청구인을 쟁점부동산의 양도일 현재 비거주자로 보아 1세대1주택 비과세 및 「소득세법」 제92조 제1항 단서에 따른 장기보유특별공제를 부인한 처분의 당부

요지청구인은 쟁점부동산의 양도일이 속한 2021년에는 국내에 체류한 기간이 183일에 미치지 못하는데 반하여 2006년부터 주로 AA국에 체류하면서 AA로 재직하고 있었던 점 등에 비추어, 쟁점부동산의 양도일이 속한 2021년 현재 「소득세법」상 비거주자로 봄이 타당하므로, 청구인의 주장을 받아들이기는 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가.청구인은 1989.9.6. 취득한 서울특별시 강동구 OOO 다가구주택(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 2021.8.31. OOO원에 양도하고, 2021.9.14. 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대1주택 비과세(고가주택) 및 같은 법 제95조 제2항 단서 및 표2에 따른 장기보유특별공제(이하 “1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제”라 한다)를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였다.나.처분청은 청구인이 쟁점부동산의 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2에 따른 비거주자로 보고 같은 법 제121조 제2항 단서에 따라 청구인이 당초 신고시 적용한 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 부인하여, 2025.1.30. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.다.청구인은 이에 불복하여 2025.3.14. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장청구인은 쟁점부동산의 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2에 따른 거주자이므로 그 양도에 대해 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.(1) 청구인은 「소득세법」상 거주자이다.「소득세법」 제1조의2에서 “국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소를 둔 개인”을 거주자로 정의하고 있고, 같은 영 제2조 제3항에서 국내에 주소를 둔 개인이란 “국내에서 생계를 같이하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적인 사실에 따라 판정”하는 것으로, “㉠계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가졌거나, ㉡국내에 생계를 같이하는 가족이 있고, 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것으로 인정되면 국내에 주소를 둔 것으로 보도록” 규정하고 있다.

이유 2또한 「소득세법 시행령」 제3조에서 내국법인의 국외사업장 또는 해외현지법인 등에 파견된 임직원을 거주자로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 1-3…1에서 파견기간의 종료 후 재입국할 것으로 인정되는 때에는 파견기간이나 외국의 국적 또는 영주권의 취득과는 관계없이 거주자로 보도록 규정하고 있으며, 같은 법 집행기준 1의2-2-1에서 국외에서 직업을 갖고 183일 이상 계속하여 거주하는 때에도 국내에 가족 및 자산의 유무 등과 관련하여 생활의 근거가 국내에 있는 것으로 보는 때에는 거주자로 보도록 규정하고 있는데, 이들 규정의 취지는 해외파견 임직원의 거주자 여부에 대하여 ‘장기적인 관점에서 본인의 의사를 중시하여 판단하라’는 것이다.처분청은 청구인을 쟁점부동산 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2에 따른 비거주자로 보아 같은 법 제121조 제2항 단서에 따라 쟁점부동산의 양도에 대해 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대해 적용되는 장기보유특별공제를 배제하였으나, 위 법리 및 아래와 같은 사실관계를 감안할 때 청구인은 청구인의 직업 및 자산상태 등에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라 인정되는 「소득세법」상 거주자이다.(가)청구인은 고령(70세)으로 일본국 선교사 파견생활을 마치고 우리나라에 영구귀국하기 위해 준비 중이다.청구인은 경상남도 함양군에서 출생하여 초·중·고등학교를 졸업한 후 출생지를 떠나 취업을 하고 결혼을 하였으나 혼인신고 전에 남편과 사별하여 정신적으로 힘들어 하던 중, 기독교에 귀의하여 국내 신학교(OOO 소속) 졸업 후 국내 교회(A) 소속 목사가 되어 활동하였고, 2006.1.1.부터 일본국에 출국하여 파송선교사로서 일본국(OOO) 소재 교회의 목사로 활동하여 왔으나, 국내 소속 교단(OOO)의 규정(총회헌법 제22조 및 제27조)에 따라 만 70세가 되는 날이 속한 2025.12.31. 은퇴가 예정되어 있고, 은퇴 후에 2021년 쟁점부동산의 양도 후 소속 국내 교회(A) 인근에 마련한 임차주택에서 노후를 보내기 위해 준비 중이다. 한편 청구인은 남편과 사별한 후 종교·선교활동에 전념하느라 국내와 국외 어느 곳에도 생계를 같이하는 가족이 없다.위 사실관계에 의하면 청구인은 「소득세법 시행령」 제3조의 “해외현지법인 등”에 해당하는 국내 교회(A)에 소속된 임직원으로서 금년말에 은퇴함으로써 파견기간을 마치면 재입국할 것으로 인정된다 할 것이므로 「소득세법 시행령」 제3조에 따른 거주자에 해당한다. 한편 처분청은 국세청 전산자료상 A의 일본국 내 사업장 또는 해외현지법인이 확인되지 않는다는 이유로 청구인을 A의 임직원으로서 일본국의 국외사업장 등에 파견된 것으로 볼 수 없다는 의견이나 청구인이 A 소속으로 일본국에 파송된 선교사임은 처분청도 인정하고 있고 청구인이 제시한 증빙(A의 선교사 파송증명서)으로도 확인되므로 위 처분청의 의견은 부당하다(국내 교회에서 파송하는 해외선교사가 활동하는 선교지의 교회는 영리법인과 같은 출자관계는 없지만 해당 선교사가 파견기간 종료 후 재입국할 것으로 인정되는 때에는 파견기간 또는 영주권등의 취득과 무관하게 거주자로 보아야 하고, 이는 ‘소득세법 기본통칙’ 1-3…1에서 본인의 의사를 중시하여 거주자를 판정하는 것과 같은 취지이다).(나)청구인은 국내에만 자산을 보유하고 있고, 계속하여 대한민국에 국적과 주민등록을 두면서 입국시 주민등록지에서 생활하였다.①청구인은 1989.9.6. 청구인 본인의 저축액, 남편으로부터 상속받은 재산, 대출금 등을 재원으로 쟁점부동산을 취득하여 보유하다가, 2021.8.31.

이유 3양도하였고, 양도대금은 전세보증금(OOO원)의 반환, 대출금 원리금 상환(OOO원), 일본국 반출(일본화 OOO엔) 후 생활비 및 채무변제 충당 등에 사용하였다. ②또한 청구인은 2022년 청구인의 형제자매들과 공동상속받은 경상남도 함양군 소재의 토지(지목과 면적은 답 3,736㎡이고, 청구인의 지분은 9분의 1이다)를 보유하고 있다. ③청구인은 일본국에 선교사로 파송된 기간 동안 선교활동 외에 수익을 창출하는 어떠한 활동을 하지 않아서 일본국 내의 소득 및 소유재산이 전혀 없고 국내의 쟁점부동산 소유 기간 중 소액의 임대소득과 소속 교회(A)로부터 받는 지원금(「소득세법」 제12조 제3호 다목에 따른 실비변상적 급여 및 같은 영 제12조 제18호에 따른 종교활동비인 비과세소득이다)만이 청구인의 소득원이었다.청구인은 2006년 일본국 출국에도 불구하고 계속하여 대한민국 국적을 보유하고 있고, 1989.8.11. 쟁점부동산에 전입하여 2021.9.22.까지 주소를 두었으며, 2021.9.23.부터는 현재의 주소지(서울특별시 강동구 OOO)에 전입하여 주소를 두는 등 계속하여 대한민국에 주소를 두었다. 한편 청구인은 소속 교회(A) 또는 국내 선교기관의 공무(매년 3월과 9월 A의 새벽특별집회에 참여하기 위해 일본국 현지의 교인들을 인솔하여 입국하거나 다른 선교기관이 주관하는 사역에 참석한다) 또는 사적인 업무(비자 갱신, 안식년, 애경사 참석, 건강검진 등 질병치료 등)를 하고자 귀국할 때 의식주에 필요한 주거시설이 완비되어 있는 현재의 주소지에서 생활하였다.(2) 설령 청구인이 일본국의 거주자에도 해당되더라도 한·일 조세조약에 따라 항구적 주거가 있는 우리나라의 거주자로 보아야 한다.처분청은 청구인이 일본국 출국 후 계속하여 7년마다 재류증을 갱신하면서 일본국에 머물면서 선교활동을 하는 것을 두고 일본국 영주권자라는 의견이나, 재류증은 영주권이 아니라 시민권이 없는 장기 거류자에게 부여되는 것이어서 위 처분청의 의견은 부당하고, 설령 처분청의 의견에 따르더라도 청구인은 대한민국과 일본국의 이중거주자에 해당하여서 한·일 조세조약 제4조에 따라 ‘항구적 주거, 중대한 이해관계의 중심지, 일상적 거소, 국민 및 상호합의’의 순서대로 그 사람의 지위를 판정하여야 하는데, 아래와 같이 위 순서대로 사실관계를 살펴보면 청구인은 항구적 주거가 있거나 중대한 이해관계의 중심지인 대한민국의 거주자이다.①앞서 제시하였듯이 청구인은 일본국에서 공적인 종교활동을 하는 임차주택을 두고 있는 반면에 대한민국에서는 공적활동 외에 개인 목적의 방문시에도 이용하는 임차주택을 두고 있으므로 대한민국에 항구적 주거가 있는 것으로 보아야 한다. ②또한 청구인의 중대한 이해관계의 중심지(인적·경제적 관계가 더 밀접한 체약국)에 대해 살펴보면 비록 일본국에서 선교활동을 해야 하므로 의료보험에 가입되어 있고 대한민국과 일본국 모두에서 의료서비스를 이용하면서 통신서비스에 가입된 상태이지만, 대한민국에 청구인의 친인척이 있는 점, 대한민국에서 모든 교육을 받은 점, 대한민국 소속 교회(A)를 중심으로 지인 관계를 형성하고 있는 점, 대한민국에 30년 이상 쟁점부동산을 보유하고 주소를 둔 임차주택을 두고 있고 유일한 부동산인 토지를 소유하고 있는 점, 대한민국에 금융자산을 소유하면서 금융서비스를 이용하고 있는 점, 청구인이 선교사로서 대한민국과 일본국 중 어느 곳에서도 소득활동을 하지 않았으나 앞서 제시하였듯이 대한민국에서만 소득(소속 교회로부터 받는 월 OOO원 상당의 선교지원금, 쟁점부동산에 관한 임대소득)이 있었던 점 등을 감안하면 중대한 이해관계의 중심지도 대한민국으로 보아야 한다.

이유 4이에 더하여 ③2006년 이후 일본에서 선교생활을 하면서 일본국 소재 교회와 임차주택에서 생활하여 왔으나 금년말 은퇴 후에는 귀국하여 대한민국에 정착할 예정이므로 일상적 거소를 일본국이라고 단정할 수 없는 점, 비록 청구인은 일본국 재류증을 발급받아 갱신하여 왔으나 국적은 대한민국에 있는 점 등을 감안하면 청구인의 일상적 거소도 대한민국이다. 이를 종합하여 보면 청구인은 한·일 조세조약 제4조에 의하더라도 대한민국 거주자이다.나. 처분청 의견청구인은 쟁점부동산의 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2에 따른 비거주자이므로 그 양도에 대해 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 적용할 수 없다.(1) 청구인은 「소득세법」상 비거주자이다.조세법률주의에 따라 조세법규의 해석은 법문대로 해석함이 원칙이고 합리적인 이유 없이 확정·유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하여 적용하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하다. 이러한 법리 및 아래와 같은 사실관계를 감안하면 청구인은 「소득세법」상 비거주자이다.①비록 청구인이 2006년 일본국 출국 이후에도 대한민국에 주소를 두고 있었으나 이는 「주민등록법」에 따른 것일 뿐 「소득세법」에 따른 주소에 해당하는 ‘국내에 생활관계의 근거를 둔 것’에 해당되지 않는다. 특히 청구인은 2014∼2023년 출입국기록상 대한민국 입국횟수 및 체류일수가 연평균 5.5회 37일[체류일수가 특히 긴 2021년(113일) 제외시 5.8회 28일]에 불과하여서 「소득세법」에 따른 거주기간 기준인 183일에 크게 미치지 못한다. ②청구인은 국내 교회(A)로부터 매월 OOO원 상당의 지원금을 받는데 이는 해외 선교활동을 위한 것일 뿐 국내 종교활동 등 근로의 대가가 아니므로 국내의 직업을 가진 것과 무관하다. 오히려 청구인은 2005년까지 A에 목사로 재직하다가 2006년부터 현재까지 일본에 출국한 후 교회를 개척하여 목사로 재직하는 등 선교활동을 하는 중이므로 ‘국내의 직업’과 무관하다. ③청구인은 대한민국에 2002년 형제자매들과 공동상속받은 토지(경상남도 함양군 소재)가 있으나 국내에 거주하며 관리해야 하는 재산이 아니다. 또한 청구인이 2021년 쟁점부동산을 양도한 후 그 매각대금의 일부(일본화 OOO엔)를 일본국에 송금하여 생활비(차입금 변제 및 주거자금 등)로 사용하였음을 감안하면 일본국에 밀접한 생활관계가 형성되어 있음을 뒷받침한다. ④나아가 청구인은 일본국의 법률인 「출입국 관리 및 난민인정법」에 따라 재류증(재류카드 또는 체류카드)을 발급받아 7년마다 갱신하여 왔고, 같은 법 제19조의5에서 체류카드의 유효기간을 정하면서 ‘영주자’의 경우 체류카드의 발급일부터 7년이 경과하는 날을 열거하고 있음을 감안하면 청구인이 재류증을 발급받아 갱신하고 있는 것은 영주권을 얻은 것으로 볼 수 있다.

이유 5이를 종합하여 보면 청구인은 「소득세법 시행령」 제2조 제4항의 ‘국외에 거주 또는 근무하는 자가 외국의 영주권을 얻은 자로서 국내에 생계를 같이하는 가족이 없고 그 직업 및 자산상태에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라고 인정되지 않는 때’에 해당하므로 「소득세법」상 비거주자로 보아야 한다.(2) 청구인의 주장은 이유 없다.청구인은 국내 교회(A)의 소속으로서 일본국에 파송된 선교사임을 들어 청구인이 「소득세법 시행령」 제3조에 따른 해외현지법인등의 임직원으로서 거주자에 해당한다고 주장하나, 해당 조항은 거주자나 내국법인과 출자관계가 있는 국외사업장 또는 해외현지법인에 그 거주자나 내국법인 소속의 임직원을 파견한 경우에만 적용되는 것이므로 교회가 해외에 선교사를 파송하는 것에 대하여 적용할 근거가 없는 점, 국세청 전산자료상 A가 일본국에 청구인이 재직하는 일본국 소재 교회 등의 국외사업장 또는 해외현지법인을 설립한 사실이 확인되지 않는 점 등을 감안하면 위 청구주장은 이유 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인을 쟁점부동산의 양도일 현재 비거주자로 보아 1세대1주택 비과세 및 「소득세법」 제92조 제1항 단서에 따른 장기보유특별공제를 부인한 처분의 당부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.(가)청구인의 주민등록표를 보면 청구인은 1989.8.11.∼2021.9.22. 쟁점부동산에 전입하였고, 2021.9.23.부터 현 주소지인 서울특별시 강동구 OOO에 전입하였고, 처분청은 국내에 생계를 같이하는 가족이 없는 것으로 보았다.(나)2010∼2023년 출입국사실증명서를 보면 청구인은 해당 기간 중 입국횟수 및 체류일수가 연평균 5.5회 37일[체류일수가 특히 긴 2021년(113일) 제외시 5.8회 28일]인 것으로 나타난다.(다)국세청 전산자료에 의하면 청구인은 국내에 사업자등록을 한 사실이 없고 2023년 발생한 이자소득 외의 다른 소득이 없는 것으로 나타난다.(라)처분청이 확인한 바에 의하면 청구인은 2002년 형제자매들과 경상남도 함양군 소재의 토지를 공동상속받아 보유하고 있다.(마)국세청 전산자료에 의하면 청구인은 2021.9.16.∼2024.4.23. 일본국에 6차례에 걸쳐 미화 OOO달러(원화 OOO원) 상당을 송금한 것으로 나타난다. 한편 청구인이 처분청에게 한 소명에 의하면 청구인은 2013∼2020년 일본국에서 일본화 OOO엔을 차입하여 일본국 체류에 필요한 거주비로 사용하였고 2021년 9월 및 2022년 3월·4월 위 송금액을 재원으로 해당 채무를 변제하였다.(바)청구인이 처분청에게 재출한 재류증을 보면 재류자격은 영주자로, 허가종류는 영주허가로, 허가일은 1991.6.20.로 나타나고, 처분청은 일본국의 관련 법률을 근거로 청구인이 일본국에서 영주권을 취득한 것으로 보았다.(사)청구인은 이 건 과세처분 전에 처분청에게 과세사실판단자문 신청을 하였으나, 처분청은 2024.7.26. 청구인이 「소득세법」상 비거주자에 해당한다는 과세사실이 명확히 판단된다는 이유로 심의제외 결정을 하였다.(2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다.(가)청구인은 2006년 일본국에 출국하여 파송선교사로서 일본국(OOO) 소재 교회의 목사로 활동 하여 왔으나, 국내 소속 교단(OOO)의 규정(총회헌법 제22조 및 제27조)에 따라 만 70세가 되는 날이 속한 2025.12.31.

이유 6은퇴가 예정되어 있고, 은퇴 후에 2021년 쟁점부동산의 양도 후 소속 국내 교회(A) 인근에 마련한 임차주택에서 노후를 보내기 위해 준비 중이라고 주장하면서, 국내 임차주택의 임대차계약서, 국내 교회에서 발급한 증명서(선교사 파송, 재직증명 및 은퇴사실의 확인에 관한 것) 및 A의 선교사 파송에 관한 내규를 제출하였다.(나)청구인은 일본국에 선교사로 파송된 기간 동안 선교활동 외에 수익을 창출하는 어떠한 활동을 하지 않아서 일본국 내의 소득 및 소유재산이 전혀 없었고 국내의 쟁점부동산 소유 기간 중 소액의 임대소득과 소속 교회(A)로부터 받는 지원금만이 청구인의 소득원이었다고 주장하면서, 쟁점부동산의 임대에 관한 증빙(임대차계약서 등) 및 위 지원금 송금 내역을 제출하였다.(다)청구인은 2006년 일본국 출국에도 불구하고 계속하여 대한민국 국적을 보유하고 있고, 1989.8.11. 쟁점부동산에 전입하여 2021.9.22.까지 주소를 두었으며, 2021.9.23.부터는 현재의 주소지(서울특별시 강동구 OOO)에 전입하여 주소를 두는 등 계속하여 주소를 두었는데, 청구인은 소속 교회(A) 또는 국내 선교기관의 공무 또는 사적인 업무를 하고자 귀국할 때 의식주에 필요한 주거시설이 완비되어 있는 현재의 주소지에서 생활하였다고 주장하면서, 현재의 주소지를 촬영하였다는 사진을 제출하였다.(라)청구인은 한·일 조세조약상 거주지국 판정과 관련하여 16개 항목을 비교·검토하였다면서 관련한 표를 제출하였다.(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가)청구인은 청구인이 소속된 기독교 교단의 규정에 따라 2025.12.31.자로 은퇴하여 그 이후에 출생지이자 학업을 마치고 지인 관계가 형성된 소속 교회(A)가 있는 대한민국으로 귀국할 예정인바 이러한 상황이 「소득세법 시행령」 제3조에 따라 거주자로 보는 ‘해외현지법인 등에 파견된 내국법인 소속의 임직원’에 해당하고, 설령 청구인을 일본국의 거주자로 보더라도 대한민국에 항구적 주거, 중대한 이해관계의 중심 및 일상적 거소가 있다 할 것이므로 한·일 조세조약 제4조에 따라 대한민국의 거주자에 해당하므로 쟁점부동산의 양도에 대하여 「소득세법」상 1세대1주택 비과세 및 1세대1주택자에 대한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다.(나)그러나 「소득세법」 제1조의2 제1항, 제2항 및 제3조와 같은 법 시행령 제2조 제1항부터 제3항까지의 규정, 제3조 및 제4조에서는 국내에 주소를 두거나 183일 이상 거소를 둔 개인인 거주자는 같은 법에 규정하는 국내·외원천소득 모두에 대한 납세의무가 있고, 주소는 국내에서 생계를 같이 하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정하며, 거소란 주소지 이외의 장소에 상당기간에 걸쳐 거주한 장소로서 주소와 같이 밀접한 일정한 생활관계가 발생하지 아니하는 장소를 말하고, 국내에 거주하는 개인이 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 경우와 국내에 생계를 같이 하는 가족이 있고 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것으로 인정되는 경우에는 국내에 주소를 가진 것으로 보며, 국내에 거소를 두고 있던 개인이 출국한 후 다시 입국한 경우에 그 출국한 기간 중 국내에 생계를 같이 하는 가족을 두고 재입국 후 거주할 예정으로 주택 또는 체류장소를 보유하고 있거나 그 출국한 목적이 명백히 일시적인 것으로 인정되는 때에는 그 출국한 기간도 국내에 거소를 둔 기간으로 보고, 국내에 거소를 둔 기간이 1과세기간에 걸쳐 183일 이상인 경우에는 국내에 183일 이상 거소를 둔 것으로 보며, 내국법인의 국