무신고가산세 및 세금계산서미발급가산세 면제의 정당한 사유가 있는지 여부 등

요지사업자등록 신청에도 처분청이 현장확인을 하지 않은 채, 상당한 기간 부가가치세 납세 등에 대한 안내가 없었으므로 청구인으로서는 면세사업자에 해당한다고 인식할 수 있었고, 당시 상인들이 수입산 생화를 매입하여 판매한 것은 면세라고 인식할 수 있었으므로 부가가치세 신고의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있음

주문반포세무서장이 2025.1.6. ＜별지1＞ 기재와 같이 청구인에게 한 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분은,1.「국세기본법」 제47조의2에 따른 무신고가산세 및 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호에 따른 세금계산서미발급가산세를 부과하지 않는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

이유가.청구인은 2016.9.27. 서울특별시 서초구 OOO에서 ‘A’이라는 상호로 국내산 생화(화훼) 도·소매업을 영위하는 부가가치세 면세사업장(이하 “쟁점면세사업장”이라 한다)을 영위하면서, 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간 중 청구인의 배우자인 B이 “고은플라워”라는 상호로 수입산 생화 도매업 등을 영위하는 부가가치세 과세사업장(이하 “배우자과세사업장”이라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원 상당의 수입산 생화를 공급받고(이하 “쟁점거래”, 해당 수입산 생화를 “쟁점재화”라 한다) 이에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”, 관련한 부가가치세를 “쟁점매입세액”이라 한다)를 발급받았고 매출처에 부가가치세 면세로 공급하면서 계산서를 발급하였다.＜표1＞ 쟁점거래 내역○○○나.구리세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.29.∼2024.10.18. 기간 중 청구인에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점면세사업장에서 부가가치세 과세대상인 쟁점거래를 하였음에도 관련한 부가가치세 신고를 무신고한 것으로 보아 처분청에게 2024.9.27. 부가가치세 과·면세사업자의 등록을 의뢰하고 2024.11.26. 관련한 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2024.9.27. 청구인에 대한 부가가치세 과·면세사업자 등록(이하 “쟁점과·면세사업자”, 그 사업장을 “쟁점과·면세사업장”이라 한다)을 하고 2025.1.6. 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 2019년 제1기∼2023년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점거래에 관한 공급가액 합계 OOO원 및 부가가치세 OOO원을 각각 매출과세표준 및 매출세액으로 하여 청구인에게 ＜별지1＞ 기재와 같이 같은 기간의 부가가치세 합계 OOO원(세금계산서미발급가산세 및 무신고가산세 각 OOO원 등 가산세 합계 OOO원 포함)을 각각 결정·고지하였다.＜표2＞ 쟁점거래에 관한 부가가치세 매출 과세표준 및 매출세액 내역○○○다.청구인은 이에 불복하여 2025.3.4. 이의신청을 거쳐 2025.8.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 사실상 하나의 공동사업으로 보아 쟁점매입세액을 쟁점과·면세사업자의 매출세액에서 공제하는 등 이 건 과세처분의 매출세액과 세액을 경정하여야 한다.(가) 아래와 같은 법리 및 사실관계 등에 감안하면 쟁점거래에 관련하여 2개의 사업자등록이 되어 있으나 사실상 1개의 공동사업을 하고 있으므로 그 실질에 따라 「부가가치세법」을 적용하여 쟁점매입세액을 쟁점과·면세사업자의 매출세액에서 공제하여야 한다.1) ①부부간에는 공동사업을 하면서 공동사업의 약정을 할 것을 기대하기 어려우므로 부부간 공동사업의 실질이 인정되는 경우 해당 약정이 없더라도 공동사업으로 인정될 수 있고 특별한 사정이 없는 한 각 50%씩 기여한 것으로 볼 수 있으며(조심 2017전3462, 2017.12.29., 같은 뜻임), ②면세사업장인 본사와 과세사업장인 지점의 사업이 실질적으로 연계되어 있는 경우 본사를 과·면세 겸영사업장으로 보아 본·지점 간의 귀속이 불분명한 매입세액의 안분 공제가 가능하다 할 것이다(국세청 부가 46015-534, 1996.3.20., 같은 뜻임).③한편 이러한 법리에도 불구하고 별도로 사업자등록한 사업장을 구분해야 한다 하더라도, 「부가가치세법」 제37조에 따른 전단계세액공제의 취지에 따르면 과세대상 재화에 대한 매입세액을 사업자 간의 거래과정에서 공제함이 타당하다 할 것이다.

이유 2또한 ④과세사업자가 자신의 공급 용역의 성격을 면세사업으로 오인하여 면세사업자로 사업자등록정정신고를 하고 과세관청이 그 수리를 거부하지 않아서 면세사업자의 사업자등록증을 발급받은 경우 해당 사안이 사업자등록정정신고 및 사업자등록 말소의 각 사유에 해당되지 않을 뿐만 아니라 해당 사업자가 계속하여 과세사업을 영위하고 있다면 특별한 사정이 없는 한 이로 인하여 과세사업자로 적법하게 등록된 지위가 박탈된다거나 위 사업자등록정정 신고 이후에 발생한 매입세액이 사업자등록 전의 매입세액에 해당한다고 볼 수 없다(사업자등록은 단순한 사업사실의 신고로서 그 신청서의 제출로 성립하고, 과세관청의 사업자등록증 교부 또는 사업자등록 말소는 등록사실의 증명 또는 폐업사실의 기재에 불과할 뿐 그 자체로 인해 사업자로서의 지위 변동이 생기지 않는다) 할 것이다(대법원 2025.7.3. 선고 2022두33637 판결, 같은 뜻임). ⑤나아가 사업자 개인이 대표이사로 재직 중인 법인이 타인의 명의로 사업자등록을 한 경우로서 그 실질사업자 명의로 부가가치세를 경정할 때 그 명의자가 발급받은 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않는 것은 매입세액의 공제 여부가 개인사업자인지 아니면 법인사업자인지 여부에 따라 달라지는 것이어서 부가가치세의 전제가 되는 사업별 과세원칙과 대물세 성격인 부가가치세제의 근간이 훼손되는 점, 관련한 거래가 실제로 있고 이에 대한 부가가치세의 신고·납부가 정상적이라면 위 세금계산서상 ‘공급받는 자의 상호와 성명’은 임의적 기재사항인 점 등을 감안하면 명의위장사업자에 대한 부가가치세의 경정시 관련한 세금계산서 상의 매입세액을 공제하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2016전1026 합동회의, 2016.9.30., 같은 뜻임).2) 청구인은 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장이라는 2개의 사업자등록을 하여 쟁점거래에 대하여 각각 부가가치세 등 제세신고를 하였으나, 배우자 B과 더불어 국내산·수입산 생화를 공동으로 매입·판매하였으므로 쟁점거래를 독립적인 사업장 간의 거래로 볼 수 없다.①㉠청구인은 2016.9.27. 쟁점면세사업장을 개업하여 국내산 생화(부가가치세 면세 대상)를 판매하던 중, 청구인의 배우자 B이 지인의 소개로 콜롬비아산 생화(부가가치세 과세대상)를 수입하게 되어 2018.12.28. 배우자과세사업장을 개업하게 되었는데, 쟁점면세사업장은 국내산 생화만을 당일 입고하여 판매할 수 있는 구조(면적이 좁고 보관시설과 상가벽이 없다)였던 반면에, 배우자과세사업장은 수입산 생화(쟁점재화)만을 입고하여 장기 보관할 수 있는 구조(냉장창고를 둘 만큼 충분한 면적이 있다)였다. ㉡국내산 생화는 매출처인 도매상으로부터 생산자(농민 또는 조합)로부터 공급받은 물량(쟁점면세사업장이 소재한 강남고속터미널 상가 내 유통되는 물량 포함)을 공급받아 당일 판매하는 등 쟁점면세사업장에서만 매입과 매출이 발생하는 반면에, 수입산 생화는 주문·통관·이송·보관 업무의 경우 배우자과세사업장에서 이루어지고 오직 판매만을 쟁점면세사업장에서 하였으나(국내산·수입산 생화 모두 예약을 받아 판매한다), 그 매입 및 매출은 청구인과 배우자가 공동으로 하였다.

이유 3이러한 사업장의 구조, 매입·매출의 과정 등을 감안할 때 배우자과세사업장은 쟁점면세사업장에 쟁점재화를 보관하는 창고에, 쟁점면세사업장은 국내산 생화와 더불어 배우자과세사업장에서 반출한 쟁점재화를 판매하는 판매장에 각각 해당하여 실질적으로 서로 연계되어 있고, 청구인과 배우자 B은 생계를 같이하는 부부로서 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장이라는 공동사업에서 쟁점재화 등의 판매과정을 분담(쟁점재화의 매입·보관은 주로 배우자가, 쟁점재화와 국내산 생화의 판매는 청구인과 배우자가 공동으로 수행한다)하는 공동사업자로 보아야 한다.②청구인은 쟁점거래의 형식에 맞춰 쟁점거래의 대금(쟁점세금계산서의 공급대가)을 청구인 명의의 예금계좌에서 배우자 B 명의의 예금계좌로 이체하여 지급하였으나, 아래 ＜표3＞ 기재와 같이 그 이체금액이 쟁점거래의 대금과 서로 일치하지 않음을 감안하면 쟁점거래가 독립적인 경제주체 간의 거래가 아님이 뒷받침된다.＜표3＞쟁점거래 대금과 청구인이 배우자 B에게 이체한 금액의 차이 내역○○○3) 쟁점재화는 전량 배우자과세사업장이 수입하여 쟁점면세사업장에게 매출(쟁점거래)한 것이나 배우자가 쟁점세금세산서상의 매출세액에 관한 부가가치세 신고시 세관장이 발급한 수입세금계산서로 매입세액을 공제받았는데, 청구인(쟁점면세사업장)은 쟁점재화를 면세로 매출하였으므로 쟁점매입세액을 공제받을 필요가 없었다. 그러나 아래 ＜표4＞ 기재와 같이 조사청의 세무조사로 쟁점재화가 부가가치세 과세대상이 되어 관련한 매출세액을 부가가치세 매출과세표준으로 하였음에도 쟁점매입세액을 공제하지 않았는바, 과세관청이 쟁점거래에 관련한 매출세액은 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장에게 중복하여 과세하였음(동일한 쟁점재화 매출에 대한 중복 과세)에도 관련한 매입세액은 배우자과세사업장에서만 공제함으로써 쟁점면세사업장에 대한 쟁점매입세액의 불공제만큼 징벌적 과세처분이 되었다.＜표4＞ 이 건 과세처분 후 쟁점재화에 대한 부가가치세 과세 현황○○○4) 청구인은 2000.8.23. OOO 상가 내 다른 호실에서 국내산 생화의 공급에 관한 면세사업자 등록을 하였다가, 2016.3.4. 수입산 생화의 수요 증가에 착안하여 과·면세사업자의 등록을 하면서 위 면세사업자를 폐업하였는데, 2016.9.27. 수입상을 제외한 판매상의 사업자등록 관행(수입생화를 취급하면서도 면세사업자로 등록하였다)에 따라 과세관청에 다시 면세사업자로 전환하는 사업자등록정정 신고를 하여 수리되었음에도 계속하여 국내산 생화와 쟁점재화 등 수입산 생화를 판매하였는바, 설령 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장의 사업자등록 사실을 엄격하게 보아야 한다 하더라도, 「부가가치세법」 제37조에 따른 전단계세액공제 및 대법원 2025.7.3. 선고 2022두33637 판결의 각 취지를 감안하면 위 2016.9.27.

이유 4사업자등록정정 신고에 따른 면세사업자 전환(쟁점면세사업장 관련)에도 불구하고 청구인의 과·면세 겸업사업자의 지위가 변경된 것으로 보아 쟁점매입세액을 부인할 수는 없다 할 것이다.5) 청구인이 쟁점거래와 관련하여 과세사업자로 사업자등록을 하였는지 여부보다는 쟁점거래를 실제로 하면서 쟁점세금계산서를 발급받았고 이에 관한 제세신고(공급대가에 관한 면세수입금액 신고)를 정상적으로 한 점을 감안하면 처분청이 쟁점거래를 부가가치세 과세대상으로 보아 이 건 과세처분을 할 때 쟁점매입세액을 쟁점세금계산서상 공급가액으로 산출한 매출세액에서 공제하는 것이 사업장별 과세원칙 및 대물세 성격의 부가가치세제에 부합하다 할 것이다.(나) (예비적으로) 무신고가산세 및 세금계산서미발급가산세의 부과는 부당하다.1) 앞서 제시한 대로 청구인이 2000년 생화 판매업의 개업 당시에는 국내산 생화만을 취급하는 전형적인 면세사업자였으나 2016.3.4. 수입산 생화의 수요 증가에 따라 과·면세 겸업사업자의 사업자등록을 하였다가, 다른 사업자의 사례(면세사업자로 등록한 상태에서 부가가치세 과세대상인 수입산 생화를 취급하였다)에 따라 계속하여 과·면세 사업을 겸업하고 있었음에도 2016.9.27. 조세포탈의 의도 없이 단순한 착오로 다시 면세사업자로 사업자등록정정(쟁점면세사업장 관련)만을 한 것인바, ①위 2016.9.27. 사업자등록정정은 청구인의 사업 내용 변경 없이 계속하여 부가가치세 과·면세 사업을 하면서 청구인이 쟁점면세사업장의 수입금액에 쟁점거래의 공급대가를 포함한 점, ②앞서 제시한 국세청 예규(부가 46015-534, 1996.3.20.)에 따르면 과세사업자가 착오로 면세사업자로 사업자등록정정 신고를 한 경우 공통매입세액의 공제를 받을 수 있음에도 면세사업자가 착오로 과·면세 사업자의 사업자등록정정을 하지 않았다 하여 매입세액의 공제를 전혀 받을 수 없다고 보는 것은 과세형평상 불합리한 점, ③「소득세법」 제168조에서 「부가가치세법」상 과세사업자의 등록을 한 경우 「소득세법」상 면세사업자의 등록을 한 것으로 보도록 하였으면서 면세사업자로 등록한 경우 매입세액 공제 등 부가가치세 과세사업자로서의 지위를 전혀 인정하지 않는 것은 과도한 점 등에 비추어, 이 건 과세처분시 무신고 가산세를 부과한 것은 부당하다.2) 「소득세법」 제163조 제6항에서 세금계산서를 발급한 거래분에 대해서는 계산서를 발급한 것으로 보도록 규정함으로써 면세사업자가 착오로 세금계산서를 발급하더라도 계산서미발급가산세의 부과 대상에서 제외되나, 과세사업자가 계산서를 발급한 경우에는 해당 계산서에 부가가치세액을 제외한 필요적 기재사항(거래의 일자, 당사자, 품목, 공급가액)이 모두 기재되어 있음에도 위 「소득세법」상 예외규정을 두고 있지 않아서 세금계산서미발급가산세가 부과되어서 부가가치세 과·면세 사업자 유형에 따라 불공평한 과세처분이 이루어진다 할 것인바, 청구인이 쟁점거래와 관련하여 계산서를 발급하였고 해당 계산서가 쟁점거래에 관한 거래증빙으로서의 기능을 할 수 있었다 할 것이므로 이 건 과세처분시 세금계산서미발급가산세를 부과한 것은 부당하다.(2) 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 각각 독립된 사업장으로 보아야 한다면 쟁점거래는 내부거래로서 제거되어 배우자과세사업장에서 한 것이므로 쟁점거래를 쟁점면세사업장과 무관한 것으로 보아 이 건 과세처분의 매출세액과 세액을 경정하여야 한다.「부가가치세법」상 사업자는 독립하여 재화 또는 용역을 공급하는 자로서 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속·반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자라 할 것이다(대법원 1987.3.24.

이유 5선고 86누489 판결 등, 같은 뜻임). 청구인과 청구인의 배우자 B이 각각 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장의 사업자등록을 하고 별도의 사업장을 갖춘 것 등을 이유로 사실상 1개의 공동사업을 한 것으로 보아 이 건 과세처분시 쟁점과·면세사업장에 대한 매출세액에서 공제할 수 없다면 쟁점거래는 배우자과세사업장이 단독으로 수행한 것으로서 쟁점면세사업장과는 무관한 것으로 보아야 한다. 이러한 사실은 ①앞서 제시하였듯이 청구인의 쟁점면세사업장에서는 국내산 생화를 매입·판매하고, 청구인 배우자 B의 배우자과세사업장에서 수입산 생화를 매입·보관할 수 있는 시설(창고, 냉장시설 등)을 갖추고 청구인의 쟁점면세사업장을 빌려 그 판매를 한 것으로 볼 수 있는 점, ②쟁점거래는 특수관계인 간의 내부거래에 해당하는 점, ③쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 별도로 사업자등록한 것은 쟁점면세사업장이 소재한 강남고속터미널 상가의 임대정책의 영향도 있었던 점(계약당사자의 생화 판매만 가능하여 업종의 추가·변경하거나 사업자의 추가가 어렵다) 등을 통해 뒷받침되므로, ‘세관장 - 배우자과세사업장 - 쟁점면세사업장 - 매출처’의 거래흐름에서 내부거래인 쟁점거래(배우자과세사업장 - 쟁점면세사업장)를 제거하여 쟁점재화의 매출세액과 그 매입세액은 오직 배우자과세사업장의 매출과세표준에 산입하고 매출세액에서 공제되어야 한다(청구인은 이 건 세무조사 이후 쟁점재화의 매입과 매출에 관한 부가가치세 등 제세신고는 배우자과세사업장에서만 하고 있다).나. 처분청 의견(1) 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장은 각각 독립된 사업장인바 쟁점과·면세사업자 등록 전의 쟁점매입세액을 쟁점거래의 매출세액에서 공제할 수 없으므로 이 건 과세처분은 적법·정당하다.(가) 쟁점과·면세사업자 등록 전의 쟁점매입세액은 쟁점거래의 매출세액에서 공제할 수 없다.부가가치세 면세사업자로 등록한 경우 부가가치세의 납세의무가 있는 사업자의 사업자등록을 한 것으로 볼 수 없고 면세사업자로 사업자등록을 하고 있던 기간 중에 발생한 매입세액은 ‘과세사업자로 사업자등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하여 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며(대법원 2004.3.12. 선고 2002두5146 판결, 같은 뜻임), 사전에 공동사업을 약정했다는 증거가 없고, 사업자등록 및 제세신고 등의 형식적 요건을 갖추지 못하였으며, 실질 내용상으로도 가족의 노동력을 투입하여 영업을 한 것일 뿐 각자의 자본을 투입한 경우에는 ‘각자 별도의 사업자’로 보는 것이 타당하다(서울행정법원 2018.11.1.

이유 6선고 2018구합60335 판결, 같은 뜻임).①청구인과 B은 각각 쟁점면세사업장 및 배우자과세사업장의 사업자등록을 하였을 뿐 이들 사업장을 공동으로 영위한다는 약정을 체결한 사실이 없는 점, ②조사청의 조사 당시 청구인에 대한 문답서에 따르면 청구인은 쟁점면세사업장의 실제 사업주일 뿐 배우자과세사업장의 실제 사업자는 청구인의 배우자인 B이 자신의 자금으로 운영한다는 취지로 진술하였고, 청구인과 B이 위 조사 당시 조사청에 제출한 확인서에 따르면 청구인은 쟁점면세사업장에서 청구인 본인 소유의 컴퓨터를 이용하여 쟁점거래와 관련한 매출계산서를, B은 배우자과세사업장에서 B 본인 소유의 컴퓨터를 이용하여 쟁점세금계산서를 각각 작성·발급하였다고 확인한 점 등을 감안하면, 청구인과 B은 쟁점면세사업장과 배우자과세사업장을 각각 별도로 운영한 것으로 봄이 타당하므로, 청구인이 쟁점면세사업장의 운영 기간 동안 발생한 쟁점매입세액은 ‘「부가가치세법」 제39조 제1항 제8호에 따른 사업자등록을 하기 전의 매입세액’에 해당하므로 처분청이 직권등록한 쟁점과·면세사업자의 매출세액에서 공제할 수 없다.한편 청구인은 ‘대법원 2025.7.3. 선고 2022두33637 판결’을 근거로 청구인이 2016.9.27. 종전의 부가가치세 과·면세 겸영사업자로 사업자등록되어 있던 것을 면세사업자(쟁점면세사업장 관련)로 사업자등록정정한 것에 불구하고 실제 부가가치세 과·면세 겸영 현황을 감안하여 이 건 과세처분시 쟁점매입세액을 공제하여야 한다고 주장하나, 위 판례는 당초 매입세액 공제를 받을 수 있는 과세사업자가 착오로 면세사업자로 사업자등록정정 신고를 한 사안이어서 쟁점거래 전부터 매입세액 공제를 받을 수 없는 면세사업자(쟁점면세사업장 관련)로 사업자등록되어 있었던 이 건에 적용할 수 없는 점(청구인은 쟁점거래의 기간 중에 과세사업자에서 면세사업자로 사업자등록정정된 것이 아니라 그 전인 2016년부터 면세사업자로 사업자등록되어 있었다) 등을 감안할 때, 쟁점매입세액은 청구인이 면세사업자로 등록한 기간 중 발생한 매입세액으로 「부가가치세법」상 사업자등록 전의 매입세액에 해당하므로 공제할 수 없다(대법원 2004.3.12.