쟁점연구시설이 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 중과세 대상인 본점사업용 부동산에 해당하는지 여부

요지관련 법령에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 규정되어 있으며, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이고, 스크린 도어 등을 통해 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 쟁점연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단됨.

주문서울특별시장이 2022.9.2. 청구법인에게 한 취득세 OOO원에 대한 부과처분은 서울특별시 서초구 OOO 소재 부동산과 관련하여 청구법인의 자가사용 면적 중 OOO㎡과 그 부속토지 면적 중 OOO㎡를 초과하는 면적에 대한 것을 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2016.6.15. 서울특별시 서초구 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 그 취득가액 OOO원을 과세표준으로 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2019.7.31. 그 지상에 지하 4층~지상 6층 규모의 건축물(연면적 OOO㎡, 이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 신축하여 취득한 후, 쟁점건축물 중 본점의 사업용 부동산(OOO㎡)에 대하여 OOO원을 과세표준으로 「지방세법」 제13조 제1항의 취득세 중과세율(1천분의 68)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원, A(주) 등의 계열사 등에 임대하는 부동산(OOO㎡)에 대하여 OOO원을 과세표준으로 같은 법 제11조 제1항 제3호의 취득세 일반세율(1천분의 28)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 각각 신고·납부하였고, 쟁점토지 중 본점의 사업용 부동산의 부속토지(OOO㎡)에 대하여 OOO원을 과세표준으로 「지방세법」 제13조 제1항의 취득세 중과세율(1천분의 80)을 적용하여 산출한 취득세 OOO원을 신고·납부하였다.다. 이후 처분청은 청구법인에 대한 세무조사결과, 쟁점건축물 중 본점의 사업용 부동산의 면적을 OOO㎡로 확정하고 기 신고한 면적 OOO㎡을 차감한 OOO㎡ 및 그 부속토지 면적 OOO㎡(이하 “쟁점면적”이라 한다)가 취득세 중과세 대상에서 누락되었다고 보아, 「지방세법」 제13조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 2022.9.2. 청구법인에게 부과·고지하였다.＜표1＞ 이 건 취득세 부과처분 내역(단위 : 원)○○○라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.11.3. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점연구시설은 「지방세법」 제13조 제1항에서 정하는 ‘본점의 사업용 부동산’에 해당하지 아니한다.「지방세법」 제13조 제1항에서 취득세 중과의 대상이 되는 본점의 사업용 부동산에는 그 부대시설용 부동산도 포함되는 것으로 규정하고 있으나, 본점 자체에 대해서는 구체적으로 규정한바 없고, 대법원(대법원 2020.10.15.

이유 2선고 2020두41832 판결)에서는 본점의 ‘사무소’로 사용하는 부동산이라 함은 법인이 영위하는 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 이루어지는 장소를 말한다고 볼 수 있고, 반면 본점의 사무소와 함께 설치되더라도 본점에서 이루어지는 주요한 의사결정, 업무수행, 관리행위 등과 구분되는 단순하고 부수적인 행위나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소는 본점의 ‘사무소’에 해당한다고 보기 어렵다고 판시한바 있다.위 대법원이 판시에 따르면 ① 주요한 의사결정 및 ② 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 ③ 관리행위가 이루어지는 장소가 아닌 이상 이를 본점의 사무소에 해당한다고 할 수 없다.연구시설은 주요한 의사결정이 이루어지는 장소가 아니라 경영, 재무, 기획부서 등에서 이루어지는 의사결정에 따라 그 수행여부가 결정되는 종속적인 활동이 수행되는 장소에 불과하므로 연구활동이 주된 업종이 되는 회사가 아닌 이상 연구기능 자체를 주요한 의사결정에 포함된다고 할 수는 없으며, 연구기능이 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위에 해당한다고 볼 수 없음은 각 행위의 사전적 의미에 비추어 보더라도 문언상 명백하다.또한, 주요한 업무수행과 관련하여 조세심판원(조심 2014지379, 2015.1.2.)에서는 연구개발이 주된 업무에 해당하는 특수성을 가진 법인의 경우에도 연구개발본부의 지원을 위한 부서가 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 판단하고 있는바, 이는 회사의 어떤 사업본부가 본점에 해당할 경우 그 보조 및 지원을 위한 부서는 당연히 본점에 해당한다는 점에서 연구개발부서 자체의 경우 본점 및 주사무소의 사무실에 해당하지 않는다는 것을 전제로 하는 것이다.(2) 청구법인은 자회사에 대한 지배적 지분을 소유함으로써 자회사의 경영전략에 영향력을 행사하는 것을 주된 사업으로 영위하는 지주회사로서, 지배적 지분을 보유한 자회사에 대한 경영 전략에 영향력을 행사하는 것을 주된 사업으로 삼으므로 경영 전략 수립 및 검토를 위한 조직(예컨대 경영전략부문, 경영지원부문 등)을 필수적으로 갖추어야 할 뿐 연구개발조직을 반드시 필요로 하지는 않는다.청구법인의 주된 사업부분은 ‘지주사업’과 ‘임대사업’으로 구분되며, 2021 사업연도 기준 청구인 전체 매출액의 69.5%는 지주사업 매출에 속하는 상표권사용료, 관리용역수수료, 배당금 수익, 구매대행수수료, 연수원 운영수익 및 전산용역수익 등으로 구성되고, 나머지 30.5%는 임대료 수익으로 구성되어 있는 반면, 쟁점연구시설에서는 마이크로바이옴 분야에 관한 연구활동만을 진행하고 있을 뿐 관련 매출을 일으키기 위한 생산·판매·영업활동을 일체 수행하고 있지 않다.청구법인의 주된 사업활동이 “자회사의 경영 전략에 영향력을 행사하는 것”으로서 주된 매출 또한 지주사업 및 임대사업에서 발생한다는 점을 고려할 때, 청구법인의 사업에 관한 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영ㆍ인사ㆍ재무ㆍ총무ㆍ기획 등 관리행위가 이루어지는 본점 사무소는 부회장실ㆍ대표이사실ㆍ경영진단실ㆍ경영지원실ㆍ인사그룹ㆍ재무그룹ㆍ준법지원실ㆍ전략지원실ㆍ엔지니어링본부 및 OOO아카데미 등으로 한정되며, 쟁점연구시설에서는 지주회사의 주요한 의사결정 등과 무관하게 연구개발과 관련된 부수적이고 사실적 행위만이 수행될 뿐이므로 본점 또는 주사무소의 부대시설에 해당하지 아니하는바, 쟁점연구시설이 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보아 쟁점연구시설 면적을 포함한 본점면적 증가분에 대하여 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 취득세 중과세율을 적용하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다.나.

이유 3처분청 의견(1) 쟁점연구시설은 청구법인의 본점의 사업용 부동산에 해당한다.「지방세법」 제13조 제1항 및 같은 법 시행령 제25조에 의하면, 과밀억제권역 내 본점이나 주사무소의 사업용 부동산을 취득하는 경우 취득세 중과세율 적용대상에 해당하게 되는데, ‘법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산’의 경우 모두 취득세 중과세율 적용대상에 해당하되, 예외적으로 ‘복지시설(기숙사, 합숙소, 사택, 연수시설, 체육시설 등)’ 및 ‘기업의 운영과 무관한 시설(예비군 병기고 및 탄약고)’은 중과세율 적용대상에서 제외한다.‘본점의 사업용 부동산’이란 법인의 본점이 사무소로 사용하는 부동산으로서 본점이 사무소로 사용하는 부동산은 원칙적으로 모두 본점의 사업용 부동산이라 할 것이고, 복지시설과 기업의 운영과 무관한 시설이 예외적으로 본점의 사업용 부동산에서 제외되는 것일 뿐이라 할 것이며, 예외대상에 해당하지 아니하는 한 본점 사업용 부동산은 모두 본점의 사업용 부동산으로 보아야 한다.조세심판원 선결정례(조심 2014지2070, 2018.2.13.)에서도 법인등기부에 본점으로 기재된 부동산의 경우에는 「지방세법 시행령」 제25조 괄호에서 열거한 복리후생시설 등과 임대용으로 사용하고 있는 부분을 제외하고는 모두 본점 사업용으로 보아야 한다고 결정한바 있다.법원은 법인의 본점 또는 주사무소의 사업용 부동산에 대하여, 주요한 업무수행 및 의사결정과 관리행위가 이루어지는 장소라는 법리를 설시하고 있고(대법원 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결 및 서울고등법원 2020.5.22. 선고 2019누53893 판결, 서울행정법원 2019.7.11. 선고 2018구합64474 판결), 이러한 법리를 적용하여 연구 및 실험행위가 이루어지는 장소 내지 기업부설연구소에 대하여 법인의 주요한 업무수행에 해당한다고 보아 본점의 사업용 시설에 해당한다고 보고 있다(서울고등법원 2022.6.7.

이유 4선고 2021누60825 판결).(2) 청구법인의 법인등기부상 본점은 ‘세종특별자치시 전의면 OOO’이나, 그곳에는 청구법인의 엔지니어링본부(종업원 7명, 건축물 연면적 OOO㎡)만 있고, 그 외 여주시에 소재한 ‘OOO아카데미(종업원 5명)를 제외한 대표이사, 경영지원실 등 청구법인의 모든 조직(종업원수 89명)은 쟁점건축물인 서울특별시 서초구 OOO 소재 종합기술원에 위치하고 있는 점, 청구법인은 우수한 연구개발 인력 및 연구개발에 대한 지속적인 투자를 바탕으로 미래유망 기술구축을 위해 향후 자회사 연구소와의 적극적인 협업 및 관련 전문벤처와의 협력을 통해 개발분야를 확대하고 화장품·건강식품 및 의약품에 시장성을 높일 계획으로 2020년 쟁점건축물 5층에 바이옴연구소를 설치하여 마이크로바이옴 소재를 중심으로 혁신 생명소재 연구개발활동을 활발히 하고 있고, 연구개발비용도 급격히 확대하고 있다는 점 등이 인정된다 할 것이다.쟁점연구시설은 대표이사실 등 본점부서가 있는 쟁점건축물에 위치하고 있고 복지시설 또는 기업의 운영과 무관한 시설도 아니며, 연구 및 실험행위가 이루어지는 장소로서 청구법인의 주요한 업무수행이 이루어지는 장소에 해당하고 청구법인의 연구개발활동은 본점과 유기적으로 결합하여 화장품, 의약품 등 기술집약적 고부가가치 산업을 영위하는 자회사를 지배하고 경영지도하기 위한 필수불가결한 지식·기술집약적 기업활동이라는 점에 비추어 볼 때 쟁점건축물의 연구시설은 단순하고 부수적인 행위이나 사실적 행위 또는 대외적으로 제품 및 서비스를 제공하거나 영업활동 등이 이루어지는 장소라고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면 쟁점연구시설은 법인의 본점 또는 주사무소의 사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산에 해당한다고 할 것이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점연구시설이 「지방세법」 제13조 제1항에 따른 중과세 대상인 본점사업용 부동산에 해당하는지 여부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인의 등기사항증명서 및 사업보고서 등에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.1) 청구법인은 1990.5.15. 화장품 제조 및 판매, 의약부외품의 제조 및 판매 등을 영위할 목적으로 설립하여, 2012.10.1. 화장품 및 제약사업부문과 투자사업부문을 인적분할하여 ‘자회사의 주식 또는 지분을 취득, 소유함으로써 자회사의 제반 사업내용을 지배, 경영지도, 정리, 육성하는 지주사업’ 등을 영위하는 지주회사로 전환하였으며, 2013.6.26. 연구개발 서비스업을, 2014.3.28.

이유 5기술조사연구 및 기술개발연구의 영역과 기술의 제공업 등을 목적사업으로 추가한 것으로 확인된다.2) 청구법인의 주 수입원은 주요 종속회사 및 자회사인 B(주), A(주), C(주) 등으로부터 받은 상표권 사용수익, 관리용역수수료, 배당금 및 임대료 등인 것으로 확인된다.3) 이 건 세무조사 당시 청구법인의 조직도는 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 청구법인의 조직도○○○4) 청구법인은 세종특별자치시 전의면 OOO에 본점을, 경기도 여주시 OOO에 OOO아카데미를, 서울특별시 서초구 OOO 쟁점건축물 내에 종합기술원을 두고 있는 것으로 확인되며, 2021 사업연도 법인지방소득세 안분명세서상, 청구법인의 직원은 본점에 7명, OOO아카데미에 5명, 종합기술원에 나머지 직원 89명이 근무하는 것으로 확인된다.(나) 청구법인은 아래 ＜표4＞와 같이 연구개발활동을 수행하고 있으며, 이 건 세무조사 이전 3년간(2019~2021년) 청구법인의 연구개발비 현황은 매출액의 5.62% 비율까지 증가한 것으로 확인된다.＜표3＞ 청구법인의 연구개발업 수행내용○○○(다) 이 건 세무조사 당시 쟁점건축물의 사용현황은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 쟁점건축물 사용현황○○○＜표5＞ 쟁점건축물 사용면적 구분(단위 : ㎡)○○○(라) 청구법인은 이 건 세무조사 당시 쟁점건축물 중 청구법인 사용면적에 대해 아래와 같이 소명하고 있다.＜표6＞ 쟁점건축물 중 청구법인 직접사용분 구분○○○(마) 쟁점연구시설과 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.1) 쟁점연구시설은 쟁점건축물 내 5층에 설치된 기업부설연구소로서 2021.9.2.

이유 6「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기업부설연구소로 지정받은 것으로 확인된다.＜표7＞ 기업부설연구소 인정내역○○○2) 쟁점연구시설은 마이크로바이옴 소재를 활용하여 단기적으로는 화장품과 건강기능식품을 개발하고, 장기적으로는 의약품을 개발하는 것을 목적으로 하며, 쟁점연구시설 직속의 연구소장 및 연구관리직원, 연구소 산하 바이옴개발팀 및 바이옴평가팀 소속 연구전담요원으로 구성된 조직이 후보소재 발굴, 비임상 연구 및 공정연구개발 등의 활동을 전담하며 수행하고 있다.3) 쟁점연구시설은 별도의 출입문과 출입통제장치를 갖추어 연구소 인원들만 출입할 수 있도록 물리적 보안을 유지하고 있고, 그 내부는 미생물배양실, 줄기세포배양실 등 연구전담부서가 배치되어 있고, 연구개발활동에 사용하는 기자재, PC 등이 설치되어 있다.(바) 이 건 중과세 추징면적과 관련하여 아래와 같은 사실이 확인된다.1) 청구법인은 당초 취득세 신고시 쟁점건축물의 사용계획서를 제출하였고, 쟁점건축물 전체 면적 OOO㎡를 자가사용 면적 OOO㎡와 임대 면적 OOO㎡로 구분한 뒤 자가사용 면적 OOO㎡를 중과세 대상 면적으로 특정하고 그 부속토지 면적과 함께 취득세 중과세 신고를 마쳤다.2) 이 건 세무조사 당시 청구법인은 아래 ＜표8＞의 쟁점건축물 사용면적 안분내역을 처분청에 제출하였다.＜표8＞ 세무조사시 제출된 쟁점건축물 사용면적(단위 : ㎡)○○○위의 ＜표8＞에 의하면, 청구법인은 쟁점건축물의 각 층별 공용면적을 전체 전용면적 사용비율(자가 13.6%, 임대 86.4%)대로 안분하는 방식을 적용하였고, 이에 따라 해당 층에 사용하는 전용면적이 없는 경우에도 공용면적이 안분되어 계산되는 결과가 도출된다.3) 처분청은 세무조사결과 청구법인이 쟁점건축물 중 B2·3·5·6층을 직접 사용하고 있고, 그 외 면적은 관계회사에 임대하고 있다고 보아 쟁점건축물 중 임대분을 제외한 나머지 자가사용 전용면적과 전체 공용면적을 전용면적 사용비율(자가 13.6%, 임대 86.4%)대로 안분한 자가사용 공용면적을 합산하여 최종 중과세 면적을 산정하였고, 최종 중과세 면적(OOO㎡)에서 기신고 면적(OOO㎡)을 차감한 OOO㎡과 그 부속토지 면적 OOO㎡를 중과세 추징면적으로 하여 이 건 취득세를 추징하였다.4) 우리 원 조사담당자는 이 건 취득세 추징세액 중 쟁점연구시설 관련 세액이 특정되지 아니하여 이를 위해 처분청에 이 건 중과세 추징면적 중 쟁점연구시설과 그 외 면적 산출을 요청하였으나, 처분청 담당자는 이 건 취득세 부과처분 당시 쟁점연구시설과 관련 면적을 특정하여 과세한 사실이 없다고 회신하였다.5) 우리 원 담당자는 위 ＜표8＞의 안분내역을 기준으로 쟁점건축물 중 자가사용 전용면적과 임대 전용면적을 구분하고, 자가사용 전용면적을 다시 쟁점연구시설과 쟁점연구시설 외 전용면적으로 구분하였으며, 전용면적 사용비율(자가 13.6%, 임대 86.4%)에 따라 안분된 자가사용 공용면적은 각 전용면적(쟁점연구시설과 쟁점연구시설 외)의 비율로 안분하여 쟁점연구시설과 쟁점연구시설 외 공용면적으로 구분하여 쟁점부동산 중 쟁점연구시설 관련 면적을 아래 ＜표9＞와 같이 건축물 면적은 OOO㎡로, 그 부속토지인 토지면적은 OOO㎡로 산출하였다.＜표9＞ 쟁점부동산 중과세 면적 등 재계산 내역(단위 : ㎡)○○○(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 이 건에 대하여 종합하여 살펴본다.처분청은 쟁점연구시설이 청구법인의 주요한 업무수행 및 중추적인 의사결정을 하는 장소로서 취득세 중과대상인 법인의 본점 사업용 부동산에 해당한다는 의견이나,법인의 본점용 부동산은 법인이 고유업무의 수행에 필요한 사무실 등으로 직접 사용되고 있