2009.3.16.∼2012.12.31. 기간 중 취득한 쟁점주택을 조정대상지역으로 지정된 후 양도한 경우 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설되어 2012.1.1. 법률 제11146호로 최종 개정된 소득세법 부칙 제14조에 따라 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부 등

요지12.1.1. 쟁점부칙 개정에 따라 장기보유특별공제 배제 조항이 삭제된 것은 소득세법§95 개정에 따라 다주택자의 양도에도 장기보유특별공제를 적용하는데 특례기간에 취득한 주택만 장기보유특별공제가 배제되는 불합리함을 해소하기 위해서 개정된 것으로 보이고 특례주택기간에 취득한 주택에 대해 무조건 장기보유특별공제를 적용하기 위함은 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 「소득세법」부칙 제14조(2008.12.26. 법률 제9270호로 신설된 후 2012.1.1. 법률 제11146호로 최종 개정된 것을 말하고, 이하 “쟁점부칙”이라 한다) 제1항에서 정한 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지의 기간 중인 2011.9.27. A으로부터 서울특별시 서초구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다.나. 청구인은 「소득세법」(2017.12.19. 법률 제15225호로 일부개정된 것을 말한다) 제104조 제7항의 조정대상지역 내 다주택을 보유한 상태에서 2021.10.18. B, C에게 각각 쟁점주택의 지분 1/2씩을 총 OOO원에 양도한바, 이에 대하여 2021.11.13. 「소득세법」제104조 제7항의 조정대상지역 내 1세대 다주택자 중과규정에 따른 중과세율을 적용하는 한편, 장기보유특별공제를 배제하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.다. 청구인은 2023.10.20. 처분청에 쟁점주택의 양도는 쟁점부칙 제1항에 따라 기본세율 및 장기보유특별공제 적용 대상이라는 취지로 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 기본세율만을 적용하고 장기보유특별공제는 배제하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하였다.라. 이후 청구인은 2024.4.8. 쟁점주택의 양도에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 재차 하였으나, 처분청은 2024.5.1. 이를 거부하였다.마. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.16. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 장기보유특별공제 취지 및 해석에 있어서 입법자의 의도를 고려해야 한다.부동산의 장기보유는, 부동산 투기를 방지하여 부동산에 대한 건전한 투자 내지 소유 형태를 유도하고자 하는 위와 같은 입법목적에 부합하는 소유 형태이다.또한, 부동산을 장기간 보유하는 동안 물가상승 등으로 부동산 구입 당시를 고려한 실질 가액과 양도 시의 명목 가액 간에 상당한 편차가 발생하므로 부동산 양도차익에 대하여 보유 기간에 상관없이 일률적으로 과세표준을 설정하여 세액을 산출하게 되면, 실질 과세원칙에 반할 뿐 아니라 부동산의 장기보유를 유도하려는 위 입법목적과도 상치되는 결과를 초래하게 된다.따라서 「소득세법」은, 부동산의 보유 기간이 3년 이상인 경우 양도소득세의 과세표준이 되는 양도가액에서 ‘보유기간에 따라 높아지는 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 공제하도록 하는 장기보유특별공제를 규정함으로써, 부동산의 단기투기를 억제하고 양도소득에 대한 실질과세원칙을 실현하고 있다.다만 장기보유특별공제를 비롯한 조세감면의 혜택을 부여하는 제도의 경우 그 범위를 결정하는 것은 입법자의 광범위한 재량에 속하는 것이고, 특히나 입법자는 재정수입의 확보라는 조세제도의 본래적 목적 이외에 국민경제적, 재정 정책적, 사회 정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려하여 조세감면의 혜택을 부여할 수 있는 것이므로(헌법재판소 2002. 10. 31. 선고 2002헌바43 결정 등 참조), 이 사건의 경우에도 “장기보유특별공제가 적용되는 것인지 여부”는 쟁점부칙 등 소득세법을 재·개정한 입법자의 의도를 해석하여 그를 기초로 확정되어야 한다.(2) 쟁점부칙의 재·개정 연혁 및 개정목적에 따라 이 사건 경정청구는 장기보유특별공제의 적용을 포함하여 전부 인용되어야 한다.쟁점부칙의 재·개정 연혁 중 이 사건 경정청구의 일부에 해당하는 ‘장기보유특별공제의 적용 여부’와 관련하여 특히 상세히 살펴야 하는 내용은 2012.1.1. 일부개정 되어 2012.1.1.

이유 2시행된 「소득세법」(법률 제11146호) 이래로 현재에 이르기까지 쟁점부칙 제2항이 삭제된 상태를 유지하고 있다는 점이다.특히 쟁점부칙 제2항은 2012.1.1. 삭제되기 이전에 명시적으로 “쟁점부칙 제1항에 따라 일반세율이 적용되는 경우에도 장기보유특별공제는 적용되지 않는다”는 점을 정하고 있던 규정이므로, 쟁점부칙 제2항이 삭제되기에 이른 입법자의 의사를 규명하는 과정을 통하여 쟁점부칙 제2항에 따른 장기보유특별공제 배제의 효력이 현재에도 유지되는 것인지를 판단할 수 있는 것이다.그런데, 법제처가 밝히고 있는 「소득세법」(법률 제11146호)의 일부개정 이유에는 “부동산 시장 정상화 및 주택공급 활성화를 위하여 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하기 위함”이 포함되어 있고, 주요 개정 내용에는 “다주택자에 대한 장기보유특별공제 도입, 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용함으로써 양도소득세 부담을 완화하고 부동산 시장을 정상화하기 위함”이 포함되어 있다.즉, 입법자가 2012.1.1. 「소득세법」을 일부 개정한 주요한 목적 중 하나는 “다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하고, 이를 통해 부동산 시장 정상화 및 주택공급 활성화 하기 위함”이므로 쟁점부칙 제2조의 삭제 이유도 이러한 맥락에서 파악해야 한다.이와 같은 맥락에서 살피자면, 입법자가 다주택자에 대한 장기보유특별공제를 적용하기 위한 취지의 법 개정을 진행하면서 정확히 같은 시기에 역시나 장기보유특별공제의 배제를 규정하던 쟁점부칙 제2항을 삭제한 이유는(개정이유를 통해 명시적으로 확인할 수 있는 것처럼) 부동산 시장 정상화 및 주택공급 활성화를 위하여 “쟁점부칙 제1항이 적용되는 경우에도 장기보유특별공제가 적용되도록 목적한 것”으로 해석할 수밖에 없다.바꿔 말하자면 입법자는 부동산 시장에 주택공급을 촉진할 목적을 가지고 ‘다주택자에 대하여는 장기보유특별공제를 적용하지 않는 것’으로 정하였던 소득세법의 체계를 ‘다주택자에 대하여도 장기보유특별공제를 적용하는 것’으로 개편한 것이므로, 입법자의 입법목적 상 쟁점부칙 제1항의 적용을 받는 다주택자에 대하여도 “당연히” 장기보유특별공제가 적용되어야 하는 것이다.위와 같은 「소득세법」 개정연혁에도 불구하고 “쟁점부칙 제14조 제1항에 해당하는 경우는 장기보유특별공제가 적용되지 않는다”라고 해석한다면, 1주택자와 다주택자 모두에게 장기보유특별공제가 적용되면서, 오직 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 부동산을 취득한 자에 대하여만 장기보유특별공제가 배제된다는 지극히 기이한 결과가 발생하게 된다.특히나 쟁점부칙 제1항은 ‘통상적인 다주택자’와 ‘2009.3.16.부터 2012.12.31. 사이에 부동산 자산을 취득한 다주택자’를 구별하여, 특정 시기(2009.3.16.~2012.12.31.)에 부동산 자산을 취득한 다주택자에게 “세제 혜택을 부여하기 위한 목적”으로 마련된 규정이므로, 통상적인 다주택자에 대하여 장기보유특별공제가 적용되는 것으로 「소득세법」 체계가 변경된 이상, 통상적인 다주택자에 비하여 세제 혜택을 부여하기 위해 특정한 2009.3.16.부터 2012.12.31. 사이에 부동산 자산을 취득한 다주택자에게는 더더욱 장기보유특별공제가 적용되어야 하는 것이다.따라서 쟁점부칙 제2항이 삭제된 2012.1.1.

이유 3이후 다주택자가 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해 일반세율이 적용됨과 동시에, “장기보유특별공제”도 당연히 적용되는 것으로 보아야 한다.(3) ‘쟁점부칙이 적용되는 자산’은 ‘일반적인 자산’과 달리 쟁점부칙을 기초로 세율과 장기보유특별공제의 적용 여부를 판단하여야 한다.쟁점부칙 제14조는 애초부터 양도소득세의 적용기준 예외에서 출발하고 있는바, 처분청의 주장은 ‘쟁점부칙이 적용되는 자산’의 특수성을 간과한 것으로서 타당하지 않다.양도소득세는 기본적으로 “부동산 양도시점”의 법률을 따라 세금을 산출하도록 되어 있는데 쟁점부칙은 당시 정책적 이유(부동산 가격 급락을 막기 위해)에서 입법자가 특수하게도 “부동산 취득시점”을 기준으로 양도소득세를 산출하도록 정하였던 것이다(수원고등법원 2023.6.21. 선고 2022누13943 판결 역시 같은 취지에서 양도소득세 법개정에도 불구하고 부칙 14조에 따른 세율이 적용되어야 함을 설시한 것이다).즉, 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는, “부동산 양도시점”의 법률이 아니라 쟁점부칙에 따라 세율과 장기보유특별공제의 적용 여부를 판단해야 하는 것인데, 입법자가 쟁점부칙 제2항의 삭제를 통하여 장기보유특별공제의 적용을 천명한 이후 현재에 이르기까지 아무런 추가적 조치를 이행하지 않은 이상, 현재에도 여전히 ‘쟁점부칙이 적용되는 자산’의 양도에 따른 소득에 대하여는 쟁점부칙의 문언 그대로 장기보유특별공제가 적용되는 것으로 해석되어야 하는 것이다.다시 말해, 쟁점부칙은 양도시의 「소득세법」 체계에 따라 양도소득세율 및 장기보유특별공제 적용 여부를 확정하는 소득세 법령의 원칙적 체계에서 벗어나 특정 기간의 자산에 대하여만 취득시를 기준으로 양도소득세율 및 장기보유특별공제 적용 여부를 확정하도록 정하는 것으로서 상당한 특수성이 인정되는 것이므로, 쟁점부칙이 적용되는 자산의 양도에 대하여는 「소득세법」 본문에 따른 원칙이 아닌, 쟁점부칙에 따른 예외적인 기준을 기초로 세율과 장기보유특별공제의 적용 여부를 결정할 수밖에 없는 것다.만약 입법자가 쟁점부칙이 적용되는 자산의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 다시금 배제하려고 의도하였다면, 마땅히 「소득세법」제95조 제2항을 통하여 “쟁점부칙의 적용을 받는 자산에 대하여도 장기보유특별공제가 적용되지 않는 것”으로 정했어야 할 것이나 입법자는 이와 같은 사항을 전혀 규정하지 않고 있다. 더욱이 「소득세법」제95조 제2항은 ‘원칙적인 장기보유특별공제의 적용 및 예외적인 장기보유특별공제의 배제’ 체계를 규정하면서, 장기보유특별공제의 적용이 배제되는 예외적 영역의 범위를 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각호에 따른 자산”으로 특정하고 있는데, 쟁점주택의 경우는 “쟁점부칙에 따른 자산”이라는 특수한 성격을 가지고 있는 것으로서, 단순히 ‘제104조 제7항 각호에 따른 자산’에 포섭될 수 없다.즉, 처분청은 쟁점주택이 일반적인 양도 자산과 달리 ‘쟁점부칙이 적용되는 자산’에 해당하는 것임을 간과한 채 만연히 ‘일반적인 자산’과 동일시 한 것이므로 이 사건 처분은 위법하다.(4) 학계에서도 청구인과 동일한 근거와 결론을 도출하고 있다.위 수원고등법원 판결 이후 학계에서도 “쟁점부칙이 적용되는 자산에 대하여 장기보유특별공제가 적용될 수 있는 것인지”를 둘러싼 논의가 활발하게 진행되었고, 상당수의 세무전문가 및 학자들은 일반세율의 적용과 동일한 논리로 장기보유특별공제도 적용될 수 있는 것이라는 결론을 도출하였다.나.

이유 4처분청 의견(1) 「소득세법」제95조와 쟁점부칙의 개정연혁을 종합하여 보면, 양도소득세 강화 조치로 다주택 중과규정이 재신설된 2018.4.1. 이후 특례를 적용하여 일반세율 적용시 장기보유특별공제를 배제하는 것이 타당하다.2009년 정부는 부동산 시장 여건 등을 감안하여 2009.3.16.부터 2010.12.31.까지의 양도분에 대하여 중과세율 적용을 유예하였고, 이와 동시에 수요를 진작시키기 위해 동기간 취득분에 대하여 기본세율을 적용하는 쟁점부칙을 신설하였다.당초 부칙의 취지는 특례기간 동안 취득한 주택을 향후에 양도시 일반세율을 적용하나, 부칙 2항에 따라 장기보유특별공제는 배제하도록 하여 특례 없이 일반세율을 적용하는 주택과 차등을 두었다.2012.1.1. 주택시장 활성화를 위한 양도소득세 완화조치로 「소득세법」제95조 제2항을 개정하면서 주택에도 장기보유특별공제를 전면적으로 허용하였기에 쟁점부칙 2항도 개정취지에 맞춰 삭제하였다.2018.4.1. 주택시장 과열로 인한 양도소득세 강화 조치로 「소득세법」제104조 제7항의 다주택 중과규정이 재신설 되었으며 제7항에 따른 주택은 장기보유특별공제가 배제되도록 「소득세법」제95조 또한 개정되었으므로 당초 쟁점부칙 신설취지에 맞게 특례적용으로 일반 세율을 적용받는 주택은 장기보유특별공제가 배제되어야 한다고 판단된다.(2)「소득세법」제95조 제2항에 장기보유특별공제를 배제하는 자산에 같은 법 제104조 제7항에 따른 자산이 명시되어 있으므로 쟁점부칙에 따라 세율을 달리 적용할 뿐 특례주택을 「소득세법」제104조 제7항에 따른 자산이 아닌 1항에 따른 자산으로 보는 것은 지나친 유추해석이다.조세법률주의에 의하여 조세법규를 해석할 때 법문대로 할 것이고 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합함으로 쟁점부칙은 특례규정으로서 법문대로 해석하여야 한다.2012.1.1. 「소득세법」제95조 제2항이 개정되면서 장기보유특별공제의 배제와 관련하여 ‘세율을 적용받는 자산’이라는 문구가 삭제되고, 이후에는 장기보유특별공제 배제 자산을 구체적으로 열거하고 있다.2022.5.1. 이후 양도소득세 완화조치로 중과배제를 한시적으로 시행하면서 장기보유특별공제가 동시에 적용되는 것은 「소득세법 시행령」제167조의3 및 제167조의10에 경과조치 기한까지 양도하는 주택에 대하여 「소득세법」제104조 제7항 각호의 주택에서 제외하도록 명기하고 있기 때문이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점2009.3.16.∼2012.12.31. 기간 중 취득한 쟁점주택을 조정대상지역으로 지정된 후 양도한 경우 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설되어 2012.1.1. 법률 제11146호로 최종 개정된 「소득세법」 부칙 제14조에 따라 장기보유특별공제가 되어야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.(가) 청구인은 2011.9.27. 쟁점주택을 OOO원에 취득한 후, 2021.10.18. OOO원에 양도한바, 이에 대하여 쟁점주택이 양도 당시 조정대상지역 내에 위치하여 중과세율(75%)을 적용하는 하편, 장기보유특별공제를 배제하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.(나) 청구인은 2023.10.20. 처분청에 쟁점주택의 양도는 쟁점부칙 제1항에 따라 기본세율 및 장기보유 특별공제 적용 대상이라는 취지로 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 기본세율만을 적용하여 OOO원을 환급하였고, 이후 청구인은 2024.4.8.

이유 5쟁점주택의 양도에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 재차 하였으나 처분청은 이를 거부하였다.(2) 쟁점부칙의 개정연혁은 아래와 같다.(가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설(시행 2009.1.1.)된 쟁점부칙은 제1항에서 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다주택에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 기본세율 등을 적용하도록 규정하였고, 쟁점부칙 제2호에서는 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니하도록 규정하였다.(나) 2009.5.21. 법률 제9672호로 개정(시행 2009.5.21.)된 쟁점부칙은 제1항에서 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 기본세율 특례대상을 기존 다주택에서 비사업용토지로 확대하였다.(다) 2010.12.27. 법률 제10408호(시행 2011.1.1.)로 개정된 쟁점부칙 제1항은 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 특례취득기간을 종전 2010.12.31.까지에서 2012.12.31.까지로 확대하였다.(라) 2012.1.1. 법률 제11146호(시행 2012.7.1.)로 개정된 쟁점부칙에서는 제2항을 삭제하였다.(2) 「소득세법」 제95조 제2항 본문 괄호의 장기보유특별공제가 제외되는 자산에 관한 개정연혁은 아래와 같다.(가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정(시행 2009.1.1.)된 「소득세법」 에서는 “제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다”고 규정하여 다주택, 비사업용 토지 및 미등기양도 자산 등에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하였다.(나) 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정(시행 2012.7.1.)된 「소득세법」에서는 장기보유특별공제와 관련하여 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다”고 규정하여 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.(다) 2012.12.15. 법률 제13558호로 개정(시행 2016.1.1.)된 「소득세법」에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다”고 규정하여 비사업용 토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 가능하도록 하였다.(라) 2017.12.29. 법률 제15225호로 개정(시행 2018.4.1.)된 「소득세법」에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다고 규정하여 조정대상지역 내 다주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제가 배제되도록 규정하였다.(3) 기획재정부의 개정 세법 해설 내용은 다음과 같다.(가) 2008년 개정세법 해설(쟁점부칙 신설 시) Ⅲ. 다주택자 중과제도 개선 및 보완 1.

이유 6다주택자 중과 한시적 완화(소득법§104, 부칙§14) (1) 개정내용 종 전 개 정 □ 다주택자 양도세 중과 ㅇ 1세대 2주택 : 50% ㅇ 1세대 3주택 이상 : 60% 적용배제 □2년간(’09.1.1～’10.12.31) 양도 하거나 취득한 주택에 대해 다주택 중과완화 ㅇ 1세대 2주택 : 기본세율 * 기본세율 : 6%∼33% ('09 : 6%∼35%) ㅇ 1세대 3주택 이상 : 45% ※ 장기보유특별공제는 현행과 같이 적용배제 (2) 개정이유 ㅇ 거래동결효과(Lock-in Effect) 해소 (3) 적용시기 및 적용례 ㅇ 2009.1.1.이후 최초로 양도하는 분부터 적용 (나) 2011년 개정세법 해설(쟁점부칙 제2항 삭제 시) Ⅱ. 부동산 거래활성화 1. 다주택자에 대한 장기보유특별공제 적용(소득법 §95) (1) 개정내용 종 전 개 정 □ 장기보유특별공제* 적용배제 * 연 3%, 최대 30% ㅇ 1세대2주택 이상 ㅇ 비사업용 토지 ㅇ 미등기 양도자산 ＜삭 제＞ (좌동) (좌동) (2) 개정이유 ○주택거래 활성화 지원 (3) 적용시기 및 적용례 ○2012.1.1. 이후 양도분부터 적용 (다) 2017년 개정세법 해설(조정대상지역 다주택 중과세율 도입 시) 2. 주택시장 안정화대책 관련 양도소득세 중과 신설 등 (소득법 §64, §95, §104, §104의2) (1) 개정내용 종 전 개 정 □ 장기보유특별공제 적용 배제대상 자산 ㅇ 부동산을 취득할 수 있는 권리 (원조합원의 조합원입주권은 제외) ㅇ 미등기양도자산 ＜추 가＞ □ 다주택자 양도소득세 중과 □ 중과대상 주택 양도시 장기보유 특별공제 적용 배제 (좌 동) ㅇ양도소득세 중과 대상 주택* * 2주택자 혹은 3주택자가 양도하는 조정대상지역 내 주택 □다주택자가 조정대상지역 내 주택 양도시 양도소득세 중과 ㅇ2주택자 또는 1주택 조합원 입주권 보유자가 조정대상지역 내 주택 양도시: 제55조제1항에 따른 세율에 10% 가산 ㅇ3주택 이상 보유자 또는 주택과 조합원입주권의 수가 총 3개 이상인 자가 주택 양도시: 제55조제1항에 따른 세율에 20% 가산 ○ (중과대상 주택 양도시 장기보유특별공제 배제) 부동산 투기 억제를 위해 양도소득세가 중과되는 주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제도 적용을 배제함 ○ (다주택자의 조정대상지역 내 주택 양도시 양도소득세 중과) 부동산투기 억제를 위해 2주택 이상 보유자가 「주택법」상 조정대상지역 내 주택을 양도하는 경우 기본세율(제55조 제1항에 따른 세율)에 10%p를 가산함 (3) 적용시기 및 적용례 ○ (중과대상 주택양도시 장기보유 특별공제 배제) ‘18.4.1. 후 양도하는 분부터 적용 ○ (다주택자의 조정대상지역내 주택양도시 양도소득세 중과) ‘18.4.1. 이후 양도하는 분부터 적용 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부칙 신설시 제1항에서 기본세율을 적용하되 제2항에서 장기보유특별공제는 제외하였다가 2012.1.1. 제2항을 삭제하였으므로 장기보유특별공제가 되어야 한다고 주장하나, 2012.1.1. 법률 제11146호로 쟁점부칙 제2항이 삭제된 것은 해당 개정시 본칙 제95조 제2항 본문의 괄호에서 다주택의 양도에도 장기보유특별공제가 적용되는 것으로 개정함에 따라 특례취득기간 중 취득 주택만 장기보유특별공제가 배제되는 불합리한 측면을 해소하기 위한 것일 뿐 특례취득기간 중 취득한 주택이라고 하여 무조건 장기보유특별공제를 적용하려는 취지는 아닌 점, 이에 따라 2017.12.29.