2009.3.16.∼2012.12.31. 기간 중 취득한 쟁점주택을 조정대상지역으로 지정된 후 양도한 경우 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설되어 2012.1.1. 법률 제11146호로 최종 개정된 소득세법 부칙 제14조에 따라 장기보유특별공제가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부 등

요지12.1.1. 쟁점부칙 개정에 따라 장기보유특별공제 배제 조항이 삭제된 것은 소득세법§95 개정에 따라 다주택자의 양도에도 장기보유특별공제를 적용하는데 특례기간에 취득한 주택만 장기보유특별공제가 배제되는 불합리함을 해소하기 위해서 개정된 것으로 보이고 특례주택기간에 취득한 주택에 대해 무조건 장기보유특별공제를 적용하기 위함은 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 부부사이인 청구인들은 2012.11.20. 서울특별시 강남구 OOO(a 지분 5/7, b 지분 2/7, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 약 OOO원에 취득하여 2020.5.20. OOO원에 양도하였고, 2020.6.9. 쟁점주택 양도에 대하여 「소득세법」 제104조 제7항 제1호의 조정대상지역에 있는 1세대 2주택 보유자의 양도에 해당하는 것으로 보아 장기보유 특별공제를 제외하고, 양도소득세율 55%(2주택자 10% 중과)를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 각 OOO원(a), OOO원(b)을 신고·납부하였다.나. 청구인들은 2023.10.24. 쟁점주택의 양도에 대하여 「소득세법」(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것) 부칙 제14조(이하 “쟁점부칙”이라 한다) 제1항에 따라 일반세율 및 장기보유 특별공제 적용 대상이라고 보아 양도소득세 각 OOO원, OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고,처분청은 2024.1.16. 일반세율(45%)은 적용하되 장기보유 특별공제는 배제하여 청구인들에게 양도소득세 각 OOO원, OOO원을 환급.결정하였다.다. 청구인들은 이에 불복하여 2024.4.5. 각 심판청구를 제기하였다.2. 청구인들 주장 및 처분청 의견가. 청구인들 주장(1) 청구인들이 2012.11.20. 취득한 쟁점주택은 「소득세법」 제104조 제7항이 아닌, 같은 조 제1항 제1호에 따른 세율을 적용받는 자산이다.(가) 정부는 과거 주택거래 침체기에 거래동결효과(Lock-in Effect)를 해소하기 위해 다주택자의 중과완화 취지로 「소득세법」을 개정한 바 있는데, 해당 개정 법률(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것) 제104조 제6항에 따르면, 2010.12.31.까지 양도한 주택에 대하여 1세대 2주택자는 종전의 50% 단일세율 대신에 일반세율을 적용받고, 1세대 3주택 이상 보유자는 종전 60% 대신에 45%로 완화된 세율이 적용되며, 아울러 정부는 해당 개정 법률(2008.12.26. 제9270호로 개정된 것) 부칙 제14조를 신설하여 법 시행 후 2010.12.31.까지 ‘취득’한 주택에 대하여도 추후 양도 시 위 개정 법률에 따라 완화된 세율을 동일하게 적용하도록 하였으나(제1항), 장기보유 특별공제는 종전대로 적용을 배제하였다(제2항).(나) 그리고, 해당 법률은 2009.5.21. 개정되어 1세대 3주택 이상 보유자도 1세대 2주택자와 마찬가지로 일반세율로 전환되었고, 같은 날 위 부칙도 함께 개정되어 2009.3.16.～2010.12.31.까지 ‘취득’한 자산은 추후 양도 시 일반세율을 적용받게 되었다.(다) 이후 해당 법률과 부칙은 2010.12.27. 다시 개정되어 특례기한을 2012.12.31.로 연장하고, 2012.1.1.에는 장기보유 특별공제 적용을 배제한 부칙 제14조의 제2항을 삭제하였는데, 그 결과 2009.3.16.～2012.12.31.까지의 기간(이하 “특례기간”이라 한다) 중 취득한 주택은 추후 양도 시 일반세율을 적용받고, 아울러 장기보유 특별공제도 적용받을 수 있게 되었다.(라) 한편, 위 법률 개정 이후 부동산 시장이 다시 과열되자 정부는 부동산 투기를 억제하기 위하여 2017.12.19. 「소득세법」 제104조 제7항을 신설하여 2018.4.1.

이유 2이후 양도분부터 다주택자가 소유한 조정대상지역의 주택 양도에 대한 새로운 중과제도를 시행하였는데, 법원의 판결과 기획재정부의 해석에 따르면, 특례기간 중 취득한 주택은 설령 다주택자가 소유한 조정대상지역의 주택이라고 하더라도 쟁점부칙에 따라 「소득세법」 제104조 제1항 제1호에 따른 일반세율을 적용받게 되는바(수원고등법원 2023.06.21. 선고 2022누13943 판결, 기획재정부 재산세제과-1422, 2023.12.26.), 이는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.(2) 「소득세법」 제95조 제2항에서 장기보유 특별공제 적용을 배제한 같은 법 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산”은 제104조 제7항에 따른 “중과세율을 적용받는 자산”을 의미한다.(가) 「소득세법」 제95조 제2항에서는 “제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것”을 장기보유 특별공제가 적용되는 자산으로 규정하고 있다. 즉, 장기보유 특별공제는 원칙적으로 「소득세법」 제94조 제1항 제1호에 따른 자산을 대상으로 하되, 미등기양도자산과 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산”(이하 “쟁점문언”이라 한다)을 제외한다.(나) 그리고, 「소득세법」 제104조 제7항의 규정을 보면, 각 호 외의 부분 전단에서, “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다.

이유 3이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다”라고 규정하고 있다.(다) 즉, 양도하는 주택이 「소득세법」 제104조 제7항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 해당하게 되면 일반세율에 100분의 20 또는 100분의 30을 더한 중과세율을 적용받게 되므로, 같은 법 제95조 제2항에서 장기보유 특별공제 적용대상에서 제외한 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산”은 결과적으로 그 문언해석상 “중과세율을 적용받는 자산”의 의미를 갖게 된다.(라) 따라서, 쟁점부칙에 의하여 중과세율 적용이 배제되는(처분청과 다툼 없는 사항) 쟁점주택은 쟁점문언에 따른 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산”에 해당하지 않으며, 더 구체적으로는 “제104조 제1항 제1호에 따른 자산”이라고 보아야 한다.(마) 한편, 처분청은 쟁점문언을 해석함에 있어 「소득세법」 제104조 제7항 각 호의 자산의 성격을 부연하고 있는 같은 항 각 호 외의 부분을 배제한 채 오로지 각 호의 문언 그 자체에만 매몰되어 다주택자가 보유한 조정대상지역의 주택은 중과세율이 적용되는지와 관계없이 “제104조 제7항 각 호에 따른 자산”에 해당한다는 의견이나, 이는 문리해석의 관점에서 보더라도 법령 체계의 전후 맥락을 전혀 고려하지 못한 중대한 오류를 범하였다.(바) 그리고, 처분청은 「소득세법」 제104조 제7항 각 호의 주택에서 제외되는 다주택자의 주택은 해당 규정의 위임을 받은 시행령(1세대 2주택의 경우 「소득세법 시행령」 제167조의10 제1항)에서 규정하고 있고, 쟁점주택은 여기에 열거되어 있지 않다는 의견인데, 전술한 바와 같이, 「소득세법」 제104조 제7항 제1호에 따른 주택은 그 성격적으로 중과세율을 적용받는 주택이므로, 시행령 규정(제167조의10 제1항 등)은 원칙적으로 중과세율이 적용되는 주택을 대상으로 그 예외적 특례를 둔 것이고, 쟁점주택은 쟁점부칙에 따라 처음부터 중과세율 적용이 배제되므로 해당 시행령 규정을 적용할 필요가 원천적으로 발생하지 않는다.(3) 기획재정부도 개정세법 해설에서 장기보유 특별공제 배제자산은 “중과세율이 적용되는 자산”임을 명확히 밝히고 있다.(가) 2017.12.19. 「소득세법」 제104조 제7항이 신설되어 다주택자의 조정대상지역의 주택에 대한 중과세가 시행되면서 같은 법 제95조도 함께 개정되어 쟁점문언이 신설되었으며, 각 개정규정은 동일하게 2018.4.1.

이유 4이후 양도분부터 적용되도록 하였다.(나) 그리고, 당시 기획재정부는 개정세법 해설에서 그 개정 취지를 “부동산 투기억제를 위해 양도소득세가 중과되는 주택을 양도하는 경우 장기보유 특별공제 적용 배제”로, 개정내용에서도 장기보유 특별공제 적용배제 대상 자산에 양도소득세 중과 대상 주택을 추가한다고 설명하였다.(다) 즉, 「소득세법」 제95조와 같은 법 제104조 제7항의 시행 및 적용시기와 이에 관한 기획재정부의 설명 등을 종합하면, 중과세율이 적용되지 않는 자산은 곧 장기보유 특별공제 적용이 배제되지 않음이 명확하다.(4) 처분청 의견대로 쟁점주택에 일반세율을 적용하면서 장기보유 특별공제 적용은 배제한다면, 동일 자산에 대하여 하나의 개별세법 내에서 상반된 취급을 하게 되는 모순적 결과가 발생한다.(가) 처분청은 쟁점주택 양도에 대하여 세율 적용 시에는 일반세율을 적용하되, 장기보유 특별공제는 적용할 수 없다고 하였으나, 다주택자에 대한 중과세율과 장기보유 특별공제 배제 규정은 ‘부동산 투기 억제’라는 공통된 목적을 위해 한날한시에 마련된 규정이다.(다) 즉, 처분청 의견대로 하나의 자산에 대하여 세율 적용 시에는 투기자산으로 보지 않으나, 소득금액 계산 시에는 거꾸로 투기자산으로 보게 되는 모순된 결과가 발생한다.(라) 따라서, 쟁점문언의 “제7항 각 호에 따른 자산”은 세율적용 시 “중과세율을 적용받는 자산”의 의미로 해석해야 개별세법 내 법령체계의 정합성을 해치지 않는 조화로운 해석이 된다.(5) 쟁점주택에 대하여 장기보유 특별공제 적용을 배제한다면, 투기자산에 대한 제제수단으로서의 「소득세법」 제95조의 개정 취지와도 맞지 않으며, 납세자의 예측가능성과 법적안정성을 침해한다.(가) 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다(「국세기본법」 제18조 제1항).(나) 한편, 장기보유 특별공제 적용 배제 자산에 「소득세법」 제104조 제7항 각 호의 자산을 추가한 「소득세법」(2017.12.19. 법률 제15225호로 개정된 것) 제95조의 개정취지는 전술한 바와 같이 부동산 투기를 억제하기 위함이다.(다) 그리고, 정부는 거래동결효과를 해소하기 위한 취지로 2008.12.26. 쟁점부칙을 신설하였고, 주택거래 활성화를 지원하기 위해 2012.1.1.부터는 다주택자에 대해서도 장기보유 특별공제를 허용하면서 주택의 취득을 적극 장려하였다.(라) 즉, 쟁점주택은 이러한 정부의 시책에 따라 중과세율 적용을 배제하고, 장기보유 특별공제도 적용받을 수 있다는 신뢰에 기초하여 쟁점부칙이 정한 특례기간 중인 2012.11.20.에 취득한 것이다.(마) 따라서, 쟁점주택 양도에 대하여 처분청 의견과 같이 장기보유 특별공제 적용을 배제한다면, 투기억제를 위해 규정한 「소득세법」 제95조의 입법취지에 배치될 뿐만 아니라, 정부의 시책을 신뢰한 납세자의 예측가능성과 법적 안정성이 침해되는 심각한 문제가 발생한다.나. 처분청 의견(1) 「소득세법」 제95조와 쟁점부칙의 개정연혁을 종합하여 보면, 양도소득세 강화 조치로 다주택 중과가 재신설된 2018.4.1.

이유 5이후 부칙 특례를 적용하여 일반세율 적용시 장기보유 특별공제를 배제하는 것이 타당하다.(가) 2009년 정부는 부동산 시장 여건 등을 감안하여 2009.3.16.∼2010.12.31.까지 양도분에 대하여 중과세율 적용을 유예하였고, 이와 동시에 수요를 진작시키기 위해 동기간 취득분에 대하여 일반세율을 적용하는 쟁점부칙 제14조를 신설(＜표2＞^#56192;^#57009;)한 바, 당초 쟁점부칙 제14조의 취지는 제1항으로 특례기간 동안 취득한 주택을 향후에 양도시 (다주택자임에도) 일반세율을 적용하나, 부칙 제2항으로 장기보유 특별공제는 배제하도록 하여 특례 없이 일반세율을 적용받는 주택과는 차등을 두었다.(나) 이후 2012.1.1. 주택시장 활성화를 위한 양도소득세 완화조치로 「소득세법」 제95조 제2항을 개정하면서 주택에도 장기보유 특별공제를 전면적으로 허용하였기에 쟁점부칙 제14조 제2항도 개정취지에 맞춰 삭제(＜표2＞^#56192;^#57012;)하였다. 이는 쟁점부칙 제2항을 삭제하지 않는다면 중과대상 주택은 모두 장기보유 특별공제가 적용되는 반면 특례적용으로 일반세율을 적용받는 주택은 장기보유 특별공제가 배제되는 불합리가 발생하기 때문이다.(다) 그러나 2018.4.1. 다시 주택시장 과열로 인한 양도소득세 강화조치로 「소득세법」 제104조 제7항의 다주택 중과가 재신설되었고, 제7항에 따른 주택은 장기보유 특별공제가 배제되도록 「소득세법」 제95조 제2항 또한 개정되었으므로 당초 쟁점부칙 신설 취지에 맞게 특례적용으로 일반세율을 적용받는 주택은 장기보유 특별공제가 배제되어야 한다.(2) 「소득세법」 제95조 제2항에 장기보유 특별공제를 배제하는 자산에 제104조 제7항에 따른 자산이 명시되어 있으므로 쟁점부칙 제14조 제1항에 따라 세율을 달리 적용할 뿐인 특례주택을 「소득세법」 제104조 제7항에 따른 자산이 아닌 같은 조 제1항에 따른 자산으로 보는 것은 지나친 유추해석이다.(가) 조세법률주의에 의하여 조세법규를 해석할 때 법문대로 할 것이고, 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합하므로 쟁점부칙 제14조는 특례규정으로서 법문대로 해석하여야 한다.(나) 2012.1.1. 「소득세법」 제95조 제2항이 개정되면서 장기보유 특별공제의 배제와 관련하여 ‘세율을 적용받는 자산’이라는 문구가 삭제되고, 이후에는 장기보유 특별공제 배제 자산을 구체적으로 열거하고 있다.(3) 따라서 다주택자가 2009.3.16.∼2012.12.31. 중 취득한 조정대상지역에 소재한 주택을 2018.4.1. 이후 양도하는 경우 일반세율을 적용하나, 「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유 특별공제 제외자산에 해당하므로 장기보유 특별공제를 배제하는 것이 타당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점주택의 양도에 대하여 장기보유 특별공제가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 처분청과 청구인이 제출한 양도소득세 경정청구서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 확인된다.(가) 청구인들은 2012.11.20. 쟁점주택을 약 OOO원에 취득한 후 2020.5.20. OOO원에 양도하였고, 이에 대하여 2주택자 중과규정을 적용하여 장기보유 특별공제 배제 및 양도소득세율 55%(2주택자 10% 중과)를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 각 OOO원, OOO원을 신고·납부하였다.(나) 청구인은 2023.10.24.

이유 6쟁점주택의 양도에 대하여 쟁점부칙 제1항에 따라 일반세율 적용대상이라고 보아 양도소득세 각 OOO원, OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 처분청은 아래 ＜표＞와 같이 일반세율(45%)은 적용하였으나, 장기보유 특별공제를 부인하여 2024.1.16. 경정청구를 일부인용하고, 양도소득세 각 OOO원, OOO원을 환급하였다.＜표＞ 청구인들 경정청구 및 처분청 경정내역(청구인 a)(단위 : 원)(청구인 b)(단위 : 원)(2) 쟁점부칙의 개정연혁은 아래와 같다.(가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설(시행 2009.1.1.)된 쟁점부칙은 제1항에서 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 다주택에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 기본세율 등을 적용하도록 규정하였고, 쟁점부칙 제2호에서는 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유 특별공제를 적용하지 아니하도록 규정하였다.(나) 2009.5.21. 법률 제9672호로 개정(시행 2009.5.21.)된 쟁점부칙은 제1항에서 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 기본세율 특례대상을 기존 다주택에서 비사업용토지로 확대하였다.(다) 2010.12.27. 법률 제10408호(시행 2011.1.1.)로 개정된 쟁점부칙 제1항은 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산에 대하여는 다주택 및 비사업용토지에 대한 중과규정인 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 기본세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용하도록 규정하여, 특례취득기간을 종전 2010.12.31.까지에서 2012.12.31.까지로 확대하였다.(라) 2012.1.1. 법률 제11146호(시행 2012.7.1.)로 개정된 쟁점부칙에서는 제2항을 삭제하였다.(3) 「소득세법」 제95조 제2항 본문 괄호의 장기보유 특별공제가 제외되는 자산에 관한 법률 개정 연혁은 아래와 같다.(가) 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정(시행 2009.1.1.)된 「소득세법」 에서는 “제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다”고 규정하여 다주택, 비사업용 토지 및 미등기양도 자산 등에 대하여는 장기보유 특별공제를 배제하였다.(나) 2012.1.1. 법률 제11146호로 개정(시행 2012.7.1.)된 「소득세법」에서는 장기보유 특별공제와 관련하여 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다”고 규정하여 다주택의 양도에 대하여 장기보유 특별공제가 가능하도록 하였다.(다) 2012.12.15. 법률 제13558호로 개정(시행 2016.1.1.)된 「소득세법」에서는 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다”고 규정하여 비사업용 토지의 양도에 대하여 장기보유 특별공제가 가능하도록 하였다.(라) 2017.12.29.