청구인들이 쟁점근린생활시설을 LH에게 무상양도한 쟁점거래가 「부가가치세법」 제26조 제1항 제20호에 따른 면세사업에 해당한다는 청구주장의 당부

요지「부가가치세법」 제26조 제1항 제20호에 따라 부가가치세가 면제되는 것은 공급받는 자가 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 및 대통령령으로 정하는 특정 공익단체인 경우에 한정되는바, 여기에 속하지 않는 LH와 한 쟁점거래를 「부가가치세법」 제26조 제1항 제20호에 따른 면세대상으로 보기는 어려운 점 등에 비추어, 위 청구주장은 받아들이기 어려움

주문성북세무서장이 2023.12.16.∼2023.12.22. 청구인들에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구인이 해당 과세기간에 수취한 매입세금계산서상 공급가액이나 부가가치세 신고 당시 불공제분으로 산정한 OOO원 중 실제 과세대상인 근린생활시설 및 오피스텔과 관련한 매입가액이 얼마인지를 재조사하고, 근린생활시설과 오피스텔 관련 매입가액 중 근린생활시설분을 분양면적(전용면적과 공용면적의 합계)을 기준으로 산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인들은 2018.1.1. 개업하여 상호명 “A”으로 주택신축판매업을 영위한 공동사업자들로, 서울특별시 성북구 OOO 지상에 2개의 건물(AㆍB동으로, 이하 “쟁점건물들”이라 한다)을 신축한 후, 2019.4.12. B(이하 “B”라 한다)에게 쟁점건물들 내 공동주택 합계 20개호 및 오피스텔 4개호를 공급가액 OOO원에 유상양도하는 한편, 쟁점건물들의 각 지하 1ㆍ2층에 소재한 근린생활시설들(이하 “쟁점근린생활시설”이라 한다)은 무상증여(이하 “쟁점거래”라 한다)하는 것으로 하여 쟁점건물들 전체의 소유권을 이전하였는데, 공동주택의 유상양도에 대해서는 공급가액이 OOO원인 계산서를, 오피스텔의 유상양도에 대해서는 공급가액이 OOO원인 세금계산서를 각 발급한 후 관련 부가가치세 신고를 하였으나, 쟁점근린생활시설에 대한 쟁점거래의 가액은 매출에누리로 보아 부가가치세 신고대상에서 제외하였다.나. 처분청은 쟁점거래를 「부가가치세법」 제10조 제5항에 따른 사업상 증여로 보아 쟁점근린생활시설의 공급가액을 OOO원(이하 “쟁점매출공급가액”이라 한다)으로 산정하여, 2023.12.16.∼2023.12.22. 청구인들에게 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정.고지하였다.다. 청구인들은 이에 불복하여 2024.3.7. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점거래는 재화를 국가 등에 무상공급한 것이므로, 부가가치세 면제대상이다.(가) B는 「공공주택특별법」 제43조에 따라 동(棟) 단위로 주택을 일괄 매입한 후 이를 공공매입임대주택으로 공급하고 있는데, 청구인은 2019년 3월경 이러한 B의 매입공고에 응하여 쟁점건물들을 일괄 양도하였다. B는 공사의 규정상 주택ㆍ오피스텔 등 주거용 건물만을 동(棟) 단위로 매입하고, 건물에 근린생활시설이 있는 경우에는 제한적으로 일괄 매입하는데, 일괄 매입의 경우 건물 전체에 대하여 개별적으로 소유권 이전(매매)을 하면서 근린생활시설은 무상으로 증여하는 것을 조건으로 하므로, 청구인들도 이에 따라 쟁점건물들 중 공동주택과 오피스텔은 유상양도하고, 지하 1ㆍ2층에 소재한 쟁점근린생활시설은 무상양도하는 쟁점거래를 하였다.

이유 2즉, 청구인들로서는 쟁점거래를 하지 않으면 쟁점건물들에 대한 양도계약 자체가 이루어질 수 없기 때문에, 쟁점거래에 의한 손실을 감수하면서까지 계약을 한 것이다.(나) 「부가가치세법」 제26조 제1항 제20호는 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에게 재화ㆍ용역을 무상으로 공급하는 경우에는 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있는데, B는 정부가 100% 출자하여 설립된 공사로, 국민주거생활의 향상과 국민경제의 발전에 이바지하기 위하여 설립되어 국가를 대신하여 「공공주택특별법」에 따라 주택공급업무를 수행하고 있는바, 쟁점근린생활시설을 B에 무상증여한 쟁점거래는 국가 등에 재화를 무상공급한 것으로서 부가가치세 면제대상에 해당한다.(2) 설령 쟁점거래가 「부가가치세법」상 면세대상에 해당하지 않는다 하더라도, 쟁점매출공급가액은 매출에누리에 해당하므로 매출가액에서 직접 차감되어 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다.(가) 「부가가치세법」 제29조 제5항 제1호는 재화ㆍ용역을 공급할 때 그 품질ㆍ수량ㆍ인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아주는 금액은 공급가액에 포함하지 않는다고 규정하고 있고, 「소득세법 시행규칙」 제22조는 총수입금액에 산입하지 않는 매출에누리를 물품의 판매에 있어서 그 품질ㆍ수량 및 인도ㆍ판매대금결제 기타 거래조건에 따라 그 물품의 판매 당시에 통상의 매출가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 정의하고 있다. 이에 대하여 법원은 에누리액을 부가가치세 과세표준에서 제외하는 것은 재화ㆍ용역의 품질ㆍ수량이나 인도 등에 관한 공급조건이 원인이 되어 공급가액에서 공제ㆍ차감되는 금액은 거래상대방으로부터 실제로 받은 금액이 아니므로 이를 부가가치세의 과세표준에서 제외하는 데에 그 취지가 있고(대법원 2013.4.11. 선고 2011두8178 판결), 공급조건이 원인이 되어 통상의 공급가액에서 직접 공제.차감되는 에누리액은 그 발생시기가 재화나 용역의 공급시기 전으로 한정되지 아니하고 그 공제.차감의 방법에도 특별한 제한이 없다(대법원 2015.12.23. 선고 2013두19615 판결 등)고 판시하였다.(나) 그런데, 청구인들과 B 간 쟁점건물들의 매매계약서를 보면, 공동주택 및 오피스텔 합계 24개호에 대해서만 각 호별 매매대금이 산정되어 있고, 쟁점근린생활시설에 대해서는 특약사항에 “근생시설 포함 인수”라고 기재하고 있다.

이유 3또한, 매매 조건으로 공동주택ㆍ오피스텔을 매매하기 위하여 쟁점건물들을 일괄적으로 매매하되, 쟁점건물들에 쟁점근린생활시설이 포함되어 있으므로, 쟁점근린생활시설을 무상으로 이전한다는 내용이 기재되어 있다.(다) 위와 같은 계약조건에 의하면, 쟁점건물들을 일괄 매매하는 것이 매매계약의 조건이므로, 쟁점근린생활시설에 대한 매매대금이 없더라도 계약서 상 매매대금은 쟁점건물들의 총 매매대금에서 쟁점근린생활시설에 대한 대금을 매출에누리 성격으로 차감하여 산정한 순매매대금이라고 보아야 한다.(라) 청구인들은 쟁점건물들 전체(공동주택분, 오피스텔분, 쟁점근린생활시설분)를 일괄적으로 매매하여 손실을 줄이고자 하였고, 결국 쟁점거래가 공급조건이 되어 B에 쟁점근린생활시설을 대가 없이 양도한 것이므로, 쟁점거래의 공급가액인 쟁점매출공급가액은 매출에누리로서 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다.(3) 설령 처분청의 의견과 같이, 쟁점거래를 사업상 증여로 보아 이에 대하여 과세한다 하더라도, 쟁점근린생활시설에 대한 매출과세표준을 OOO원으로 재산정하고, 청구인들이 임의로 불공제한 매입액 OOO원도 공제대상 매입액으로 인정하여야 한다.(가) 청구인들은 2018년 제2기∼2019년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점건물들을 신축하면서 시공사인 주식회사 C으로부터 부가가치세 부과대상인 쟁점근린생활시설과 오피스텔에 대해서는 매입세금계산서를, 면세대상인 공동주택에 대해서는 매입계산서를 각 발급받았기 때문에, 부가가치세 신고 당시 별도로 공통매입세액 안분계산을 하지 않았다.(나) 한편, 청구인들은 2019년 제1기 부가가치세 과세기간에 B에게 쟁점건물들 전체를 양도하면서 오피스텔 매매대금에 대해서는 매출세금계산서를, 공동주택 매매대금에 대해서는 계산서를 발급하였으나, 앞서 주장한 바와 같이 쟁점거래는 면세거래에 해당하거나 쟁점매출공급가액이 매출에누리에 해당한다고 보았기 때문에 쟁점근린생활시설의 공급가액을 과세표준에 포함하여 신고하지 않았고, 대신 향후 부가가치세 과세 관련 쟁점이 발생할 가능성을 염려하여 임의로 공제대상 매입세액 중 OOO원을 일부 쟁점근린생활시설의 매입세액으로 보아 불공제하였다.처분청은 쟁점거래를 사업상 증여로 보고 그에 대한 과세표준을 쟁점근린생활시설 및 오피스텔 관련 매입세금계산서상 공급가액인 OOO원 중 쟁점근린생활시설분(연면적 기준, 74.2%)인 OOO원으로 산정한 것으로 나타나나, 이는 층별 총 면적을 기준으로 산정한 오류가 있을 뿐만 아니라, 청구인들이 쟁점근린생활시설부분과 관련하여 부담하였으나 임의로 불공제한 매입액을 누락하였다.처분청은 지하 1ㆍ2층 전체를 쟁점근린생활시설의 면적으로 보았으나, 지하 1ㆍ2층에는 건물 전체가 공동으로 사용하는 펌프실, 정화조, 지상 각 층으로 이동하는 엘리베이터, 공용 복도 및 방풍실 등이 포함되어 있으므로, 전유 면적을 비교하여 쟁점근린생활시설만의 고유 용도에 해당되는 면적을 산정하여야 한다.

이유 4즉, 쟁점근린생활시설에 대한 과세표준은 아래 ＜표＞와 같이 불공제된 매입액 OOO원을 포함한 총 합계 OOO원을 전유면적(69.7%)으로 안분하여 재산정하여야 한다.＜표1＞ 양측 주장 정리(단위 : 백만원)OOO(다) 처분청은 청구주장을 입증할 만한 구체적인 공사내역서, 임의로 불공제하였다는 매입세액 산출근거 등도 제출되지 아니하여 불공제한 매입세액이 쟁점근린생활시설의 신축과 관련한 것인지 여부를 확인할 수 없다는 의견이나, 청구인들이 제출한 건설공사 표준계약서의 제1조에 ‘도급금액에 대하여 공급가액 OOO원, 부가가치세액 근린생활 및 업무시설(이하 “과세부분”이라 한다)’이라고 명확하게 명시되어 있어 “C”에서 발행한 세금계산서가 전부 과세부분이라는 것을 알 수 있고, “C”과의 총 도급금액에 대한 세금계산서(과세부분), 계산서(면세부분) 발행부분은 아래 ＜표2＞와 같다[작성일자가 2018.10.22.인 공급가액 OOO원(품목명 지적현황)의 세금계산서는 한국국토정보공사 서울중부지사에서 발행 건으로 오류로 보여 제외하였다].＜표2＞ 시공업체인 C으로부터 매입(세금)계산서 수취내역(단위:원, %)OOO한편, 처분청이 적시한 바와 같이, 집합건축물 대장의 상가ㆍ오피스텔ㆍ공동주택의 면적과 한국감정원에서 발간한 2019년도 건물신축단가표 용도별 평균값을 적용하여 계산한 결과는 아래 ＜표3＞과 같은데, 이를 위 ＜표2＞와 비교해 보면, 한국감정원의 2019년도 건물신축단가표기준에 따라 계산한 과세(세금계산서) 비율 49%가 시공업체가 발행한 세금계산서(과세) 비율은 48%와 비슷하여 실제로 과세부분에 대하여만 세금계산서가 발급되었음을 알 수 있는바, 청구인들이 당시 임의적으로 불공제한 매입세액 OOO원에 대하여도 매입세액 공제가 인정되어야 한다.＜표3＞ 2019년도 건물신축단가표 기준(한국감정원) 과·면세 비율[단위:면적(㎡), 금액(원), 비율(%)]OOO나. 처분청 의견(1) 쟁점거래는 사업상 증여로서 부가가치세 부과대상에 해당한다.(가) 「부가가치세법」 제10조 제5항은 ‘사업자가 자기생산ㆍ취득재화를 자기의 고객이나 불특정 다수에게 증여하는 경우(증여하는 재화의 대가가 주된 거래인 재화의 공급에 대한 대가에 포함되는 경우는 제외한다)는 재화의 공급으로 본다’고 규정하고 있다.(나) 2018년 제2기 및 2019년 제1기 부가가치세 신고서에 의하면, 청구인들은 쟁점근린생활시설에 대한 매입세액을 공제받았고, 쟁점건물들 중 공동주택과 오피스텔은 유상으로, 쟁점근린생활시설은 무상 증여의 형태로 하여 그 소유권을 B에게 일괄적으로 이전한 것으로 나타난다.

이유 5쟁점근린생활시설의 경우 무상증여의 형태로 양도되었으나 이는 쟁점건물들의 양도를 위한 형식에 불과하고, 사실상 그 실질은 청구인들과 B 간 매매로서 사업상 증여에 해당하는데, 자기생산ㆍ취득재화에 대하여 매입세액을 공제받고 결과적으로 과세하지 않는다면 매입세액공제를 받은 금액만큼 부가가치세가 탈루되게 된다.(다) 쟁점거래는 「부가가치세법」 제26조 제1항 제20호에 따른 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다.1) 「부가가치세법」 제26조 제1항 제20호는 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 재화ㆍ용역을 무상으로 공급하는 경우 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제47조 제1항은 ‘대통령령으로 정하는 공익단체’를 ‘주무관청의 인ㆍ허가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조에 규정된 사업을 하는 단체’로 규정하고 있으며, 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조는 공익법인등의 범위를 열거하면서 그 중 하나로 ‘「법인세법 시행령」제39조 제1항 제1호 바목의 「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관(같은 법 제5조 제4항 제1호에 따른 공기업은 제외한다)으로서 특정 요건을 충족한 자가 운영하는 고유목적사업’을 규정하고 있다.2) 한편, B는 「B법」에 따라 설립된 준시장형공기업으로, 「B법」 제19조는 「공공주택특별법」 등에 따라 공사가 시행할 수 있는 사업 중 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조의 공익사업에 해당하는 경우 같은 법 제9조 제1항 및 제2항, 같은 법 제51조 제1항 제1호 및 「부동산등기법」제98조를 적용함에 있어서는 국가 또는 지방자치단체를 ‘공사’로, 관계중앙행정기관의 장을 ‘공사사장’으로 본다고 규정하고 있다.3) 청구인은 B가 국가를 대신하여 주택업무를 수행하므로, 국가로 의제하여 쟁점거래를 국가 등에 무상으로 공급한 거래로 보아 부가가치세를 면제해야 한다고 주장하나, B는 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제5조 제4항 제1호에 따른 준시장형 공기업으로, 「부가가치세법」 제26조 제1항 제20호 ‘대통령령으로 정하는 공익단체’에 해당되지 않고, 「B법」에서도 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 「부동산등기법」의 일부 조항에서 B를 국가ㆍ지방자치단체로 본다고 규정하고 있으므로 원칙적으로는 국가ㆍ지방자치단체에 해당하지 않는 것일 뿐만 아니라, 쟁점건물들의 양도의 경우, 기존 주택 소유자인 청구인들에게 매도 여부에 대한 선택권이 주어져 그 실질이 B와 개인들 간의 사경제활동인 매매에 해당하는 것으로 보이는바 쟁점거래를 공익목적을 위한 무상증여로 보기도 어려운 점 등을 고려할 때, 쟁점거래는 「부가가치세법」 제26조 제1항에 따른 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다.(2) 쟁점매출공급가액은 매출에누리에 해당하지 않는다.(가) 재화ㆍ용역의 공급과 관련된 전체적인 거래과정에서 결과적으로 최종소비자에게 일정 금액의 경제적 이익이 발생하였다고 하여 그 금액이 모두 에누리가 되는 것은 아니고, 당해 재화ㆍ용역의 공급 그 자체와 직접적으로 연계된 경제적 이익만이 에누리에 해당될 수 있으므로(서울고등법원 2022.8.18.

이유 6선고 2020누69085 판결), 쟁점매출공급가액이 부가가치세 과세표준에서 제외되는 매출에누리에 해당하기 위해서는 해당 가액이 쟁점건물들의 대금에서 청구인들이 이를 직접 깎아주는 금액이었어야 한다.(나) 청구인은 B에 쟁점건물들을 일괄 매각하기 위하여 쟁점근린생활시설을 무상으로 제공하였으므로, 그에 따른 공급가액을 매출에누리로 보아야 한다고 주장하나, B의 “기존주택매입공고문”에는 B가 저소득층과 청년 및 신혼부부 주거지원을 위하여 주택을 매입하되 지하 세대가 포함된 주택은 매입대상에서 제외하나, 이를 무상으로 제공할 수 있는 경우에는 가능하다고 명시되어 있는바, 당초부터 쟁점근린생활시설은 매입대상이 아니었다고 볼 수 있고, B의 쟁점건물들의 ‘매매협의가격명세’에 의하면, 쟁점근린생활시설의 가액은 ‘0’으로, 오피스텔과 공동주택에 대해서만 쟁점건물들의 매매가격을 산정한 후 청구인들과 매매협의를 거쳐 계약이 성립된 것으로 보이는바, B의 입장에서도 쟁점근린생활시설을 무상으로 공급받아 쟁점건물들의 매매가액을 할인받은 것으로 인식하였다고 보기는 어려울 뿐만 아니라, 실제 청구인들은 쟁점건물들을 양도하면서 오피스텔과 공동주택에 대해서는 매매계약서를 작성한 반면, 쟁점근린생활시설에 대해서는 별도로 증여 계약서를 작성하지 않았는바, 청구인들이 쟁점건물들을 B에 공급할 때 쟁점건물들의 가액에서 쟁점근린생활시설에 대한 가액을 직접 공제ㆍ차감해주었다고 볼 수는 없다.(3) 청구인들은 쟁점거래의 공급가액을 OOO원으로 산정하고, 임의로 불공제하였던 매입세액 OOO원을 추가로 공제하여야 한다고 주장하나, 이는 타당하지 않다.(가) 청구인들은 당초 부가가치세 신고 당시 쟁점근린생활시설의 신축과 관련하여 수취한 매입세금계산서상 공급가액 OOO원에 대한 매입세액을 공제하지 않았으므로, 이를 반영하여 쟁점근린생활시설의 취득가액을 재계산하여 쟁점근린생활시설의 공급가액을 OOO원으로 산정하는 한편, 불공제된 매입세액 OOO원을 공제하여 이 건 부가가치세액을 재산정하여야 한다고 주장하나, 청구인들이 수취한 매입세금계산서 및 매입계산서만으로는 청구인들이 주장하는 매입세액 OOO원과 관련한 구체적인 공사내역을 알 수 없고, 달리 청구주장을 입증할 수 있는 구체적인 공사내역서, 쟁점매입세액 산출근거 등도 제출되지 아니하여 불공제한 매입세액이 쟁점근린생활시설 신축과 관련된 것인지 여부를 확인할 수 없다.(나) 한편, 「부가가치세법」 제10조 제5항은 ‘사업자가 자기생산·취득재화를 자기의 고객이나 불특정 다수에게 증여하는 경우(증여하는 재화의 대가가 주된 거래인 재화의 공급에 대한 대가에 포함되는 경우는 제외한다)는 재화의 공급으로 본다’고 규정하고 있고, 같은 법 제29조 제11항은 ‘제10조 제5항에 해당하는 재화가 대통령령으로 정하는 감가상각자산인 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제66조 제2항은 ‘과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조 제5항의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 건축물 또는 구축물인 경우에는 [해당 재화의 취득가액 × (1-5/100 × 경과된 과세기간의 수)]를 공급가액으로 본다’고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 ‘재화의 취득가액은 법 제38조에 따라 매입세액을 공제받은 해당 재화의 가액으로 한다’고 규정하고 있다.나아가, 부동산매매업자가 건물을 신축하고 층별 또는 호별로 분양금액을 달리하여 분양하는 경우 분양한 건물의 취득가액은 개별원가계산방법 또는 총취득가액을 총 건축연면적에서 분양면적이 차지하는 비율에 따라 안분계산하는 것(국세청 소득 46011-102)이므로,