2회에 걸쳐 지분으로 취득한 전체토지 중 양도한 쟁점토지의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 「소득세법 시행령」 제162조 제5항에 따라 순차적으로 취득한 것으로 하여 과세한 처분의 당부 등

요지쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점토지 양도는 전체토지를 2회에 걸쳐 지분으로 취득하고 이를 지분으로 나누어 양도한 것으로, 쟁점토지 매매계약서 특약사항에도 먼저 취득한 토지 중 일부를 양도하는 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 쟁점토지의 취득시기가 분명하지 아니한 것으로 보이므로 먼저 취득한 토지를 양도한 것으로 보는 것이 타당함쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점토지는 지목이 임야로 되어 있으나 「지방세법」상 종합합산과세대상 토지로 구분되어 있고 벌개제근공사로 인하여 벌목이 이루어져 사실상 현황을 임야로 보기 어려운 점 등에 비추어 , 청구주장은 받아들이기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인과 a 및 b(이하 “청구인 등 3인”이라 한다)은 2021.6.29. 경상북도 포항시 북구 OOO임야 17,058㎡(이하 “전체토지”라 한다)의 지분 27분의 25(이하 “취득①토지”라 한다)를 c으로부터 취득가액을 OOO원에, 2022.5.25. 전체토지의 각 27분의 1(이하 “취득②토지”라 한다)을 d 등 4인 및 e으로부터 각 취득가액을 OOO원으로 하여 아래 ＜표1＞과 같이 전체토지를 공동취득하였고, 2023.11.10. 청구인 등 3인은 전체토지 중 3,516㎡(이하 청구인의 지분 1,172㎡를 “쟁점토지”라 한다)를 f 주식회사에 양도가액을 OOO원으로 아래 ＜표2＞와 같이 양도하였다.＜표1＞ 청구인 등 3인의 전체토지(17,058㎡) 지분취득내역(단위 : 원)＜표2＞ 청구인 등 3인의 일부토지(3,516㎡) 지분양도내역(단위 : 원)나. 청구인은 2024.1.10. 쟁점토지의 취득가액을 순차적으로 취득한 전체토지의 실제 취득가액에 대해 전체토지 면적 중 쟁점토지의 면적으로 안분하여 신고ㆍ납부하였다.다. 이에 처분청은 쟁점토지의 취득시기가 불분명한 것으로 보아, 「소득세법 시행령」 제162조 제5항에 따라 취득①토지를 먼저 양도한 것으로 하여 쟁점토지의 취득가액을 OOO원(취득가액 OOO원을 감액)으로 경정하였고, 청구인이 필요경비로 계상한 컨설팅 비용 중에서 전체토지 면적 중 쟁점토지의 면적으로 안분한 금액을 초과하는 컨설팅 비용 OOO원을 필요경비에서 차감하였으며, 쟁점토지를 「소득세법」제104조의3에 따른 비사업용 토지로 보아, 기본세율에 10%를 더한 세율을 적용하여 2024.6.21. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.5. 이의신청을 거쳐, 2024.10.2 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점토지는 취득 당시 OOO의 토지 지분 일부였으나 2023.9.25. 9필지의 환지예정지로 지정공고되었고, 청구인은 2023.11.10. 9필지 중 분필된 2필지 전부를 처분하였기에 쟁점토지의 취득시기는 전체 토지의 지분별 취득시기를 비례하여 적용해야 한다.(가) 국세청 유권해석에서도 “토지를 분할한 후 양도하는 경우에는 지분별 취득시기를 비례하여 적용한다”(OOO1996.12.31.)고 한바, 취득시기를 달리하여 취득한 부동산 중 일부를 양도하는 경우에는 당초 취득시기에 비례하여, 토지 취득가액을 전체 토지의 면적에서 양도한 토지의 면적이 차지하는 비율로 안분계산하여야 한다.(나) 처분청이 취득가액 산정방식으로 주장하는 「소득세법 시행령」제162조 제5항에 따른 “선입선출법”을 청구인의 경우와 같이 여러 회에 걸쳐 취득한 토지를 여러 필지로 분할한 후, 그 중 1필지만 양도하는 경우에 적용하면, 1필지를 양도할 때마다 분할된 전체토지의 양도 현황에 따라 양도할 토지의 취득가액을 다시 산출하여야 하는바, 이는 계산의 어려움이 있고, 상기 국세청 유권해석과도 맞지 않다.(다) 쟁점토지는 환지예정지로 전체토지와 전혀 다른 위치에서 별개의 지번(블록롯트)과 상이한 면적으로 새로이 형성된 토지이고, 수원고등법원(2022.12.16.

이유 2선고 2021누16015 판결)에서도 “환지예정지의 토지는 종전의 토지와는 별도의 토지로 인식하고 그 현황에 따라 재산세를 과세하고 마찬가지로 양도소득세도 환지예정지의 토지로 과세하여야 한다”고 판시한바, 양도하는 쟁점토지가 전체토지 중 어느 부분에 해당하는지 구분이 불가능하여 쟁점토지의 취득가액은 안분계산하는 것이 더 합리적이다.(라) 또한, 「소득세법 시행령」제162조 제5항은 주로 비상장주식의 양도 시에 적용하거나 토지를 취득한 후에 합필한 토지를 지분으로 양도한 경우에 적용하는 것이고, 청구인의 경우 환지예정지로 지정된 2필지를 전부 매도한 것으로 「소득세법 시행령」제162조 제5항의 규정이 적용될 여지가 없다.(2) 쟁점토지는 취득 시부터 양도 시까지 사업용 토지에 해당한다.(가) 처분청은 도시개발구역으로 지정된 토지는 그와 동시에 사용이 금지 또는 제한된다고 주장하나, 조세심판원은 “구체적인 금지규정이 있지 않고, 이용을 제한한 사실이 확인되지 아니한 경우에는 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하지 않는다”고 판시(조심 2019인3032, 2020.1.29.)한바 있다.(나) 청구인은 쟁점토지를 임야상태로 취득하였고, 취득 후 도시개발 조합이 「매장유산 보호 및 조사에 관한 법률」에 따라 매장 유산 조사를 위해 쟁점토지의 일부를 벌목하였으며, 이로 인해 쟁점토지를 임야상태로 유지하지 못한 것이고, 이는 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제4호 및 「소득세법 시행규칙」 83조의5 제1항 제12호의 규정에 따른 “부득이한 사유”에 해당하는 토지로 보아야 한다.쟁점토지는 보유기간 전체에 걸쳐 사업용 토지에 해당하는 것으로 쟁점토지 취득 후 사업용 토지 해당 여부를 토지현황 별로 정리하면 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 쟁점토지 취득 후 사업용 토지 해당여부(다) 쟁점토지는 취득 전 이미 도시개발구역으로 지정된 토지이지만, 임야로 취득하였고, 취득 시부터 환지예정지 지정 전까지 쟁점토지에 대해 국가 등으로부터 사용의 금지나 제한을 받은 적이 없고, 실제 쟁점토지의 사용이 금지 또는 제한이 시작된 시기는 환지예정지 지정일인 2023.9.25.이며, 쟁점토지 취득 후 도시개발조합의 매장유산 조사에 따른 공사(벌개제근공사, 문화재표본조사) 기간은 ‘정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’에 해당하고, 공사 후 환지예정지 지정까지의 기간은 사업용 토지에 해당하는바, 쟁점토지는 취득 후부터 양도 시까지 전체 기간이 사업용 토지에 해당되므로 양도소득세 중과세율 적용을 배제하여야 한다.(라) 처분청은 재산세 종합과세 기간이 비사업용 기간에 해당된다고 주장하지만, 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지에 대하여 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호에 재산세 종합과세 기간은 비사업용으로 본다는 규정은 원칙론을 설명하고 있는 것이고, 같은 조 제2항에서는 부득이한 사유가 있는 경우 제1항에 대한 예외를 규정하고 있어 재산세 종합과세 기간이 비사업용 기간에 해당된다고 볼 수만은 없다.나.

이유 3처분청 의견(1) 쟁점토지는 취득시기를 달리하여 취득한 환지예정된 토지의 일부로 취득시기가 분명하지 아니한 경우에 해당하고, 「소득세법 시행령」제162조 제1항 제9호 및 「소득세법 시행령」제162조 제5항에 따라 “양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우”에 해당하여 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다“라고 규정하고 있다.국세 유권해석(서면방문상담4팀-3052, 2007.10.23.)도 “1필지를 2회에 걸쳐 지분으로 각각 취득한 경우 먼저 취득한 지분의 부동산을 먼저 양도한 것으로 보는 것”으로 회신한 바 있다.(2) 쟁점토지는 취득 당시 이미 「도시개발법」 등에 의한 사용이 금지되거나 제한되어 있었던 토지로, 벌개제근공사 착공 이후의 기간 등에 대해, 그 사용이 금지 또는 제한된 기간으로 보아 사업에 직접 사용한 기간으로 볼 근거가 없다.(가) 쟁점토지의 도시지역 및 도시개발구역 지정ㆍ고시 등에 관한 연혁은 아래 ＜표4＞와 같다.＜표4＞ 쟁점토지의 지정ㆍ고시 내역쟁점토지는 청구인이 쟁점토지를 취득(2021.6.29.)하기 전인 2012.6.18.부터 이미 제2종 일반주거지역인 도시지역으로 편입되었고, 2021.6.22. 포항시 고시 제2021-155호 도시개발사업 개발계획, 실시계획인가, 도시관리계획 지형도면 등이 고시되었으며, 토지이용계획확인원에 도로 등 토지이용계획 및 기반시설계획이 고시된 토지로 이미 취득 이전부터 제한된 토지에 해당한다.(나) 청구인은 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제4호 및 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제12호의 규정에 따라 부득이한 사유에 해당하는 토지이기에 사업용 토지에 해당한다고 주장하면서, 「매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률」제6조에 의한 문화재 표본조사를 도시계획 변경 등 정당한 사유에 해당한다고 주장하나, 관련법령 및 사실관계 등을 검토한바 쟁점토지가 포함된 도시개발 사업지구에 대한 문화재 지표조사는 도시개발 실시계획 작성 전 2016년 6월에 완료한 사실이 확인되고, 청구인이 근거로 제출한 2021년 12월부터 2022년 1월까지 진행된 시굴 및 표본조사에 대한 용역계약서는 지표조사에 대한 후속조치로서 도시개발사업 과정에서 필수적으로 수행하여야 하는 절차 중 하나로 보이며, 청구인이 쟁점토지를 취득한 것은 2017년 6월에 도시개발구역이 지정된 후로, 쟁점토지를 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제4호 및 「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항 제12호에 따른 “당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획변경 등 정당한 사유로 사업용으로 사용하지 아니하는 토지”로 볼 수 없다.(다) 「소득세법 시행령」제168조의14 제1항 제1호는 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지 : 사용이 금지 또는 제한된 기간’이라고 규정하고 있는바, ‘토지를 취득하기 전에 이미 법령상 사용이 금지·제한된 토지’는 사업용 기간으로 볼 수 없다.취득할 당시부터 사용이 금지되거나 제한된 토지의 경우 그것을 취득하더라도 사업용으로 사용할 수 없다는 사실을 취득자가 알고 있었으므로, 비사업용 토지에 따른 세제상의 불이익을 주더라도 가혹하다고 보기 어렵고, 이와 같이 해석하지 않을 경우 법령상 제한 있는 토지를 취득하기만 하면 그 제한이 풀리기 전까지 비사업용 토지가 아니라고 보게 되어 투기 조장의 위험이 있어 입법취지에 반한다(대전지방법원 2020.1.9. 선고 2018구단101040 판결).또한 쟁점토지는 2012.6.18.

이유 4「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역＞일반주거지역＞제2종 일반주거지역으로, 같은 날 「도시개발법」에 따른 “OOO도시개발구역”으로 지정되었으며, 2016.5.24.∼6.13. 매장문화재 지표조사를 거쳐 2017.6.20. 도시개발계획 수립 및 지형도면 고시, 2021.6.22. 도시개발 실시계획인가 및 변경 도시관리계획 지형도면이 고시되었고, 고시된 지형도면을 보면 쟁점토지는 대지, 도로로 구획되어 있다.2021.6.29. 취득한 취득①토지의 “매매계약서 특약사항3”에 공부상 토지면적(17,058㎡)과 실제면적(5,267㎡)이 다른 것을 볼 수 있는데 이는 개발 후 환지로 면적이 축소될 것을 인지한 것으로 보이고, 이는 청구인이 쟁점토지를 임야로서의 가치보다는 개발수익을 기대하고 이미 고시된 지형도면과 같이 대지 등으로 인식하여 투자(취득)한 것임을 알 수 있다.(라) 쟁점토지 취득일부터 양도일까지의 지목은 “임야”이나 사실상 개발이 확정된 토지로, 임야가 아닌 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호의 토지(이하 “기타토지”라 한다)에 해당되고, 2021.10.25.부터는 벌개제근공사의 착공으로 외형상으로도 “임야”가 아닌 기타토지에 해당되며, 재산세 부과 현황을 보더라도, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아, 2021.6.29.부터 2022.12.31.까지 재산세 종합합산대상토지로 보았다.쟁점토지는 위와 같이 취득일부터 사실상 기타토지에 해당하였으나, 외형상 임야에 해당되지 않게 된 날(2021.10.25. 벌개제근공사 착공일)을 기타토지에 해당되는 시작일로 보더라도, 사업용 토지에 해당하는 날은 아래 ＜표5＞와 같이 계산되고, 비사업용 기간을 계산하면 50%로, 40%를 초과하여 비사업용 토지에 해당하여 이 건 처분은 정당하다.＜표5＞ 쟁점토지 사업용 토지 보유기간 계산3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 2회에 걸쳐 지분으로 취득한 전체토지 중 양도한 쟁점토지의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 「소득세법 시행령」 제162조 제5항에 따라 순차적으로 취득한 것으로 하여 과세한 처분의 당부② 쟁점토지를 비사업용토지로 보아 과세한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인이 전체토지를 취득한 경위 및 쟁점토지 양도관련 내용은 다음과 같다.(가) 청구인 등 3인은 2021.6.29. c으로부터 전체토지의 지분 27분의 25를 OOO원에 취득하였고, 계약서 내용은 아래와 같다.＜그림삽입을 위한 여백＞청구인 등 3인은 2022.2.25. d 등 4인과 e으로부터 각 전체토지 지분의 27분의 1씩을 OOO원에 취득하였고, 계약서 내용은 아래와 같다.(나) 청구인 등은 2023.11.10.

이유 5쟁점토지를 경상북도 포항시 소재 ㈜f에 OOO원에 양도하였고, 계약서 내용은 아래와 같다.＜그림삽입을 위한 여백＞(다) 쟁점토지의 토지등기사항증명서상 주요 기재내역은 다음과 같다.(라) 쟁점토지의 도시개발구역 지정 및 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도와 관련된 사실관계를 시간의 순서로 나열하면 아래 ＜표6＞과 같다.＜표6＞ 쟁점토지 취득ㆍ양도 및 도시개발구역 지정 등 관련 연혁(마) 청구인은 취득①토지 취득 전(2021.6.4.)과 전체토지 취득 후(2022.5.22.)의 사진을 제출하였고, 처분청은 쟁점토지의 벌개제근공사 착공 이후 쟁점토지가 임야가 아니었음을 증명하는 사진을 제출하였다.(바) 쟁점토지의 연도별 재산세 부과내역은 아래 ＜표7＞과 같다.＜표7＞ 쟁점토지의 연도별 재산세 부과내역「소득세법」제104조의3 제1항 제4호 나목에서는 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 「지방세법」제106조 제1항 제3호에 따른 재산세 분리과세대상이 되는 토지를 각 비사업용 토지에서 제외하도록 규정하고 있다.(2) 청구인은 쟁점토지 취득 당시, 토지의 사용과 관련하여 제한 등이 없었음을 증명하기 위해 아래와 같은 자료를 제출하였다.(가) 청구인은 토지의 이용을 제한하는 “문화재조사 용역계약” 및 “벌개제근공사 도급계약” 등이 쟁점토지 취득 후 체결되었다는 증빙으로 도시개발사업부지 문화재 조사 용역예약서를 제출하였다.(나) 쟁점토지가 2023.9.25. 환지예정지로 지정되었다는 것을 증명하기 위해 환지예정지 지정 증명원 및 환지예정지 지정도를 제출하였고, 이 자료를 통해 환지예정지가 9필지로 분필되었으며, 그 중 2필지(A40 5롯트, C12 4롯트)의 3분의 1을 청구인이 양도하였다는 것을 확인할 수 있고, 청구인이 양도한 C12 4롯트의 경우 권리면적 4,541.4㎡, 환지면적 4,455.8㎡로, 부족 면적 85.6㎡이 발생하였으며, 쟁점토지(지목:임야)는 단독주택 및 준주거 용도로 변경될 예정이라는 점을 확인할 수 있다.(3) 처분청은 청구인이 쟁점토지 취득 전 쟁점토지가 도시개발구역으로 지정되어 있었고, 청구인이 이를 인지하고 쟁점토지를 취득하였다는 것의 증빙으로 아래와 같은 자료를 제시하였다.(가) 경상북도 포항시는 경상북도 OOO을 통해 2016.5.24.부터 쟁점토지 일대 문화재 지표조사를 한 바 있고, 2021.11.30. 용역계약을 체결하여 문화재조사를 실시한 바 있으며, 2021.10.25. 벌개제근공사에 대한 용역계약을 체결하였고, 2017.6.20. 쟁점토지의 지번에 대해 “OOO도시개발구역 지정 및 개발계획 수립 지형도면 고시”를 공고하였으며, 2021.6.22. “OOO도시개발사업 개발계획(변경), 실시계획인가, 도시관리계획(지구단위계획, 공원조성계획) 지형도면 고시”를 공고한 바 있다.(나) 경상북도 OOO은 2016년 6월 쟁점토지 일원의 지표조사 결과보고서에서 ‘쟁점토지의 시굴조사가 필요하고, 지역주민과 협의 후 보존여부 등을 검토할 것’을 조사기관 종합의견으로 제출한바 있다.(다) 처분청은 2024.5.31. 경상북도 포항시청에 도시개발지역 진행일정 확인을 공문으로 요청하였고, 2024.6.13.

이유 6경상북도 포항시장이 회신한 내용을 요약하면 아래 ＜표8＞과 같다.＜표8＞ OOO도시개발사업 문화재조사 일정(4) 쟁점토지의 취득과 관련하여, 토지등기사항 증명서 및 매매계약서에는 청구인이 취득한 토지의 지분과 면적만 기재되어 있고, 전체토지 중 지적도상 어느 부분에 해당하는지에 대한 내용은 별도로 기재되지 않았음이 확인되고, 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 공고(2023.9.25.)된 환지예정지 증명원 및 지정도에는 환지 후 청구인이 소유하게 되는 땅의 위치를 표시하고 있으며, 쟁점토지의 매매계약서 특약사항(5번)에는 이 건 매매지분은 매도인이 2021년 6월 29일에 매수한 c 지분(등기 순위번호 2)으로 한다고 기재되어 있다.(5) 청구인은 쟁점토지 취득일부터 양도일까지 쟁점토지 소재지와 같은 경상북도 포항시 북구에 주민등록을 두고 있었던 것으로 확인된다.(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 취득가액은 전체토지의 면적에서 양도한 쟁점토지의 면적이 차지하는 비율로 안분계산하여야 한다고 주장하나,「소득세법」 제98조 및 같은 법 시행령 제162조에서 양도 및 취득시기는 대금을 청산한 날로 하고 있고, 대금청산이 불분명한 경우에는 같은 영 제162조 제1항 각 호에서 정하는 날로 하고 있으며, 같은 조 제5항에서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 이는 양도자산의 취득시기에 따라 ‘보유기간’이 변동됨에 따라 발생할 수 있는 각종 제재나 혜택 적용 등을 위한 양도자산의 취득시기에 대한 기준을 제시한 것으로 보이는 점, 쟁점토지 양도는 전체토지를 2회에 걸쳐 지분으로 취득하고 이를 지분으로 나누어 양도한 것으로, 쟁점토지 매매계약서 특약사항에도 먼저 취득한 토지 중 일부를 양도하는 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어, 쟁점토지의 취득시기가 분명하지 아니한 것으로 보이므로 먼저 취득한 토지를 양도한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다.(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지는 임야로 취득하여 매장유산 조사 전까지 임야 상태로 유지해 왔으며, 매장유산 조사에 따른 공사기간은 부득이한 사유에 의해 사업용으로 사용하지 못한 것에 해당하고, 환지예정지 지정까지의 기간은 사업용 토지에 해당하여, 토지 취득 후부터 양도 시까지 쟁점토지는 사업용 토지에 해당한다고 주장하나,「소득세법 시행령」 제168조의7에서 법 104조의3을 적용함에 있어 임야 등 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다고 규정하고 있고, 「소득세법」제104조의3 제1항 제4호에서 임야 등 외의 토지 중 「지방세법」상 비과세되거나 별도합산, 분리과세대상이 되는 토지 또는 사업에 직접 관련이 있는 토지를 제외한 토지는 비사업용 토지로 규정하고 있는바, 쟁점토지는 청구인이 취득하기 이전인 2012.6.18.부터 이미 제2종 일반주거지역인 도시지역으로 편입되었고, 2021.6.22. 포항시 고시 제2021-155호로 도시개발사업 개발계획, 실시계획인가, 도시관리계획 지형도면 등이 고시된 이후에 쟁점토지를 취득한 것으로 나타나는 점, 쟁점토지는 지목이 임야로 되어 있으나 「지방세법」상 종합합산과세대상 토지로 구분되어 있고 2021.10.25.