쟁점매입세액이 부가가치세가 면제대상 매입세액에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

요지선발행 세금계산서 관련 공급시기 특례는 대가를 선수한 이후에 실제 공급이 이루어질 것으로 전제로 하고 있는 것이므로, 이 건은 쟁점세금계산서 발급 이후 현재까지 실제 공급이 이루어지지 않았고, 실제 선발행세금계산서가 아닌 대금을 지급한 이후 후발행한 세금계산서가 다수 존재하며, 문답서상 자금이 부족하여 자금을 차입한 것에 대해 세금계산서를 발급한 것으로 진술하였으므로 쟁점세금계산서를 선발행 세금계산서로 보기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. A(이하 “쟁점사업장”이라 한다)은 수지·플라스틱 등 화학제품을 판매하는 글로벌 업체인 B 주식회사(실리콘 제조 회사로 OOO년 C가 인수, 이하 “B”라 한다)의 국내 대리점으로, OOO에 D을 대표자로 하고 사업장 소재지를 서울특별시 OOO로 하여 개업한 후, 수지 및 플라스틱 도매업을 영위하고 있다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.12.부터 2024.12.31.까지 청구인이 대표이사로 있는 ㈜E(이하 “E”이라 한다)과 쟁점사업장에 대한 2020~2023년(사업연도) 귀속 법인 및 개인통합조사를 실시하여, 쟁점사업장에서 2020년 제2기~2023년 제1기 부가가치세 과세기간 중 E으로부터 총 28회에 걸쳐 수취한 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 거래가 실제 재화나 용역의 공급없이 이루어졌다고 판단하였고, 쟁점세금계산서를 발급한 E의 대표이사 F가 쟁점사업장의 실제 사업자인 사실을 확인하여 쟁점사업장의 사업자등록증 상 대표자를 F로 정정한 후[「조세범처벌법」제11조(명의대여행위 등)에 따른 통고처분 조치], 동 조사내역을 처분청에 통보하였다.다. 처분청은 이에 따라 2025.2.14. 청구인(쟁점사업장)에게 아래 ＜표1＞과 같이 2020년 제2기~2023년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.＜표1＞ 부가가치세 경정내역OOO라. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.13. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가.

이유 2청구인 주장(1) 쟁점세금계산서는 쟁점사업장이 대리점 계약 종료 이후에도 기존 거래처에 제품을 공급해야 하는 상황에서 즉, 기존거래처와의 유통관계를 단절할 수 없는 상황에서 대리점 전환 과정 중 불가피하게 발생한 정상적인 거래인바, 다른 변칙적 목적이 없었고, 이러한 상황에서 향후 E으로부터 물품을 공급받을 계획하에 일부 대금을 선지급하였으며, E은 이를 근거로 쟁점세금계산서를 발행하였다.쟁점세금계산서 발행 당시 E은 초기 유통망 확장을 위한 자금이 필요한 상황이었고, 이에 따른 청구인의 쟁점세금계산서 거래 관련 대금지급은 향후 쟁점사업장의 대리점 계약 종료 후 공급을 전제로 한 거래로 구조상 자연스러운 행위였다.아래 ＜표2＞와 같이 쟁점사업장의 B로부터의 매입은 점차 감소하는 상황이었고, E의 매입은 지속적으로 증가해 온 사실은 보더라도 대리점 교체가 실제 점진적으로 이루어졌음을 객관적으로 알 수 있다.＜표2＞ 쟁점사업장의 B 및 E 매입액 추이표OOO(2) 쟁점세금계산서는「부가가치세법」제17조에 따른 적법한 선세금계산서 요건을 충족한다.아래 ＜표3＞과 같이 E의 쟁점세금계산서 발행내역과 대금입금 내역을 대사한 결과, 쟁점세금계산서는「부가가치세법」제17조(재화 및 용역의 공급시기 특례)에서 정한 공급시기 특례 요건을 충족하는 선 세금계산서에 해당한다.＜표3＞ 쟁점세금계산서 관련 대금 수수시기 요약표OOO「부가가치세법」은 재화공급 전에 대금을 수령하고 세금계산서를 발급한 경우, 그 발행 시점을 공급시기로 인정하고 있으며, 공급지연에 따른 기간제한 규정을 별도로 두고 있지 않는바, 따라서 사업구조 전환기와 같은 특수한 상황에서 공급이 다소 지연되었다고 하더라도 이는 선 세금계산서의 법적요건 충족 여부에 영향을 미치지 않는다고 보아야 한다.(3) 조세범칙조사위원회에서도 쟁점세금계산서 관련 거래를 조세포탈이 없는 것으로 보아 무혐의 처리하였다.청구인은 쟁점세금계산서 관련 소득세 포탈혐의가 문제되어 국세청 조세범칙조사위원회에 회부된 바 있는데, 이에 청구인은 “당시 쟁점사업장은 쟁점세금계산서의 성격을 세무대리인에게 명확히 설명하지 않았고, 기장 담당자는 이를 선급금이 아닌 필요경비로 회계처리 하였으며, E 또한 동일한 담당자에 의해 선수금이 아닌 수입금액으로 계상되었는바, 이는 동일한 원인에 따른 회계처리 착오이고, 설령 회계처리에 고의가 있었다 하더라도 두 사업체 모두 동일한 실질 사업주(청구인)에 의해 운영되고 있었으며, E은 해당 수입에 대해 이미 법인세를 납부하였고, 이후 청구인이 배당을 통해 이익을 수령할 경우 소득세를 추가로 부담하게 되므로 결과적으로 세금의 귀속 시점만 다를 뿐, 조세가 영구히 탈루된 구조는 아니다”고 소명하였다(＜표4＞ 참조).＜표4＞ 소득세, 법인세 부담 비교표OOO또한, 일반적인 가공세금계산서의 경우 대가를 지급하지 않거나 지급 후 반환받는 방식으로 소득세를 탈루하는 구조이나, 이 건은 대가가 실제 지급되었고 반환되지 않았으며, 공급이 예정될 것이라는 사정도 있었는바, 이러한 사정을 종합적으로 고려하여 조세범칙조사위원회는 이 건이 조세포탈에 해당하지 않는다고 판단한 후, 최종적으로 무혐의 결정을 내렸으므로 쟁점세금계산서는 회계처리상의 착오와는 별개로 변칙적 조세회피 목적 없이 발행된 정당한 세금계산서로 평가되어야 한다.(4) 동일 구조 내에서 쟁점세금계산서 관련 거래를 제외한 나머지 거래는 모두 정상으로 인정되었다.청구인 쟁점사업장과 E 간에는 쟁점세금계산서 외에도 다양한 거래가 행해졌고, 그 흐름은 아래 ＜표5＞와 같은바, G은 쟁점사업장이 사업 초기 유통자금 확보를 위해 선급금을 제공한 뒤 B 제품을 공급받아 실제 유통을 수행한 구조

이유 3이며, H 또한 E의 주요 매출처인 I와의 거래를 중개하며 실질적인 공급 이행과 유통이익을 실현한 구조로 운영되고 있다.＜표5＞ 세금계산서 주요 흐름도OOO이러한 거래들은 쟁점세금계산서와 동일한 실사업자, 품목, 유통 방식에 기반한 것으로, 전체 유통구조의 일부로 기능해 왔으므로 쟁점세금계산서 역시 조세포탈과 같은 변칙적인 목적에서 비롯된 것이 아니라, 유통사업 전환기 과정에서 발생한 정상적인 사업활동의 일부로 보아야 한다.나. 처분청 의견(1) 쟁점사업장은 쟁점세금계산서 발급자로 E의 대표이사인 청구인이 운영하는 업체여서 세금계산서 발급과 수취의 주체가 실질적으로 동일하므로 그 발급의 고의성을 엿볼 수 있다.쟁점사업장의 실사업자는 E의 대표이사이자 지배주주인 청구인으로 B의 대리점으로 등록하기 위해 지인 D의 명의를 대여하여 사업을 시작하게 되었다.청구인은 B의 임직원으로 근무하다 퇴직한 자로 퇴직 이후 B의 제품을 유통하는 사업을 영위하기 위해 직영대리점 등록을 하려고 하였으나 B 내부규정에 의해 퇴직 이후 일정기간 동안 퇴직 임직원이 운영하는 사업체에 대하여는 대리점 등록을 할 수 없어 지인인 D의 명의를 빌려 개인사업자 A을 설립하게 되었다.청구인은 OOO년경 E을 설립하여 동일한 사업을 영위하던 중 OOO년경 B 내부규정에 따라 대리점 등록이 가능해지자 E도 B의 대리점으로 등록하여 쟁점사업장과 동일하게 대리점 사업을 영위하게 되었다.조사청은 해당 명의대여 사건을 적발하여 사업자등록증 상의 대표자를 청구인으로 정정하고 D에게 부과된 국세부과제척기간 내 세금의 귀속자를 청구인으로 정정하였으며,「조세범처벌법」제11조에 따라 F에게 OOO원, D에게 OOO원의 통고처분을 하는 등 명의대여에 대한 제재를 완료한 후, 쟁점사업장의 사업자등록 상 대표자를 청구인으로 변경하였다.(2) 대리점이 쟁점사업장에서 E으로 전환되는 시점이었기 때문에 부득이한 사유로 세금계산서가 발급된 것이 아니다.청구인의 쟁점사업장에 대한 대리점 등록 이후 자신이 대표이사인 E도 대리점으로 등록되었는데, 청구인은 쟁점사업장의 대리점 등록을 즉시 해지하지 않은 이유가 해지를 하고 E의 매입물량이 늘어날 경우 쟁점사업장의 실사업자가 청구인이라는 사실이 B 측에 밝혀질 수 있어 이에 대한 우려 때문에 해지를 하지 않으면서 E의 거래 물량을 점차적으로 늘려가고 있었다고 소명하였고, 위와 같은 사유로 청구인은 향후 쟁점사업장의 대리점 영업을 종료하고 B의 대리점으로는 E만을 남겨둘 생각이었다고 하면서 이에 따라 쟁점사업장의 대리점 역할이 종료되면 B로부터의 매입(2019년에서 2023년까지 4년 동안 쟁점사업장 OOO원, E OOO원 규모)을 E이 단독으로 행하여야 하는 상황을 예측하였다고 소명하였는바, 아래 ＜표6＞과 같이 B로부터의 매입 규모가 쟁점사업장은 점점 감소하고 있고, E은 점점 증가하고 있는 것으로 확인은 된다.＜표6＞ 쟁점사업장과 E의 B 매입액 변동 추이OOO청구인은 위와 같이 미래의 사업방향이 예측이 되어 금전소비대차 계약이 아닌 향후 재화공급을 예상하는 세금계산서가 발행되었고, 이에 대한 재화의 공급이 비록 2024년 12월말 현재까지 이루어지지는 않았으나, 이는 쟁점사업장에서 E으로 대리점이 교체되고 단일화 되는 과정 중에 있어 발생한 것으로 쟁점사업장의 B 매입은 감소하고 있고, E의 B 매입은 점점 증가하고 있는 추세이기 때문에 향후 쟁점사업장의 B 대리점 역할이 종료되면 그 시점에서 E이 쟁점사업장에게 물량을 공급할 것으로 예상된다고 소명하였으나, 해당 소명내용은 대리점 교체 시점에 있어 쟁점사업장의 매입이 줄어들고 E의 매입이 늘어나는 상황이라면 상호 간의 거래에 있어

이유 4쟁점사업장이 그나마 보유하고 있던 잔존 물량을 E에 공급하는 흐름이 나와야 함에도 쟁점세금계산서의 흐름은 E이 쟁점사업장에 물량을 공급하는 것으로 되어 있어 소명 내용과 전혀 맞지 아니한다.설령 쟁점세금계산서의 흐름이 정당하다고 하더라도 세금계산서 발급 후 수년이 지난 후에도 재화의 공급이 이루어지지 않았다고 하는 것은 논점을 흐리게 하기 위한 주장에 불과하다.(3) 쟁점세금계산서의 수취는 자금대여를 목적으로 이루어진 것으로 세금계산서 발급대상이 아니다.쟁점사업장은 고정거래처에 판매하는 비중이 커서 안정적인 유동성이 확보되어 있기에 현금이 잘 융통되고 있는 상황이었고, E은 기타 외부거래처에 판매하는 금액이 커서 상대적인 변수가 많아 현금 유동성이 부족할 때 쟁점사업장으로부터 자금을 차입하여 B 측에 매입대금을 지급하거나 하는 상황이 자주 발생하였는바, 실제 E의 계좌흐름 또한 쟁점사업장으로부터 자금을 수취하면 B 등 거래처에 매입대금으로 송금한 사실이 확인된다.E은 자신의 부족한 자금을 쟁점사업장으로부터 차입하여 거래처 매입대금 지급 등에 활용하였는데, 이와 같은 행위는 자금의 대여 및 차입 거래로 금전소비대차 계약을 통해 행해져야 함에도 E과 쟁점사업장은 대표이사나 대표자가 동일하다는 점을 이용하여 세금계산서 발급 대상 거래가 아닌 자금의 차입거래에 대해 세금계산서를 발급한 후 E은 자신의 매출로, 쟁점사업장은 자신의 매입으로 신고하여 E은 법인세를 과다하게 신고하고, 쟁점사업장 및 청구인은 부가가치세 및 종합소득세를 과소하게 신고하게 되는 효과가 발생하였는바, 이는 세법의 규정상 법인세율보다 소득세율이 더 높기 때문에 쌍방의 운영자가 동일한 입장에서는 절세의 효과도 있었음이 분명하다.따라서 E이 쟁점사업장에 발급한 쟁점세금계산서는 세금을 과소하게 납부하기 위하여 활용한 것으로 판단되고, 동시에 금전차입 및 대여거래를 행하고 이에 대한 대금을 지급 및 영수하였다는 일종의 영수증처럼 사용한 것으로 판단된다.(4) 청구인은 조사청에서 작성한 아래 ＜표7＞의 문답서에서 E이 거래처에 결제할 매입대금 등 자금이 부족하여 쟁점사업장에서 자금을 차입한 것이고 이에 대하여 세금계산서를 발급한 것이라고 진술하였는바, 쟁점세금계산서는 차입거래에 해당함을 알 수 있다.＜표7＞ 청구인 문답서 진술 일부 내용OOO청구인은 위와 같이 쟁점세금계산서 거래가 E의 자금이 부족하여 쟁점사업장의 자금을 가수금 형태로 수령하여 세금계산서를 발행한 것이라고 직접 진술였는바, 자금이 부족하여 자금을 대여하는 거래는「부가가치세법」상 세금계산서 발급대상 거래가 아니고, 소득을 증가 또는 감소시키는 거래가 아니다.부연하면, 금전대여거래는 빌려주는 자(쟁점사업장)는 자산, 빌린 자(E)는 부채로 하여 세금 신고를 해야 하는바, 이 경우 법인세, 부가가치세, 종합소득세 등의 신고 시 소득의 증감에 영향이 없게 되는 것이다.이처럼 소득의 증감에 영향이 없도록 처리함과 동시에 세금계산서를 발급하지 않아야 함에도 쟁점세금계산서를 발급하여 쟁점사업장과 청구인이 납부하여야 할 세금을 감소시킨 결과(법인세와 소득세의 세율 차이)를 초래하였다.또한 아래 ＜표8＞의 문답서 진술내용과 같이 E이 자금이 부족하여 매입대금을 결제할 수 없게 되자 쟁점사업장으로부터 수령한 OOO원을 재원으로 하여 거래처 매입대금을 결제하였음을 확인할 수 있고, ＜표9＞의 문답서 진술내용과 같이 2024년 12월말까지도 쟁점세금계산서와 관련한 재화의 공급이 이루어진 바가 없어 당초 쟁점세금계산서를 발급하면서 재화의 공급을 염두에 두지 않은 것으로 유추해 볼 수 있다.＜표8＞ 청구인 문답서 진술 일부 내용OOO＜표9＞ 청구인 문답서 진술 일부

이유 5내용OOO한편 보통의 사업자라면 매출 또는 매입거래 시 공급하는 물품의 가격책정, 대금지급조건, 공급방법 등의 협의가 선행되어야 하고, 그 이후에 계약서를 작성하여 상호 간의 상거래에 관한 협의를 종결한 후에 거래가 이루어져야 하는 것이며, 상기와 같이 거래가 이루어지면 마땅히 세금계산서 수수도 일어나는 것이 통상적인 상거래의 관행임에도 청구인은 아래 ＜표10＞과 같이 쟁점세금계산서 거래와 관련된 계약서가 없다고 진술하면서 해당 거래가 매출이 아니라 선수금 또는 선급금 등 자산이나 부채항목에 해당한다고 인식하고 있고, 세금계산서를 얼마를 발행하여야 하는지에 대하여는 E이 그 시점마다 부족한 자금의 총량만큼 세금계산서를 청구한 것이라고 하였다.＜표10＞ 청구인 문답서 진술 일부 내용OOO(5) 쟁점세금계산서는 선발행 세금계산서에 해당하지 않는바, 선발행세금계산서와 관련된「부가가치세법」상 공급시기 특례 규정 및 판례 평석 등의 내용도 처분청의 입장과 동일하다.「부가가치세법」에서 규정하는 재화의 공급시기(세금계산서의 발급기준일)는 그 재화의 인도일을 기준으로 하게 되어 있는바, 다만「부가가치세법」제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례)에서는 예외적으로 일반적인 공급시기 도래 전 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고 그 받은 대가에 대하여 세금계산서 등을 발급하거나, 일반적인 공급시기 도래 전 세금계산서 등을 발급하고, 그 발급일로부터 7일 이내 발급한 금액에 대한 대가를 받거나, 거래 당사자 간의 계약서·약정서 등에 대금 청구시기(발급일)와 지급시기를 따로 적고 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우 등에 있어 세금계산서의 공급시기 예외를 인정하고 있다.세금계산서는「부가가치세법」에서 정하는 공급시기에 발급되어야 하므로 공급시기에 발급되지 않은 세금계산서는 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 그 매입세액은 원칙적으로 공제되지 아니하며, 한편 재화나 용역의 공급시기에 관하여는「부가가치세법」에서 자세하게 규정하고 있으나, 특정의 재화나 용역의 공급거래의 구체적인 사안에서 공급시기를 판정하는 것이 쉽지 않을 뿐만 아니라 현실적으로 용역대가가 지급되었으나 여러 사정으로 세금계산서가 제때 교부되지 못하는 경우가 빈번하게 발생하는바, 그러한 경우 공급시기에 발급되지 않은 세금계산서를 모두 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액의 공제를 부인한다면 전단계세액공제 제도를 근간으로 하는 부가가치세제의 적정한 운영은 어려울 것이므로, 이러한 문제를 해결하기 위하여「부가가치세법」에서는 공급시기보다 먼저 발급되는 선발행 세금계산서 등을 일정한 요건 하에 매입세액공제가 허용될 수 있도록 하는 별도의 규정을 두고 있는 것이다.그럼에도 선발행 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급이 선행되어야 하고, 이는 엄격하게 해석해야 하는 것으로 판례나 조세심판례의 태도도 이와 입장을 같이 한다.대법원 2004.11.18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결과 대법원 2016.2.18.

이유 6선고 2014두35706 판결에서는 공급시기 전에 발급된 세금계산서가「부가가치세법」에 따른 해당 거래에 대한 매입세액으로 공제되기 위하여는 발급일이 속한 과세기간 내에 공급시기가 도래하고, 세금계산서의 다른 기재사항으로 보아 거래사실도 진정한 것으로 확인되는 경우여야 한다고 판시하고 있으며, 조세심판례(조심 2017중4162, 2018.3.29.)에서는 선금을 지급하고 세금계산서를 교부받은 후 선발행세금계산서 요건에 해당하여 정상적인 거래라고 주장한 건에 대하여 실제 재화의 공급이 이루어지지 않았기 때문에 사실과 다른 세금계산서인 것으로 결정하였다.한편, 선발행 세금계산서는 공급시기 도래 전에 대가 등을 선수취하였을 때 그 도래 전 공급시기에 세금계산서를 발급할 수 있는 규정인데, 이 건에 있어 E이 대가 등을 선수취하고 나중에 세금계산서를 발급한 후발행 세금계산서가 다수 존재하고, 청구인이 주장하는 선발행 세금계산서는 쟁점세금계산서 거래 금액 중 일부금액에 불과하다.청구인은 E이 쟁점사업장에게 발급한 세금계산서와 자금의 흐름을 매칭한 자료를 아래 ＜표11＞과 같이 제출하였는바, 청구주장 대로라면 쟁점세금계산서 거래에 있어 대가를 수취한 시점에 세금계산서가 발행되어야 함에도 제출한 자료 중 공급가액 OOO원에 해당하는 거래는 대가를 수취한 후로부터 많게는 600여일이나 지연하여 발행한 거래형태가 다수 존재한다.＜표11＞ 세금계산서와 자금의 흐름을 매칭한 자료OOO이는 공급시기가 도래하기 전에 대가를 선수취하였을 때 그 대가를 수취한 시점에 세금계산서를 발급할 수 있도록 규정한 선발행 세금계산서가 아니라 후발행 세금계산서에 해당하는 것으로써 그 금액 또한 쟁점세금계산서 상 공급가액인 OOO원의 OOO%를 초과한다.3. 심리 및 판단가. 쟁 점쟁점세금계산서가 공급시기 특례가 적용되는 선발행 세금계산서에 해당하므로 이 건 부가가치세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부나. 관련 법령(1) 부가가치세법 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.② 제1항에 따른 재화의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제17조【재화 및 용역의 공급시기의 특례】① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 "재화 또는 용역의 공급시기"라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일 이내에 대가를 받으면 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.③ 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전에 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 그 세금계산서 발급일부터 7일이 지난 후 대가를 받더라도 해당 세금계산서를 발급한 때를 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.1. 거래 당사자 간의 계약서ㆍ약정서 등에 대금 청구시기(세금계산서 발급일을 말한다)와 지급시기를 따로 적고, 대금 청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내인 경우2.