청구법인의 사실상 본점은 이 건 부동산 취득일 5년 전부터 계속하여 서울에 있었으므로, 이 건 부동산의 취득은 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율 적용대상이 아니라는 청구주장의 당부

요지청구법인이 본점을 서울특별시 내로 전입한 후 5년 이내에 이 건 부동산을 취득한 것으로 보기는 어렵고, 이에 따라 이 건 부동산의 취득은 대도시 내에서 설립된 지 5년이 경과한 청구법인이 취득한 것으로서 「지방세법」제13조 제2항에 따른 중과세율 적용대상이라고 보기 어려우므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

주문서울특별시 강동구청장이 2024.3.7. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2019.8.26. 서울특별시 강동구 OOO 토지 2,295㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 매매로 취득하면서 같은 날 처분청에 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 「지방세법」 제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(4%)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2023.1.30. 이 건 토지 지상에 지하 5층·지상 16층, 연면적 18,045.8㎡ 규모의 업무시설용 건축물(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 2023.3.30. 처분청에 이 건 건축물의 취득가액 OOO원을 과세표준으로 하고, 아래 ＜표1＞과 같이 청구법인이 직접 사용하는 부분(53.31%)과 임대 부분(46.69%)으로 구분하여 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였고, 그 부속토지 중 청구법인이 직접 사용하는 부분에 대한 취득세 등 OOO원을 수정신고·납부하였다.＜표1＞ 이 건 부동산에 대한 취득세 등의 (수정)신고 내역(단위 : 원)○○○다. 청구법인은 2024.1.8. 및 2024.3.7. 처분청에 각각 아래 ＜표2＞의 ①부터 ⑦까지의 사유로 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.3.7. 및 2024.6.5. ②·③·④·⑥·⑦의 사유로 인한 청구는 인용하고 나머지는 이를 거부하였으며, 처분청의 경정내용을 반영한 이 건 건축물의 층별 사용현황 및 취득세 등 산정내용은 아래 ＜표3·4＞와 같다.＜표2＞ 경정청구 내용 및 결과○○○＜표3＞ 이 건 건축물 층별사용현황(면적 : ㎡)○○○＜표4＞ 경정청구 결과를 반영한 이 건 부동산에 대한 취득세 등의 신고내용(단위 : 원)○○○라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.4. 이의신청을 거쳐, 2024.11.26. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 1998년 개인사업자를 법인으로 전환하여 설립되면서, 법인등기부등본상의 본점소재지를 대표이사의 주거지인 서울특별시 성북구 OOO로 등기하였으나, 실제로는 동업 법인인 AAA와 함께 같은 OOO 소재의 다른 사무실을 임차하여 사용하였다.(2) 이후 청구법인은 2000년에 법인등기부등본상의 본점소재지를 경기도 고양시 OOO(이하 “BBB”이라 한다)로 이전하였지만, BBB에는 제조인력이 근무하면서 제품 생산과 관련된 활동만 하였을뿐, 법인의 경영활동에 필수적인 업무인 인사·기획, 재무 등의 업무가 이루어진 사실은 없고 이러한 본점 업무는 OOO에서 여전히 수행하고 있었다.(3) 이후 청구법인의 대표이사가 2004년 서울특별시 성북구 OOO(이하 “CCC”)을 취득하였고, 청구법인이 이를 임차하여 대표이사를 비롯한 재무부, 경영관리부, 영업부 등 소속 임직원이 이전하여 근무하면서 법인의 중추적인 의사결정 등을 수행하는 장소로 사용하였으며, 계약 상대방이나 거래처 또한 CCC을 본점으로 인지하고 있었다.(4) 이러한 청구법인의 실질적 본점인 CCC의 임대차계약 기간이 2021년 11월 만료되자, 청구법인은 서울특별시 동대문구 OOO에 소재한 사무실(이하 “DDD”이라 한다)로 이전하여 본점 업무를 계속 수행하였으며, 법인등기부등본상 본점 또한 BBB에서 DDD으로 변경하였다.(5) 청구법인은 2023.1.30.

이유 2서울특별시 강동구 OOO에 이 건 건축물(이하 “EEE”이라 한다)을 신축하고, DDD의 대표이사실, 기획정보실 등의 본점 기능을 수행하는 조직 및 임직원들을 이전하였다.(6) 이렇듯 청구법인의 사실상의 본점은 설립 당시부터 줄곧 서울특별시내에 소재하였으나, 법인설립 당시의 서류 등이 제대로 남아 있지 않은바, 적어도 서류상 확인되는 최초의 시기인 2004년부터라도 청구법인의 사실상의 본점이 서울특별시내에 소재한 것으로 보는 것이 타당하다.(7) 한편, 청구법인이 CCC에서 사실상 본점 업무를 수행한 정황은 청구법인의 홈페이지의 연혁, 건축저널 OOO호에서 CCC을 의료기 업체인 OOO의 본사 사옥프로젝트로 소개한 사실, 청구법인의 조직도 및 현판, 수출유망중소기업지정서 등을 통하여 확인가능하다.또한, 청구법인의 법인카드는 서울지역에서 대부분이 사용되었고, 주거래은행 또한 서울특별시 성북구 일원에 소재하고 있으며, CCC에서 임원 및 영업사원들이 사용하는 렌트차량의 고지서를 수령하고 있는 사실 등도 CCC에서 본점기능을 수행하였다는 것에 대한 방증이다.(8) 처분청은 청구법인이 제출한 서류의 제작시기가 불분명하고 청구법인의 내부자료에 해당하여 객관적인 입증자료가 아니라는 의견이나, 조세심판원의 선결정에서도 청구법인이 제출한 자료와 유사한 서류 등을 근거로 하여 사실상의 본점으로 사용된 사실을 인정한바 있고(조심 2018지506, 2019.3.13. 등 다수), 청구법인이 제출한 서류 중에는 정부산하기관으로부터 수령한 것도 다수 포함되어 있어 객관적인 입증자료가 아니라는 처분청의 의견은 타당하지 않다.(9) 따라서, 청구법인의 사실상 본점이 2004년부터 서울특별시 성북구 OOO에 소재하고 있었음에도, 등기부등본상의 본점 전입시기만을 기준으로 이 건 부동산의 취득을 「지방세법」제13조 제2항에 따른 취득세 중과대상으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.나.처분청 의견(1) 「지방세법」제13조 제2항에서 본점이란 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능을 수행하는 장소를 말하고, 통상적으로 법인등기부 및 사업자등록증상 본점의 소재지에서 법인의 사업 활동이 이루어진다고 보는 것이 경험칙에 부합할 것이나, 그 외의 장소에 본점을 두었다는 사실은 청구법인에게 입증책임이 있다(조심 2021지2784, 2022.12.14., 같은 뜻임).이는 납세의무자인 청구법인에게 유리한 것일 뿐만 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 청구법인의 지배영역 안에 있는 경우 처분청으로서는 증명이 곤란하므로, 위와 같은 사정에 대한 증명책임을 청구법인에게 부여한 것이다(대법원 2020.6.25.

이유 3선고 2019두36971 판결, 같은 뜻임).(2) 청구법인이 CCC이 사실상 본점이라는 사실을 입증하기 위하여 제출한 여신상담및심사기준표경영컨설팅계약서, 이 건 건축물 인테리어공사 도급계약서, 2017년 기준 조직도 현황, 대표이사(OOO) 명함, 수출유망중소기업지정증 등은 제작시기가 불분명하여 입증자료로써 신빙성이 없고, 2004년경부터 CCC에서 필수적인 경영활동이 지속적으로 이루어져 사실상 본점 기능을 수행하였다고 보기에는 현저히 부족하다.(3) 반면에 청구법인에 대한 OOO일보 기사, 이 건 토지 매매계약서 및 청구법인이 작성한 제21·22기 재무제표에 대한 감사보고서 등에서는 청구법인의 본점 소재지를 BBB으로 명시하고 있고, 청구법인 스스로도 대도시내 전입일을 법인등기부상 본점 소재지를 서울로 재차 전입한 2021.11.12.로 하여 이 건 부동산의 취득세 등을 신고·납부하였으며, 청구법인의 감사보고서에 의하면 이사회 개최가 이루어진 사실이 확인됨에도 청구법인이 사실상 본점이라고 주장하는 OOO 사무소에서 중대한 의사결정이 실제로 이루어졌음을 명백하게 입증할 수 있는 이사회 회의록이나 의결내용, 주주총회 등 관련한 어떠한 직접적 자료도 제출하지 않고 있다.(4) 이처럼 청구법인은 CCC에서 중대한 의사결정이 이루어졌다는 점이나 인사, 기획, 재무 등 필수적인 경영활동이 수행되었다는 점에 대한 객관적이고 구체적인 증빙자료를 전혀 제시하지 못하고 있는바, CCC이 사실상 본점으로 기능하였다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.3. 심리 및 판단가. 쟁 점청구법인의 사실상 본점은 이 건 부동산 취득일 5년 전부터 계속하여 서울에 있었으므로, 이 건 부동산의 취득은「지방세법」 제13조 제2항에 따른 중과세율 적용대상이 아니라는 청구주장의 당부나. 관련 법령 등 : ＜별지3＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.(가) 법인등기사항전부증명서에 의하면 청구법인은 1998.3.9. 서울특별시 성북구 OOO를 본점으로 하고, 의료용품 제조업 등을 목적으로 하여 설립된 후, 본점을 2000.1.27. 경기도 고양시 OOO으로, 2021.11.18. 서울특별시 동대문구 OOO 등으로, 2023.6.1. 서울특별시 강동구 OOO 등(OOO)으로 3차례 이전한 사실이 확인된다.(나) 청구법인이 2004년에 CCC을 임차하여 사실상 본점으로 사용하였다는 사실을 입증하기 위하여 제출한 자료의 주요내용은 다음과 같다.1) CCC이 본점으로 명시된 서류가) 건축저널 OOO에 의하면, 주식회사 OOO사무소가 의료기업체인 OOO의 본사 사옥프로젝트를 수행한 사실이 나타난다.나) 건설공사인테리어도급계약서에 의하면, 청구법인이 2012.5.3. 시공자 OOO와 공사명을 OOO 본사 사무실 인테리어 공사로 하고, 공사기간을 2012.5.11.부터 2012.6.20.까지로 하여 도급계약을 체결한 사실이 나타난다.다) 청구법인 내부자료에 의하면, 2013.5.30. 도로명주소를 적용하기 위하여 청구법인의 공장소재지를 경기도 고양시 OOO에서 같은 구 OOO으로, 본사소재지를 서울특별시 성북구 OOO에서 같은 구 OOO으로 변경하기로 한 것과, 이를 제품 포장에 반영하기로 한 사실이 나타난다.라) OOO은행 OOO지점이 2015.8.27. 작성한 여신상담 및 심사기준표 및 OOO이 2016.4.18. 작성한 경영컨설팅계약서에 의하면, 청구법인의 본사가 CCC으로 기재된 것과, OOO은행 OOO지점장이 2018.5.18.

이유 4작성한 기업실사자료에 의하면 본사를 BBB, 사업장을 BBB과 CCC으로, 업체담당자의 연락처가 02-***-****로 기재된 사실이 나타난다.마) 식품의약품안전처 영문홈페이지(Ministry of Food and Drug Safety) OOO 게시글에는 청구법인의 제품 소개와 더불어 청구법인의 본사(Headquarters)를 CCC으로, 연락처를 02-***-****로 기재하고 있다.바) 청구법인이 제출한 청구법인 제품의 해외 수출용 라벨, 인보이스에는 청구법인의 주소를 CCC으로, 의료기기 기업체 디렉토리북에는 CCC을 청구법인의 본사 주소로 기재한 사실이 나타나고, 청구법인이 CCC 현판사진으로 제출한 자료에는 지하1층 물류관리과, 지상 2층 영업부·AAA, 지상 3층 관리부·해외영업부라고 기재되어 있으나 그 촬영시기는 특정되지 않는다.사) 청구법인이 제출한 대표이사 명함에는 CCC을 서울사무소로, 공장을 BBB으로 기재되어 있고, 부사장의 명함에는 CCC의 주소지가 기재되어 있으나 그 인쇄 또는 사용시기 등은 특정되지 않는다.2) CCC이 사실상 본점인 사실을 간접적으로 입증하기 위한 서류가) 청구법인 명의의 통장사본에 의하면, 아래의 ＜표5＞과 같이 계좌개설일 및 계좌개설점이 기재되어 있어 있다.＜표5＞ 청구법인 명의 통장 개설내역○○○나) 경기중소기업수출지원센터장이 2007.6.1. 발행한 수출유망중소기업지정증 및 보건복지부장관이 2015.2.6. 발행한 보건신기술인증서에 의하면 청구법인의 주소가 CCC으로 기재된 사실이 나타난다.다) 시스템경비이용계약서에 의하면, 청구법인이 주식회사 OOO과 2007.6.26. 경비대상자의 주소를 CCC으로 하여 계약을 체결한 사실이 나타난다.라) 부동산월세계약서에 의하면, 청구법인이 대표이사의 개인사업체인 OOO과 2016.6.1. 소재지를 CCC(서울특별시 성북구 OOO)으로, 계약기간을 2016.6.1.부터 2017.6.1.까지로, 연면적을 1,296.17㎡, 보증금을 OOO원, 월세를 OOO원으로 하여 월세계약을 체결한 사실이 나타나고, 청구법인의 대리인은 이와 관련하여 2004년 당시의 월세계약서가 남아 있지 않아 확인가능한 2016년 자료를 제출하였다고 진술하였다.마) 공과금영수증에 의하면, CCC에 대하여 주식회사 OOO가 2016년 12월분, 2017년 6·9월분에 대한 전화요금을, 주식회사 OOO가 2016년 12월분, 2017년 3·7·12월분에 대한 도시가스요금을 청구한 사실이 나타난다.0바) 결제명세서 자료 등에 의하면 청구법인 소유 차량 17대에 대한 2016년 12월 및 2017년 12월분의 리스대금이 CCC으로 청구되었고, 청구법인이 서울특별시 성북구 OOO에 소재한 OOO주유소로부터 2016년 12월 및 2017년 12월 경유 등을 공급받았으며, 청구법인 소유의 조업주차 차량이 CCC을 주소로 하여 2017년 1월부터 2017년 3월까지 거주자우선주차 차량으로 등록된 사실이 나타난다.사) OOO 홈페이지 2021.6.25. 게시글에는 청구법인에 대하여 근무지를 CCC으로 하여 영업부, 영업관리과, 마케팅부, 해외영업부로, BBB으로 하여 연구소, 생산관리부, 생산기술부, 물류관리과 직원을 모집하는 내용이 기재되어 있고, 청구법인 인사담당자의 연락처를 ○○○로 기재하고 있다.아) 청구법인 내부문서에 의하면, 청구법인의 경영관리부서에서 2021.10.5.

이유 5CCC을 DDD으로 이전하기 위하여 이사화물운송 계약을 OOO원에 진행한 사실이 나타난다.자) 2013년부터 청구법인의 외부감사업무를 수행한 OOO회계법인 소속 ○○○회계사가 작성한 사실확인진술서에 의하면, 2013년부터 2020년까지의 외부감사 수행 시 CCC에서 감사자료 수령, 회계관련 임직원 면담 및 기록 열람 등의 실질적 감사업무를 수행하였다고 기재되어 있고, 공증 등을 받은 내역 없이 작성자의 서명날인만 있다.3) 청구법인 인원 및 조직도 등가) 청구법인이 제출한 DDD(2021년 11월) 및 EEE(2023년 5월) 설치 전후의 사옥별 종업원수 및 급여총액 변동내역은 아래 ＜표6·7＞와 같다.＜표6＞ 사옥별 종업원수 변동내역(단위 : 명)○○○＜표7＞ 사옥별 급여총액 변동 내역(단위 : 원)○○○나) 청구법인이 제출한 DDD(2021년 11월) 및 EEE(2023년 5월) 설치 전후의 조직도는 아래 ＜표8·9＞과 같다.＜표8＞ 본사 조직도○○○＜표9＞ BBB 조직도○○○(다) 처분청이 BBB이 등기부등본상외에도 사실상 본점이었다는 사실을 입증하기 위하여 제출한 자료의 주요내용은 다음과 같다.1) OOO일보가 2019.4.21. 보도한 자료에 의하면, 청구법인은 고양시에 본사를 두고 270여명의 정규직원을 고용하고 있는 우량기업으로서, 고양시장에게 직원들의 출퇴근 교통체증 문제해결을 요청한 것으로 기재되어 있다.2) 이 건 토지의 매매계약서에는 청구법인의 주소가 BBB으로 기재되어 있다.3) 청구법인의 2016년도 감사보고서 주석에는 본사는 경기도 고양시에, 공장은 경기도 고양시와 충청북도 옥천군에 위치하고 있다고 기재되어 있고, 2018년 및 2019년 감사보고서에는 본점소재지를 BBB으로 기재되어 있다.4) 청구법인이 2020.12.8.

이유 6처분청에 제출한 착공신고서에는 청구법인의 주소를 BBB으로 기재하고 있다.5) 이 건 부동산의 취득세 신고내역에 의하면 청구법인이 경기도 고양시에서 DDD으로 본점을 전입한 것으로 보아 「지방세법」 제13조 제6항을 적용하여 취득세 등을 신고·납부한 사실이 나타난다.(라) 처분청이 제출한 청구법인이 서울특별시 성북구 및 동대문구에 납부한 주민세 및 지방소득세 납부내역은 ＜별지1·2＞ 기재와 같고 청구법인이 서울특별시 성북구 OOO를 소재지로 하여 최초 1998년(1998.3.9.부터 1998.12.31.까지 귀속분) 법인세할 주민세분을, CCC을 소재지로 하여 2006년 7월분부터 2021년 9월분까지의 재산할 사업소세 등을, DDD을 소재지로 하여 2021년 10월분부터 2023년 5월분까지의 지방소득세 등을 신고·납부한 사실이 나타난다.(마) 서울특별시 성북구청장·동대문구청장은 CCC을 소재지로 하여 법인균등분 주민세(2013년분부터 2020년분까지) 및 법인지방소득세(2014.1.1.부터 2020.12.31.까지 귀속분)를, DDD을 소재지로 하여 법인지방소득세(2021.1.1.부터 2022.12.31.까지 귀속분)를 부과·고지한 사실이 나타난다.(바) 청구법인은 처분청이 CCC에서 주주총회를 개최한 사실이 없으므로 CCC이 본점이 아니라는 처분청의 의견에 대하여 주주총회는 서면으로, 이사회는 CCC 등에서 개최되었으나 회의록에 개최장소가 기재되지 않았다며, 그 증빙서류로 2019년부터 2023년까지의 주주총회 서면결의서, 2019년 6월부터 2023년 10월까지 15차례 걸친 회의장소가 ‘당사회의실’이라고 기재된 이사회 회의록을 제출하였다.(사) DDD과 EEE이 청구법인의 본점이라는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 「지방세법」제13조 제2항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 취득하는 경우의 취득세는 제11조 제1항의 표준세율의 100분의 300에서 중과기준세율의 100분의 200을 뺀 세율을 적용한다고 규정하면서, 그 제1호에서 법인의 본점을 대도시 밖에서 대도시로 전입(「수도권정비계획법」 제2조에 따른 수도권의 경우에는 서울특별시 외의 지역에서 서울특별시로의 전입도 대도시로의 전입으로 본다.)함에 따라 대도시의 부동산을 취득(그 설립·설치·전입 이후의 부동산 취득을 포함한다)하는 경우라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제27조 제3항에서 법인 본점의 대도시 전입에 따른 부동산 취득은 해당 법인이 그 전입 이전에 법인의 본점의 용도로 직접 사용하기 위한 부동산 취득으로 하고, 같은 호에 따른 그 전입 이후의 부동산 취득은 법인 등이 전입 이후 5년 이내에 하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용의 모든 부동산 취득으로 한다고 규정하고 있다.(나) 처분청은 청구법인이 CCC에서 중대한 의사결정이 이루어졌거나 필수적인 경영활동이 수행되었다는 객관적이고 구체적인 증빙자료를 제시하지 못하여 CCC이 사실상 본점에 해당하지 않는다는 의견이다.그러나 청구법인의 지방세 납부내역에 의하면, 청구법인은 CCC을 소재지로 하여 2006년 7월분부터 재산할 사업소세 등을 신고·납부하였고, 서울특별시 성북구청장은 CCC에 대하여 2013년부터 2020년분까지의 법인균등분 주민세 및 2014.1.1.부터의 법인지방소득세 등을 부과한바, 청구법인의 사무실이 2006년 이후부터는 서울특별시 내 CCC에 있었던 것이 확인되는 점,CCC과 DDD은 주민세 종업원분 등의 지방세 납부내역이 유사하고, CCC과 DDD의 조직은 대표이사, 총괄본부장, 기획정보실장 등으로