쟁점부동산을 청구법인의 사실상 본점으로 보아「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 처분의 당부

요지ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ은 청구법인으로부터 쟁점부동산을 비롯한 이 건 부동산의 9층부터 11층까지를 임차하여 그 사무실 등으로 사용하고 있다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이와 다른 측면에서 쟁점부동산을 청구법인의 본점용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

주문서울특별시 강남구청장이 2024.12.13. 청구법인에게 한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2020.10.20. 서울특별시 강남구 OOO 토지 879.8㎡를 취득한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고.납부하였다.나. 청구법인은 2023.7.17. 서울특별시 강남구 OOO 소재 토지에 건축물 6,295.83㎡(업무시설 등, 지하 4층, 지상 11층, 이하 “이 건 건축물”이라 하고, 그 부속토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 신축(취득)한 후 그 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제11조 제1항 제3호의 세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.다. 처분청은 이 건 건축물(6,295.83㎡) 중 청구법인이 AAA 주식회사(이하 “AAA”이란 한다)에게 임대하여 AAA이 대표이사인 BBB의 집무실로 사용하고 있는 건축물 185.9㎡(그 부속토지 26.51㎡를 포함하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구법인이 과밀억제권역 내에 신축한 본점용 부동산 보아, 2024.12.13. 청구법인에게 그 취득가격 OOO원을 과세표준을 하고,「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 취득세 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감하여 아래 ＜표1＞과 같이 산출한 취득세 등 OOO원(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과.고지하였다.＜표1＞ 이 건 취득세 등 부과 내역(단위 : ㎡, 원)○○○라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.21. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인으로부터 이 건 부동산의 9층∼11층을 임차한 AAA은 임차한 부동산을 본점사무소로 사용하면서, 10층 일부인 쟁점부동산을 그 대표이사인 BBB의 집무실(쟁점부동산)로 사용하고 있는데, BBB은 청구법인의 전 대표이사(2024.7.1.∼2024.10.31. 재임) 겸 청구법인의 최대주주인 주식회사 CCC회사(이하 “CCC회사”라 한다)의 100% 과점주주이다.(2) 처분청은 청구법인의 본점소재지인 전라남도 OOO(이하 “OOO사업장”이라 한다)은 DDD 주식회사(이하 “DDD”라 한다)가 본점으로 사용하는 곳으로, 여기에 청구법인의 본점으로 볼만한 인적.물적 설비가 없고, 청구법인의 2021년도부터 2022년도까지 영업 수입의 대부분이 청구법인이 AAA에게 투자한 펀드에서 발생한 배당금이라는 이유만으로 AAA이 청구법인으로부터 임차하여 대표이사의 집무실로 사용하고 있는 쟁점부동산을 청구법인의 본점으로 보아 2024.12.13. 이 건 취득세 등을 부과하였다.(3) 청구법인이 직원 중 14명 중 12명이 DDD의 매표 업무를 담당하고 있고, 일반 관리 업무를 담당하는 직원이 없어서 그 주요 업무(인사, 회계, 경리 등)를 DDD 직원에게 전부 위탁하고 있으므로 청구법인의 주요 업무는 쟁점사무실이 아닌 OOO사업장에서 이루어진다고 보는 것이 타당하다.(4) 설령, BBB(청구법인의 전 대표이사)이 청구법인의 최대주주인 CCC회사를 통해 청구법인을 사실상 지배하고 있다고 하더라도 BBB은 CCC회사와 AAA의 대표이사이고, 쟁점부동산은 AAA의 대표이사인 BBB의 집무실일 뿐 청구법인과는 아무런 관련이 없음에도 처분청이 BBB의 집무실인 쟁점부동산을 청구법인의 사실상 본점으로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.나.

이유 2처분청 의견(1)「지방세법」제13조 제1항에서 과밀억제권역에서 본점 사업용 건축물을 신축(그 부속토지를 포함한다)하는 경우 그 취득세율은 제11조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 위 규정에서 중과세 대상의 ‘본점 사무소로 사용하는 부동산’이란 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소라 할 것이다(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결).(2) 청구법인은 DDD가 운영하는 케이블카 운영 사업의 매표 업무만 영위하기 위해 설립한 법인으로서 그 조직도에 경영본부 및 운영지원실이 있는 것으로 나타나나, 실제로는 청구법인의 주요 업무는 전부 DDD 소속 직원들에 의해 처리되고 있고, 중요한 의사 결정은 전 대표이사인 BBB이 직접 처리하는 것으로 보이므로 처분청이 BBB의 집무실인 쟁점부동산을 청구법인의 사실상 본점으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점부동산을 청구법인의 사실상 본점으로 보아「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 중과세율을 적용하여 취득세 등을 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2018.2.2.16. 전라남도 OOO을 본점소재지로 하고, 상용인력 파견서비스, 기타 여행 보조 및 예약서비스, 부동산 임대업 등을 목적사업으로 설립되었다.(나) 청구법인의 전 대표이사인 BBB(배우자, 자녀 포함)은 CCC회사의 발행주식 100%를, DDD 주식회사의 발행주식 61.85%를 소유하고 있고, CCC회사는 청구법인의 발행주식의 76.92%를 소유하고 있으며, DDD는 AAA의 발행주식 100%를 소유하고 있으므로 BBB을 중심으로 청구법인, CCC회사, AAA 및 DDD는 각각「지방세기본법」제2조 제34호에서 규정하고 있는 특수관계인에 해당한다.(다) 청구법인은 2020.10.20. 이 건 토지(서울특별시 강남구 OOO, 879.8㎡)를 취득한 후, 2023.7.17. 그 지상에 이 건 건축물을 취득(신축)하고, 그 취득가격 OOO원(토지 OOO원, 건축물OOO원)에「지방세법」제11조 제1항에서 규정하고 있는 표준세율을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원(토지 OOO원, 건축물 OOO원)을 신고.납부하였다.(라) 청구법인은 2023.7.17.

이유 3이 건 건축물을 취득(신축)한 후, 현재까지 이 건 부동산을 EEE은행 주식회사, 주식회사 FFF코리아, 주식회사 GGG 및 관계회사인 AAA 등에게 임대(공실부분 제외)하고 있으며, 그 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 이 건 부동산 임대 현황(단위 : 천원)○○○(마) 청구법인으로부터 이 건 부동산의 9층부터 11층까지 임차한 AAA은 그 부동산을 아래 ＜표3＞과 같이 사용하고 있다.＜표3＞ AAA의 임차 부동산 사용 현황(단위 : ㎡)○○○(바) 청구법인이 제출한 OOO사업장의 현황을 보면, OOO사업장에는 청구법인의 직원(12명)이 근무하는 OOO 매표사무소 외에 대표이사실도 별도로 존재하나, 청구법인의 대표이사가 여기에 상근하는지 여부는 알 수 없다.(사) 청구법인의 2021년도부터 2023년도까지 영업 수입은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 청구법인의 영업 수입 내역(단위 : 원)○○○(2)「지방세법」제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조에서 법인이 과밀억제권역에서 본점 또는 주사무소를 신축(부속토지를 포함한다) 신축하는 경우 그 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율(1,000분의 20)의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제16조 제1항에서 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 법인의 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)이 되는 경우에는「지방세법」제13조 제1항의 취득세율을 적용한다고 규정하고 있다.(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인은 이 건 부동산을 취득(신축 포함)한 후 쟁점부동산을 비롯한 이 건 부동산의 9층부터 11층(공용면적 포함)을 AAA에게 임대하였고, AAA은 청구법인에게 임대료(보증금 OOO원에 대한 이자)를 지급하고 이를 사무소 등으로 사용하고 있는 점,청구법인과 AAA이「지방세기본법」제2조 제34호에서 규정하고 있는 특수관계인에 해당한다 하더라도 청구법인과 AAA은 별개의 법인으로, 청구법인이 쟁점부동산을 포함한 이 건 부동산의 9층부터 11층을 AAA에게 유상으로 임대한 이상 해당 부동산은 AAA이 사용하는 것으로 보는 것이 타당한 점,취득세의 중과세를 규정한「지방세법」제13조 제1항에서 ‘본점’ 또는 ‘주사무소’에 대하여 별도로 정의하지 않고 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 회사를 규율하는「상법」과 동일하게 해석하는 것이 법적 안정성이나 조세법률의 엄격해석의 원칙에 부합하는 점(대법원 2010.4.29. 선고 2007두11092 판결 등, 조심 2018지654, 2019.1.29.

이유 4같은 뜻임),쟁점부동산이「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 취득세 중과세율 적용 대상 부동산에 해당하는지 여부는 그 실체 및 현황 등을 객관적이고 구체적인 자료로 판단하여야 하고, 그 과세요건에 대한 일차적인 입증책임은 과세관청에 있다 할 것(조심 2013지850, 2014.7.21., 같은 뜻임)인데, 처분청은 BBB이 청구법인의 대표이사로 재임하던 기간(2024.7.1.∼2024.10.31.) 중 쟁점부동산에서 청구법인과 관련된 어떤 업무를 수행하였고, 그 업무가 청구법인의 주요 업무에 해당하는지에 대해서는 사실상 입증하지 못하고 있는 점,청구법인의 임직원(14명) 중 대표이사와 임원 1명을 제외한 나머지 직원은 모두 케이블카의 매표 종사원이고, 청구법인의 2021년도부터 2022년도까지 AAA으로부터 받은 배당금 수입이 케이블카의 매표 수수료보다 많다고 하여, 이러한 이유만으로 청구법인의 본점을 등기사항전부증명서에 기재된 OOO사업장이 아니라 AAA의 본점사무소인 쟁점부동산이라고 볼 수는 없는 점,일반 관리 업무를 담당하는 직원이 사실상 없는 청구법인의 특성상 DDD의 직원들이 그들의 본점인 OOO사업장에서 청구법인을 대신하여 인사, 회계, 경리 등의 업무를 수행하였다고 하더라도 이를 위법하다고 할 수는 없고, 이러한 사실만으로 청구법인이 이 건 부동산에 대한 취득세 중과세를 회피하기 위하여 OOO사업장을 본점으로 등기한 것이라고 단정하기도 어려운 점,나아가, 처분청의 의견대로 쟁점부동산을 청구법인의 사실상 본점으로 본다면 한 사람이 여러 법인의 대표를 맡고 있거나 해당 법인들을 실제로 지배하는 경우 그 사람의 주된 집무실이 과밀억제권역에 소재하는지 여부에 따라 지방세 특례(감면, 중과세) 적용이 달라질 수 있다고 할 것인데, 이는 지방세에 대한 납세자의 예측가능성을 실질적으로 저해하는 것인 점 등에 비추어AAA은 청구법인으로부터 쟁점부동산을 비롯한 이 건 부동산의 9층부터 11층까지를 임차하여 그 사무실 등으로 사용하고 있다고 보는 것이 타당하므로, 처분청이 이와 다른 측면에서 쟁점부동산을 청구법인의 본점용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제6조[정의] 취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다.19. “중과기준세율”이란 제11조 및 제12조에 따른 세율에 가감하거나 제15조 제2항에 따른 세율의 특례 적용기준이 되는 세율로서 1천분의 20을 말한다.제11조[부동산 취득의 세율] ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.3. 원시취득 : 1천분의 287. 그 밖의 원인으로 인한 취득나.

이유 5농지 외의 것 : 1천분의 40제13조[과밀억제권역 안 취득 등 중과] ①「수도권정비계획법」제6조에 따른 과밀억제권역에서 대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용으로 신축하거나 증축하는 건축물(「신탁법」에 따른 수탁자가 취득한 신탁재산 중 위탁자가 신탁기간 중 또는 신탁종료 후 위탁자의 본점이나 주사무소의 사업용으로 사용하기 위하여 신축하거나 증축하는 건축물을 포함한다)과 그 부속토지를 취득하는 경우와 같은 조에 따른 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」을 적용받는 산업단지ㆍ유치지역 및「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」을 적용받는 공업지역은 제외한다)에서 공장을 신설하거나 증설하기 위하여 사업용 과세물건을 취득하는 경우의 취득세율은 제11조 및 제12조의 세율에 중과기준세율의 100분의 200을 합한 세율을 적용한다.제16조[세율 적용] ① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.1. 제13조 제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)(2) 지방세법 시행령제25조 [본점 또는 주사무소의 사업용 부동산] 법 제13조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 본점이나 주사무소의 사업용 부동산”이란 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등 복지후생시설과 예비군 병기고 및 탄약고는 제외한다)을 말한다.

관련법령「지방세법」 제13조 제1항