쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없다는 이유로 실지거래가액을 취득가액으로 하여 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분의 당부

요지잼점부동산의 취득 당시 실지거래가액이라고 주장하는 금액을 입증할 구체적·객관적인 자료가 제출되지 않았으므로, 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가.청구인은 2024년 아래와 같은 부동산거래를 하고 관련한 양도소득세 예정신고 및 수정신고를 하였다.(1)청구인은 2003.1.17. 경상북도 포항시 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 2003.10.15. 쟁점토지와 그 인접토지의 지상에 건물(연면적이 971.73㎡이고, 이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 유치원으로 운영하다가, 2024.3.7. 쟁점부동산과 위 인접토지(이하 “쟁점부동산등”이라 한다)를 OOO원에 양도하였다.(2)청구인은 2024.5.31. 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 쟁점부동산등의 취득가액을 실지거래가액인OOO원(이 중 쟁점토지분은 OOO원, 쟁점건물분은 OOO원이다)으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 예정신고·납부를 하였다가, 2024.7.9. 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 쟁점부동산의 취득가액을 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액인 OOO원으로 감액하는 등 양도소득세액을 OOO원으로 하는 수정신고를 하였다.＜표1＞ 청구인의 2024년 귀속 양도소득세 예정신고 내역○○○＜표2＞ 청구인의 2024년 귀속 양도소득세 수정신고 내역○○○나.청구인은 2025.4.3. 쟁점부동산의 취득가액을 실지거래가액인 OOO원(쟁점토지분은 OOO원이고, 쟁점건물분 OOO원이며, 이하 그 합계액을 “쟁점금액”이라 한다)으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.6.5. 쟁점금액이 쟁점부동산의 실지거래가액인지를 확인하기 어렵다는 이유로 이를 거부하였다.다.청구인은 이에 불복하여 2025.7.30. 이의신청을 거쳐 2025.12.8. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장쟁점부동산의 취득가액은 실지거래가액인 쟁점금액으로 보아야 한다.(1)쟁점토지의 실지취득가액은 OOO원임이 확인된다.당초 쟁점토지를 매입한 경위는 청구인과 배우자인 A이 아래 ＜표3＞ 기재와 같이 공동으로 2002.12.11. A 명의의 예금계좌에서 OOO원을 계약금 명목으로 전 소유자에게 지급하고, 이후 A이 금융기관(H) 대출금을 받아 2003.1.17. 해당 금융기관 계좌에서 수표로 인출한 OOO원을 위 전 소유자에게 지급하였다.＜표3＞ 청구인과 배우자 A의 쟁점토지 취득 대금 지급 내역○○○한편 청구인이 쟁점토지를 매입하게 된 목적은 그 지상에 유치원을 신축·운영하기 위함이었는데, 2003.1.17. 배우자인 A과 공동으로 쟁점토지를 매입하였다가, 부속토지와 그 지상의 건물이 동일인인 설립자 명의이어야 한다는 법령 규정을 확인하고 2003.10.23. A의 보유지분을 매입(매입가액은 아래와 같이 당초 A이 매입한 금액과 같다)하였다.이러한 사실관계 및 다음의 사정, 즉 ①당초 쟁점토지 양수대가의 지급 내역이 통상의 부동산 매입시 자금흐름과 같은 점(계약대금의 10% 상당을 계약금으로 지급하고 1개월 상당이 지난 후에 쟁점토지를 담보로 한 금융기관 대출금으로 잔금을 지급한 것), ②청구인은 쟁점토지의 취득 후 1년 상당이 지난 2004.10.29. 쟁점건물의 신축 대금 중 잔금의 지급을 위해 금융기관(OOO) 대출금을 받았는데, 그 당시인 2004.10.27.

이유 2해당 금융기관이 감정기관으로부터 받은 감정평가서[이하 “쟁점감정평가(서)”라 한다]를 보면 아래 ＜표4＞ 기재와 같이 쟁점토지분이 OOO원으로 기재되어 있고, 해당 금액은 쟁점금액 중 쟁점토지분(OOO원)과 유사하였던 점, ③쟁점토지의 취득 시기는 20년 이상 전으로, 그 당시에는 통상적으로 부동산 거래대금을 수표로 지급하였고, 비록 청구인은 쟁점토지의 취득 당시 매매계약서를 찾지 못하였으나, 청구인이 전 소유자에게 잔금 명목으로 지급한 위 수표금액의 출금일자가 쟁점토지의 등기부상 청구인과 A의 그 소유권 취득일(등기접수일인 2003.1.17.이다)과 일치하는 점 등을 감안할 때, 청구인이 쟁점토지의 취득 당시 전 소유자에게 OOO원을 지출한 사실이 확인되는 것으로 보아야 함에도, 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액이 인정 또는 확인되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법·부당하다.＜표4＞ 쟁점감정평가서의 감정평가표 내역○○○한편 처분청은 쟁점토지의 검인계약서에 쟁점토지의 취득가액이 OOO원으로 기재되어 있음을 이유로 청구인이 제시한 OOO원을 실지취득가액으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구인이 쟁점토지를 취득할 당시의 1㎡ 개별공시지가는 OOO원으로 이를 쟁점토지의 면적에 적용하면 OOO원으로, 위 검인계약서상의 취득가액과 상당히 일치하는바, 청구인은 쟁점토지의 취득세 신고시 그 당시 토지의 취득가액을 개별공지시가로 하여 신고하는 관행에 따라 위 검인계약서를 작성하였을 뿐, 청구인이 실제로 그 취득 당시 쟁점토지의 취득대가로 실제 지급한 OOO원과는 차이가 크다고 할 것이므로, 위 처분청의 의견은 부당하다.(2)쟁점건물의 실지취득가액은 OOO원임이 확인된다.앞서 제시하였듯이 청구인은 어린이집을 신축·운영하기 위하여 쟁점토지를 취득하였고, 2003.3.18. 주식회사 B(대표자는 C이고, 이하 “쟁점시공사”라 한다)과 사이에, 청구인이 쟁점시공사로 하여금 2003.3.18.∼2003.8.20. 중 계약금액 OOO원(계약금은 OOO원, 중도금은 OOO원, 잔금은 OOO원이다)에 쟁점토지의 지상에 쟁점건물을 신축하도록 하는 내용의 공사계약서[이하 “쟁점계약(서)”라 하고, 관련한 공사를 “쟁점공사”라 한다]를 작성하였다. 한편 쟁점공사는 쟁점계약 상의 기간보다 지연된 2003년 10월 완료되었고, 추가공사대금의 발생으로 총 공사대금은 OOO원이 지출되었는데, 당초 청구인은 쟁점계약 대금 중 잔금을 종전 임차주택의 전세보증금을 반환받아 지급하고자 할 계획이었으나 해당 계획에 차질이 생겨서, 앞서 제시하였듯이 2004.10.27. 금융기관의 대출금 OOO원을 받아 쟁점계약 대금 중 잔금을 지급하였는데, 쟁점감정평가서를 보면 쟁점건물의 감정가액이 OOO원으로, 청구인이 쟁점시공사에게 지급한 공사대금 OOO원과 상당히 일치한다(쟁점감정평가는 청구인의 쟁점부동산 취득 후 불과 1∼2년 정도 지난 때에 이루어진 것으로, 그 사이에 가격변동의 특별한 사정이 없었다면 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액과 유사하다고 보아야 하는 반면에, 처분청이 적용한 환산가액과 사이에는 큰 차이가 있다).청구인은 이처럼 자금을 조달하여 쟁점공사의 대금을 지급하였는데, 그 구체적인 지급 과정은 아래 ＜표5＞ 기재와 같이 2003.3.18.∼2004.12.27. 중 쟁점시공사의 대표자인 C 또는 C의 자녀인 D에게 각 수표 지급 또는 계좌이체의 방법으로 쟁점공사 대금 합계 OOO원을 지급하였다.

이유 3청구인은 C의 요청에 따라 그 자녀인 D에게 쟁점공사 대금 중 계약금 OOO원을 지급하였고, 그 이후에도 지속적인 C의 요청에 따라 쟁점공사 대금의 일부를 지급하였는데, 청구인이 C에게 이에 대해 문제를 제기하였으나 C의 배려(쟁점공사 대금 중 잔금을 쟁점계약 기간 이후에 지급하도록 해 준 것)에 대한 고마움으로 C의 요청을 거부할 수 없었다(청구인은 추후에 C이 다수의 채무 문제로 금융거래를 할 수 없고 쟁점시공사의 쟁점공사에 관한 수익을 사적으로 유용하고자 위 요청을 하였음을 알았다).＜표5＞ 청구인 또는 배우자 A의 쟁점공사 대금 지급 내역○○○요컨대 청구인은 쟁점건물의 실지취득가액을 입증하기 위하여 20년 이상 지난 시점에서 최선을 노력을 다하여 처분청에게 증빙자료, 즉 쟁점건물의 시공에 관한 쟁점계약서, 그 시공자인 쟁점시공사 대표자의 확인서, 관련한 금융증빙 등을 제출하였음에도, 쟁점건물의 취득 당시 실지거래가액이 인정 또는 확인되지 않는 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법·부당하다.한편 ①처분청은 쟁점계약서 및 C의 확인서를 사인 간에 임의로 작성 가능하다는 이유로 신뢰할 수 없다는 의견이나, 사인 간에 정상적으로 작성된 이들 문서의 증명력을 아무런 이유 없이 부인하는 것은 부당하다(청구인은 쟁점시공사를 수소문 끝에 어렵게 찾아내어 쟁점계약서를 제공받아 이 건 경정청구를 하였다). ②처분청은 위 ＜표5＞ 기재와 같이 청구인이 쟁점공사 대금으로 지급한 내역 중 수취인이 D인 것에 대해서는 쟁점시공사와 무관하다는 이유로, 수표로 C에게 지급된 것(OOO원)에 대해서는 실제 지급 사실을 확인할 수 없다는 이유로 각 쟁점공사 대금으로 인정할 수 없다는 의견이나, D은 쟁점시공사의 C의 자녀임에도 막연히 제3자에 해당하는 것으로 보아 쟁점공사 대금과의 관련성을 부인하는 것은 부당하고, 앞서 제시하였듯이 지금으로부터 20년 이상 전인 ‘쟁점공사 대금의 지급 당시’에는 부동산의 취득대금을 수표로 지급하는 것이 일반적이었고, 위 수표 지급 전에 지속적으로 위 D에 대한 쟁점공사 대금 명목의 계좌이체가 있었음을 감안하면 해당 수표 지급도 쟁점공사의 대금으로 지급되었음을 미루어 짐작할 수 있으며, 이들 금액의 합계는 앞서 제시한 쟁점감정평가서 상 쟁점건물의 감정가액과 유사함을 통하여 쟁점건물의 신축 대금으로 인정될 수 있다 할 것이므로, 위 처분청의 의견도 부당하다.또한 ③처분청은 쟁점계약서 상의 쟁점시공사와 쟁점건물의 건축물관리대장 상의 쟁점건물 시공사 명의(주식회사 E)가 서로 다르고 이들 간에 공사 하도급 여부가 확인되지 않는다는 이유로 쟁점계약서를 신뢰할 수 없다는 의견이나, 쟁점시공사는 쟁점건물의 면적(971.73㎡) 때문에 종합건설면허가 필요하여 주식회사 E의 해당 면허를 임차하여 쟁점공사를 하였을 뿐 이를 두고 발주자인 청구인에게 책임을 물을 수 없다(처분청은 쟁점시공사의 건설면허 임차 사실이 불법임을 이유로 쟁점계약서를 신뢰할 수 없다는 의견이나 그 불법성과 청구인이 쟁점시공사에게 쟁점공사의 대금을 지급한 사실 간에는 관련성이 없다).

이유 4④처분청은 쟁점공사의 계약기간을 1년 2개월 상당이 지나서 공사대금의 일부(위 ＜표4＞의 ㉠∼㉢ 합계 OOO원)가 지급된 것을 비정상적으로 보았으나, 앞서 제시하였듯이 당초 쟁점계약의 체결시 청구인이 종전 임차주택의 전세보증금을 반환받아 계약대금 중 잔금을 지급할 계획에 차질이 생겨서 계약기간을 지나서야 쟁점건물을 담보로 받은 금융기관 대출금으로 그 잔금을 지급한 것인 점 등을 감안할 때, 위 처분청의 의견은 부당하다(대금지급이 지연된 이유는 청구인이 유치원 인가를 신청해 둔 상황에서 쟁점건물을 담보로 제공할 수는 없어서 가급적 다른 방법으로 잔금 지급의 재원을 조달하고자 하였으나, 그 인가가 지체되어 어린이집으로 운영하던 중 계약기간이 1년 이상 지난 시점에 유치원 인가를 받는 것을 포기하고 쟁점건물을 담보로 금융기관 대출을 받아 쟁점공사 대금의 잔금을 지급했기 때문이다).나. 처분청 의견쟁점부동산의 취득가액은 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 적용되는 환산가액으로 보아야 한다.(1)쟁점토지의 실지취득가액이 인정 또는 확인되지 않는다.①처분청이 쟁점토지에 대한 취·등록세의 관할 지방자치단체의 장(OOO)으로부터 제공받은 2003.1.17. 제출분 부동산매매검인계약서에 따르면 아래 ＜표6＞ 기재와 같이 쟁점토지의 실지거래가액은 OOO원(양도소득금액 계산시 포함되는 필요경비인 등록세 3% 상당을 포함하더라도 OOO원이다)으로 확인되는 점, ②청구인이 제출한 금융증빙을 보면 2002.12.11.자 OOO원은 청구인의 배우자인 A(1999.3.7. 개업한 F의 대표자이다)이 A 본인 명의의 금융계좌에서 출금한 금전으로, 쟁점토지 매매대금의 계약금으로 하여 전 소유자에게 지급되었음이 입증되지 않았고(위 출금 이후인 2003.1.22. A 명의의 예금계좌로 OOO원이, 2003.1.24. 청구인 명의의 예금계좌로 OOO원이 각 입금되었음이 확인되었다), A이 2003.1.17. 금융기관으로부터 대출받았다는 OOO원은 관련한 금융거래 내역에 따르면 그 출금내역만 기재되어 있을 뿐 거래상대방이 전 소유자인지 및 쟁점토지의 매매 대금으로 지급된 것인지에 대하여 입증되지 않은 점, ③청구인이 2003.10.23.

이유 5A의 쟁점토지 공유지분(2분의 1 지분)을 양수하였다는 주장을 입증할 구체적·객관적인 증빙자료가 제출되지 않은 점, ④청구인이 제시한 쟁점토지의 실지거래가액이 시가에 근접함을 입증하기 위해 제시된 쟁점감정평가서는 쟁점토지의 취득일로부터 1년 이상 지난 시점에 작성되어서 그 취득 당시 시가에 대한 자료로 삼기에 부족한 점(이러한 사정은 쟁점건물에 대해서도 같다) 등을 감안할 때, 청구인이 이 건 경정청구시 쟁점토지의 실지거래가액으로 제시한 OOO원은 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액으로 인정 또는 확인되는 것으로 볼 수 없으므로, 이 건 수정신고 당시의 환산가액을 쟁점토지의 취득가액으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법·정당하다.＜표6＞ 쟁점토지에 관한 부동산매매검인계약서의 주요 내용○○○(2)쟁점건물의 실지취득가액도 인정 또는 확인되지 않는다.①쟁점건물의 건축물관리대장을 보면 쟁점건물의 공사착공 및 준공자는 주식회사 E로 기재되어 있는 반면에, 청구인이 쟁점건물의 신축에 관한 증빙자료로 제출한 쟁점계약서의 거래상대방은 쟁점시공사(주식회사 B)로 기재되어 있고, 이들 업체 간에 쟁점건물의 시공에 관한 하도급공사 계약의 체결 사실도 확인되지 않는바, 쟁점계약서를 쟁점건물의 신축에 관한 객관적인 증빙자료로 인정할 수 없는 점, ②청구인이 제시한 위 ＜표4＞ 기재의 쟁점공사 대금의 지급 내역은 ㉠전체 금액(OOO원) 중 상당한 금액(OOO원)이 쟁점시공사와 무관한 D에게 지급되었고, ㉡쟁점건물의 공사완료일(건축물관리대상 상 사용승인일이 2003.10.15.로 기재되어 있다)로부터 1년 2개월 상당이나 지난 2004.12.21.∼2004.12.31. OOO원이 수표 발행 또는 현금(위 ＜표4＞ 기재의 ㉠·㉡의 합계 OOO원은 현금으로 출금되고, ㉢OOO원은 수표로 발행되었다)으로 출금되어 그 수취한 상대방의 확인이 되지 않으며, ③쟁점시공사의 대표자인 C이 작성하여 청구인에게 주었다는 확인서는 사인 간에 작성된 문서이고(해당 확인서 중 C이 쟁점공사에 필요한 종합건설면허를 주식회사 E로부터 임차하였다고 기재되어 있는데, 처분청이 관련 업무를 하는 지방자치단체의 담당자에게 확인한 바에 따르면 이러한 면허의 임차 행위는 불법으로 확인된다), 이외에 쟁점건물의 신축에 관한 객관적인 증빙자료가 제출된 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 청구인이 이 건 경정청구시 쟁점건물의 실지거래가액으로 제시한 OOO원도 쟁점토지의 취득 당시 실지거래가액으로 인정 또는 확인되는 것으로 볼 수 없으므로, 이 건 수정신고 당시의 환산가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 적법·정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없다는 이유로 실지거래가액을 취득가액으로 하여 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다.(가)청구인은 2003년 쟁점토지를 취득한 후, 2003.10.15. 쟁점토지와 그 인접토지의 지상에 쟁점건물을 신축하여 유치원으로 운영하다가, 2024.3.7. 쟁점부동산등을 OOO원에 양도하였고, 2024.5.31. 위 ＜표1＞ 기재와 같이 쟁점부동산등의 취득가액을 실지거래가액인 OOO원으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 예정신고·납부를 하였다가, 2024.7.9. 위 ＜표2＞ 기재와 같이 쟁점부동산의 취득가액을 「소득세법」 제97조 제1항 제1호 나목에 따른 환산취득가액인 OOO원으로 감액하는 등 양도소득세액을 OOO원으로 하는 수정신고를 하였다.

이유 6한편 청구인은 2024.7.9. 쟁점부동산의 취득가액을 실지거래가액인 쟁점금액으로 하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.6.5. 쟁점금액이 쟁점부동산의 실지거래가액인지를 확인하기 어렵다는 이유로 이를 거부하였다.(나)청구인은 2002.2.9. 쟁점부동산에서 ‘G’이라는 상호로 유아교육기관 서비스업을 개업하여 쟁점부동산의 양도(2024.3.7.) 전인 2024.2.2. 폐업하였으며, 쟁점시공사는 2002.10.22. 경상북도 포항시에 설립되어 주택건설업을 영위하다가 2010.9.28. 폐업하였고, 그 대표이사는 C이었다.(다)처분청이 경상북도 포항시 OOO청장으로부터 회신받은 공문에 따르면, 쟁점부동산에 대한 취·등록세 과세표준은 쟁점토지의 경 OOO원(청구인의 2분의 1 지분에 대한 것), 쟁점건물은 OOO원이고, 처분청이 경상북도 포항시 OOO청장으로부터 회신받은 ‘2003.1.17. 제출분 부동산매매검인계약서’에 따르면 쟁점토지의 실지거래가액이 OOO원(양도소득금액 계산시 포함되는 필요경비인 등록세 3% 상당의 포함시 OOO원)으로 확인되는 것으로 보았다.(라)처분청은 쟁점건물의 건축물관리대장에 쟁점건물의 공사착공 및 준공자가 주식회사 E로 기재되어 있는 반면에, 청구인이 쟁점건물의 신축에 관한 증빙자료로 제출한 쟁점계약서의 거래상대방은 쟁점시공사이고, 이들 업체 간에 쟁점건물의 시공에 관한 하도급공사 계약의 체결 사실도 확인되지 않는다는 이유로 쟁점계약서를 쟁점건물의 신축에 관한 객관적인 증빙자료로 볼 수 없다고 보았다.(2) 청구인이 제출한 심리자료는 아래와 같다.(가)청구인은 청구인과 배우자인 A이 위 ＜표2＞ 기재와 같이 공동으로 2002.12.11. A 명의의 예금계좌에서 OOO원을 계약금 명목으로 전 소유자에게 지급하고, 이후 A이 금융기관(H) 대출금을 받아 2003.1.17. 해당 금융기관 계좌에서 수표로 인출한 OOO원을 위 전 소유자에게 지급하였고, 해당 금액이 그 지급 당시의 시가와 유사하였다고 주장하면서, 쟁점토지의 등기부등본, 관련한 금융거래 내역, 쟁점감정평가서를 제출하였다.(나)청구인은 쟁점토지에서 어린이집을 신축·운영하기 위하여 2003.3.18. 쟁점시공사와 사이에, 청구인이 쟁점시공사로 하여금 2003.3.18.∼2003.8.20. 중 계약금액 OOO원(계약금은 OOO원, 중도금은 OOO원, 잔금은 OOO원이다)에 쟁점토지의 지상에 쟁점건물을 신축하도록 하는 내용의 쟁점계약서를 작성한 후에, 2003년 10월 쟁점공사가 완료되었는데, 추가공사대금의 발생으로 총 공사대금이 OOO원이 지출되었으며, 당초 계획(쟁점계약 대금 중 잔금을 종전 임차주택의 전세보증금을 반환받아 지급하고자 한 것)에 차질이 생겨서, 2004.10.27. 금융기관의 대출금 OOO원을 받아 그 잔금을 지급하였고, 위 OOO원은 쟁점감정평가서의 쟁점건물 감정가액 OOO원과 상당히 일치하는데, 위 ＜표4＞ 기재와 같이 2003.3.18.∼2004.12.27.