쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

요지청구법인의 명의로 공사 견적서 및 계약을 각 체결하고, 대금을 정산하여 부가가치세를 신고·납부하였으며, 근로자들의 고용·산재보험을 가입한 점, 쟁점공사 외에도 다수의 공사를 수주하는 등 장기간 건설업을 영위하고 있고, 매출처의 확인서에는 청구법인이 실제 공사를 수행하였다는 내용이 일관되게 작성되어 있는 점, 전북전주완산경찰서장은 청구법인 대표의 배우자의 조세범처벌법 위반 협의사건에 대해 공동수급 구조와 업계 관행상 현장 소장의 상주, 업무 수행 정황, 건설공제조합 보증서 발급 등에 따라 허위세금계산서로 보기 어렵다고 협의없음으로 불송치한 점에 비추어 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 발급한 것으로 보기 어려움

주문북전주세무서장이 2025.1.17. 청구법인에게 한 부가가치세 2017년 제1기분 OOO원, 2017년 제2기분 OOO원, 2019년 제2기분 OOO원, 2020년 제1기분 OOO원, 2020년 제2기분 OOO원 및 2021년 제1기분 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 각각 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2001.8.2. 설립된 후 전북특별자치도 전주시 OOO에서 건설업을 영위하고 있고, 대표자는 a(실질적 대표자인 b의 배우자)이다.나. 청구법인은 2017년 제1기~2017년 제2기, 2019년 제2기 및 2020년 제1기~2021년 제1기 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다)에 경기도 성남시 분당구 OOO(이하 “OOO아파트”라 한다) 공사와 관련하여 c㈜(이하 “c”이라 한다)와 ㈜d(이하 “e”라 하고, c과 합하여 이하 “c 등”이라 한다)로부터 공공용지 및 토공사(이하 “쟁점①공사”라 한다), 안양방면연결로 및 교통광장 차선확장 공사(이하 “쟁점②공사”라 하고, 쟁점①공사와 합하여 이하 “쟁점공사들”이라 한다)를 수주받아 ㈜f, ㈜g 및 ㈜h 등(이하 “f 등”이라 한다)에게 하도급을 준 후, 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)와 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 각각 수수하고 이를 포함하여 각 과세기간별 부가가치세 신고·납부를 하였다.다. 중부지방국세청장(조사3국장, 이하 “조사청”이라 한다)은 2024.9. 4.부터 2024.12.4.까지 청구법인에 대한 부가가치세 조사(범칙조사 전환)를 실시한 결과, 청구법인이 백현동아파트 공사와 관련하여 쟁점① ·②공사 시 실제 시공 및 관리 등의 실질적 역할을 수행하지 않고 공급가액과 세액을 사실과 다르게 기재한 쟁점세금계산서를 각각 수수한 것으로 보아, 이들의 과세표준과 세액을 전액 부인하고 세금계산서 관련 가산세를 적용하여 2025.1.17. 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점과세기간 부가가치세 합계 OOO원을 각각 경정·고지하였다.＜표1＞ 쟁점과세기간 부가가치세 경정·고지내역(단위 : 원)라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.24. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 조세회피의 목적을 가지고 이른바 “끼워넣기 거래”의 방식으로 쟁점공사들에 참여하지 않았고, 실물거래 없이 공급가액과 세액을 사실과 다르게 기재하여 쟁점세금계산서를 수수하지도 아니하였는바, 이 건 처분은 부당하다.(가) 청구법인은 쟁점공사들과 관련하여 원도급자인 c 등 및 하도급업체인 f 등과 각각의 도급계약을 체결하였고, 청구법인 명의와 계산으로 공사견적서를 작성하고 고용·산재 보험을 가입하였으며, 쟁점공사들과 관련한 권리와 의무를 다하였다.(나) 청구법인은 법인 명의의 계좌로 월 기성분에 대한 공사대금을 수수하였고, 관련 공사대금이 비정상적으로 사외유출되지도 않았다.(다) 청구법인은 쟁점공사들에 대한 부가가치세 등을 정상적으로 신고·납부하였다.(라) 청구법인은 쟁점공사들 외에 다수의 공사를 수주하는 등 정상적으로 건설업을 영위하였다.(마) 처분청은 관련자 일부에 대한 문답내용만으로 청구법인의 실체를 부인하거나 청구법인이 수행한 쟁점공사들에 대한 사법상 효력 자체를 부인하였다.(2) 대법원은 조세회피 목적 등 계약관계의 사이에 낀 중간업체의 실체를 부인할 만한 특별한 사정이 없으면 거래당사자가 선택한 거래관계를 부인하여 허위 또는 가공세금계산서로 처벌하는 것은 어렵다는 취지로 판시(대법원 2023.5.18.

이유 2선고, 2022도13690 판결)하고 있는바, 위 내용을 감안할 때 청구법인에게 조세회피의 목적과 같은 특별한 사정이 없음에도 처분청은 단순히 쟁점공사들과 관련하여 청구법인의 구체적인 역할에 대한 관점의 차이를 근거로 쟁점세금계산서의 수수행위를 정상거래가 아니라고 보았다.(3) c 등의 실질 사주인 i과 e의 확인서상 확인내용, 전북전주완산경찰서장이 청구법인의 실질 대표자 b의「조세범 처벌법」위반 혐의사건에 대하여 현장소장 상주, 업무수행 정황 등에 따라 혐의없음으로 불송치(제2025-2168호, 2025.11.3.)한 점 등을 보더라도, 청구법인은 쟁점공사들에 대한 실질상 수행 주체이다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 쟁점세금계산서 수수행위를 정상거래에 따른 것이라고 주장하나, 다음과 같은 사유로 청구주장을 받아들일 수 없다.(가) 일반적인 공사도급계약은, 원청회사에 견적서를 제출하여 도급을 받고, 공사할 업체들로부터 견적서를 받아 거래처를 직접 선정한 후, 하도급업체의 기성을 관리·감독하여 공사를 진행하면서 관련 세금계산서를 수수하는 과정으로 진행된다.(나) 조사청의 조사종결보고서 등에 따르면, 청구법인은 원청회사인 c 등의 실질 사주인 i 지시에 따라 c 등과 쟁점공사들에 대한 공사도급계약을 체결하였고, c의 대표자 및 현장소장인 j은 청구법인과의 계약내용 및 공사진행 사항 등을 전혀 알지 못하였으며, 특히 쟁점②공사의 경우 청구법인과 c의 공동계약임에도 청구법인과 c 사이에 이익 분배방법 등에 대한 근거를 제시하지 못하였다.(다) 청구법인이 c 등으로부터 쟁점공사들에 대한 공사를 정상적으로 수주하였다면 청구법인이 재하도급업체를 선정하거나 선정에 참여하여야 할 것이나, 하도급업체인 f 등의 대표자 또는 현장 담당자들의 문답내용(청구법인 관계자를 본 적이 없거나 업무 지시는 c 소속 직원 등을 통해 받았다는 등)에 따르면, 청구법인은 재하도급업체의 견적서를 보거나 이에 참여하지 않았고, i 및 j 등이 모든 계약 및 공정진행을 주도한 것으로 나타나는바, 청구법인은 쟁점공사들과 관련한 공사진행에 일절 관여하지 않았음이 명백히 확인된다.(라) 청구법인은 쟁점공사들의 현장소장 및 직원들을 k 등이라고 하나, 이들은 공사내역 및 매입처들을 전혀 모르고 있고 현장에 상주한 흔적이 거의 없으며, 공사 진행 및 기성 관리는 c 소속 직원들이 하였고 이들의 신용카드 사용내역 및 현금영수증 사용내역을 보면 사용 지역 모두가 쟁점공사들의 현장이 아닌 전북특별자치도 전주시로 나타나는바, 청구법인은 쟁점공사들의 현장에 관리 직원들을 배치·상주하며 시공 또는 공정을 관리·감독하였다고 볼 수 없고, 공사 전반의 계획·관리·감독·하자책임 등의 역할을 실제로 이행한 어떠한 증거도 제시하지 못하였다.(마) (재)하도급업체 대표 등의 진술내용을 보면, (재)하도급업체 대표 등은 쟁점공사들을 c 등이 모두 수행하였다는 취지로 진술하였고, 하도급대금은 원청인 c 등이 청구법인을 거치지 않고 (재)하도급업체인 f 등에게 직접 결제하였으며, 청구법인은 그 차액만을 수령하였다.(바) 청구법인은 ‘OOO 공사’ 약속으로 i에게 상당금액의 자금만을 대여하였다가 상환받은 구조였을 뿐, 쟁점공사들에 관여하지 않고, 단순히 쟁점공사들에 끼어들어 어떠한 용역도 제공하지 아니한 채 서류상 쟁점세금계산서를 수수한 것에 불과하다.(사) 청구법인의 실체를 부인하는 것은 아니고, 다만 쟁점공사들과 관련하여 수수한 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 공급가액과 세액을 사실과 다르게 기재한 세금계산서로 보아 이 건 부가가치세를 부과한 것이다.(아) 이 건에 있어 청구법인과 c 등 사이에 외형 부풀리기 또는 부당한 끼워넣기를 할

이유 3수밖에 없는 특별한 사정으로, 청구법인의 실질 대표인 b이 2015년 9월부터 11월 사이에 i에게 OOO원을 대여하고, i로부터 ‘OOO원’ 규모의 공사 약속을 받았으나, 이후 그 약속이 이행되지 않자 i을 상대로 내용증명을 발송하였고, 이는 ‘OOO원’ 규모의 공사를 수행할 능력이 없는 청구법인이 i과 합의하여 공사수행의 형식만 갖추고 이익과 공사실적을 분여받은 것으로 볼 수 있다.(2) 청구법인이 제시한 대법원 판례(2023.5.18. 선고 2022도13690 판결)는 쟁점법인의 실체 자체가 인정되지 않았기 때문에 해당 법인 명의의 거래를 모두 사실과 다른 것으로 판단한 것인바, 청구법인의 실체를 부정하지 아니한 이 건 처분에 원용할 수 없다.설령 이 건에 원용할 경우, 법인의 실체 여부와 그 법인 명의 거래 존부가 반드시 서로 일치하는 것은 아니기 때문에 법인의 실체가 인정된다 하더라도, 구체적·개별적 사정에 따라 얼마든지 그 법인 명의의 거래를 정상거래가 아니라고 볼 수 있다.(3) 청구법인이 제시한 추가자료는 다음과 같은 사유로 받아들일 수 없다.(가) c 등의 실질상 사주이고 청구법인과 채무관계로 분쟁이 있었던 i 및 e의 확인서는 사실관계가 상반될 뿐만 아니라, 이 건 쟁점공사의 이해당사자로 객관성과 중립성이 결여되어 있어 그 확인내용을 인정하기 어렵다.c의 대표이사 및 현장소장인 j의 진술 및 관련 내부문서(쟁점①공사 구간 공사비 비교표) 등에 따르면, ‘청구법인 인정 이윤’ 항목이 명시되어 있고, i이 최종 결재자로 서명 날인된 것으로 나타나는바, 청구법인은 실질적인 공사수행 주체가 아니라, ‘이윤만 계상된 명의상 참여자’에 불과한 것으로 보인다.또한, i 등의 확인서는 사후에 임의작성이 가능한 것으로 실질 판단의 기준이 되는 객관적 증빙으로 인정될 수 없다.(나) 전북전주완산경찰서장의 청구법인의 실질 대표인 b에 대한 불송치(혐의없음) 처분은 형사처분상 범죄성립 여부에 대해 판단한 것일 뿐, 세법상 과세요건 판단과는 무관하다.세금계산서 수수와 관련하여 형사절차에서는 유죄의 확신에 이를 정도로 범죄사실이 입증되었는지 여부를 판단하고, 세법의 측면에서는 거래의 실질을 종합하여 세법상 과세요건에 해당되는지 여부를 판단하므로, 그 판단 기준 및 증명의 정도가 다르다.따라서 형사절차에서 무혐의 내지는 무죄 판결을 받았다 하더라도 세금계산서 수수 등의 공소사실이 부존재한다고 단정할 수 없고, 정상적인 거래의 여부는 계약체결 주체, 기성금 청구 주체, 공사 관리 권한 귀속 등 거래 실질을 종합하여 달리 판단할 수 있다 할 것이다(조심 2013중2179, 2013.11.15. 등 참조).3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점공사들과 관련하여 수수한 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 공급가액과 세액을 사실과 다르게 기재한 세금계산서로 보아, 부가가치세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법률(1) 부가가치세법제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.1. 역무를 제공하는 것2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호3.

이유 4공급가액과 부가가치세액4. 작성 연월일5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.(2) 조세범 처벌법제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ③ 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 한 자는 3년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.1.「부가가치세법」에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받은 행위(3) 조세범 처벌절차법제17조(고발) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 통고처분을 거치지 아니하고 그 대상자를 즉시 고발하여야 한다.1. 정상(情狀)에 따라 징역형에 처할 것으로 판단되는 경우(4) 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률제8조의2(세금계산서 교부의무 위반 등의 가중처벌) ① 영리를 목적으로「조세범 처벌법」제10조 제3항 및 제4항 전단의 죄를 범한 사람은 다음 각 호의 구분에 따라 가중처벌한다.1. 세금계산서 및 계산서에 기재된 공급가액이나 매출처별세금계산서합계표, 매입처별세금계산서합계표에 기재된 공급가액 또는 매출·매입금액의 합계액이 50억원 이상인 경우에는 3년 이상의 유기징역에 처한다.다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면, 다음과 같이 사실들이 확인된다.(가) 심리자료상 쟁점과세기간에 대한 청구법인의 부가가치세 신고 및 조사청의 조사적출 내역 등은 아래 ＜표2＞와 같고, 조사청은 청구법인의 c 등 거래분에 대하여만 부분 조사를 실시하여 이를 전부 부인하였으며, 나머지 거래분은 혐의사항을 발견할 수 없어 조사범위를 확대하지 않고 조사종결한 것으로 나타난다.＜표2＞ 쟁점과세기간에 대한 부가가치세 신고 및 조사적출 내역 등(단위 : 백만원, %)(나) 청구법인이 쟁점공사들과 관련하여 c 등 및 f 등과 쟁점세금계산서를 수수한 내역은 아래 ＜표3-1＞·＜표3-2＞과 같다.＜표3-1＞ 쟁점공사들과 관련한 쟁점매출세금계산서 발급 내역(단위 : 원)＜표3-2＞ 쟁점공사들과 관련한 쟁점매입세금계산서 수취 내역(단위 : 원)(다) 청구법인은 자신 명의로 c 등 및 f 등과 도급 및 (재)하도급계약을 각각 체결(아래 참조)하였고, 견적서상 청구법인 명의의 인감이 날인된 것으로 나타나며, 쟁점공사들과 관련 고용·산재 보험을 가입한 것으로 나타난다.(2) 조사청의 조사종결보고서상 주요내용은 다음과 같다.(가) OOO아파트 사업개요는 다음과 같다.1) c 등의 실질 사주인 i은 2000년경부터 수개의 주택건설사업과 도시개발사업 등을 영위하였고, 2011.3.29.

이유 5100% 출자하여 ㈜l[현 ㈜m, 이하 “l”라 한다]를 설립하였다.2) OOO은 지방 이전을 위하여 경기도 성남시 OOO 소재 청사부지 및 건물 매각을 추진하고 있던 중, l가 2014.1.10. OOO에 부동산매입의향서를 제출하였다.3) i은 OOO 부지의 아파트 개발사업을 위해 2014.12.24. e를 설립하고, OOO과 2015.2.27. 동 부지 매매계약을 체결하였다.4) e는 OOO아파트 개발사업의 자산관리회사로 l와 자산의 운용·처분·일반사무를 위탁하는 계약을 체결하여, i 및 l는 e의 자금운용에 대한 지배적인 위치에 있었다.5)i은 2015년말 토목공사에 경험이 많은 j을 소개받아 채용하였고, 2016.1.15. 전문종합공사업 면허를 보유한 c을 제3자로부터 주식인수한 후 현장소장인 j을 명의상 대표이사로 등재하였다.6) 실제 공사를 수행할 업체의 선정, 법인자금 집행, 계약 등 의사결정은 l 임직원 및 i이 직접 하였고, c은 사업관련 의사결정 권한이 없었으며, j은 i에 의해 정해진 급여를 받으며 현장소장으로 근무하면서 공사현장 진행사항, 기성청구 등을 관리하였다.(나) 청구법인의 개요 및 그 실질 대표자인 b과 i 간의 관계는 다음과 같다.1)청구법인은 b이 운영중이던 (유)OOO(골재 수집/운반업)과 함께 수익을 증가시킬 목적으로 2011.4.17. 인수한 건설업 영위 법인이고, 2015.10.22.부터 전북특별자치도 전주시 OOO에 (유)OOO로부터 무상임대받아 (유)OOO의 사무실에 사업장 구분없이 사용하고 있으며, 각 공사현장에는 현장소장들이 출장하여 공사를 수행하고 있다.2)청구법인의 대표이사는 a(b의 배우자)이나, b이 대표이사 명함을 가지고 대표직을 실제 수행하고 있다.3) b은 2015.9.17. l의 대표자 i을 OOO에서 만나 판교아파트공사가 확정되었다는 설명을 들으면서 i로부터 OOO원을 차용해주면 토목공사 OOO 중 OOO원을 계약해주겠다는 제안을 받았고, 2015.10.15. b이 i과 다시 만난 자리에서, i은 도와주면 배신하지 않고 은혜를 갚겠다고 간절히 요청하면서 토목공사 OOO원 계약을 다시 약속하며 자금지원을 요청하였다.4) b은 2015.11.16.

이유 6서울특별시 삼성동 소재 i 집무실에서 토목공사 OOO을 계약해주겠다는 약속을 받고 OOO원을 대여하였으며, OOO 공사계약을 계약서에 넣으려 했으나 i이 본인이 교회 장로라며 약속을 꼭 지키겠다고 공사내용은 계약서에 넣지 말자고 요청하였다.5) OOO아파트 공사가 가시화되자, i은 차입한 OOO원과 연 5%의 이자를 포함하여 총 OOO원 상당액을 b에게 지급한 후, 청구법인을 공사에서 배제하였고, b은 몇 차례 내용증명(아래 참조)을 발송한 결과, 청구법인은 토목공사업체로서 c 등과 도급공사계약을 체결하게 되었다.＜b이 i에게 보낸 내용증명(일부 발췌)＞(다) 이 건 조사 당시 관련인들의 문답내용은 다음과 같다.1) 청구법인의 실질 대표 b의 문답내용2) 청구법인의 현장소장 k의 문답내용3) 하도급업체 f의 대표자 문답내용4) 하도급업체 g의 대표자 문답내용5) 하도급업체 OOO의 대표자 문답내용6) 하도급업체 OOO의 대표자 문답내용7) 현장직원 n의 문답내용8) 현장직원 o, p, q의 문답내용9) c의 현장소장인 j의 문답내용(라) 신용카드 및 현금영수증 사용내역 등에 따르면, 청구법인이 경기도 성남시에서 사용한 신용카드 사용횟수는 총 14회(식당 7회, 주유 1회, 편의점 3회, 커피숍 1회, 기타 2회)에 불과하고 현금영수증 사용내역은 없으며, 현장소장인 k이 경기도 성남시에서 사용한 신용카드 사용횟수는 총 3회에 불과하고 현금영수증 사용내역은 없었다.(마) 청구법인의 매입처 조사내용은 다음과 같다.1) h은 청구법인과 하도급계약을 체결하기 이전인 2018.10.17.