일괄 양도한 쟁점부동산의 공급가액을 기준시가로 안분하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부 등

요지청구법인이 실지거래가액으로 구분한 가액이 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액과 30% 이상 차이 있는 점, 2021.12.8. 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서신설 전 사건으로 청구주장을 받아들이기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1.처분개요가.청구법인은 1986.7.29. 개업하여 현재 대구광역시 북구에 소재하고 있으며, 의약품 유통업, 전자상거래업, 임대업 등을 영위하고 있다.나.청구법인은 2021.5.31. a 주식회사에게 대구광역시 남구 OOO 외 5필지의 토지 및 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 토지와 합쳐 “쟁점부동산”이라 한다)을 추후 건물을 철거할 것을 전제로 OOO원에 일괄 양도하면서 건물분 매매대금은 OOO원으로 하여 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)하였고, 쟁점건물의 공급가액을 OOO원으로 보아 매출세금계산서를 미발급하였다.다.처분청은 감사원 지적사항에 따라 청구법인의 2021년 제1기 부가가치세 신고내용을 검토한 결과, 토지와 건물의 기준시가에 따라 쟁점부동산의 양도가액을 안분한 후 쟁점건물의 공급가액을 계산한 가액과 청구법인이 쟁점건물의 공급가액으로 본 가액이 100분의 30 이상 차이가 나므로, 「부가가치세법」제29조 9항 제2호에 따라 부가가치세 과세표준을 재산정해야 하고, 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호 단서 조항 및 「부가가치세법 시행령」제64조 제2항 제2호는 쟁점거래 이후에 신설되었으므로 적용될 수 없다고 보아 청구법인에게 해명자료 제출 안내를 하였다.라.이후 처분청은 쟁점부동산의 양도가액을 토지와 건물의 기준시가에 따라 안분하여 계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 하여, 2025.6.20. 청구법인에게 2021년 제1기분 부가가치세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.마.청구법인은 이에 불복하여 2025.9.17. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점거래의 매매금액은 「부가가치세법」제29조 제9항의 실지거래가액에 해당하며, 토지의 가액과 건물의 가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니하므로, 철거가 약정된 쟁점건물의 부가가치세 과세표준은 합의된 매매금액인 OOO원으로 보아야 한다.쟁점건물은 철거가 예정되어 있던바, 청구법인과 매수인은 쟁점건물의 가액을 없는 것으로 하고 쟁점부동산 중 토지의 가액만을 매매대금으로 산정하여 거래한 것으로 보는 것이 타당하다.(가) 쟁점부동산의 양도일(2020.10.29.) 이전인 2020.3.3., 쟁점부동산 매매계약의 연대보증인인 b 주식회사는 청구법인에게 쟁점부동산에 대한 매수청약 계획안을 제출하였는데, 동 계획안에는 쟁점건물을 철거할 예정인 점이 명시되어 있으며, 매매목적물을 쟁점부동산 중 토지로 한정하고 있다. 또한 연대보증인은 쟁점부동산에 대한 실사를 요청하면서, 실사 목적을 ‘쟁점건물 철거 견적을 위함’이라고 명시한 바 있다.연대보증인은 쟁점부동산이 위치한 대구광역시의 부동산 개발업체로서 공동주택, 상업시설, 의료시설 등 다양한 분야에 개발을 주업종으로 약 10년간 사업을 이어온 시행업체이다. 연대보증인의 사업목적을 고려할 때, 노후한 쟁점건물을 취득 후 건물의 목적으로 사용 및 수익할 유인은 없으며, 쟁점건물을 철거하여 부동산 개발사업을 진행하고자 했던 것으로 보는 것이 합리적이다.매매계약으로 매매목적물의 소유권이 매수인에게 이전된 이후, 청구법인은 매매계약서 제7조(매도인과 매수인의 무상임대차계약)에 근거하여 매매목적물에 대한 점유 개정 방식으로 청구법인이 기존에 사용하던 물류창고 및 관련 사무실 등을 무상으로 임차하였다. 이는 매매목적물 양도 시점에 기존 시설을 신규 부지로 일시에 이관하기 힘든 실무적 어려움 때문에 일시적으로 발생한 것이다.

이유 2청구법인이 매매목적물 양도 이후에도 쟁점건물을 별도 대가 없이 무상으로 임차한 사실은 매수인의 입장에서 쟁점건물은 별도의 사용가치나 사용수익이 없었다는 것을 방증한다.쟁점거래 및 무상임대차계약 종료 이후, 매매계약 당시 의도에 부합하게 실제로 매수인은 2022년 쟁점건물을 철거하였으며, 2022.9.16.에 쟁점건물은 멸실 등기되었음이 확인된다.(나) 쟁점건물의 매매가액 OOO원은 매매계약의 사실관계를 반영한 정상적인 실지거래가액이다.토지와 그 토지에 정착된 건물을 양도하는 경우에 토지와 건물의 가액은 각각 공급시점에서 그 가액의 확정이 가능할 것이지만, 토지의 공급은 부가가치세가 면세되는바, 토지와 건물을 일괄공급하는 경우 토지와 건물의 각 가액을 구분하는 것은 매우 중요한 문제이다.이에 「부가가치세법」은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에는 원칙적으로 건물의 실지거래가액을 구분하여 이를 과세대상 공급가액으로 하도록 규정하고 있다.관련하여 「소득세법」 제88조 제5호는 ‘실지거래가액’을 자산의 양도 또는 취득 시 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서, 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전 및 그 밖의 자산이라고 규정한다. 또한 대법원은 양도차익 계산 시 기준이 되는 실지거래가액을 객관적 교환가치를 반영한 일반적인 시가가 아니라, 실지의 거래대금 자체 또는 거래 당시 당사자 간에 약정된 금액을 의미한다고 판시한 바 있다(대법원 2015.10.15. 선고 2011두24286 판결 등).청구법인의 경우, ① 비특수관계인 청구법인과 매수인 간 체결된 매매계약에 기재된 쟁점건물의 가액 OOO원은 이를 실지거래가액이 아닌 것으로 취급할 특별한 사정이 없고, ② 매매계약 당사자 간에 쟁점부동산의 토지와 건물 가액을 합의한 사실이 매수청약 계획안 및 매매계약서 등 관련 증빙을 통해 확인되며, ③ 매매계약서에 기재된 매매금액(OOO원)이 당사자 간 실제 거래대금이라는 점이 대금이체 내역 등 제반 증빙으로 확인된다.쟁점건물의 매매가액 OOO원은 거래 사실을 반영한 정상적인 실지거래가액이며, 쟁점건물의 가액이 불분명하다고 취급할 근거도 없다.(다) 쟁점거래는 조세회피 의도와는 무관하며 실질과세의 원칙에도 부합한다.「부가가치세법」 제6조 제1항 등에 따르면, 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급이라고 하고, 부가가치세의 성질에 비추어 그 인도 또는 양도는 재화를 사용ㆍ소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하고 있다(대법원 1999.2.9. 선고, 98두16675 판결). 또한, 대법원(대법원 1989.1.17. 선고 88누4713 판결)은 “그 건물이 장차 건물로 사용할 수 없게 되고 매수인으로서도 그것을 건물로 사용할 의도가 없었던 이상, 매매계약 당시 건물이 현존하였다고 하더라도 거기에 재화(건물)의 공급이 있었다고 인정하는 것은 사리에 맞지 아니한다”고 하여 부가가치세 취소판결을 내린 바 있다(부산지방법원 2009.6.18.

이유 3선고, 2008구합3556 판결 참조).이처럼, 건물 철거 후 토지만을 사용할 목적으로 일괄취득 후 건물은 즉시 멸실할 계획이라면 매수인의 관점에서 건물의 가치는 없으므로 일괄매수금액의 분할시 건물의 가액을 OOO원으로 합의하는 것이 사회통념상 합리적인 거래이다.특히, 부가가치세는 사업자가 공급하는 재화와 용역을 과세대상으로 하는 간접세로 부담의 주체는 매수인이며 매도자는 부가가치세를 매수인으로부터 징수하여 과세관청에 납부하므로 일괄 양도된 토지·건물 등 가액의 자의적 구분에 의한 조세회피 의도는 주로 매도인이 아닌 매수인에게 있다고 할 수 있다. 다만, 매수인이 사업자인 경우 건물 취득 후 사업용으로 계속 사용한다면 부가가치세를 매입세액으로 공제받으므로 별도의 부가가치세가 과세되지 않으니 토지와 건물의 가액을 자의적으로 구분할 실익이 적다.실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있다.청구법인과 매수인이 철거가 예정된 쟁점건물의 실지거래가액을 OOO원으로 결정한 것은 조세회피목적의 자의적 구분이 아니라 거래의 실질을 반영한 것인 바, 실질과세원칙에 따르더라도 쟁점건물의 공급가액은 합의된 매매가액(OOO원)으로 보아야 한다.(라) 청구법인의 재무제표 및 감사보고서 상 쟁점건물이 장부가액으로 계상된 사정은 쟁점건물이 매각 시점까지 유형자산으로 관리되었음을 의미할 뿐, 세법상 양도 당시 독립된 재산가치 보유를 입증하는 객관적 근거가 될 수 없다.통상 재무제표상 유형자산은 사용 여부와 무관하게 매각 시점까지 장부에서 제거되지 않는 것이며, 특히 철거 예정 건물 역시 회계상 내용연수를 경과하여 사용하지 않았다면 회계적으로는 철거 시점까지 내용연수에 따른 감가상각을 통해 장부가액을 유지하는 것이 일반적이다. 쟁점건물이 청구법인의 재무제표에 계상되어 있다는 사실은 쟁점건물의 회계적 관리상태를 나타낼 뿐, 세법상 쟁점건물이 독립된 재산가치를 보유한다는 사실을 직접 입증하는 근거가 아니다.또한 감사보고서는 외부감사인이 회계기준 준수 여부 및 장부기재의 적정성을 확인하는 것일 뿐, 쟁점건물의 존재 여부 확인 외에 세법 상 독립된 재산가치 존재를 입증할 수 있는 객관적 자료가 아니다.즉, 재무제표 및 감사보고서상 쟁점건물이 장부가액으로 계상되어 있다는 사정은 쟁점건물이 회계기준에 따라 철거 시점까지 유형자산으로 관리되었음을 의미할 뿐, 매각 당시 독립된 재산적 가치를 보유한 자산으로서 거래의 객체가 되었음을 객관적으로 입증하는 자료가 될 수 없으며, 특히 쟁점건물은 거래 구조상 철거를 전제로 한 종속적 자산에 불과하고, 매매대금 산정에도 그 가치가 반영되지 않았으므로, 단순한 장부가액 존재만을 근거로 독립된 재산가치를 가진다고 보는 것은 실질과세의 원칙에 반한다.(2) 2022.2.15.

이유 4신설되어 토지와 건물을 일괄양도 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 인정한 「부가가치세법 시행령」 제64조 제2항 2호는 과거 유권해석, 심판례 등으로 인정되던 세무관행을 명문화한 확인적·선언적 규정이므로 쟁점거래에도 적용하는 것이 타당하다.토지와 그 토지에 정착된 건물을 양도하는 경우에 토지와 건물의 가액은 각각 공급시점에서 그 가액의 확정이 가능할 것이지만, 토지의 공급은 부가가치세가 면세되는바, 토지와 건물을 일괄 공급하는 경우 토지와 건물의 각 가액을 구분하는 것은 매우 중요한 문제이다. 이에 「부가가치세법」은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에는 ① 원칙적으로 건물의 실지거래가액을 구분하여 이를 과세대상 공급가액으로 하도록 하지만, ② 사업자가 자의적으로 실지거래가액 구분하는 방법 등으로 조세를 회피할 우려가 있다는 점을 고려하여 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물등의 가액이 「부가가치세법 시행령」 제64조 제1항에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조 제1항에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 하고 있다. ③ 다만, 사업자가 구분한 실지거래가액을 인정할 만한 정당한 사유가 있는 경우에는 실지거래가액을 인정하는데, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우, 또는 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우가 이에 해당한다. ③의 내용은 2022년 「부가가치세법 시행령」 개정 시 명문화되었는데 당시 개정취지는 “토지 및 건물 등에 대한 과세기준 합리화”였다.한편, 2022년 개정 이전에도 관련 유권해석 내지 심판례에서는 거래의 외형은 일괄공급이지만 건물의 철거가 예정되어 있어 거래의 실질이 토지의 양도인 경우, 이와 같은 거래의 실질을 인정하여 토지거래가액을 거래가액으로 인정해왔다.＜표1＞ 관련 유권해석 및 선결정례즉, 상기 유권해석 및 심판례는 2022년 개정 전 사례이나 2022년 개정 내용과 그 취지 및 해석을 같이 하고 있다.조세법령 개정에 따른 신설 또는 개정 규정이, 당해 신설·개정 규정이 없더라도 종래에 해석상 당연히 인정되는 내용을 담고 있는 확인적·주의적 성격의 규정인지, 아니면 당해 신설·개정 규정으로 말미암아 새로운 조세법률관계가 형성되는 내용을 담고 있는 창설적·형성적 성격의 규정인지에 관하여 구체적 쟁송에서 납세의무자와 과세관청 간에 다툼이 되는 경우가 있다.이 사건의 경우 2022년 개정 전 유권해석과 심판례에 비추어 판단컨대, 2022.2.15. 신설되어 토지와 건물을 일괄양도 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 인정한 「부가가치세법 시행령」 제64조 제2항 2호는 과거 유권해석, 심판례 등으로 인정되던 세무관행을 명문화한 확인적·선언적 규정이므로 쟁점거래에도 적용가능한 것으로 보는 것이 타당하다.(3) 청구법인은 이 사건 처분 이전에 쟁점거래에 대한 세무조사를 수검한바, 이 사건 처분은 중복조사금지의 원칙을 위반하여 위법하다.(가) 「국세기본법」 제81조의4 제2항에 따르면, 세무공무원은 일정한 법정 사유가 있는 경우를 제외하고는 ‘같은 세목 및 같은 과세기간’에 대하여 재조사를 할 수 없다.

이유 5이는 동일 세목 및 동일 과세기간에 대하여는 원칙적으로 세무조사를 1회 실시하고 중복세무조사를 불허함으로써 세무조사권이 남용되는 것을 방지하고 납세자의 영업의 자유를 보호하기 위한 취지이며, 중복조사에 기한 과세처분은 위법한 것으로 취급된다.관련하여 대법원은 설사 신고내용의 검증을 위한 자료 조사가 중심이었다고 하더라도 감사지적에 따른 조사는 중복된 세무조사라는 입장(대법원 2018.6.15. 선고 2018두36394 판결)이며, 「국세기본법」에 따라 금지되는 재조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 이는 과세관청이 그러한 재조사로 얻은 과세자료를 과세처분의 근거로 삼지 않았다거나 이를 배제하고서도 동일한 과세처분이 가능한 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니라고 판시(대법원 2017.12.13. 선고 2016두55421 판결)한바 있다.또한, 「국세기본법」상 중복세무조사의 예외적 허용 사유인 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’와 관련해, 대법원은 ‘종전 세무조사에서 이미 조사된 자료’를 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’에서 제외한 바 있다(대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결).청구법인의 경우, ① 쟁점거래는 2020년 체결된 계약을 토대로 2021년에 종결되었던바, 2022년 대구지방국세청에서 수행한 세무조사 당시 쟁점부동산의 안분과 관련한 부가가치세 과세 여부에 대해 이미 세무조사를 수행하였고, 청구법인은 관련 증빙을 제출하며 충분한 소명을 하였던바, 쟁점거래에 대한 세무조사가 이미 실행되었다고 봄이 타당하고, ② 감사지적에 따른 조사는 중복된 세무조사이나 ③ 청구법인의 경우 「국세기본법」이 재조사를 허용하는 예외 사유(「국세기본법」 제81조의4 제2항, 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 등)에 해당한다고 볼 수 없는바, 재조사로 얻은 과세자료를 근거로 이 사건 처분이 이뤄졌는지, 재조사 자료는 제외하더라도 이미 확보한 자료만으로도 같은 과세처분을 내릴 수 있었는지를 따질 필요도 없이 이 사건 처분은 중복조사 금지원칙에 위반한 것으로, 그 자체로 위법하다.(나) 처분청은 이 사건 처분이 감사원의 지적사항에 따라 이루어진 것으로 ‘단순히 신고내용의 적정성을 확인하고자 해명안내를 하여 소명자료를 요구한 것에 불과’하므로 중복세무조사 금지 원칙이 적용될 수 없다는 의견이나, 처분의 근거가 된 처분청의 자료요청 및 질의는 그 목적과 실시경위, 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료가 ‘실질적으로 과세표준과 세액을 결정’하기 위한 것이었고, 동 건 자료요청 및 질의 이후 실제 과세처분이 이루어진 점을 고려할 때, 사실상 ‘실질적 질문조사권을 행사한 경우’와 다를 바 없다.처분청의 해명안내 이후 청구법인은 당초 2022년 수행된 세무조사에서 본 거래와 관련하여 당시 조사팀에 소명한 자료와 설명 내용을 포함한 자료를 제출한바 있고, 관련 계약서 사본을 함께 제출하였을 뿐만 아니라, 별도로 구두 설명을 통해 이미 해당 쟁점이 세무조사에서 검토되었으나 별도 과세 없이 종결된 바 있음을 수차례 설명한 바 있다.

이유 6단순히 소명자료를 요구하였거나 적정한 수정신고를 위한 안내를 위한 목적이라고 한정하기 보다는, 추가적이고 실질적인 질문조사권을 행사한 것으로 보는 것이 타당하다.(다) 이미 조사된 사안에 대하여 재조사를 하여 이 건 처분은 한 것은 신의성실 원칙을 위반한 것이다.청구법인의 경우, 2022년 세무조사에서 쟁점거래에 대해 이미 검토가 되어 과세 없이 종결된 바, 쟁점거래의 세무상 적절성에 대해 신뢰하였고, 쟁점거래와 관련해서는 추가검토 내지 수정신고 등을 진행하지 않았고, 이와 같은 청구법인의 부작위는 2022년 세무조사 수검결과에 기인한다. 그런데 이 사건 처분은 2022년 세무조사에서 이미 검토 및 종결된 사항을 동일 사실관계에 근거해 과세하는 것으로 청구법인의 신뢰를 저버리는 과세권 행사라고 할 수 있다.즉, 쟁점거래는 2022년 세무조사의 조사 범위에 포함되었는데 당시 과세당국은 질문조사권을 행사하여 계약 체결 경위, 대금 지급 과정, 사후 처리까지 구체적으로 검토하였고, 그 결과 아무런 과세처분 없이 조사를 종결한바, 이는 쟁점거래에 대해 과세하지 않겠다는 과세관청의 묵시적인 공적 견해표명에 해당한다. 청구법인은 2022년 세무조사 과정에서 모든 관련 사실과 자료를 성실히 제공하였으므로, 상기와 같은 과세관청의 견해표명에 대한 신뢰 형성에 어떠한 귀책사유도 없음에도 처분청이 세무조사가 종결된 지 3년여가 지난 후 동일한 사실관계를 전제로 기존의 공적 견해표명을 번복하여 과세하는 것은 중복세무조사 금지 원칙에 반할 뿐만 아니라, 과세관청 스스로 형성한 납세자의 신뢰를 저버리는 것이다.(4) 설사 쟁점거래가 처분청의 의견대로 부가가치세 신고 및 세금계산서 발행 대상 거래라 하더라도, 쟁점거래에는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로 납부지연가산세는 부과되지 않아야 한다.「국세기본법」 제48조 제1항 2호는 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있을 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.세법상 가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 법에 정한 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무이행 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있는 것으로 해석되고 있다.청구법인의 경우, 이 사건 처분으로부터 약 3년여 앞선 2022년 시행된 세무조사 과정에서 이미 대구지방국세청에 의하여 쟁점거래에 대한 검토가 이루어진 바 있다.대구지방국세청은 2022.5.17. 쟁점거래 관련 서류 및 협의가격 산정근거의 제출을, 2022.5.18. 쟁점거래 관련 매수인의 매수의향서 및 감정평가 자료의 제출을 각각 요청하며 쟁점거래에 대한 해명을 요구하였다. 이에 청구법인은 2022.5.17.부터 2022.5.25.까지 4차례에 걸쳐 매매계약서, 관련 법령 및 선결정례, 매수인의 매수의향서 및 외부 감정평가법인의 감정평가서를 제출하여 성실히 소명하였으며, 그 결과 쟁점거래는 과세 없이 검토가 종결되었다.＜표2＞ 세무조사 수검 당시 요청 및 제출 자료 목록청구법인은 이 사건 처분에 의해 2025년 7월 현재 OOO원에 달하는 납부지연가산세를 부담하게 되었는데, 만약 2022년 세무조사 당시 쟁점거래가 과세사례로 적출되었다면, 납부지연가산세는 현저히 줄어들었을 것이다.