쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

요지처분청의 상표권 사용 계약 허위성에 관한 입증이 상당하고,청구법인은 쟁점계약 체결일로부터 2개월이 경과하기 전에 계약 해지를 통보하였으며, 상표권을 활용하여 제품 제조 및 판매를 한 사실이 없으므로 실물거래 없이 수수한 세금계산서로 봄이 타당함

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2000.4.26. 설립되어 전자어음수표 유통발행업, 금융지원서비스업 등을 영위하는 법인으로, 2005.1.1.부터 현재까지 사단법인 금융결제원(이하 “쟁점법인”이라 한다)과 함께 전자어음사업을 영위하면서 수수료 수익을 쟁점법인으로부터 수취하고 있다.나. 청구법인은 2019년 제1기부터 2023년 제2기까지의 과세기간에 대한 부가가치세 신고 시 과세매출로 반영한 수수료 수익 OOO원(이하 “쟁점수수료”라 한다)은 공동사업의 영업에서 발생한 이익금을 분배한 것으로, 「부가가치세법」 제4조에 따른 재화 또는 용역의 공급에 해당하지 아니하거나, 같은 법 시행령 제40조 제2항에 따른 부가가치세가 면세되는 금융·보험 용역과 같거나 유사한 용역을 수행하면서 수취한 대가에 해당하는 것으로 보아, 부가가치세 합계 7OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 2024.7.23.에 제기하였으나, 처분청은 2024.12.5. 위 경정청구를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.28. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점수수료는 쟁점법인에 대한 용역제공의 대가가 아니라 청구법인과 쟁점법인의 공동사업인 전자어음사업에서 발생한 이익인 전자어음이용 수수료를 공동사업자 간에 배분한 것이므로, 이는 공동사업자간 내부정산에 불과하여 부가가치세 과세대상이 아니다.(가) 「부가가치세법」에 의하면, 부가가치세는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 과세하고, ‘용역’이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무와 그 밖의 행위를 말하며, ‘용역의 공급’이란 계약상·법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 역무를 제공하는 것 또는 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것을 의미한다.따라서 공동사업자들이 최종 소비자에게 함께 용역을 제공하고 그 사업에서 얻는 소득을 분배하는 ‘공동활동’은 어느 한 당사자로부터 소득을 분배받는 형식을 취하였을 뿐, 실제로 공동사업자들 사이에 어떠한 용역이 제공되었다고 볼 수 없다. 여기서 ‘공동활동’이란 서로 다른 둘 이상의 사업자가 공동의 목표를 위하여 특정한 활동을 수행하는 것을 의미한다. 공동활동은 「민법」상 조합계약과 유사하다고 볼 수 있으며(대법원 2006.6.16. 선고 2004다7019 판결 등), 손익분배는 당사자가 따로 정하지 않은 경우 그 비율은 이익과 손실에 공통된 것으로 추정한다. 이러한 공동활동에 따른 분담금에 대해서는 부가가치세 과세대상이 아니라는 것이 일관된 과세실무이자 조세심판원(조심 2013서3138, 2013.12.31.)의 입장이다.대법원 역시 같은 취지에서 두 사업자가 공동으로 건설한 뉴스전광판을 이용하기 위하여 전광판 소유자가 먼저 지출한 건설비용의 일부를 후에 정산하는 금액의 흐름은 재화나 용역의 공급에 해당하지 않으므로, 부가가치세를 계산하기 위한 세금계산서의 수수가 없어야 한다고 판시하고 있다(대법원 2007.9.20.

이유 2선고 2005두11036 판결 참조).(나) 「소득세법」은 공동사업에 대하여 ‘사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 사업’이라 규정하고, 「국세기본법」 기본통칙은 ‘공동사업이라 함은 그 사업이 당사자 전원의 공동의 것으로서, 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대하여 이해관계를 가지는 사업’이라고 명시하고 있다.나아가 「소득세법」은 경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 출자공동사업자가 있는 공동사업을 공동사업의 범위에 포함시키고 있고, 「상법」은 당사자의 일방이 상대방의 영업을 위하여 출자하고 상대방은 그 영업으로 인한 이익을 분배할 것을 약정하는 형태의 공동사업을 익명조합이라고 하여 허용하고 있다. 따라서 공동사업의 핵심적인 징표는 공동출자와 손익분배라고 볼 수 있다(대전지방법원 2015.7.9. 선고 2014구합100985 판결 등).이때 하나의 사업에 참여한 당사자들 간 공동사업에 관한 권리의무가 실질적, 경제적으로 공동으로 귀속하게 되는 것인지를 판단함에 있어서는 당사자들의 사업자등록, 소득세 신고 내용 등의 형식과 출자에 이르게 된 사정과 출자 여부, 손익의 귀속관계, 경영에의 참가 여부, 당해 사업의 운영형태 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2009.3.12. 선고 2009두744 판결, 서울고등법원 2008.11.28. 선고 2007누32039 판결 등 참조).그렇다면 공동사업의 핵심적인 징표는 공동출자와 손익분배라고 볼 수 있고, 이는 형식이 아니라 실질에 따라 판단하여야 한다.

이유 3따라서 처분청 의견과 같이 형식상 공동사업자로 사업자등록을 하였는지 여부만을 가지고 공동사업 여부를 판단하는 것이 아니다.최근 조세심판원 역시 건물과 토지를 공동으로 소유하면서 공동으로 임대사업을 영위하고 있는 공동사업자들이 내부규약에서 정한 바에 따라 토지 지료를 배분한 것이 공동사업자간 내부정산에 불과하여 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는지 여부가 쟁점인 사안에서 공동사업자 등록이라는 형식이 아니라 공동사업의 실질에 따라 판단한 바 있다(조심 2025서739, 2025.9.17).위 선결정례에서 과세관청은 배분한 지료가 공동사업의 정산금이 되기 위해서는 건물과 토지를 합쳐서 공동사업약정서를 작성하고 하나의 사업자등록을 하여야 하는데, 건물과 토지에 대해 별도로 공동사업약정을 체결하고 별도로 사업자등록을 하였다는 이유로 위 지료 배분은 공동사업에 따른 수익배분이 아니라 토지 소유자가 건물소유자에게 제공한 별개의 토지임대용역 대가로 보아 부가가치세 과세처분을 하였다.이에 대해 조세심판원은 ‘형식’이 아닌 ‘실질’에 입각하여 ① 공동사업자들은 토지 및 건물을 동시에 소유하면서 토지 및 건물 전체에 대한 임대료를 받고 있고, 토지 소유자들 및 건물소유자들 간에 토지 임대에 따른 대가를 별도로 수수하지 않음에 따라 규약에서 정한 토지 지료는 공동사업자들 내부적으로 손익을 분배하기 위한 기준에 해당하는 것으로 보이고, ② 하나의 사업을 영위하는 공동사업장 안에서 부가가치세 과세대상 용역이 제공되었다고 보기 어렵다는 등의 사정들을 고려하여 청구인들이 공동사업자에 해당함을 전제로 토지 임대에 따른 지료 배분은 공동사업자간 정산금에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아니라고 결정한 바 있다.이러한 조세심판결정의 취지에 비추어 보면, 공동사업자 등록 유무는 세법상 공동사업자 해당 여부 및 공동사업자간 수익배분 여부를 판단 함에 있어 절대적 기준이 아님을 알 수 있다.(다) 청구법인은 쟁점법인과 전자어음 공동사업을 영위하기 위하여 전자어음관련 특허기술을 출자하고, 각자의 업무를 정하여 공동으로 사업을 경영하면서, 전자어음사업 관련 손익을 분배하는 한편, 사업상 위험을 공동사업자인 쟁점법인과 공동으로 부담하면서 전자어음 사업의 성공여부에 대해 공통의 이해관계를 가지고 있는바, 청구법인과 쟁점법인은 전자어음 사업을 공동으로 영위하고 있다.전자어음관리업무는 법무부장관으로부터 전자어음관리기관으로 지정 받은 자만 할 수 있는데, 그 지정 요건으로 전자어음을 취급할 수 있는 기술이나 장비를 보유하고 있거나 그러한 시설 및 장비를 보유하고 있는 자(전자어음기술지원사업자)와 사용계약을 체결하여야 한다. 따라서 전자어음사업을 하기 위해서는 전자어음관리기관과 전자어음기술지원사업자가 필수적으로 필요하다.이에 청구법인과 쟁점법인은 2004.7.1. 전자어음 관련 ‘의향서’(이하 “쟁점의향서”라 한다)를 체결하여 전자어음 공동사업을 위한 준비에 착수하였고, 2005.1.1. 법무부장관으로부터 청구법인은 전자어음기술지원사업자로, 쟁점법인은 전자어음관리기관으로 지정 받아, 2005.5.4.

이유 4쟁점의향서에 따라 전자어음 사업 공동수행을 위한 협약서(이하 “쟁점협약서”라 한다)를 작성하고, 전자어음 공동사업을 시작한 것이다.쟁점의향서에 따르면, 청구법인과 쟁점법인은 상호 협의하여 수행할 역할을 정하기로 하고(제2조 제2항), 쟁점법인은 청구법인이 보유한 전자어음 관련 기술을 무상으로 사용할 수 있도록 하며(제2조 제3항), 전자어음사업 수행에 소요되는 비용은 50:50으로 분담하고 수익 배분 역시 같은 비율로 하되, 청구법인이 공동사업을 위해 출자한 특허의 가치에 따라 추후 협의하기로(제2조 제4항 본문) 정하는 한편, 전자어음 사업의 수익인 전자어음 이용수수료는 쟁점법인과 청구법인이 협의하여 결정하기로 하는 등(제2조 제4항 단서) 공동사업의 핵심 징표라고 할 수 있는 위한 공동경영, 출자, 및 손익분배를 전제하고 있다.(라) 또한 쟁점협약서에 따르면, 전자어음사업을 수행함에 있어 공동부담이 필요하다고 상호합의한 비용은 청구법인이 25%를 부담하고, 전자어음 이용 수수료의 25%를 쟁점법인이 청구법인에게 배분한다고 약정함으로써 공동사업에 따른 손익분배를 정하고 있다.청구법인과 쟁점법인은 전자어음사업에 있어 전자어음관리시스템 개발 및 유지보수, 영업 및 마케팅, 민원 안내의 1/2은 공동사업자 중 청구법인이 담당하는 것으로 하고(제2조 제1항), 업무수행에 있어 중요한 사항(수수료 등)은 청구법인과 쟁점법인이 협의하여 정하기로 하는 등(제2조 제3항) 전자어음 사업을 공동으로 경영하면서 각자의 업무 범위를 정하여 전자어음 사업을 수행하는 것으로 약정하고 있으며, 원활한 업무 수행을 위해 청구법인은 필요한 인력을 제공하고, 쟁점법인은 필요한 장소와 시설을 제공하도록 하고 있다(제3조).또한 전자어음 사업을 영위하면서 취득하는 모든 지식재산권을 청구법인과 쟁점법인이 공동으로 보유하고(제9조 제1항), 상호 무상으로 사용하도록 정하고 있다(제9조 제3항, 제5항).쟁점의향서 및 쟁점협약서에 따라 청구법인은 쟁점법인이 이 건 사업을 위해 제공한 장소에 인력을 상주시키면서, 전자어음관리시스템을 개발·유지·운영하며 쟁점법인의 전자어음관리 업무를 직접 수행하였으며, 전자어음사업의 영업·마케팅 등도 직접 수행하였다. 그리고 쟁점협약서에 따라 청구법인은 전자어음사업에 소요되는 비용(예를 들어 전자어음 이용 안내서 발간비용 등)의 25%를 부담하고, 전자어음사업에 따른 수입금액(전자어음이용수수료) 중 금융기관에 지급한 50%를 제외한 나머지를 50:50으로 배분 즉, 전자어음 이용 수수료의 25%를 배분받았다.또한 쟁점법인과 청구법인은 전자어음사업을 하면서 취득하는 일체의 지식재산권을 공동으로 보유하면서, 관련 무형자산을 상호 무상으로 사용하고 있다.위와 같이 청구법인과 쟁점법인은 전자어음사업의 성공여부에 공동의 이해관계를 가지고 사업 관련 손익을 분배하고 있으며, 청구법인은 전자어음사업과 관련하여 ‘개별적인 영업활동’을 하지 않고 있다.

이유 5처분청은 청구법인의 「전자어음의 발행 및 유통에 관한 법률」(이하 “전자어음법”이라 한다)상 법적지위를 부여받은 사실이 없다는 점을 근거로 공동사업을 부인하고 있는데, 전자어음법상 법적지위 존부는 공동사업 판단 기준이 될 수 없을 뿐만 아니라 오히려 청구법인은 전자어음법상 기술지원사업자로 적법하게 지정받는 등 분명한 법적지위를 가지고 있다.(마) 청구법인은 쟁점법인에게 부가가치세 과세대상인 ‘용역’을 제공한 사실이 없으므로, 쟁점수수료는 용역 제공의 대가가 아니다.「부가가치세법」은 제4조에서 “부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다”라고 하여 과세대상이 ‘거래’임을 규정하고 있으며, 제11조 제1항에서 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것”이라고 규정하고 있다.부가가치세는 ‘소비지출’에서 담세력을 파악하는 세목으로서, 계약에 따른 반대 급부로서 소비지출의 대가를 염두에 둔 구조이므로, 소비지출’과 ‘부가가치’를 연결하기 위한 고리에서 ‘계약’이 과세요건의 기반으로 설정된 것이다. 이러한 「부가가치세법」의 본질적 성격으로 인해 사법상 계약의 해석이 부가치세의 과세대상인 ‘거래’를 파악하고 그 실질귀속을 정함에 있어서 중요한 결정 요인이 된다. 즉, 과세대상인 거래(=계약상 공급)는 사법상 계약에 따르게 된다. 그리고 사법상 계약의 해석은 민사상 의사표시의 해석에 따르는 것이 원칙이므로, 이 건에서도 과세대상 거래를 판단함에 있어 계약 당사자의 의사 표시가 계약 해석의 기본이 되어야 한다.한편, 「부가가치세법」은 제4조에서 ‘재화 또는 용역의 공급’을 과세대상으로 삼고 있고, 같은 법 제29조 제1항은 용역의 공급에 대한 과세표준에 대해서 대가를 금전으로 받은 경우 그 대가를 과세표준으로 보되, 여기에는 대금·요금·수수료·그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하도록 규정하고 있다. 이때 부가가치세의 과세표준이 되는 ‘대가’란 어떠한 용역을 공급받고 그에 대한 반대급부로 지급하는 것을 의미한다.따라서 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준을 구하는 것은 공급한 용역과 용역을 공급받은 상대방으로부터 지급받은 금전적인 가치가 있는 것들을 공급한 용역과 지급받은 금전적 가치 있는 것들 사이의 대가관계에 대한 검토가 전제되어야 한다.이 건의 경우 청구법인과 쟁점법인 간에는 용역의 제공은 물론 그 대가 지급이 존재하지 않는다. 공동사업자 관계에 있는 청구법인과 쟁점법인은 최종 소비자인 이용자에게 함께 용역을 제공하고 그 사업에서 얻는 소득을 분배하고 있으며, 이 건 사업 즉, 이용자에게 제공하는 전자어음거래 용역과 관련하여 사업자 상호 간에 직접적인 거래관계를 상정할 수 없다. 그 당연한 귀결로 쟁점협약서는 이 건 사업의 공동수행에 따른 수입, 비용 분담을 정하고 있을 뿐, 청구법인과 쟁점법인간 계약상 ‘거래’는 존재하지 않는다.즉, 청구법인은 쟁점의향서에 따라 청구법인이 보유한 전자어음 관련 특허기술을 전자어음 공동사업을 위하여 공동사업자인 쟁점법인이 무상으로 사용하는 형식으로 출자 하였을 뿐, 청구법인이 쟁점법인에게 어떤 재화나 용역을 제공하고 대가를 받기로 약정한 바가 없다.쟁점협약서에 표시된 청구법인과 쟁점법인의 객관적인 의사는 함께 이용자에게 전자어음거래 관련 용역을 제공하는 것에 있을 뿐, 상호 간에 용역을 제공하고 그 대가를 지급하는 것에 있지 않다.

이유 6만일, 청구법인이 쟁점법인에게 전자어음관련 용역을 제공한 것이라면, 청구법인은 전자어음 사업상 위험을 부담하지 않고, 전자어음 이용량과 무관하게 일정하게 용역대가를 받는 것이 일반적이다.그러나 청구법인은 전자어음 관련 특허기술을 공동사업에 출자하고 그 대가로 공동사업의 50% 지분을 취득한 결과 그에 따른 수익을 배분 받기로 한 것이고, 전자어음 이용 건수가 감소하면 청구법인이 분배 받는 이용수수료도 감소하게 되는 것이므로, 공동사업자로서 사업상의 위험을 공동으로 부담하고 있다.심지어 청구법인이 쟁점법인에게 발급한 전자세금계산서 역시 시스템 용역이 아니라 전자어음수수료 품목으로 발급하고 있다는 점만 보더라도, 쟁점수수료는 사업 수익의 배분이라는 점을 알 수 있다. 따라서 공동사업자 상호 간에 어떤 재화나 용역의 공급이 있다고 볼 수 없어 쟁점수수료는 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다.(바) 이 건 사업수행을 위해 청구법인이 전자어음관리시스템 관련 용역을 수행한 것은 용역의 자가공급에 불과하다.국세청은 “특수관계자가 사업용 부동산 임대용역을 무상 제공할 경우 부가가치세 과세대상이나, 「소득세법」상 공동사업을 영위하는 특수관계자가 사업용 부동산을 무상 제공할 경우 부가가치세 과세대상이 아니다”라고 보고 있으며, 조세심판원 역시 같은 취지에서 토지의 지분 일부와 그 지상 건물을 동시 소유하는 자가 건물 소유자인 본인의 임대수입을 위해 토지 임대용역을 제공한 부분에 대해서는 용역의 자가공급에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아니다”라고 결정하였다(조심 2013서3138, 2013.12.31).따라서 이 건에서 외견상으로는 청구법인이 전자어음사업을 위해 쟁점법인에게 관련 용역을 제공하고 있는 것처럼 보이더라도, 그 실질은 청구인이 자기의 사업인 전자어음사업을 수행을 위한 것으로 부가가치세 과세 대상이 아니다.(사) 공동사업자가 전자어음이용자에게 제공하는 전자어음관련 용역은 면세대상인데, 그 대가를 공동사업자간에 내부적으로 분배하는 경우에는 과세대상으로 삼는 것은 부가가치세 체계에도 맞지 않다.전자어음사업 수행을 위해 청구법인이 쟁점협약서에 따라 전자어음관리시스템 관련 업무를 수행한 것은 공동사업자인 청구법인과 쟁점법인이 단일한 주체로 이 건 공동사업을 수행하는 과정에서 자신의 내부적인 역할을 수행한 것이다.애당초 「부가가치세법」상 면세 용역의 대가인 전자어음 수수료가 공동사업자인 청구법인에게 배분되는 국면에서는 과세대상으로 취급하는 것은 같은 것을 다르게 취급하는 것으로 부가가치세 체계는 물론 공동사업자간의 형평에도 맞지 않다.청구법인은 쟁점법인으로부터 전자어음 이용수수료를 배분받으면서 부가가치세 거래징수를 하지 않았음에도 불구하고 부가가치세를 납부함으로써 사업상 손실을 계속 입고 있는 것이다.(2) 쟁점수수료는 청구법인이 「부가가치세법」상 면세하는 금융·보험 용역과 같거나 유사한 용역을 수행하면서 수취한 대가에 해당하므로, 같은 법 시행령 제40조 제2항에 따라 면세 대상이다.(가) 설령 이 건 사업이 ‘세법상’ 공동사업으로 볼 수 없다고 하더라도, 청구법인과 쟁점법인이 함께 전자사업을 영위하면서 이용자에게 전자어음 거래를 위한 단일의 용역을 공급하고 있다는 경제적 실질은 달라지지 않으므로, 부가가치세 과세 여부 판단 대상은 청구법인이 이용자에게 제공하고 있는 전자어음 관련 용역이다.「부가가치세법 시행령」 제40조 제1항은 각 호에서 부가가치세 면세 대상 용역을 제한적으로 열거하면서도, 제2항에서는 「부가가치세법」상 면세하는 금융·보험 사업 외의 사업을 하는 자가 주된 사업에 부수하여 면세하는 금융·보험 용역과 같거나 유사한 용역을 제공하는 경우 부가가치세를 면제하는