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ID 2002076121 예규·판례 조세심판원 2025-12-23

청구법인은 2012.9.24. 이미 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 비영리법인이므로 쟁점임야 양도 당시 「법인세법」 적용대상에 해당한다는 청구주장의 당부 등

청구법인과 AAA파 및 BBB파는 사실상 동일한 ‘CCC종회’로 봄이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

세목
양도소득세
주의도
중요

요지청구법인과 AAA파 및 BBB파는 사실상 동일한 ‘CCC종회’로 봄이 타당하다 할 것이므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

주문김포세무서장이 2024.11.27. 청구법인에게 한 2023년 귀속 양도소득세(농어촌특별세 포함) 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구법인은 2023.6.8. 경기도 김포시 OOO 임야 9,217㎡(이하 “쟁점임야”라 한다)를 주식회사 A 외 2인에게 OOO원에 매매하기로 하는 계약을 체결하고 이를 원인으로 2023.12.5. 주식회사 A 외 2인 앞으로 소유권이전등기를 경료한 후 2024.2.23. 청구법인을 「소득세법」상 거주자로 보아 2023년 귀속 양도소득세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 신고·납부하였다.나. 이후, 청구법인은 2024.9.20. 처분청에게 ‘법인으로 보는 단체’를 신청하여 승인을 받은 후 2024.9.23. 「법인세법 시행령」 제4조 제2항에 따라 쟁점임야의 양도소득을 최초 사업연도(2023.12.1.~2024.11.30.)의 개시일 전에 생긴 손익으로서 1년을 초과하지 아니하는 범위 내에서 최초 사업연도의 손익에 산입할 수 있으므로 기신고·납부한 양도소득세 등의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.다. 처분청은 청구법인의 위 경정청구를 검토한 결과, 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호에 따라 쟁점임야 양도소득의 귀속사업연도는 소유권이전등기일(2023.12.5.), 인도일 또는 사용수익일(2023.7.6.) 중 빠른 날인 사용수익일로서 최초 사업연도 종료일로부터 1년을 초과하여 「법인세법」을 적용할 수 없다고 보아 2024.11.27. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.25. 이의신청을 거쳐 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 2012.9.24. 이미 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받은 비영리법인이므로 쟁점임야 양도 당시 이미 「법인세법」 적용대상에 해당하였다.(가) 청구법인은 B(C의 3대손)를 공동선조로 하여 B 10대손 면자행까지 제사를 지내는 김포지역을 기반으로 한 종중(OOO)으로, 선조를 기리고 제사를 봉행하면서 필요한 재원을 마련하기 위하여 종중 재산을 활용한 부동산 임대 및 관리업을 목적사업으로 하고 있고, 그 중 종중재산의 보전 및 관리와 관련하여 2020년 기준 총 33건의 부동산을 소유하였는데, 법인등기부가 없는 종중의 특성상 명칭이 일원화되지 않아 전주이씨 C OOO B파(이하 “D파”라 한다), 전주이씨 C파(이하 “C파”라 한다) 및 전주이씨 B파(이하 “B파”라 한다)라는 3개의 명칭을 혼용하여 자산을 관리하였으나, ‘B파’, ‘C파’ 및 ‘D파’의 실체는 “전주이씨 C파 B OOO”로 동일하다.(나) 법원은 종중의 동일성 판단 기준과 관련하여 종중은 공동선조의 분묘수호와 제사 및 종원 상호 간의 친목을 목적으로 하는 자연발생적 종족 단체로서, 그 실체는 명칭 여하에 불구하고 봉제사의 대상인 공동시조와 구성원인 후손의 범위 및 분묘관리의 상황 등 그 실체적 내용에 의하여 판단하여야 한다고 보고 있는바(대법원 1994.11.11. 선고 94다17772 판결 참조), 청구법인은 2012.9.24. ‘C파’ 명의로 「국세기본법」 제19조 제2항에 따른 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았고, 이후 2024.9.20.

이유 2‘B파’ 및 ‘D파’의 명의로 다시 동일한 승인을 받은 바 있으며, 비록 각 승인 당시 사용된 명칭은 ‘C파’ 및 ‘B파’, ‘D파’로 일치하지 아니하나 해당 단체들은 모두 동일한 종중을 지칭하고 있으므로, 청구법인은 당초 2012년 승인 당시부터 「법인세법」상 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하였다.1) ‘C파’와 ‘B파’, ‘D파’는 모두 공동선조를 B(C 이후생의 3대손)로 규율한다.2) 시제 봉행범위는 동일하게 B 10대손 면자행까지를 원칙으로 하고, 시제는 매년 ‘음력 첫째 주 일요일’에 이루어지며, 묘역의 관리 범위도 B, 언양부수, 광유, 홍헌, 영언, 유배, 성임, 진유 등 9위(位)로 동일하다.3) 이사회 의사록에 기재된 이사와 감사 및 이사회 명부에 기재된 회장단과 종중 임원진 구성이 동일하다.4) 부동산등기부상 등재된 주사무소는 모두 ‘김포시 OOO’이고, 주사무소의 명패에는 “전주이씨 C파 B OOO”라는 명칭이 표시되어 있다.5) “전주이씨 B파 B OOO” 정관 제1조에서도 본 종중은 “전주이씨 C파, 전주이씨 B파, 전주이씨 CDB파 명칭을 혼용한다”고 명시하고 있다.6) 위와 같은 사정에 비추어 볼 때 ‘C파’, ‘B파’ 및 ‘D파’의 실체는 “전주이씨 C파 B OOO”로 동일하다고 보아야 하고, 단순히 명칭이 달랐다는 이유만으로 서로 다른 단체로 판단할 것이 아니라 단체의 실질에 기반하여 동일성을 인정해야 한다.(다) 청구법인은 수십년 전부터 종중의 자산을 운용하면서 일관된 업무체계를 갖추지 못하고 명의를 혼용하여 부동산을 등기·관리하였는바, 2012.9.24. 당시 “전주이씨 C파 B OOO”가 아닌 ‘C파’의 명의로 법인으로 보는 단체를 신청한 것도 수익사업의 대상인 부동산이 ‘C파’ 명의로 등기되어 있었기 때문이다. 실제로 종중재산의 실질적인 취득 및 처분의 결정은 일관되게 “전주이씨 C파 B OOO”에서 이루어졌다. 이와 같이 청구법인이 명칭을 혼용한 것은 종중의 통일된 법적 명칭이 존재하지 않는 데에서 기인한 것으로, 이는 「민법」 법리나 등기부 등에 관한 부지 또는 혼동에 불과하며, 단체의 실체를 판단하는 것과는 무관하다. 따라서 청구법인은 다음과 같은 조치를 통하여 그동안 혼용해 오던 형식상의 명칭들을 단일화하여 실질적으로 하나의 단체임을 공식적으로 인정받았다.1) 등기부등본은 부동산의 소유 및 권리관계를 판단하는 가장 기본이자 핵심이 되는 공적 장부인바, 이러한 등기부등본상 등기명의인 오류를 수정하는 공식절차를 “등기명의인 표시경정등기”라고 하는데, 이는 등기부 기재가 실제와 일치하지 않을 때 이를 정정하는 절차로서 등기상 명의와 경정하고자 하는 명의가 실질적으로 동일한 경우에 한하여 가능하고, 대법원도 ‘경정 전후의 등기가 표창하고 있는 등기명의인이 인격의 동일성을 유지하는 경우에 한하여 경정이 가능하다’고 판시하였다(대법원 1995.6.13. 선고 94다36360 판결 참조).청구법인은 토지등기부상 명의의 단일화를 완료하였다. 쟁점임야의 등기부상 소유자 명의가 “전주이씨 C파 B OOO”가 아닌 ‘B파’로 등재된 것은 법인등기부나 그에 준하는 법률상 통일된 명칭이 존재하지 않은 종중이 재산 등기 과정에서 명칭을 혼용하여 발생한 것이므로, 청구법인은 기존에 혼용하던 명칭들을 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 통일함으로써, 단일한 종중임을 대외적으로 명확히 하였다.

이유 3즉, ‘B파’ 및 ‘C파’ 명의로 되어 있던 부동산등기부에 대하여 ‘전주이씨 C D B파 종중’이라는 명의로 등기명의인 표시경정등기를 완료하였는바, 이러한 혼용된 명칭을 단일화하는 절차를 통하여 명칭 차이는 형식적 외관에 불과하고 실질적으로 하나의 인격체임을 공식적으로 확인받은 것이다.2) 청구법인은 소유 자산의 등기부상 명칭을 통일하는 데 그치지 않고, 금융기관에 개설된 종중 명의의 계좌 역시 통일된 명의로 단일화하였다. 즉, 청구법인은 ‘C파’로 2010.6.30. 개설된 은행계좌의 명의를 위 등기부와 동일하게 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 정비하였다. 만일 예금주 명의를 잘못 기재할 경우 국가 금융질서와 법적 안정성을 해칠 우려가 있어 은행은 등기부와 회의록, 정관 등 객관적인 서류를 엄격하게 심사하는 과정을 거쳐 단체 계좌의 명의 변경을 승인한 것이다. 이와 같이 예금계좌 명의 정비 절차를 거침으로써, 청구법인이 C파 등과 단일한 종중이라는 사실이 금융관계에서도 재차 확인되었다고 할 수 있다.3) 청구법인은 행정 영역에서 사용하던 명칭을 단일화하고자 2025년 7월경 2012.9.24.자 승인받은 법인의제 단체의 상호명을 ‘C파’에서 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 변경함으로써 사업자등록증의 법인명을 변경하는 절차를 완료하였고, 향후 2024.9.20. 승인받은 ‘B파’ 및 ‘D파’ 명의의 법인의제 단체를 폐업을 통해 정리함으로써 행정적으로도 단일한 외형을 갖출 예정이다.4) 청구법인은 현재 ‘D파’ 명의로 경기도 김포시 OOO에 건축물을 시공 중인바, 도로점용허가 및 공공폐수처리시설 유입 허가 등에 대한 권리·의무를 ‘D파(136-82-73***)’에서 ‘전주이씨 C D B파 종중(구 C파, 137-82-76***)’으로 승계하는 신고절차를 마쳤고, 이후 2025.7.30. 건축허가에 대하여 건축주를 ‘전주이씨 C D B파 종중’으로 변경하는 신고수리도 완료하였다.5) 청구법인은 조세 영역에서도 2012.9.24. 법인의제 단체와 하나의 종중임을 분명히 하고자 2012.9.24. 이후 기납부한 세액에 대해서도 청구법인을 「소득세법」이 아닌 「법인세법」 적용대상으로 보아 환급(소득세) 및 수정신고(법인세)를 진행하고 있다. 이상의 사정을 종합해 보면 청구법인은 다수의 공적 절차에서 단일한 종중임을 확인받았으므로, 청구법인이 2024.9.20. 「법인세법」 적용대상이 되었다는 전제하에서 이루어진 이 건 처분은 부당하다.(라) 청구법인이 한 승인신청 및 폐업신고 등은 종중의 동일성 및 등기명의의 의미 등에 관한 착오로 인해 발생한 오류를 바로잡는 것으로, 신의성실의 원칙 위반을 논할 대상이 아니다. 납세자에 대한 신의성실의 원칙은 외관을 고의적으로 가장하여 심한 배신행위를 한 납세자에 한하여 적용될 수 있다. 즉, 신의성실의 원칙은 모든 법 영역에 적용되는 일반적인 법 원칙이나, 「민법」 등에서와는 달리 세법에 따라 정당한 세액이 법적으로 예정되어 있음에도 과거와 모순된 행위가 있다는 이유로 세법과 다른 방향의 과세처분을 하여 조세법률주의에 반하는 결과를 초래할 수 있으므로, 합법성을 일부 희생하여서라도 구체적인 신뢰보호의 필요성이 인정되는 예외적인 경우에 한하여 비로소 준용되어야 한다. 대법원도 ‘조세실체법에서의 신의성실의 원칙은 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하기 때문에 사적자치의 원칙이 지배하는 사법에서보다 제한적으로 적용되어야 한다’고 판시하였다(대법원 1997.3.20.

이유 4선고 95누18383 전원합의체 판결 참조).나아가, 조세 영역에서의 신의성실의 원칙은 기본적으로 과세관청에 대하여 적용되는 것이고, 납세자에 대하여 적용하는 것도 가능하나 이는 훨씬 더 엄격한 조건 하에서만 예외적으로 적용된다는 것이 판례 및 학계의 공통된 입장이다. 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거 언동에 반하는 행위를 하였다는 사정만으로 세법상 혜택의 박탈, 가산세에 의한 제재, 각종 세법상의 벌칙 등 불이익한 처분이 이루어진다면 과세관청의 실질조사권과 조세과징권을 전제로 하는 현행 조세체계에서 납세자의 권리를 현저히 침해하는 결과를 초래할 수 있고, 납세자가 조세의 확정 또는 징수에 대하여 다투는 권리보호 절차 역시 사실상 무력화되어 조세법률주의는 형해화될 것이다. 따라서 납세자가 과세관청에 대한 심한 배신행위를 한 경우에만 신의성실의 원칙이 인정되어야 할 것이다.청구법인의 행위는 신의성실의 원칙 위반의 적용대상에 해당하지 않는다. 청구법인이 2024.9.20. ‘B파’의 명의로 법인으로 보는 단체 승인을 받았음에도 이후 당초 2012.9.24.에 법인으로 보는 단체 승인을 받았음을 이유로 「법인세법」을 적용해야 한다고 주장하는 행위는 심한 배신행위로 볼 수 없다. 청구법인의 경우 납세자로서 법적 판단이 어려워 복수의 법인으로 보는 단체를 신청하고 경정청구를 하였던 것이다. 청구법인은 처음부터 2012.9.24. 법인으로 보는 단체 승인을 받았으므로 이 건 매매계약에 「법인세법」을 적용하였더라면 비과세를 적용받을 수 있었음에도 세법에 대한 이해가 부족하여 OOO원의 양도소득세를 자진·납부하고 이후 새로이 법인의제 단체를 신청하였다. 이러한 일련의 과정을 볼 때 이는 청구법인의 무지에서 비롯된 것일 뿐 세금 면제나 감면을 위해 증거를 조작하여 과세관청에게 착오를 일으킨 경우와 동등한 수준의 심한 배신행위로 단정하기는 어렵다.(2) 설령, 법인으로 보는 단체 승인시점을 2012.9.24.로 볼 수 없다고 하더라도, 쟁점임야의 양도시기는 소유권이전등기일이고 이는 법인으로 보는 단체 승인 1년 이내이므로 문제가 되지 않는다.(가) 토지와 같은 자산의 양도 시 원칙적으로는 대금청산일이 손익 귀속시기가 될 수 있으나(「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호), 예외적으로 대금청산일 전에 양도받은 토지에 대한 소유권이전등기, 인도 또는 상대방의 사용수익이 이루어진 경우 그 손익의 귀속시기는 이전등기일, 인도일 및 상대방의 사용수익일 중 빠른 날로 한다(「법인세법」 제40조 제2항 및 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호).(나) 상대방의 사용수익일은 실질적 사용수익을 한 날을 의미하고(「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호 후문, 같은 법 기본통칙 40-68…4), 「법인세법」상 ‘매수한 토지가 사용된 날’이란 공장 등의 건설에 착공한 날을 의미한다고 명시하고 있다(법인세법 기본통칙 28-52…1). 또한, 구체적으로 사회통념상 공사에 착공하였다고 인정하기 위해서는 기존 건물의 철거나 착공신고서를 제출하는 것만으로 부족하고 실질적인 공사의 실행이라 볼 수 있는 행위로써 최소한의 정도로 부지를 파내는 정도의 굴착공사나 터파기공사에 착수하는 경우에 비로소 착공하였다고 볼 수 있으며(대법원 2013.5.23. 선고 2013두2723 판결 참조), 터파기 작업 중에서도 그 전제가 되는 규준틀 작업시점이 실질적인 공사착공 시점이라는 것이 법원의 확고한 입장이고, 조세심판원도 공사 이전 부지를 정리하는 행위 자체는 공사의 착공에 해당하지 않는다고 결정한 바 있다(조심 2019중4506, 2020.2.4.

이유 5참조).(다) 현재 쟁점임야의 매수인은 쟁점임야 지상에 식재된 수목을 제거하고 산을 깎는 등 부지조성 작업만 진행하였을 뿐 규준틀 작업조차 진행하지 않았다. 즉, 건설에 착공한 행위 자체가 존재하지 않아 매수인이 쟁점임야를 사용수익하였다고 볼 수 없다. 처분청은 매수인이 2023년 10월 비산먼지 발생사업을 신고하였고 늦어도 2023년 11월 중 비산먼지 억제시설을 설치하였음을 이유로 사용수익이 이루어졌다는 의견이나, 비산먼지 발생사업의 신고 및 시설 설치는 공사가 진행되기 전에 갖추어져야 하는 것인바, 즉 비산먼지 발생사업 신고(억제시설 설치 계획 포함)→ 비산먼지 억제시설 설치→ 착공의 순서로 공사가 진행되는 것이 논리적으로 타당하므로, 2023년 11월 촬영된 쟁점임야의 사진에서 매수인이 비산먼지 억제를 위하여 공사장 주변에 방진벽 시설을 설치하였다는 사실만을 근거로 공사가 착공되었다고 보기는 어렵다.위 사실을 바탕으로 쟁점임야의 현장을 살펴보면, 매수인이 이전등기일 이전에 쟁점임야에 수목제거 및 산을 깎는 등의 행위를 한 것은 사실이나, 이는 건축공사를 시작한 것이 아니라 건축공사에 앞서 필수적으로 선행되는 ‘부지정리행위’를 한 것에 불과하고(대법원 2017.7.11. 선고 2012두22973 판결 참조), 이는 관련 법령상으로도 명확하다. 비산먼지 억제시설 설치공사는 「건축법」상 “건축 착공 전”에 이행하도록 규정된 사전부지정리작업에 불과하므로(「건설기술진흥법 시행령」 제59조의2 및 「대기환경보전법 시행규칙」 제58조 제1항), 이러한 사전 정리작업 시기를 착공시기로 볼 수는 없다.(라) 또한, 처분청은 매수인이 2023년 7월 건축허가를 신청하였음을 쟁점임야 사용수익의 근거로 제시하고 있으나, 매수인이 건물 건축을 위한 각종 인허가 관련 신고를 받았다고 하더라도 「법인세법」에서 의미하는 실질적 사용수익이 도래하지 않았음은 판례상 명확하다(대법원 2015.12.10. 선고 2015두48266 판결 참조). 청구법인이 2023년 7월 매수인에게 토지사용승낙 및 배수관 매설 동의와 건축 인허가에 필요한 모든 제반서류를 제공하였으나 이는 효율적인 토지매매를 위해 매수인의 건축허가 신청절차에 협조한 것에 불과할 뿐, 매수인의 독자적인 쟁점임야 사용수익을 허용한 것이 아니다. 즉, 매수인이 매도인으로부터 등기나 대금청산 이전에 토지 사용승낙을 받았더라도 그 승낙이 “행정상의 인허가 등을 받기 위한 목적”이라면 해당 승낙은 토지의 실질적 사용수익으로 볼 수 없는바(조심 2012서780, 2012.7.5. 참조), 청구법인과 매수인 간의 쟁점임야 매매계약서를 살펴보면, 청구법인은 잔금수령과 동시에 등기를 이전해 주기로 하였으므로, 잔금 수령 전까지는 쟁점임야의 소유권이 청구인에게 있음을 알 수 있고, 계약서상 “개발행위 인·허가를 위한 협조”임이 명확히 기재되어 있다.(마) 매수인이 2023.7.6. 경기도 김포시청에 납부한 면허세, 지역개발공채, 이행보증금 등 OOO원의 제세공과금 역시 ‘건축허가’를 위해 부담한 것이다. 행정상 의무이행에 해당할 뿐인 이러한 납부 행위를 근거로 매수인이 쟁점임야를 실질적으로 사용하였다고 볼 수 없다. 처분청은 제세공과금 부담 여부를 기준으로 토지의 사용수익 여부를 판단한 유권해석(서면인터넷방문상담2팀-2027, 2004.10.5.)을 제시하였으나, 동 유권해석은 토지의 실질취득자가 부담해야 될 세금(취득세나 종합부동산세 등)을 누가 부담하고 있는지를 파악하고 그 실질이 형식과 다른 경우에는 실질적으로 판단해야 한다는 내용이다.

이유 6즉, 해당 유권해석 내용만을 가지고 제세공과금을 부담하였다고 하여 반드시 사용수익하였다는 결론에 이를 수는 없다. 따라서 건축인허가와 관련된 제세공과금을 매수인이 부담하였다고 하여 이를 쟁점임야가 사용수익되었다는 주장의 근거로 사용하는 것은 불합리하다.(바) 한편, 처분청은 「법인세법 시행규칙」 제46조의2를 근거로 착공일이 불분명하므로 착공신고서 제출일을 착공일로 보아야 한다는 의견이나, 위 조항은 세법상 ‘의제’하는 규정으로 비사업용 토지 해당 여부가 아닌 「법인세법」상 손익의 귀속시기 여부가 쟁점이 되는 이 건에 적용하는 것은 조세법률주의에 반한다. 「법인세법」상 손익의 귀속시기에 관한 직접적인 규정인 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호에 따르면, 손익의 귀속시기는 대금청산일이 원칙이지만 그보다 빠른 날이 존재하는 것이 객관적으로 명확한 경우 해당일을 귀속시기로 앞당겨 잡는 것으로, 사용수익일이 객관적으로 불분명하면 원칙으로 돌아가 대금청산일 또는 그 외의 등기일 등으로 판단할 것이지 완전히 별개의 규정인 「법인세법 시행규칙」을 준용할 수는 없다.(사) 쟁점임야의 소유권이전등기일(2023.12.5.)과 인도일(2024.1.18.) 중 빠른 이전등기일이 「법인세법」상 양도손익의 귀속시기인바, 매수인은 양도일 현재 쟁점임야를 사용수익하지 않았고, 소유권이전등기일은 청구법인의 최초 사업연도 종료일인 2024.11.30.을 기준으로 1년을 초과하지 아니하여 쟁점임야의 양도손익은 최초 사업연도에 산입할 수 있으므로 「법인세법」에 따른 신고대상으로 봄이 타당하다.(아) 한편, 처분청은 청구법인이 법인으로 보는 단체 신청 시 제출한 규약(사업연도 12.1.~11.30.)의 사업연도 변경 사실에 대하여 종중 회의록, 이사회 날인명부 등 객관적 자료가 확인되지 아니하여 경기도 김포시청에 제출한 정관상 사업연도인 1.1.~12.31.을 사업연도로 보아야 하고, 이에 따르면 양도손익이 발생한 시점을 이전등기일(2023.12.5.)로 보더라도 최초 사업연도 종료일로부터 1년을 초과한다는 의견이나, ‘B파’가 ‘C파’와 동일한 종중이 아니라고 본다면, ‘B파’는 ‘C파’와 달리 새롭게 신설된 종중 및 법인으로 보아야 하고, 법인의 사업연도는 납세의무자가 자유롭게 선택할 수 있는 것으로(헌법재판소 2021.6.24. 2018헌바44 전원합의체 결정), B파인 청구법인은 「법인세법」을 적용받기 위해 ‘법인으로 보는 단체’ 신청 시 명확하게 사업연도가 12.1.~11.30.인 규약을 제출하였고, 처분청이 이를 승인한 이상 청구법인의 진정한 사업연도는 12.1.~11.30.로 보아야 한다.조세심판원도 종중이 2017.11.30. 토지를 양도한 후 ‘법인으로 보는 단체’ 신청 및 양도소득세 환급청구를 한 사안에서, 당시 종중이 ‘법인으로 보는 단체’ 승인신청서상 사업연도를 기재하는 칸이 별도로 없음에도 법인세 적용을 위하여 제1기 사업연도를 의도적으로 “2017.11.25.~2018.11.24.”로 기재한 것에 관하여, 종중이 법인의제 단체 신청 시 사업연도를 명확히 기재하여 신청하였고 처분청이 이를 승인하였으므로, 새로운 사업연도를 신고한 것이 인정되어 토지 양도소득에 법인세를 적용하여야 한다고 결정한 바 있다(조심 2019부584, 2019.12.24. 참조). 따라서 ‘B파’ 명의로 법인으로 보는 단체 신청을 하면서 새롭게 사업연도를 설정한 청구법인의 행위는 적법하며, 처분청이 이를 승인한 이상 청구법인의 진정한 사업연도가 1.1.~12.31.이라는 처분청의 의견은 부당하다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 2024.9.20.

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