① 쟁점①금액을 영업권으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부 ② 쟁점부동산의 취득가액을 환산가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부

요지① 영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권은 양도소득 과세대상이고, 법원 결정문 등에 따라 청구인이 사업에 관한 특허권을 보유한 것으로 보임 ② 부동산 실거래가 등기부 기재제도는 06.6.1.부터 시행되었고, 전소유자의 05년 양도세 신고시 양도가액은 실제보다 낮은 가액으로 신고되었을 개연성이 커 보이며, 청구인은 OOOO를 인수하는 과정에서 쟁점부동산을 대물변제로 취득한 것으로 보이는바, 그 취득가액을 구체적으로 확인하기 어려우므로 환산가액을 적용하는 것이 타당함

주문남원세무서장이 2025.6.23. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 전라남도 함평군 OOO 공장용지 OOO㎡ 및 건물 OOO㎡의 취득가액을 「소득세법 시행령」 제176조의2 제2항 제2호에 의한 환산가액으로 계산하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 2005.12.7. 전라남도 함평군 OOO 공장용지 OOO㎡ 및 건물 OOO㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매매로 취득하였고, 2022.6.30. 주식회사 A(이하 “양수법인”이라 한다)에게 쟁점부동산을 OOO원, 설비·차량 등 유형자산을 OOO원, 합계 OOO원에 양도하였으며,2022.6.21. 쟁점부동산에 대해 양도가액 OOO원, 환산취득가액 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였고, 2023.5.10. 유형자산 처분이익 OOO원을 사업소득으로 하여 2022년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.나. 광주지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.28.～2025.3.19. 기간 동안 청구인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 유형자산 양도대금 OOO원 중 OOO원(이하 “쟁점①금액”이라 한다)은 쟁점부동산과 함께 양도한 영업권의 대가로 보아 그 취득가액 OOO원을 차감한 양도차익 OOO원을 양도소득세 과세대상인 기타자산에 해당하고, 쟁점부동산의 전 소유자 a의 2005년 귀속 양도소득세로 신고한 양도가액 OOO원에 건물 감가상각비 OOO원을 차감한 OOO원을 쟁점부동산의 실지취득가액에 해당한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였으며,이에 따라 처분청은 2025.6.23. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.7. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 2006.1.2.～2022.6.30. 기간동안 쟁점부동산에서 B을 영위하다가 2022.6.30. 양수법인에게 쟁점부동산 및 B의 유형자산을 양도하였다. 청구인과 양수법인은 이 건 거래에서 영업권의 대가 지급에 관하여 약정을 하지 않았음에도 객관적 근거 없이 쟁점①금액을 영업권의 대가로 보아 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 실질과세의 원칙에 위반된다.(가) 「법인세법 시행규칙」제12조 제1항 제1호는 감가상각 대상 영업권에 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수 자산과 별도로 양도사업에 관한 허가·인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래처 등 영업상의 이점 등을 고려하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액을 포함한다고 규정하고 있는바, 청구인과 양수법인 간의 계약에는 영업권의 대가가 포함되어 있지 않다.이 건 계약서에는 ‘사업에 대한 포괄적 양도·양수 내용 및 허가 관련 승계에 적극 협조한다’고 기재되어 있으나 이는 일반적으로 사업 양도·양수 계약서에 기재되는 문구에 불과하고, 양수법인이 무형자산으로 회계처리하였다는 사실만으로는 세법상 영업권으로 인정할 수 없으며, 세법상 재산 인정 여부는 엄격하게 평가하여 실질적인 무형가치 승계의 존재 여부에 따라 판단되어야 한다.

이유 2영업권으로 평가할 자료가 부족하면 이는 세법상 무형자산으로 인정될 수 없다.양수법인의 세무대리인은 법인세 신고 시 「법인세법」제41조에 따라 영업권의 공정가액을 평가하지 않고, 단순하게 청구인의 장부가액과 거래가액의 차액을 영업권으로 처리하였고, 이 과정에서 어떠한 객관적 근거서류가 없었으므로 양수법인의 회계처리를 근거로 객관적으로 평가하지 않은 쟁점①금액을 영업권의 대가로 볼 수 없다.(나) 처분청은 광주지방법원 목포지원 OOO 유체동산사용금지가처분 결정문을 근거로 영업권(특허권)이 확인된다는 의견이나, b가 청구인으로부터 금전을 차용하고 대여금을 반환하는 대신 주식회사 C와 쟁점부동산을 청구인에게 이전하면서 합의금을 더 받아내기 위해서 소송을 제기한 것일뿐 이를 근거로 영업권(특허권)의 실체를 인정할 수 없다.(2) 쟁점부동산의 전소유자 a이 2005.12.7. 쟁점부동산을 청구인에게 양도하면서 신고한 내용은 다운계약서에 불과하고 실지거래가액이 아니다. a이 2005.12.7. 청구인에게 쟁점부동산을 양도한 거래의 실질은 청구인이 b와 a에게 OOO원 상당을 대여하고 대여금을 회수하지 못하여 쟁점부동산을 대물변제로 취득한 것이다. 청구인은 이후 2022년 귀속 양도소득세 신고 시 금전거래에 대한 증빙을 제출할 수 없고 쟁점부동산의 실지취득가액을 알 수 없어서 환산취득가액을 적용하여 신고하였다.(가) 쟁점부동산은 당초 b가 소유하였고, b는 주식회사 C를 운영하였다가 광우병으로 인하여 경영난이 심화되어 2003.1.25. 채권자인 D의 임의경매 개시신청으로 위기가 발생하였으며, c은 2004.3.22. 주식회사 C의 공장장인 a의 명의로 쟁점부동산을 낙찰받고 2004.4.13. 근저당권자를 c으로 하여 근저당권설정등기를 경료하였다. 이후에도 경영난이 계속되어 b와 a은 청구인으로부터 자금을 차입하였으나 결국 변제하지 못하여 청구인이 2005.12.7. 쟁점부동산을 사실상 대물변제로 취득하였다. c과 b 간의 채권·채무 관계가 정리되지 못하여 c은 2006.7.20. 임의경매를 신청하였고, 청구인은 소유권을 유지하기 위하여 2006.10.12. c에게 OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 한다)을 지급하고 임의경매신청을 취하하도록 하였고, 2006.10.27. c의 근저당권설정등기가 말소되었다.(나) 청구인은 2003～2004년 기간동안 b와 a에게 OOO계좌를 통해 자금을 대여하였는데, OOO으로 통·폐합되었고 20여년 전 계좌거래 내역을 제출하기가 불가능하므로 쟁점부동산의 실지취득가액을 확인할 수 없다.「부동산등기법」에 따라 부동산 거래시 실거래가액을 등기부에 기재하는 제도는 2006.6.1.부터 시행되었고, 토지, 건물에 대한 양도소득에 대해 원칙적으로 실거래가에 의해 과세하는 제도는 2007.1.1. 이후 양도분부터 적용되는바, 국세청 전산망에 실거래가라고 나타나더라도 전산 입력 오류의 여지가 있기 때문에 매매계약서, 영수증 등 기타 증빙서류에 의해 확인되지 않는 한 a이 2005년 귀속 양도소득세로 신고한 양도가액 OOO원을 실지거래가액이라고 볼 수 없다. 또한 a은 양도소득세가 나오지 않게 하기 위하여 경매취득가액을 양도가액으로 신고하였다.(3) 청구인이 쟁점부동산을 취득하기 위하여 주식회사 C의 실제 소유자인 c에게 2006.10.12. 쟁점②금액을 지급하고 c은 2006.10.13.

이유 3임의경매를 취하하였기 때문에 쟁점②금액은 필요경비로 공제되어야 한다.임의경매신청을 취하하도록 하기 위하여 지급한 금원은 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 화해비용으로서 「소득세법 시행령」제163조 제1항 제2호에 따라 양도차익의 계산 시 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당한다(대법원 2012.4.26. 선고 2011두26411 판결).나. 처분청 의견(1) 「소득세법」제94조 제1항 제4호 가목에서 토지 및 건물과 함께 양도하는 영업권은 영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가·허가·면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다고 규정하고 청구인과 양수법인 간에 작성한 계약서에는 사업에 대한 포괄적 양도·양수 내용 및 행정관청의 허가 관련 승계에 적극 협조한다는 내용이 있으므로 쟁점①금액은 기타자산으로서 양도소득세의 과세대상이다.청구인은 양수법인과의 거래에 영업권의 대가를 포함하지 않았다고 주장하지만, 계약당사자간 합의 여부는 영업권 여부를 판단할 때 고려할 요소가 아니다.함평군수의 대기배출시설 설치 허가증, 폐기물 종합 재활용업 허가증에서 사업자가 양수법인으로 변경된 내용이 확인되는바, 사회통념상 쟁점부동산과 함께 허가권이 양도된 것으로 볼 수 있다. 또한 청구인의 종합소득세 신고서상 혈액수거수입이 발생하고 있는바, 이는 허가권과 관련있는 수입으로 영업권의 과세요건 중 경제적이익을 갖추었다.광주지방법원 목포지원 OOO 유체동산사용금지가처분 결정문에는 주식회사 C가 2011.6.10. OOO에 대한 특허를 출원하고, 특허권으로 등록한 사실, 특허권침해금지가처분 결정을 받은 사실, 특허권 침해를 이유로 손해배상청구의 소를 취하하기 위하여 합의금 OOO원을 지급한 사실, 청구인이 주식회사 C로부터 특허권 또는 영업권을 양수한 사실 등이 나타나므로 특허권을 포함한 영업권을 인정할 수 있다.또한 사업 양도·양수를 할 때 장부가액을 초과하여 지급한 가액을 영업권 대가로 본다는 국세청 예규(심사-소득-2014-116, 법인22601-1780)가 있다.(2) 청구인은 쟁점부동산을 취득할 당시 계약서 및 구체적 금융증빙을 제시하지 못하고, 차용증에는 주식회사 C 공장 건물과 토지를 담보로 제공하기로 한다는 내용이 있으나 부동산등기부에는 이를 확인할 수 없어 차용증을 신뢰하기 어려우므로 쟁점부동산의 전소유자의 2005년 귀속 양도소득세 신고 내용에 따라 당초 청구인이 신고한 환산취득가액을 부인하고 실지취득가액 OOO원에 건물의 감가상각비를 차감하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.(3) 양도가액에서 공제되는 필요경비는 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용·화해비용 등을 말하는 것으로 양도자산 취득의 효력 등에 관한 다툼이 없이 그 취득행위와 별도로 성립한 계약의 이행과 관련한 다툼으로 인한 생긴 소유권 사실의 위험을 방지하기 위하여 지출한 소송비용A 화해비용 등은 이에 포함되지 않는다(대법원 2013.12.26. 선고 2012두16619 판결).청구인이 2006.10.12. c에게 지급한 쟁점②금액은 전 소유자의 채무를 대신 변제하는 등 법적 지급의무 없이 지출된 비용으로 구상권을 행사할 수 있는 경우에 해당하므로 양도차익의 산정에 있어서 공제할 필요경비로 보기 어렵다.3. 심리 및 판단가.

이유 4쟁점① 쟁점①금액을 영업권으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부② (주위적) 쟁점부동산의 취득가액을 환산가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부③ (예비적) 쟁점②금액을 필요경비에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 쟁점부동산의 등기부등본에 따르면, b는 1997.11.17. 쟁점부동산을 매매로 취득하였고, 1999.7.21. 근저당권자 주식회사 D, 채무자 주식회사 C로 하는 근저당권설정등기가 경료되었으며, 2002.6.15.～2003.7.31. 기간동안 채권자들로부터 가압류등기 5건, 압류등기 2건이 있었고, 2003.1.25. 채권자 주식회사 D에 의한 임의경매개시결정이 있었으며, 2004.3.22. a에게 임의경매로 매각되어 선행 근저당권설정등기 및 가압류·압류등기가 전부 말소되었다.이후 ① 2004.3.22. 근저당권자 주식회사 E, 채무자 a, 채권최고액 OOO원으로 하는 근저당권설정등기가 경료되고, ② 2004.4.13. 근저당권자 c, 채무자 a, 채권최고액 OOO원으로 하는 근저당권설정등기가 경료되었으며, ③ 2005.6.22. 나주세무서의 압류등기, ④ 2005.9.14. F 주식회사의 가압류 등기가 경료된 상태에서 청구인은 2005.12.7. 쟁점부동산을 매매로 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타나고,2006.7.20. 채권자 c에 의한 임의경매개시결정이 있었다가 2006.10.13. 취하되었고, ①～④ 근저당권설정등기 등은 아래 ＜표1＞과 같이 말소되었으며, 2006.12.27.～2015.9.9. 기간동안 청구인을 채무자로 하는 근저당권설정등기가 경료되었고, 2012.12.21.～2022.6.16. 기간동안 근저당권설정등기를 말소하여 쟁점부동산에 제한물권이 남아 있지 않은 상태에서 2022.6.30. 쟁점부동산을 양수법인에게 양도한 것으로 나타난다.＜표1＞ 쟁점부동산의 제한물권 내역○○○(나) 청구인은 쟁점부동산에서 ‘B’이라는 상호로 2006.1.2.～2022.6.30. 기간동안 사료 제조업을 영위한 개인사업자이고, 2022.4.5. 청구인과 양수법인 간에 작성한 포괄 사업 양도·양수계약서의 주요 내용은 다음과 같다.＜포괄 사업 양도·양수계약서＞○○○(다) 2022.4.23.

이유 5청구인과 양수법인 간에 작성한 쟁점부동산 매매계약서에는 매매대금 OOO원[계약금 OOO원, 1차중도금(2022.5.15.) OOO원, 잔금 OOO원]을 지급하기로 하고, 쟁점부동산의 인도일은 2022.6.30.으로 기재되어 있으며, 같은 날 작성한 설비, 차량 등 매매계약서에는 차량 3대, 장비(2톤 지게차) 1대, 자숙시설, 건조시설, 대기시설, 기타시설, 전기시설, 폐수처리시설, 사무실 및 휴게실 비품 일체에 대하여 매매대금 OOO원[1차(2022.5.15.) OOO원, 2차(2022.5.31.) OOO원]을 지급하기로 하고 2022.6.30.까지 소유권이전을 완료하기로 한다고 기재되어 있다.또한, 같은 날 작성한 청구인의 확인서에는 청구인이 운영하고 있는 B에 관한 일체의 권리와 의무를 양도함에 있어 거래처별 외상 매입금, 미지급금, 금융기관 부채 현황, 미지급 급여, 퇴직급여 충당금, 지방세 및 국세 납부에 대하여 잔금일 이전까지 문제 없음을 확인한다고 기재되어 있다.(라) 청구인은 쟁점부동산에 대하여 양도가액 OOO원, 환산취득가액 OOO원, 양도차익 OOO원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세를 신고하였고,유형자산의 매매대금 OOO원에서 B의 유형자산 감가상각비명세서상 미상각잔액 합계 OOO원(구축물, 기계장치, 차량운반구, 비품, 시설장치) 및 기타비용 OOO원을 공제하여 양도차익 OOO원(쟁점①금액)을 사업소득으로 하여 2022년 귀속 종합소득세를 신고한 것으로 나타난다.(마) 양수법인은 쟁점부동산 및 유형자산을 취득하여 2022사업연도 표준재무상태표상 유형자산으로 아래 ＜표2＞와 같이 계상하였고, 무형자산으로 영업권을 OOO원(기초가액 OOO원, 당기 상각비 OOO원)으로 계상한 것으로 나타난다.＜표2＞ 양수법인의 재무상태표(2022사업연도)(단위 : 원)○○○(바) 전라남도 함평군수의 대기배출시설설치 및 폐수배출시설설치에 관한 허가증, 폐기물종합재활용업 허가증(영업대상 폐기물 : OOO)에 따르면, 2022.7.6. 청구인에서 양수법인으로 변경신고된 것으로 나타난다.(사) 조사청이 2025.2.28.∼2025.3.19. 기간동안 청구인에 대하여 조사한 내용은 다음과 같다.1) 청구인의 종합소득세 신고서상 B(폐업일 2022.6.30.)의 사업소득내역은 아래 ＜표3＞과 같고, 수입금액의 계정과목은 주로 제품매출과 혈액수거수입(2016년 OOO원, 2017년 OOO원, 2018년 OOO원, 2019년 OOO원, 2020년 OOO원, 2021년 OOO원, 2022년 OOO원)으로 나타나고,2022년 귀속 종합소득세 수입금액 OOO원은 부가가치세 과세표준 OOO원 + 유형자산처분이익 OOO원(쟁점①금액) + 쟁점부동산 처분이익 OOO원 - 차량매각 OOO원으로 나타난다.＜표3＞ 청구인의 종합소득세 신고 내역(단위 : 백만원)○○○2) 조사종결보고서에는 청구인이 2022년 귀속 종합소득세로 신고한 유형자산 처분이익인 쟁점①금액(OOO원)을 「소득세법」제94조 제1항 제4호 가목의 영업권으로 보았고, 광주지방법원 목포지원 2015.7.20.

이유 6결정 OOO 유체동산사용금지가처분 결정문에서 청구인이 특허권에 관하여 OOO원을 지급한 사실이 확인되어 그 취득금액 OOO원을 차감한 OOO원에 대하여 양도소득세를 부과한다고 기재되어 있다.＜광주지방법원 목포지원 OOO 유체동산사용금지가처분 결정문＞○○○3) 쟁점부동산의 전소유자 a의 2005년 귀속 양도소득세 신고서 및 국세청의 통합전산상 결정결의내역에는 쟁점부동산 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 결정유형은 쌍방실가로 나타나고, 위 양도가액에서 건물의 감가상각누계액 OOO원을 차감한 금액 OOO원을 쟁점부동산의 취득가액으로 경정한다는 내용이 기재되어 있다. 다만 2005.12.7. a과 청구인 간의 양도계약서는 서류 보존기간이 경과되어 제출되지 않았다.＜표4＞ 청구인의 신고내역 및 처분청의 경정 내역(단위 : 원)○○○(아) 청구인이 청구주장에 대한 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다.1) 청구인은 쟁점①금액에 관하여, 양수법인의 대표자 d이 2025.8.5. 작성한 확인서를 제출하였는바, 청구인과 양수법인은 영업권의 대가 지급여부에 대하여 합의하지 않았고, 이 건 양도대금 OOO원에는 영업권의 가치가 포함되어 있지 않으며, 양수법인의 재무상태표상 무형자산의 감가상각비에 B의 영업권을 계상한 것은 법인세 신고 세무대리인과 소통이 제대로 되지 않아 발생한 것이라고 기재되어 있다.2) 쟁점부동산 전 소유자인 a이 2004.3.22. 쟁점부동산을 경매로 취득할 당시 쟁점부동산의 감정가는 OOO원이고, 낙찰가는 OOO원으로 나타난다.3) 청구인은 b와 a에게 주식회사 C의 운영을 위하여 OOO원을 대여하였고 대여금을 회수하지 못하여 사실상 대물변제로 쟁점부동산을 a로부터 취득한 것이라고 주장하면서, 자금대여에 관한 금융증빙을 제출하는 것은 불가능하여 차용증을 제출하였는바, 채무자 b의 차용증에는 금 OOO원을 2003.12.31.까지 변제하기로 하고, 채무자 a의 차용증에는 금 OOO원을 2005.3.24.까지 상환하고, 이에 대한 담보로 주식회사 C의 공장건물과 부지를 제공한다고 기재되어 있다.4) 또한 청구인은 주식회사 C를 인수하게 된 경위 및 청구인의 대여금채권에 관하여 광주지방법원 OOO 유체동산 인도 소송에서 피고(청구인)가 제출한 답변서를 제출하였다.＜광주지방법원 OOO 유체동산인도 소송의 답변서＞○○○5) 청구인은 쟁점②금액에 관하여 입출금거래내역을 제출하였는바, 2006.10.12.