① 주택 외 상가 용도의 건축물에 대하여 「지방세특례제한법」 제47조의2(녹색건축 인증 건축물에 대한 감면)를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부② 쟁점비용을 이 건 건축물 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

요지이 건 건축물은 「지방세특례제한법」 제47조의2 제1항을 적용하여 감면하는 것이 타당하다 할 것임.

주문서울특별시 강동구청장이 2024.12.23. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 서울특별시 강동구 OOO일대 조합원분 외 일반분양분 아파트 전용면적 85㎡ 이하 861세대, 전용면적 85㎡ 초과 3세대와 임대주택 75세대 및 상가 2호(연면적 1,272.1500㎡)의 건축연면적 합계 141,235.9361㎡의 취득세 등 과세표준에 대하여 아래 사항을 반영하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.1. 상가 2호(연면적 1,272.1500㎡)에 대하여 「지방세특례제한법」제47조의2 제1항에 따른 감면을 적용한다.2. 정비기반시설비용 OOO원, 도시가스시설분담금 OOO원, 향후 예상 비용으로 책정한 비용 OOO원(＜표7＞ 참조) 중 공사비 정산으로 감액한 OOO원(부가가치세 포함된 금액임) 및 정비기반시설비용 OOO원은 취득세 과세표준에서 차감한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 서울특별시 강동구 OOO 일대의 AAA아파트주택재건축정비사업의 시행자로서, 아래 ＜표1＞과 같이 조합원분 외 일반분양분 아파트 전용면적 85㎡ 이하 861세대, 전용면적 85㎡ 초과 3세대와 임대주택 75세대 및 상가 2호(연면적 1,272.1500㎡)의 건축연면적 합계 141,235.9361㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 신축하여 취득한 후 2021.1.7. 준공인가를 받았다.＜표1＞ 이 건 건축물의 건축물 면적 현황○○○나. 청구법인은 2021.2.25. 처분청에 이 건 건축물의 과세표준을 OOO원으로 하여 아파트 부분은 「지방세특례제한법」(2023.12.29. 법률 제19862호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의2 제1항(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)에 따른 녹색건축 인증 최우수 건축물에 대한 감면율 100분의 10을 적용하는 한편, 상가부분에 대하여는 감면 없이 「지방세법」 제11조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 아래 ＜표2＞와 같이 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.＜표2＞ 이 건 건축물 취득세 신고·납부 내역(단위 : 원)○○○다. 이후, 청구법인은 2024.10.15. 처분청에 이 건 건축물의 취득세 과세표준에서 상가 부분에 대한 녹색건축인증 감면을 적용하고, 아래 ＜표3＞의 비용(이하 “쟁점비용”이라 한다)은 이 건 건축물의 취득과 무관한 비용이므로, 기납부한 취득세 등 OOO원은 환급되어야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2024.12.23. 이를 거부하였다.＜표3＞ 쟁점비용 세부내역(단위 : 원)○○○라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.24. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 주택 외 상가용도의 신축 건축물에 대하여 녹색건축 인증 및 에너지효율등급 인증 건축물로 보아 취득세를 감면할 수 있는지 여부「지방세특례제한법」 제47조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제24조 제1항 제1호(쟁점감면규정)에서 녹색건축 인증등급 최우수 건축물로서 같은 법 제17조에 따라 인증받은 건축물 에너지효율 인증 등급이 1+등급 이상인 건축물에 대한 취득세 감면대상을 “「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물”이라고 규정하고 있는바,쟁점감면규정의 적용을 받는 건축물의 용도에 대하여는 법령상 특별히 제한을 두고 있지 않고 있어 주택, 사무실, 근린생활시설 등 그 용도나 구조에 상관없이 취득세 감면대상으로 보아야 하고, 같은 법 제47조의2 제3항에서 신축하는 주거용 건축물로서 에너지절약형 친환경주택에 대한 취득세 감면에 있어서 감면대상을 ‘주거용 건축물’이라 구분하여 규정하고 있음에 비추어 쟁점감면규정의 건축물에는 주택 뿐만 주택 외 용도의 건축물도 포함되는 것이므로 취득세가 감면되어야 한다.(2) 다음의 비용을 취득세 과세표준에서 제외하여야 한다.(가) 쟁점①비용 : 단지 외부의 도로 등 기부채납되는 도시계획시설공사비용 OOO원이 건 주택재건축사업과 관련하여 처분청은 2013.1.2.

이유 2사업시행인가 고시(서울특별시 강동구 고시 OOO)를 하면서 사업시행인가일을 2012.12.28.로 하고, 도로, 공원의 정비기반시설을 새로이 설치하여 처분청에 무상귀속(기부채납)하도록 하였다.위 정비기반시설공사를 시행하여 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따라 처분청에 무상귀속(기부채납)되는 도로, 공원 등 시설물에 대한 설계 및 공사비용 등 OOO원을 지급하였는바, 위 비용들은 공동주택 단지 외부의 도로, 공원, 유수지 등 도시계획시설을 조성하기 위해 투입된 비용으로 지방자치단체에 기부채납되어 아파트의 단지 밖에 설치되어 사실상의 공공재산으로서 공동주택에 부수되지 않는 시설이므로 도시계획시설(도로, 공원 등)의 조성비용에 대하여 신축 공동주택의 취득가격으로 볼 수 없기에 이 건 공동주택의 건축물 취득세 과세표준액에서 제외되어야 한다(조심 2022지598, 2023.7.19., 조심 2021지2782 2022.8.18., 같은 뜻임).(나) 쟁점②비용 : 도시가스시설분담금, 지중화공사비용 OOO원도시가스시설분담금, 통신선로 지중화공사비용을 통틀어 총 OOO원을 지출하였는바, 위 비용들은 「지방세법 시행령」 제18조 제2항 제2호에 의해 법률에 따라 전기ㆍ가스ㆍ열 등을 이용하는 자가 분담하는 비용으로써 공급자의 공급시설로부터 당해 건축물까지 인입하는데 소요되는 건축물 구외의 시설물 공사비용을 부담한 것에 해당하므로 이 건 공동주택의 건축물 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.(다) 쟁점③비용 : 이주관련 용역비 및 이주비이자 OOO원1) 이주관리용역비의 과세표준 제외 여부청구법인은 이주안내 및 상담 안내, 이주계획서 접수, 이주비 신청서 접수, 세입자 현황신고서 접수 등을 목적으로 ㈜BBB에게 이주관리용역비 OOO원을 지급하였는바, 이러한 비용은 「지방세법 시행령」 제18조 제2항 제3호 및 제5호에서 규정하고 있는 이주비 등 취득 물건과는 별개의 권리에 관한 보상 성격으로 지급되는 비용이거나 거주자의 이주를 위한 용역이거나 이주비를 지급하기 위한 사전절차비용에 해당하므로 사실상 취득비용에서 제외되어야 한다.2) 이주비 대출이자의 과세표준 제외 여부청구법인은 2017년 7월부터 이주비 대출이자 OOO원을 지급하였는바, 「지방세법 시행령」 제18조 제2항에 의해 이주비가 취득가격에서 제외됨은 분명하다. 여기에 더하여 법원에서는 이주비를 신축 건축물의 취득원가에 포함하지 않는 것으로 보고 있고(대법원 2021.12.30. 선고 2021두51690 판결 및 하급심 판결 참조), 원본인 이주비에 추가하여 부대채권으로서 지급되는 이자 또한 취득비용으로 볼 수 없는 것으로 판결하고 있으며(서울고등법원 2006.12.13.

이유 3선고 2006누9131 판결, 참조), 이주비와 그 부대채권 또는 법정과실에 불과한 이주비 이자의 그 성격을 달리 판단할 이유가 없으므로 이주비와 동일한 사유로 이 건 공동주택등의 건축물 취득세 과세표준액에서 제외되어야 한다.아울러 「지방세법 시행령」 제18조 제2항 제3호에 따라 이주비 또는 이와 유사한 비용이 취득세의 사실상 취득비용에서 제외된다면 이주비 이자에 해당하는 금액은 「민법」 제101조 제2항에 따른 물건의 사용대가로 받는 금전 기타의 물건으로서 법정과실에 해당된다는 점에서 이주비와 그 성격을 달리 판단할 이유가 없으므로 이주비와 동일한 사유로 이 건 공동주택의 건축물 취득세 과세표준액에서 제외되어야 한다.(라) 쟁점④비용 : 종전·종후자산 감정평가비 OOO원청구법인은 이 건 재건축정비사업을 추진함에 있어 종전 자산 감정평가용역, 토지·건물 배분비율 산정, 법인세 및 부가가치세 신고를 위한 감정평가용역 등과 관련하여 지급된 OOO원은 현물출자된 토지의 적정한 가격산정을 위한 것이거나 무상양도 국공유지 가격 산정, 법인세 신고를 위한 가격 산정을 위한 것으로서 신축하는 공동주택 건축물의 자체의 가격으로 지급된 것도 아니고, 그에 준하는 취득절차 비용으로 소요된 것도 아닌 취득비용에서 제외되는 판매비용으로서 신축하는 건축물의 공사와는 관련없는 비용이므로 이 건 공동주택의 건축물 취득세 과세표준액에서 제외되어야 한다.(마) 쟁점⑤비용 : 대출금 지급이자 OOO원청구법인은 이 건 주택재건축사업과 관련하여 2017.4.28.

이유 4CCC 주식회사(이하 “CCC”이라 한다)와 AAA주택재건축정비사업 공사계약을 체결하고, 그 계약서 제52조에서는 조합원부담금 및 일반분양금, 임대주택 매각대금 등 수입금은 입금일을 기준으로 공사대금, 공사비, 유이자대여금이자, 무이자대여금이자 및 기타자금의 상환순서로 지급하기로 약정하였다또한, 2018년 6월경 OOO 아파트 입주자모집공고를 하고, 같은 해 7.10.부터 분양계약을 체결하여 2018년부터는 분양수입이 발생하여 총 분양수입이 약 OOO원을 초과하는 등 건설용지 OOO원, 사업경비 OOO원 합계 OOO원에 대비하여 분양수입금액이 초과하여 매출이익이 발생하였다.이 건 차입금 이자가 발생한 대출금은 단순히 이 건 공동주택의 신축을 위한 용도가 아니라 분양 미신청자 등의 부동산에 대한 협의매수 및 현금청산비용, 국공유지 매수대금, 분양관련 및 기타비용 등으로 그 용도가 혼재되어 있으므로, 그 대출이자 전부를 취득세 과세표준에 포함시킬 수는 없다 할 것이고, 분양 미신청자 등에 대한 협의매수 및 현금청산비용이 총 사업비의 48%에 이르는 등 건설용지를 매입하기 위한 차입금이 전체 차입금의 대부분을 차지하고 있을 뿐만 아니라, 건설용지를 제외한 다음으로 전체 사업비 중 큰 비중을 차지하는 CCC의 이 건 공동주택의 건축공사비용 OOO원은 사실상 위 공사도급계약에 따라 분양수입금 등 조합의 수입으로 충당된다는 점에 비추어 이러한 차입비용은 현금청산 내지 국공유지 매입을 위한 종전 부동산의 취득을 위해 발생한 차입금의 이자로 보이고, 이 건 공동주택의 신축을 위한 비용에 대하여는 분양수입금으로 충분히 공사비 등의 지출이 가능하여 새로이 차입금을 투입하여 공사비를 지출하였다고 보기 어려워 건축물 신축과 관련하여 발생한 차입금에 대한 이자비용이라고 볼 수도 없기에 이 건 공동주택 신축의 취득세 과세표준액에서 제외되어야 한다.(바) 쟁점⑥비용 : 학교시설증축비용 및 학교용지부담금 OOO원1) 협약에 의한 학교증축비용은 취득세 등 과세표준에서 제외되어야 한다.「지방세법 시행령」 제18조 제1항 제3호에서는 “「농지법」에 따른 농지보전부담금, 「산지관리법」에 따른 대체산림자원조성비 등 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용”만을 간접비용으로서 취득가격에 포함하도록 규정하고 있으므로, 의무적으로 부담하는 비용이 아니라면 다른 간접비용 항목에 해당하지 아니하는 한 취득가격에 포함할 수 없다.따라서 법령에 의하여 의무적으로 부담한 것이 아니라 청구법인이 교육지원청과 협약에 의하여 증축공사에 대한 현금을 납부한 비용은 이 건 공동주택의 취득세 과세표준액에서 제외하여야 한다.설령 청구법인이 이 건 협약에 따라 학교증축비용을 분담한 것이 법령에 따라 의무적으로 부담한 것에 해당한다고 가정하더라도, 이는 ‘취득의 대상’인 이 건 공동주택에 관한 것이 아니어서 「지방세법 시행령」제18조 제1항 본문의 요건을 충족시키지 못한다.2) 단일통학구역내 재건축단지가 학교용지부담금의 부과처분 소송에서 위법하다는 이유로 승소하여 부담금을 환급받은 경우 신축 건축물 과세표준 제외되어야 한다.강동송파교육지원청(이하 “교육지원청”이라 한다)은 2021.2.10.

이유 5청구법인에게 「학교용지 확보 등에 관한 특례법」(이하 “학교용지법”이라 한다) 제5조의2 제2항 제1호에 따라 산정한 학교용지부담금 총 OOO원에서 청구법인이 기부채납한 OOO원을 공제한 OOO원을 납부하였다.한편, 교육지원청은 이 건 주택재건축사업 부지와 인접하여 OOO(이하 “DDD”라 한다)와 단일통학구역에 속하는 OOO 재건축조합도 기부채납 금액을 제외한 학교용지부담금을 부과하는데, 이에 위 조합들은 2020년 2월경 교육지원청을 상대로 그 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하여 제1심에서 OOO 조합은 2021.10.29.에, OOO 조합은 2021.11.26.에 ‘이 건 정비사업을 포함한 OOO, OOO 아파트의 주택재건축사업으로 인해 DDD 증축 외에는 추가로 다른 초등학교의 증축·신설 또는 중·고등학교의 증축·신설의 필요성이 인정된다고 볼 수 없고, 달리 DDD의 증축 외에 다른 학교의 증축·신설의 수요가 발생하였다는 점이나 이에 관한 계획이 있다는 점을 인정할 만한 자료가 없으므로 DDD의 리모델링 및 증축을 위하여 교육지원청과 협의에 따른 기부금액을 기부채납한 것을 넘어서 추가로 학교용지부담금을 조합에게 부과해야 할 정도로 정비사업으로 인하여 인근에 학교를 증축·신설해야 할 필요성이 생겼다고 보기 어려우므로, 학교용지부담금 부과처분은 그 목적을 달성하기 위하여 필요한 최소한의 범위를 벗어난 것이거나 부과의 필요성과 상당성이 인정되지 않아 재량권을 일탈·남용하여 위법하다‘는 이유로 각 승소하였다.이에 교육지원청이 항소하였으나, OOO 조합 사건은 2022.9. 20.에, OOO 조합 사건은 2022.10.21.에 각 항소가 기각되어 그 무렵 판결이 확정되었고, 이에 따라 OOO 조합은 기부채납 금액을 공제한 차액 상당의 학교용지부담금을 부담하지 않게 되었다.그렇다면 이 건 정비사업 부지와 인접하여 DDD와 단일통학구역에 속하는 OOO 재건축아파트에 대하여 부과된 학교용지부담금 부과취소 소송의 결과에 따라 학교용지부담금을 환급받았던 점에 비추어 청구법인이 위법한 학교용지부담금을 환급받을 수 있었으나 제소기간의 도과로 인해 환급받지 못한 것으로, 이와 같이 청구법인이 부담하여야 할 비용에 해당하지 아니하는 부담금을 청구법인이 부담하고 이를 환급받지 못하였다고 하더라도 이러한 비용은 「지방세법 시행령」제18조 제1항 제3호에서 규정한 관계 법령에 따라 의무적으로 부담하는 비용에 해당된다고 보기는 어렵다.(사) 쟁점⑦비용 : 조합운영비 OOO원조합운영비는 이 건 건축물의 신축과 관계없이 사무실 운영을 위해 정기적으로 지출해 온 비용으로서, 이 건 건축물 자체의 가격이거나 그 가격으로 지급되었다고 볼 수 있는 비용 또는 그에 준하는 취득절차비용 어디에도 해당되지 않으며, 사실상 「지방세법 시행령」 제18조 제2항 제1·5호에서 정한 ‘취득하는 물건의 판매를 위한 광고선전비 등의 판매비용과 그와 관련한 부대비용’ 또는 ‘그에 준하는 비용’에 해당한다고 봄이 타당하고, 「지방세기본법」 제22조에서 정한 ‘기업회계 존중의 원칙’에도 부합한다 할 것이므로, 청구법인의 조합운영비 OOO원, 추진위운영비 OOO원 합계 OOO원은 이 건 공동주택의 건축물 취득세 과세표준에서 제외되어야 한다.(아) 쟁점⑧비용 : 향후 지출예상비용 OOO원조세심판원에서도 실제 지출한 비용이나 지출해야 할 원인이 확정된 비용이 아니라, 납세자가 준공 후에 지출할 비용으로 과세표준에 가산하여 신고한 금액은 그 후에 실제 지출한 내역이 없는 경우에 취득가격에서 제외하도록 결정하고 있다(조심 2023지4085, 2023.10.13., 조심 2021지1985, 2023.10.19.

이유 6참조).청구법인은 2021.2.25. 이 건 공동주택 신축에 대한 취득세를 신고하면서, 향후 예상비용 OOO원을 가산하여 청구법인과 조합원들의 공통 취득세 과세표준으로 집계하여 신고하였는데, 위 향후비용은 실제로 이 건 취득일까지 지출예상금액이 아니라 이 건 취득일을 넘어서 청산시점까지의 추정금액을 기초로 하여 지급예상액을 계산하여 이 건 공동주택의 취득비용에 가산하였다.위 향후 예상비용에는 이 건 공동주택의 취득시기 2021.1.7. 이후에 공사 및 용역계약이 체결 내지 변경되거나 지급원인이 발생 또는 확정되는 비용이거나 실제로 지급되지 아니한 비용이 대부분으로서, ⓐ 외부도로 OOO 한전주 철거 및 인입전력선 지중화공사와 관련하여 이 건 취득세 신고 당시 ‘입찰중’인 상태로 예상금액 OOO원으로 신고하였으나, 실제로는 EEE(주)와 한전지중화 및 OOO 가로등공사 도급계약을 2021.11.16. 체결하면서 그 착공일을 2021.11.28.로, 준공예정일을 2021년 12월경으로, 그 도급금액을 당초 예상금액 OOO원보다 크게 감소된 OOO원으로 계약체결을 하여, 그 대금을 2022.9.19.경에야 지급하는 등 이 건 준공일 이후 공사·구매계약을 체결하거나, ⓑ 세무회계용역비(월 기장료, 공동주택 신축취득세 신고용역비용 등), 정비사업전문관리용역비(이전고시 및 조합청산업무), 총회비용(2회), 조합운영비(2년)에서 보는 바와 같이 그 계약 내용 내지 지출예상기간이 이 건 공동주택의 취득일 이후 조합 청산시점까지의 기간으로 하여 업무를 수행하고 그 진행 단계별로 그 업무수행결과에 따른 대금을 지급하는 경우, ⓒ CCC과 건설도급계약에 따른 추가예상비용 OOO원을 포함하여 이 건 취득세의 취득비용으로 신고하였으나, 실제적으로는 2021.11.22. CCC과의 공사비 정산에 따른 공사비용 OOO원이 감소한 경우와 같이 실제 대금이 지급되지 아니하고 도리어 감액된 경우 등을 포함하고 있으므로 이를 제외하여야 한다.나. 처분청 의견(1) 주택외 상가 용도의 건축물을 「지방세특례제한법」 제47조의2(녹색건축 인증 건축물에 대한 감면)의 적용이 가능한지 여부(가)「지방세특례제한법」제47조의2 제1항에서는 녹색건축인증 건축물에 대한 감면에 대하여 “신축하는 건축물로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 건축물에 대해서는 취득세를 100분의 3부터 100분의 10까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 경감한다고 규정하면서 ‘녹색에너지 인증등급’과 ‘에너지효율등급’을 각각 모두 갖추어야 비로소 감면대상이 될 수 있음을 명확하게 정의하고 있다.