쟁점임대주택이 재건축으로 인하여 민간임대주택법 개정 전에 임대사업자등록이 말소된 상태에서 쟁점거주주택을 양도한 것에 대하여 「소득세법 시행령」제155조 제20항에 따른 1세대 1주택 비과세가 적용되는지 여부

요지쟁점거주주택을 양도하기 전에 쟁점임대주택에 관한 임대사업자등록 말소가 수리되었으며 민간임대주택법이 일부 개정됨에 따라 아파트인 쟁점임대주택은 재건축된 후에 임대사업자등록을 할 수 없게 되었는데, 타법의 개정으로 인하여 부득이하게 「소득세법 시행령」제155조에 따른 장기임대주택으로서 임대사업자등록 요건을 충족하지 못하게 된 경우라 하더라도 거주주택의 양도에 대하여 특별히 비과세한다는 내용의 경과규정을 두고 있지 않는 한, 쟁점거주주택의 양도에 대하여 비과세를 적용하기는 어려움

주문심판청구를 기각한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 1992.9.7. 매매로 취득한 서울특별시 강동구 OOO(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 임대주택으로 하여 2012.8.10. 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제5조에 따른 임대사업자 등록 및 같은 날 「소득세법」 제168조에 따른 주택임대업 사업자등록 후 주택임대업을 영위하던 중,2016.7.25. 서울특별시 강동구청장의 OOO주택재건축사업 관리처분계획 인가에 따라 쟁점임대주택 등이 재건축에 들어가게 되어 청구인은 2017.2.24. 주택임대업을 휴업하였으며, 임대사업자 등록을 자진말소함에 따라 2017.3.13. 서울특별시 강동구청으로부터 임대사업자 등록 말소가 수리되었다.나. 쟁점임대주택은 OOO로 재건축되어 2019.12.30. 사용승인이 이루어졌으며 2020.2.3. 임대를 재개함에 따라 2020.3.3. 서울특별시 강동구청에 임대사업자 등록을 신청하였으나, 소유권보전등기 미완료 등을 사유로 접수 거절되었고, 2020.7.10. 발표된 국토교통부의 주택시장 안정 보완대책(이하 “7.10. 대책”이라 한다)으로 인해 아파트는 임대사업자 신규 등록이 불가능하게 되었다.다. 청구인은 쟁점임대주택에 대하여 민간임대주택법 제5조에 따른 임대사업자 등록을 하지 못한 상태에서, 2021.1.29. 보유 및 거주하던 서울특별시 강동구 OOO(이하 “쟁점거주주택”이라 한다)를 OOO원에 양도하고, 2021.3.31. 장기임대주택 임대에 따른 거주주택 1세대 1주택 비과세를 적용하여 양도소득세 OOO원을 예정신고하였다.라. 처분청은 재건축된 쟁점임대주택에 관하여 민간임대주택법상 임대사업자등록이 되어 있지 않으므로 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 장기임대주택의 요건에 해당하지 않는다는 이유로 쟁점거주주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 적용을 배제하고 2025.3.5. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.마. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.11. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 2020.10.7. 신설된 「소득세법 시행령」 제155조 제22항 제2호 마목에 따라 재건축으로 인해 새로 취득한 아파트를 임대사업자등록을 신청하지 않은 경우, 같은 조 제20항의 법률효과가 발생한다.(가) 2020.10.7. 신설된 「소득세법 시행령」 제155조 제22항 제2호 마목은 7.10. 대책으로 개정된 민간임대주택법의 개정 내용들을 세법에 반영하기 위하여 신설된 법조문으로 ‘폐지되는 유형의 민간임대주택으로서 해당 등록이 자진말소 또는 자동말소된 경우 등은 세제 감면혜택의 추징대상에서 제외’라는 시행령 개정 이유와 같이 민간임대주택법의 세법 보완성격이라 할 수 있다.＜2020.10.7.

이유 2신설 「소득세법 시행령」 제155조 제22항 제2호 마목＞(나) 위 마목 2)의 내용에는 임대기간요건 산정특례에 해당하면 해당 규정에 따라간다고 규정하고 있고, 마목은 재건축으로 인해 새로 취득한 아파트에 대하여 서울특별시 강동구청에 임대사업자 등록을 신청하지 않은 경우에는 재건축되기 전의 주택이 등록 말소된 날에 해당 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 「소득세법 시행령」 제155조 제20항을 적용한다고 되어 있는데, 이는 제20항의 법률요건을 갖추어야 된다는 뜻이 아니라, 임대기간요건 특례에 해당되면 제20항의 법률효과가 발생된다는 뜻이고,처분청은 계속해서 청구인이 제20항의 요건(거주주택 양도일 현재 장기임대주택 소유)을 충족하지 못하여 쟁점거주주택 양도에 대하여 비과세 적용이 불가능하다고 하나, 임대기간요건 특례에 해당되기에 제20항의 법률효과를 적용시키는 것으로 법을 해석해야 올바르다.(다) 재건축 아파트는 ‘멸실주택-공사-신축주택’이라는 일련의 과정이 연속적으로 이루어지기 때문에 각각의 상황을 독립적으로 인식하면 안 되고 전체를 연속된 하나의 사안으로 인식할 필요성이 있으며,이러한 특수함을 고려하면 쟁점임대주택이 존재하지 않는 상황에서 쟁점거주주택을 양도하였다는 처분청의 설명은 설득력이 떨어지고, 청구인처럼 7.10. 대책으로 인하여 재건축 신축주택의 임대사업자 등록이 불가능한 상황을 고려하여 신설조문을 입법하였다고 해석할 수 있다.(라) 2020.10.7. 「소득세법 시행령」이 개정되기 전에 기획재정부가 2020.8.7. 발표한 보도자료 “민간임대주택에 관한 특별법 개정에 따른 임대주택 세제지원 보완조치”를 보면, “재건축, 재개발로 인한 등록말소 후 폐지되는 유형으로 재등록이 불가능한 경우에도 종합부동산세 등 추징하지 않음.(이하 양도소득세의 경우도 같음)”이라는 문구가 명시되어 있고, 이러한 기획재정부의 취지를 반영한 세법 개정조문이 위 마목이기 때문에 이 개정조문은 재건축의 특수성을 반영한 조문이라고 해석함이 타당하다.(마) 또한 당시 개정된 시행령의 부칙에는 제155조 제22항 제2호 라목과 제23항은 “2020년 8월 18일 이후”라는 문구가 있으나, 유독 제155조 제22항 제2호 마목만 특정한 시기인 2020.8.18. 이후라는 문구가 없는 것으로 보아 마목은 신설할 때부터 재건축의 특수성을 고려하여 7.10. 대책으로 신규 임대사업자 등록이 불가능한 납세자들을 세제 혜택 추징대상에서 제외하기 위한 신설조문이라고 판단되고,＜2020.10.7. 개정 「소득세법 시행령」 부칙＞이처럼 신설조문의 성격을 제대로 분석해본다면, 단순히 쟁점거주주택 양도 시점에 쟁점임대주택이 존재하지 않았다는 처분청의 의견은 신설조문을 제대로 분석하지 못한 것이다.(2) 거주주택 양도 시에 장기임대주택이 존재하지 않아도 거주주택의 양도에 대한 비과세를 인정하는 신설 「소득세법 시행령」 제155조 제23항과 같이, 청구인의 경우에도 같은 조 제20항을 적용해야 한다.(가) 2020.10.7. 신설된 「소득세법 시행령」 제155조 제23항 역시 7.10. 대책으로 인해 개정된 민간임대주택법의 개정 내용들을 세법에 반영하기 위한 것으로,이 시행령 개정 전까지는 처분청의 의견처럼 거주주택 양도일 현재 시점에 장기임대주택이 반드시 존재하는 상황에서만 거주주택 비과세가 가능한 것이었으나, 이 시행령의 개정으로 거주주택 양도 시에 장기임대주택이 존재하지 않아도 거주주택 양도에 대한 비과세가 가능하게 되었다.＜2020.10.7. 신설 「소득세법 시행령」 제155조 제23항＞＜2020.10.7.

이유 3개정 「소득세법 시행령」 부칙＞(나) 위 부칙 내용을 보면 “등록이 말소된 후 거주주택을 양도한 분”이라고 되어 있는데, 2020년 8월 18일 이후부터 말소되는 것에 대해서만 적용한다는 뜻이 아니라, 2020년 8월 18일 이후부터 장기임대주택이 말소된 후에 거주주택을 양도하는 경우에 대하여 적용하겠다고 해석이 된다. 결국 2020년 8월 18일 이후 말소에 초점을 맞추는 것이 아니라, 양도분에 초점을 맞추어 법해석을 해야 한다는 뜻이고,또한 「소득세법 시행령」 제155조 제23항 제1호의 내용은 제23항 제1호의 요건을 갖추면 제20항이라는 법률효과를 적용한다는 뜻이며, 처분청은 제20항이 적용되려면 거주주택 양도 시에 장기임대주택이 있어야 한다는 논리를 펴고 있으나, 제23항 제1호의 요건을 갖추기만 하면 거주주택 비과세의 법률효과가 적용된다고 해석할 수 있다.(3) 쟁점임대주택에 대한 청구인의 임대사업자 등록 신청을 서울특별시 강동구청이 거절한 것은 명백한 무효행위에 해당하므로 청구인은 실질적으로 임대사업자 등록을 한 것으로 간주되어야 한다.(가) 청구인은 2020.3.3. 서울특별시 강동구청을 직접 방문하여 재건축한 쟁점임대주택의 재건축조합원공급계약서와 신축주택임대차계약서를 첨부하여 적법하게 임대사업자등록을 신청하였으나, 서울특별시 강동구청에서는 적법하지 아니한 사유로 접수를 거절하였다.(나) 서울특별시 강동구청은 2020.3.3. 국토교통부의 서울특별시 서초구청 주거개선과-48963(2019.11.21.) 공문에 근거하여 매입임대주택으로 임대사업자등록을 하려면 분양계약서가 필요하나 재건축조합원은 분양계약서가 없으니 등록을 받아줄 수 없으며 소유권을 확보하기 전까지는 등록이 불가능하다는 사유로 청구인의 신청을 접수 거절하였는데,위 공문이 어떠한 법률을 근거로 작성되었는지 의문이며, 매입임대주택의 성격상 분양가액이 명시되어있는 조합원 공급계약서를 분양계약서로 간주함이 타당하다 판단되어 청구인은 적법하게 임대사업자 등록을 신청하였음에도 불구하고, 서울특별시 강동구청은 적법한 근거와 사유 없이 접수를 거절하였다.(다) 조합원 공급계약서는 분양계약서가 아니라 임대사업자 등록을 접수할 수 없다고 거절한 서울특별시 강동구청의 처분은 정상적인 처분행위로 볼 수 없고, 접수 자체를 거절한 것은 불합리한 거부처분이며 명백한 무효행위에 해당하므로 청구인은 비록 재건축된 쟁점임대주택에 관한 임대사업자등록증을 가지고 있지 않지만, 2022.3.3. 임대사업자등록을 한 것으로 간주되어야 한다.(4) 쟁점거주주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 없는 것은 납세자의 법적 안정성을 과도하게 침해하는 것이며, 신의성실원칙에도 위배된다고 할 수 있다.(가) 청구인은 쟁점임대주택이 재건축될 가능성이 있다는 소식에 국세청에 여러 번 거주주택 양도에 대한 1세대 1주택 비과세 적용을 질의하였고,비록 임대의무기간을 못 채우고 임대주택이 멸실 되더라도 신규주택이 준공된 후 다시 임대주택등록을 하면 멸실주택의 임대기간과 신축주택의 임대기간을 서로 통산하여 비과세 적용이 가능하다(서면-부동산-2017-313, 2017.7.19.)는 사실을 알게 되어 최대한 빨리 임대사업자 등록을 하고자 하였다.(나) 이처럼 청구인은 쟁점거주주택 양도 시 비과세라는 법적 예측을 가지고 있었으나, 서울특별시 강동구청으로부터 임대사업자 등록 신청이 거절된 상황에서 느닷없이 7.10.

이유 4대책으로 아파트의 임대사업자 신규등록이 불허되어 쟁점거주주택의 양도에 대한 1세대 1주택 비과세 적용하지 않는 것은 법 개정으로 인하여 한순간에 조세의 예측가능성이 상실되어 납세자의 법적 안정성이 위태로워지는 것이다.(다) 청구인의 의지와는 무관하게 예측할 수 없었던 사유로 인하여 임대사업자 등록이 원천적으로 신청접수가 불가한 상황에 직면하게 되어 쟁점거주주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 규정을 적용받을 수 없도록 하는 것은 납세자의 법적 안정성을 심각하게 침해하는 것이고,청구인은 본인이 해야하는 의무사항은 기한 내에 모두 이행을 하였으나, 불가항력적인 사건이 발생하면서 하루 아침에 거주주택의 1세대 1주택 비과세 적용을 받을 수 없는 상황에 직면하였는데, 단순히 양도 시점에 임대사업자 등록이 되지 않았다는 사유로 비과세 적용이 불가능하여 추징을 하겠다는 것은 「민법」의 신의성실원칙에도 위배된다고 할 수 있다.(5) 재건축된 쟁점임대주택에 임차인이 전입신고하여 실제 거주하고 있었으므로 실질과세의 원칙에 따라 장기임대주택으로 보아 쟁점거주주택의 양도에 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다.(가) 서울특별시 강동구청의 접수 거절이 유효하다고 가정하더라도, 청구인은 임대사업자등록증만 없을 뿐 재건축된 쟁점임대주택에 임차인이 전입신고하여 실제 거주하고 있었으므로 실질과세의 원칙에 따라 이를 장기임대주택으로 보아 쟁점거주주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세가 적용되어야 한다.(나) 재건축된 쟁점임대주택에는 2020.2.4.부터 임차인이 보증금 OOO원 및 월세 OOO원의 조건으로 임대차계약을 체결하여 실제 거주하고 있었고, 청구인은 서울특별시 강동구청에 임대사업자등록을 신청도 하였기에 실질적으로 장기임대주택이 존재하고 있었다.(다) 실질과세 원칙을 적용하는 사례를 보면, 오피스텔의 경우 「건축법」에서는 업무시설로 분류하고 있으나, 실제 주거용으로 이용하면 이를 주택으로 보아 세법을 적용하고 있고, 심지어 근린생활시설로 되어 있는 상가라 하더라도, 실제 주거용으로 이용하면 이를 주택으로 보아 세법을 적용하고 있는데,이처럼 서류가 중요한 것이 아니며 명칭이나 형식과 관계없이 실질에 따라 세법을 적용하는 사례는 무수히 많으므로 청구인의 재건축된 쟁점임대주택의 경우에도 실제 임대주택이었는지를 판단하여 세법을 적용해야 한다.나. 처분청 의견(1) 쟁점거주주택 양도 시에 쟁점임대주택은 임대사업자 등록 요건을 갖추지 않아 거주주택 양도에 대한 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 없다.(가) 청구인은 쟁점임대주택에 대하여 2012.8.10. 임대사업자 등록을 하였으나, 재건축으로 인하여 2017.3.10. 말소되었고, 재건축이 완료되어 2020.6.30. 소유권보존 등기하였으나, 서울특별시 강동구청에 임대사업자 등록이 되지 않은 상태에서 2021.1.29.

이유 5쟁점거주주택을 양도하였는데, 쟁점거주주택 양도 당시에는 쟁점임대주택은 임대사업자 등록이 되지 않은 사실이 임대사업자등록증으로 확인된다.(나) 「소득세법 시행령」 제155조 제20항은 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 요건을 충족하고 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용하도록 규정하고 있는데,같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택이라 함은 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 민간임대주택법 제5조에 따른 임대사업자 등록을 하고 5년 이상 임대한 주택이라고 규정되어 있고, 「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호에도 장기임대주택에 대해 “양도일 현재 장기임대주택을 민간임대주택법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며”라고 명확하게 규정하고 있다.(다) 따라서 쟁점거주주택 양도 시에 쟁점임대주택이 임대주택등록요건을 갖추지 않아 거주주택 특례규정을 적용할 수 없다고 보아 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 부과처분은 잘못이 없다.(2) 쟁점거주주택 양도에 대하여 제20항이 아닌, 별도 조항인 같은 조 제22항 제2호 마목을 적용할 수 없다.(가) 「소득세법 시행령」 제155조 제21항은 장기임대주택의 의무임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에는 예외적으로 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용하도록 규정하고 있는데,같은 조 제22항은 위와 같이 제21항에 따라 의무임대기간요건을 충족하지 못하여도 제20항을 적용하여 우선 비과세를 적용한 후, 추후 의무임대기간 등의 요건을 충족하지 못한 경우에 적용하는 별도의 조항이다.(나) 제20항에서 임대주택이 재건축된 경우 제22항 제2호 마목의 규정을 준용하도록 규정하지 않았으므로 제22항 제2호 마목을 적용할 수 없다.(3) 비과세 요건을 확장해석할 아무런 이유나 근거가 없고, 세제상의 혜택을 부여하는 의미를 갖는 특례조항이므로 그 해석은 엄격하게 이루어져야 한다.(가) 청구인은 제20항 제2호가 정한 장기임대주택의 요건을 완화 해석해서 비과세 요건을 확장해야 한다는 취지이나,(나) 명백히 비과세 특례의 요건을 정하고 있는 위 법률규정을 그 주장과 같이 확장하여 해석할 아무런 이유나 근거가 없고, 세제상의 혜택을 부여하는 의미를 갖는 특례조항이므로 그 해석은 엄격하게 이루어져야 한다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점임대주택이 재건축으로 인하여 민간임대주택법 개정 전에 임대사업자등록이 말소된 상태에서 쟁점거주주택을 양도한 것에 대하여 「소득세법 시행령」 제155조 제20항에 따른 1세대 1주택 비과세가 적용되는지 여부나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구인의 쟁점거주주택 및 쟁점임대주택의 소유 및 변동내역은 아래와 같다.＜쟁점거주주택 및 쟁점임대주택 소유내역＞(나) 청구인은 1992.9.7. 매매로 취득한 쟁점임대주택을 매입임대주택으로 하여 아래와 같이 2012.8.10.

이유 6민간임대주택법 제5조에 따른 임대사업자등록[5년임대주택(민간)(매입)] 및 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록 후 주택임대업을 영위한 것으로 나타난다.＜쟁점임대주택 임대사업자등록증(등록일 2012.8.10.)＞＜쟁점임대주택 임대사업자등록 및 사업자등록 내역＞(다) 청구인이 제출한 쟁점임대주택에 관한 임대차계약서에 의하면, 재건축이 되기 전 청구인은 아래와 같이 2013.3.20.부터 2017.1.7.까지 3명의 임차인에게 쟁점임대주택을 임대한 것으로 나타난다.＜쟁점임대주택OOO임대차내역＞(단위 : 원)(라) 쟁점임대주택은 2016.7.25. 서울특별시 강동구청장으로부터 관리처분계획 인가가 이루어져 재건축에 들어가게 되었고, 청구인은 쟁점임대주택에 관한 임대사업자등록 말소를 신청함에 따라 2017.3.13. 서울특별시 강동구청은 아래와 같이 임대사업자등록 말소를 수리(주택재건축과-9190, 2017.3.13.)한 것으로 확인된다.＜아래 그림 삽입을 위한 여백＞＜쟁점임대주택 임대사업자등록 말소 수리＞(마) 쟁점임대주택은 OOO로 재건축되어 2019.12.30. 사용승인이 이루어졌으며 청구인은 재건축된 쟁점임대주택을 임대물건으로 하여 보증금 OOO원 및 월세 OOO원, 계약기간은 2020.2.3.～2022.2.3.(24개월)의 조건으로 임대차계약을 체결한 것으로 나타난다.(바) 청구인은 2020.3.3. 서울특별시 강동구청에 재건축된 쟁점임대주택에 관한 임대사업자등록을 신청하였으나, 서울특별시 강동구청은 아래 국토교통부의 공문[민간임대정책과-3375(2019.11.22.)]에 근거하여 조합원의 공급계약서로는 임대사업자등록이 불가하다는 사유로 접수를 거절함에 따라 등록을 못하였다고 주장한다.＜아래 사진 삽입을 위한 여백＞＜국토교통부 공문[민간임대정책과-3375(2019.11.22.)]＞(사) 2020.7.10. 발표된 국토교통부의 주택시장 안정 보완대책인 7.10. 대책으로 인하여 기존과 달리 아파트는 임대사업자 신규 등록이 불가능하게 되어 청구인은 재건축된 쟁점임대주택에 관하여 임대사업자등록을 할 수 없게 된 것으로 나타난다.＜2020.7.10. 국토교통부 보도참고자료＞ “주택시장 보완대책-국토교통부 소관 사항-”＜2020.8.7. 기획재정부 보도자료＞ “「민간임대주택에 관한 특별법」 개정에 따른 임대주택 세제지원 보완조치”(아) 2020.7.10. 국토교통부 보도참고자료와 2020.8.7. 기획재정부 보도자료에 따르면 7.10. 대책으로 민간임대주택법이 개정되어 단기민간임대주택(4년) 및 아파트 장기일반매입임대주택(8년) 유형이 폐지되었으며, 기등록주택은 자진ㆍ자동등록말소 시점까지의 세제혜택에 대해 유지되는 것으로 발표한 사실이 확인된다.＜2020.7.10. 보도참고자료＞ 주택시장 보완대책 국토교통부 소관 사항＜2020.8.7. 기획재정부 보도자료＞ “「민간임대주택에 관한 특별법」 개정에 따른 임대주택 세제지원 보완조치”(자) 청구인은 아래와 같이 3년 이상 임대하던 장기임대주택이 재건축으로 인하여 임대사업자등록이 말소된 상태에서 거주주택을 매매하는 경우의 양도소득세 비과세 여부를 상담내용으로 하여 국세청에 각각 3회 문의를 하였으며 2018.1.19., 2018.1.23., 2019.5.28. 각 문의에 대한 답변을 받은 것으로 나타난다.＜청구인의 국세상담내역(답변일자 2018.5.28.)＞(차) 서울특별시 강동구청이 재건축된 쟁점임대주택에 관한 임대사업자등록 신청의 접수를 거절한 것에 대하여 2024.12.11. 청구인이 제기한 민원 내용과 2024.12.19.