쟁점과세기간에 23.1.1. 시행 조특법§18의2에 따른 단일세율를 적용할 수 있는지 여부 등

요지22.12.31. 개정된 개정규정은 부칙 제1조에 따라 23.1.1. 이후에 적용되므로 쟁점과세기간에 소급하여 개정규정을 적용할 수 없는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

주문강남세무서장이 2025.7.29. 청구인에게 한 2019년 귀속 종합소득세 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1.처분개요가. 청구인은 미합중국 국적의 외국인으로 2002년경 부터 A법인(이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 최초로 국내 근무를 시작하여, 2019.1.1.부터 2022.12.31.까지(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 기간 중에도 국내에서 근무하였고, 쟁점법인이 청구인에게 근로소득을 지급하면서 「소득세법」제134조 제1항에 근로소득 간이세액표에 따라 원천징수를 하였으며, 연말정산을 통해 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 산출된 추가 납부세액을 납부하였다.나. 이후 청구인은 2025.5.30. 추가납부세액이 없는 것으로 하여 2019년 귀속 종합소득세에 대한 기한 후 신고(이하 “쟁점기한후신고”라 한다)를 한 후, 2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제18조의2 제2항(이하 “쟁점개정규정”이라 한다)에 따라 쟁점과세기간동안 쟁점법인으로부터 지급받은 근로소득이 외국인근로자 단일세율(19%) 적용대상에 해당하므로 이에 대하여 단일세율을 적용하여 산정한 종합소득세 합계 OOO원(2019년 귀속분 OOO원, 2020년 귀속분 OOO원, 2021년 귀속분 OOO원, 2022년 귀속분 OOO원)의 환급해달라는 취지로 2025.6.2. 처분청에 경정청구를 제기하였다.다. 처분청은 쟁점개정규정의 적용시기가 2023.1.1.이므로 쟁점과세기간 중 지급받은 근로소득의 경우 쟁점개정규정의 적용대상이 아닌 것으로 보아 2025.7.29. 청구인의 경정청구를 거부하였다.라.청구인은 이에 불복하여 2025.10.2.

이유 2심판청구를 제기하였다.2.청구인 주장 및 처분청 의견가.청구인 주장(1) 청구인은 적법하게 쟁점기한후신고를 한 후 이에 대하여 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따라 경정청구를 제기하였으므로, 이는 적법한 경정청구에 해당한다.(가) 「소득세법」제70조 제1항은 근로소득을 비롯한 종합소득금액이 있는 거주자의 경우 종합소득 과세표준을 다음 연도 5월 31일까지 신고하도록 규정하고 있으나, 같은 법 제73조 제1항은 근로소득만 있는 자의 경우 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있도록 규정하여 원칙적으로 종합소득금액이 있는 모든 거주자에게 과세표준확정신고 의무를 부여하면서 근로소득만 있는 자의 경우 예외적으로 확정신고 대신 연말정산으로 갈음할 수 있도록 허용하면서, 연말정산으로 소득세 신고·납부의무를 종결하지 않고, 종합소득세 과세표준확정신고를 할 수 있도록 규정하고 있다.(나) 한편 「국세기본법」제45조의3 제1항은 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장의 결정 통지 전까지 기한 후 과세표준신고서를 제출할 수 있다고 규정하고 있는데, 2006.12.30.「국세기본법」(법률 제8139호) 제45조의3 제1항 개정시 기한 후 신고의 요건 중 하나였던 ‘납부세액이 있는 경우’를 삭제하였는바, 청구인의 경우 관할 세무서장에게 2019년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고서를 제출한 사실이 없고, 관할 세무서장으로부터 2019년 귀속 종합소득세 결정 통지를 받은 사실도 없는 이상 세액 변동이 없는 경우라도 위 규정에 따른 요건을 충족한 쟁점기한후신고는 적법하고 유효한 것으로 보아야 할 것이다.(다) 또한 「국세기본법」제45조의2 제1항은 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따른 과세표준 및 세액을 초과할 때 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 관할 세무서장에게 경정청구를 제기할 수 있다고 규정하고 있는데, 기한후신고에 따른 세액을 납부하였는지 여부나 신고를 확정하는 효력의 유무와 관계없이 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 위 규정에 따라 일정한 기간 내 경정청구를 제기할 수 있다고 할 것이고, 청구인의 경우 쟁점기한후신고를 통해 기한후과세표준신고서를 제출한 후 2019년 귀속 종합소득세의 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 이 건 경정청구를 제기하였으므로, 이는 적법한 경정청구에 해당한다.(라) 한편 처분청은 「국세기본법」제45조의2 제5항에 따라 이 건 경정청구가 부적법한 경정청구에 해당한다는 의견이나, 청구인은 쟁점기한후신고를 한 후 같은 법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 제기한 것이고, 같은 법 제45조의2 제5항은 경정청구권 인정 범위를 확대하기 위한 것으로서 이로 인해 근로소득만 있는 자의 경우 「국세기본법」제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 제기할 수 없다고 해석하는 것은 불합리하다고 할 것이다.(2) 쟁점과세기간 중 지급받은 근로소득에 대하여 쟁점개정규정을 적용하여 단일세율을 적용하여야 한다.(가) 쟁점개정규정은 과거 외국인 근로자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에만 적용되던 단일세율을 최초 근로 제공일부터 20년 이내에 끝나는 과세기간까지 적용할 수 있도록 대상 기간을 연장한 것인데, 여기서 ‘국내에서 최초로 근로를 제공한 날’에 대하여 기획재정부는 ‘2014.1.1. 현재 근로를 제공하고 있는 외국인 근로자의 경우 국내에서 최초로 근로를 제공한 날은 2014.1.1.’이라고 해석(기획재정부 소득세제과-135, 2023.2.21.)하였는바, 2014.1.1.

이유 3쟁점법인에서 근로를 제공하고 있던 청구인의 경우 2014.1.1.부터 20년 이내에 끝나는 과세기간(2033.12.31.)까지 쟁점개정규정에 따라 단일세율을 적용된다고 해석하는 것이 합리적이므로 쟁점과세기간 중 지급받은 근로소득에 대하여도 쟁점개정규정에 따라 단일세율이 적용되어야 한다.(나) 처분청은 조특법 부칙 제2조에 따라 쟁점과세기간 중 지급받은 근로소득에 대하여는 쟁점개정규정이 적용되지 않는다는 의견이나, 특별법 우선의 원칙에 따라 일반적인 적용례와 개별적 적용례의 관계에 있어 특별법의 지위에 있는 개별적 적용례가 우선 적용된다고 보아야 할 것인바(대법원 2017.9.21. 선고 2016두60201 판결, 같은 뜻임), 조특법 부칙 제10조는 쟁점개정규정에 대한 개별적인 적용례로서 일반적 적용례를 규정한 조특법 부칙 제2조에 우선하여 적용되는 것이므로, 쟁점과세기간 중 지급받은 근로소득에 대하여도 쟁점개정규정을 적용할 수 있다고 보아야 할 것이다.(다) 한편, 쟁점개정규정의 경우 2022.12.31. 개정된 것으로 개정 전인 쟁점과세기간에 그 효력이 미치는 것이 소급입법으로서 적절하지 않다는 의견도 있으나, 납세의무자에게 유리한 시혜적인 소급입법의 경우 새로운 의무를 부과하는 경우와는 달리 입법자에게 보다 광범위한 입법형성의 자유가 인정된다고 할 것(헌법재판소 1995.12.28. 선고 95헌마196 결정, 대법원 2004.10.27. 선고 2003두12035 판결)인바, 외국인 근로자에 대하여 단일세율을 적용하도록 한 쟁점개정규정의 경우 납세의무자에게 유리한 시혜적인 입법인 이상 그 적용시기를 소급하여 적용하는 것에 대하여 제한할 이유가 없다고 볼 수 있다.나. 처분청 의견(1) 청구인이 제기한 2019년 귀속 종합소득세의 환급을 구하는 취지의 경정청구는 적법한 청구기간을 도과하여 제기된 것으로서 부적법한 경정청구에 해당한다.(가) 「국세기본법」제45조의2 제5항은 「소득세법」제73조 제1항에 따른 근로소득만 있는 자의 경우 연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 지급명세서를 제출기한 까지 제출한 원천징수대상자로서 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내 관할 세무서장에게 기 신고한 과세표준 및 세액에 대하여 경정청구를 제기할 수 있는 것으로 규정하고 있다.(나) 청구인은 2025.6.2.

이유 4처분청에 2019년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액에 대한 경정청구를 제기하였는데, 과세관청은 연말정산된 근로소득만 있어 소득세 과세표준 확정신고를 하지 않은 원천징수대상자는 연말정산세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 제기할 수 있는 것으로 해석(기준-2021-법령해석기본-136, 2021.7.26.)하고 있는바, 2019년 귀속 근로소득에 대하여 연말정산을 마친 후 그 지급명세서 제출기한인 2020.3.10.의 다음 날로부터 5년이 경과된 시점에 제기된 청구인의 경정청구는 적법한 경정청구기간을 도과한 것으로서 부적법한 경정청구에 해당한다.(다) 한편 청구인은 쟁점기한후신고 후 제기한 이 건 경정청구가 적법하다고 주장하나, 「소득세법」제73조 제1항에 따라 근로소득만 있는 자의 경우 종합소득 과세표준 확정신고의 예외 대상으로, 원천징수의무자가 근로소득세를 원천징수한 후 연말정산까지 마친 경우 당해 원천징수대상자의 경우 종합소득 과세표준 확정신고를 이행한 것과 동일한 효과가 있다고 할 것인바, 청구인의 경우 쟁점법인으로부터 지급받은 근로소득에 대하여 쟁점법인이 원천징수의무를 이행한 후 연말정산을 마쳐 그에 대한 종합소득 과세표준이 확정된 상태에서 하는 기한후신고의 경우 「국세기본법」상 수정신고 또는 경정청구를 제기한 것으로 보아야 할 것이나, 쟁점기한후신고의 경우 당초 과세표준 및 세액과의 차이가 없어 기존의 확정신고를 정정하는 효력도 없으므로 적정한 수정신고 또는 경정청구라고도 보기 어렵다.(2) 쟁점개정규정의 경우 2023.1.1.

이유 5시행일 이후 개시하는 과세연도부터 적용되는 것이므로, 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.(가) 조특법 부칙 제1조는 ‘이 법은 2023년 1월 1일부터 시행한다’라고 규정하면서 부칙 제2조는 ‘이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 부칙 제1조에 따른 각 해당 개정규정의 시행일 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다’고 규정하고 있고, 부칙 제10조는 쟁점개정규정에 대하여 이 법 시행 당시 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 20년이 지나지 아니한 외국인근로자에 대해서도 적용한다고 규정하고 있다.(나) 청구인은 조특법 부칙 제10조에 따라 쟁점과세기간 중 지급받은 근로소득에 대하여도 쟁점개정규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 조특법 부칙 제10조는 쟁점개정규정의 적용 대상에 관하여 규정한 것으로서 종전 규정에 의해 최초 근로제공일부터 5년간만 적용받을 수 있던 외국인 근로자들도 쟁점개정규정에 따라 확대된 기간까지 적용받을 수 있다는 점을 규정한 것일 뿐, 적용시기가 이미 경과한 과세기간까지 소급하여 적용된다는 점을 규정한 것이 아니고, 법률이 일부 개정된다고 하여 종전 부칙 규정이 실효되는 것은 아니므로 현재 특례 적용 중이거나 이미 특례를 받은 근로자에게 쟁점개정규정에 의해 확대된 특례기간을 적용하기 위해 통해 ‘적용대상’에 대해 명확하게 규정한 것인바, 조특법 부칙 제10조를 쟁점개정규정을 소급하여 적용할 수 있는 것으로 해석하는 것은 지나치게 확대해석하는 것이다.(다) 또한 청구인은 쟁점개정규정의 적용시기에 관하여 개별적인 적용례를 규정한 조특법 부칙 제10조를 일반적인 적용례를 규정한 조특법 부칙 제2조에 우선하여 적용하여야 한다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 조특법 부칙 제10조의 경우 쟁점개정규정의 적용대상에 대하여 규정한 것이고, 조특법 부칙 제2조의 경우 쟁점개정규정의 적용시기를 규정한 것이므로 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.(라) 한편 청구인은 납세의무자에게 유리한 시혜적 소급입법의 경우 제한없이 허용되는 것이므로 쟁점개정규정을 소급적용하는 것이 합리적이라고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하므로(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조) 외국인 근로자에게 특혜가 될 수 있는 쟁점개정규정 또한 그 원칙에서 예외가 될 수 없는 것이므로, 이를 무리하게 확대 해석하는 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다.3.심리 및 판단가.쟁점① 2019년 귀속 근로소득에 대한 기한후신고가 적법한 이상 2019년 귀속분에 대한 이 건 경정청구도 적법하다는 청구주장의 당부② 외국인근로자인 청구인의 쟁점과세기간(2019년∼2022년 귀속) 근로소득에 대하여 2023.1.1. 시행 「조세특례제한법」 제18조의2에 따른 단일세율(19%)을 적용할 수 있는지 여부나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재다.사실관계 및 판단(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.(가) 쟁점법인은 2019년 중 청구인에게 지급한 근로소득에 대하여 연말정산을 실시한 후 2020.3.9. 처분청에 근로소득 지급명세서를 제출하였고, 청구인이 2019년 귀속 종합소득세 확정신고서를 제출한 사실은 없는 것으로 확인되며, 2025.5.30.

이유 6연말정산에 따른 과세표준 및 세액과 동일한 내용으로 2019년 귀속 종합소득세 기한후과세표준신고서를 제출한 것으로 확인되고, 2019년 귀속 종합소득세 OOO원을 환급해달라는 취지로 2025.6.2. 처분청에 경정청구를 제기한 것으로 확인되며, 처분청은 쟁점과세기간 귀속 근로소득에에 대하여 쟁점개정규정을 적용할 수 없다는 취지로 경정청구 거부처분을 하였다.(나) 쟁점개정규정의 개정연혁은 아래 ＜표1＞과 같다. 개정일 시행일 법률 개정 내용 비고 2003.12.30. 2004.1.1. 제7003호 ㆍ17% 단일세율 적용 최초시행 2014.1.1. 2014.1.1. 제12173호 ㆍ국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간 까지 17% 적용 (2014.12.31.까지만 해당) ㆍ부칙 제59조 2014.1.1. 전에 국내 근무 시작 외국인 근로자 종전규정 적용 내국인과의 형평성 도모 → 5년 규정 신설 2014.12.23. 2015.1.1. 제12853호 ㆍ적용기한 2016.12.31.까지로 연장 적용받는 외국인근로자도 적용 적용기한 연장 2016.12.20. 2017.1.1. 제14390호 ㆍ2018.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간까지 19% 적용 ㆍ(부칙 제10조) ① 부칙 59조 및 부칙 8조를 적용받는 자는 개정규정에도 불구하고 2018.12.31.까지만 과세특례 적용 ② 적용기한 규정은 2014.1.1.이후 국내에서 근무시작한 경우부터 적용 ㆍ세율인상(19%) 기한 신설 국내 근무시작 외국인 근로자는 2018.12.31.까지만 적용 2018.10.16. 2019.1.1. 제15785호 ㆍ2021.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 적용 기한 연장 2021.12.28. 2022.1.1. 제18634호 ㆍ2023.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 적용 기한 연장 2022.12.31. 2023.1.1. 제19199호 ㆍ2023.12.31. 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 최초로 근로를 제공한 날부터 20년 이내에 끝나는 과세기간까지 19% 적용 최초로 근로를 제공한 날부터 20년이 지나지 아니한 외국인근로자에 대해서도 적용 적용기간 확대(20년) 2023.12.31. 2024.1.1. 제19936호 ㆍ2026.12.31.