 것으로, 청구법인은 운송업을 직접 영위하지 않은 채로 운송주선업자를 통해 물류 운송을 해오고 있었다.이러한 쟁점형사판결은 e의 배임행위에 대한 판결이지 세금계산서 관련 「조세범 처벌법」 위반에 대한 판결이 아니므로, 동 판결문 내용을 근거로 이 건 거래를 세법상 위법한 것으로 판단할 것은 아니다.만약, 청구법인이 A이 아닌 다른 운송주선업자와 거래를 하였다고 하더라도 추가적인 비용이 발생했을 것인데, 법원은 이를 감안하지 않고 A의 운송주선수수료 전체를 배임금액으로 산정한 문제도 있다.2) 사실관계에 대한 실질 조사 없이 과거 형사판결에만 의존하거나, 특정 납세자와의 거래만을 단편적으로 조명하여 이루어진 이 건 처분은 그 절차상 중대한 하자가 있는 위법한 처분이다.3) 설령 이 건 거래가 배임행위에 해당한다 하더라도, 이는 다른 거래처와의 거래금액과의 비교를 통해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과하여 소득 처분하고, 「상속세 및 증여세법」 제45조5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여)에 따른 A의 주주를 대상으로 증여세를 부과할지 여부를 검토해야 하는 사안이다.(마) e이 검찰 수사에서 진술한 것은 인신구속과 실형 부담에 대한 절박함에 따른 것으로, e의 진술만으로 이 건 거래를 판단해서는 아니된다.전 사주의 배임 관련 사건은 유가증권시장 상장법인인 청구법인의 주가에 악영향을 미치게 되므로, 청구법인도 e에게 그 책임을 물어야 했기에, e과 청구법인 간에 갈등이 있었고, e은 변호사의 조언에 따라 빠른 재판의 종국과 형의 감경을 위해 검찰이 주장하는 내용을 인정하고, 배임액을 청구법인에 지급한 것이다.(바) 조사청은 2025.4.14. 이 건 거래를 사실과 다른 세금계산서로 보아 「조세범 처벌법」위반 혐의로 수사기관에 고발하였고, 수사기관(경상남도경찰청)은 2025.7.31. 혐의없음으로 불송치 결정을 내렸는바, 이는 이 건 처분이 사실관계를 오인하여 이루어진 것임을 뒷받침하는 중요한 근거이다.수사기관이 실질거래가 있었다는 사실을 인정하였음에도 불구하고, 조사청이 쟁점형사판결만을 토대로 A의 실체를 부인하고, 실질적인 조사 없이 일방적으로 청구법인에 불리한 해석하여 이 건 처분을 한 것은 명백한 사실관계 오인이며, 과세의 정당성과 공정성을 훼손한 것이다.(사) 법원 판례를 보더라도, 설령 회사의 물적·인적 설비가 부실하고, 관계회사에서 그 업무를 도와준 사정이 있더라도, 회사가 독립된 경제주체로서 실재하면서 실제로 자신의 명의와 계산으로 사업을 수행한 이상, 이러한 사정을 들어 회사 명의의 거래를 단순히 명목에 불과한 가공거래라고 볼 수는 없다.법원은 회사 명의의 거래에 관하여 세법상 부당행위계산부인 규정의 적용이나 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」상 부당지원행위 또는 「형법」상 배임의 성부 등을 논할 수 있음은 별론으로 하고, 적어도 회사가 독립적 경제주체로서 사업을 수행하면서 해당 거래에 따른 권리를 향유하고 의무를 부담한 이상 회사 명의의 거래를 실질적으로 부존재한다고 평가할 수 없다고 판시한바 있다(서울고등법원 2022.10.14. 선고 2021노1714 판결).(3) 청구법인은 화주로서 실제 거래를 하였으므로, 쟁점세금계산서상 공급가액에서 운송주선수수료 및 수입대행수수료를 제외한 매입세액은 공제되어야 한다.

이유 5(예비적 청구)(가) 법원은 쟁점형사판결에서 “피해회사가 화물운송기사들과 직접 운송거래를 하였음에도 A이 피해회사와 화물운송기사들 사이에서 운송주선을 한 것처럼 가장하여 운송주선수수료 합계 OOO원 상당의 이익을 취득하게 함과 동시에 피해회사에 동액 상당의 손해를 가하였다”고 판시하고 있는바, 이는 법원도 화물운송기사들의 용역제공은 인정한 것이다.(나) 청구법인이 A에 세금계산서 전액(화물운송기사 운송료와 운송주선수수료의 합계)을 발행하게 된 이유는 청구법인이 운송주선업자와 포괄적인 위임계약을 하였기 때문이며, 운송업자와는 개별적으로 용역제공에 대한 세금계산서를 발행하지 않고, 운송주선업자인 A이 운송업자와 운송용역에 대한 세금계산서를 수수하였다.운송주선업자는 운송주선수수료에 대해서만 세금계산서를 발행할 수도 있고, 운송주선수수료를 포함한 전체 운임에 대하여 세금계산서를 발행할 수도 있으므로, 처분청이 실제 거래구조인 ‘청구법인 ⇔ A ⇔ 화물운송업자(화물운송기사)’의 형식을 부인하고, ‘청구법인 ⇔ 화물운송업자(화물운송기사)’의 거래로 본다면, 당연히 청구법인과 화물운송업자의 거래에 해당하는 부분에 대한 매입세액은 공제하는 것이 타당하다.(다) 「국세기본법」제14조 제3항은 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 조세공평을 도모하고자 한 것이다.처분청이 이 건 거래를 위 규정에 따라 재구성하기 위해서는 조세회피 목적이 인정되어야 하고, 법적 형식과 다른 경제적 실질이 존재하여야 한다. 그러나, 청구법인과 A은 이 건 거래에 있어 거래단계별 세금계산서를 발급하고, 부가가치세 및 법인세 등 세금을 정상적으로 신고·납부하였고, 조세회피목적이 없었음에도 불구하고, 이 건 거래를 부인하고, 쟁점세금계산서 관련 매입세액 전부를 불공제한 처분은 부당하다.(라) 따라서, A의 운송주선수수료에 대한 부분이 부인되더라도, 운송업자들의 화물운송용역에 대한 거래는 부인되어서는 아니된다.나. 처분청 의견A은 실체가 없는 서류상 회사로, 청구법인에게 실제 용역을 제공한 바가 없어, 이 건 거래의 주체가 아니므로, 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서이다.(1) 청구법인은 A이 실체가 있는 회사라고 주장하나, 이는 사실과 다르다.(가) 쟁점법원판결은 “e은 수수료를 취득할 목적으로 인적·물적 시설이 없는 서류상 회사인 A을 설립한 후 마치 A이 청구법인과 화물운송기사들 간의 운송거래를 주선하는 것처럼 외형을 만들었다”고 판시하면서, “청구법인이 화물운송기사들과 직접 운송거래를 하였음에도 A이 청구법인과 화물운송기사들 사이에서 운송주선을 한 것처럼 가장하여 A으로 하여금 운송주선수수료를 취득하게 함과 동시에 청구법인에게 동액 상당의 손해를 가하였다”고 명시하고 있다.법원은 “형사사건은 범죄사실의 존부 및 범위의 판단과 적정한 처벌을 전제하고 있어, 세법의 적용과는 그 목적이나 대상이 다르고 형사사건의 판결만으로 사업상의 거래행위가 바로 무효나 취소되지 않으므로 형사판결의 사실인정에 기속되어야 하는 것은 아니나, 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 행정소송 등에서 유력한 증거자료가 되는 것이어서 행정사건에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사판결의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실을 인정할 수 없다”는 입장이다(대법원 1999.11.26.

이유 6선고 98두10424 판결 등 참조).(나) 청구법인의 임직원인 e, a, f, g, c 등의 검찰 진술조서에 따르면, A의 설립 주체이며 최종 의사결정권자였던 e이 수수료를 편취하기 위해 청구법인과 명목상의 거래를 하였을 뿐, 실제 업무는 청구법인의 계산과 책임으로 수행하였음을 시인하고 있다.청구법인은 e이 수사를 빠르게 종결하기 위해 검찰에서 원하는 대로 사실과 다른 진술을 하였다고 주장하고 있으나, 해당 수사결과 A이 실체 없는 서류상의 회사임이 밝혀졌고, 법원도 이와 동일하게 판단하였으므로, 현 시점에서 검찰 수사과정에서 확보된 증거들의 효력을 부인할 이유가 없는바, 수사 과정에서 증거로 채택되어 확정된 증언 등을 토대로 사실관계를 정립하는 것이 바람직하다고 판단된다.(다) 쟁점법원판결과 e 등의 진술조서에 따르면, 청구법인의 화물운송업무는 청구법인 물류팀에서 각 운송업자들과 직접 계약하고, 수출입업무는 청구법인 원료구매팀에서 구매하거나 판매처와 계약내용을 직접 결정하여 진행한 것으로 확인되는바, 실제 업무수행 주체가 아닌 A으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 재화·용역을 실제로 공급한 주체로부터 수취한 세금계산서가 아니므로, 필요적 기재사항인 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭이 사실과 다른바, 관련 매입세액은 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다.(2) 청구법인은 조세회피 의도가 없었으므로, 처분청이 실질과세원칙을 적용하여 이 건 거래를 부인할 수 없다고 주장하나, 이는 타당하지 않다.(가) 「국세기본법」제14조 제1항은 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”고 규정하고 있다.(나) 따라서, 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 당해 과세대상을 지배·관리하는 자를 납세의무자로 삼아야할 것이며, 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리·처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2014.5.16.