쟁점부분이 양도 당시 주택에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부
쟁점부분이 양도 당시 원룸형 주택이었다는 처분청의 의견과는 달리 「주택법 시행령」 제10조 제1항 제1호 나목에 따르면 원룸형 주택은 세대별로 독립된 주거가 가능하도록 부엌을 설치할 것을 요건으로 하고 있으나, 쟁점부분은 싱크대가 철거된 상태로 양도된 것으로 보이는 점, 「소득세법」 제88조 제7호는 주택을 ‘허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물’로 규정하면서 ‘이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다’고 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점부분은 양도 당시 주택이 아닌 근린생활시설이었던 것으로 판단되지만, 장기보유 특별공제 적용을 위한 보유기간을 산정함에 있어 청구인이 쟁점부분을 주택으로 보유한 기간을 통산할 수는 없다고 할 것이므로, 쟁점부분이 주택으로 무단 용도변경된 날을 처분청이 재조사한 후, 그날부터 쟁점부분이 주택으로 원상회복되기 전날까지의 기간을 장기보유 특별공제 적용을 위한 보유기간에서 제외하여, 그 결과에 따라 이 건 양도소득세 부과처분의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함
요지쟁점부분이 양도 당시 원룸형 주택이었다는 처분청의 의견과는 달리 「주택법 시행령」 제10조 제1항 제1호 나목에 따르면 원룸형 주택은 세대별로 독립된 주거가 가능하도록 부엌을 설치할 것을 요건으로 하고 있으나, 쟁점부분은 싱크대가 철거된 상태로 양도된 것으로 보이는 점, 「소득세법」 제88조 제7호는 주택을 ‘허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물’로 규정하면서 ‘이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다’고 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점부분은 양도 당시 주택이 아닌 근린생활시설이었던 것으로 판단되지만, 장기보유 특별공제 적용을 위한 보유기간을 산정함에 있어 청구인이 쟁점부분을 주택으로 보유한 기간을 통산할 수는 없다고 할 것이므로, 쟁점부분이 주택으로 무단 용도변경된 날을 처분청이 재조사한 후, 그날부터 쟁점부분이 주택으로 원상회복되기 전날까지의 기간을 장기보유 특별공제 적용을 위한 보유기간에서 제외하여, 그 결과에 따라 이 건 양도소득세 부과처분의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함
주문강남세무서장이 2024.12.9. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO 건물 3~5층 연면적 합계 463.56㎡를 2020.9.14. 양도 당시 주택이 아닌 근린생활시설인 것으로 보아 해당 부분에 대한 「소득세법」 제104조 제7항의 중과세율 적용을 배제하고, 해당 부분이 주택으로 무단 용도변경된 날을 재조사한 후, 그날부터 2020.1.27.까지의 기간을 장기보유 특별공제 적용을 위한 보유기간에서 제외하여 과세표준 및 세액을 경정한다.
이유1. 처분개요가. 청구인은 2009.9.30. 서울특별시 OOO 대지 322.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물 1,103.07㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 취득하였다가 2020.9.14. OOO원에 양도한 후 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.나. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점건물 3~5층 연면적 합계 463.56㎡(이하 “쟁점부분”이라 한다)이 양도 당시 주택으로서 쟁점건물의 3~6층이 다세대주택에 해당하는 것으로 보아 쟁점부동산의 양도에, 1세대 3주택 이상 주택 양도에 대해 적용되는 중과세율 등을 적용하여 2024.12.9. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.<표1> 쟁점건물의 등기부상 내역(2012.6.25. 등기)○○○다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.4. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시 쟁점부분을 모두 고시원으로 사용하였으나, 고시원 영업이 어려워져 2012~2013년 대수선 공사 후 쟁점부분을 사실상 원룸으로 임대하였고, 쟁점부분에 대한 부가가치세도 면세로 신고하였다.서울특별시 동작구청장은 쟁점부분이 주택으로 용도변경되어 사용 중이라는 이유로 이행강제금(OOO원)을 부과하였고, 청구인은 이것이 부담스러워 2019년 12월부터 2020년 2월까지 쟁점부분의 시설공사를 하여 문제된 취사시설을 철거함과 동시에 무단 증축된 부분에 대하여 원상복구 공사를 진행하였다. 그러한 결과, 청구인은 2020.1.28. 서울특별시 동작구청장으로부터 근린생활시설을 주택으로 무단 용도변경한 것에 대해 시정완료가 되었다는 통보를 받았고, 그로 인해 청구인은 그 시점부터 쟁점부분이 주택이 아니라 근린생활시설로 원상복구되었다고 간주하였다.청구인이 쟁점부동산 양도 시 작성.날인한 부동산매매계약서상 임대내역서에도 쟁점부분이 모두 고시원으로 표시되어 있다. 즉, 청구인은 쟁점부동산 매수 시의 용도와 동일한 용도로 쟁점부분을 명도하였음을 알 수 있다.쟁점부동산의 매수인은 쟁점부분 중 4층과 5층의 용도를 근린생활시설에서 다중주택으로 변경하였고, 쟁점건물 6층의 용도도 단독주택에서 다중주택으로 변경하였다. 하지만 매수인은 쟁점부분 중 3층은 「건축법」상 용도를 변경하지 않고 근린생활시설로 계속 유지하고 있는바, 청구인은 매수인이 어떻게 용도를 변경했는지는 알지 못한다.
이유 2그러나 처분청의 조사 시점인 2024년 11월경 이미 다중주택으로 용도가 변경된 쟁점부분을 현장조사하여 쟁점부분이 청구인의 양도시점(2020년 9월) 당시 주택이라고 본 것은 부당하다.(2) 처분청은 청구인이 고시원을 원룸으로 용도변경하였다는 의견이나, 대수선 공사는 쟁점부분의 고시원 및 6층 주택을 중심으로 옥상, 엘리베이터, 주차장 등 건물 대부분에서 시설개선 공사를 시행한 것이고, 청구인이 쟁점부분의 고시원을 원룸으로 용도변경한 사실은 없으며, 다만 원룸 형태로 운영을 하였을 뿐이다(청구인은 고시원을 원룸으로 불법 개조하지 않았고, 전 건물의 소유주가 운영하던 대로 운영하였다).처분청은 ‘매수인이 쟁점부분의 용도를 다중주택으로 변경하기 위하여 별도 공사를 실시하지 않았다고 확인하였고, 쟁점건물 4~6층의 용도변경 설계용역비 세금계산서를 발행한 건축사 사무소의 대표자가 도면을 그려 구청에 제출했을 뿐 별도의 용도변경을 위한 공사는 없었다고 구두 진술하였다’는 의견이나, 청구인이 주변을 탐문한 결과, 매수인이 매입 세금계산서를 받지 않고 저렴하게 취사시설 설치공사를 한 후 주택으로 용도변경을 한 것으로 확인되었으며, 건축사는 실제 공사내역을 알 수 있는 상황이 아니다.처분청이 열거하고 있는 독립된 화장실 겸 욕실 등은 대부분의 고시원이 갖추고 있는 시설이므로 이를 고시원과 주택의 구분 기준으로 삼는 것은 적절하지 않다. 그리고 처분청은 ‘청구인이 1년의 임대계약을 약정하여 보증금(최대 OOO원)과 월세를 받았다’는 의견이나, 청구인이 보증금 OOO원을 받은 사례는 단 한 번뿐이고, 청구인은 대부분 OOO원에서 OOO원의 보증금과 OOO원의 월세를 받았으며, 청구인이 많은 보증금으로 계약한 경우는 시설개선공사에 필요한 자금을 마련하기 위한 것이었다.처분청은 ‘면세매출 기간의 임차인들이 과세매출 기간에도 같은 조건으로 거주하고 있었다’는 의견이나, 2019년 말부터 쟁점부분에 머물고 있던 계약자들 중 일부는 계약 만료 이전에 퇴실을 거부하였고, 그에 따라 청구인은 쟁점부분 공사를 호실별로 순차적으로 진행하였으며, 계약자들은 공사가 완료될 때까지 다른 방을 사용하였다.청구인은 고시원을 운영하면서 매년 안전진단을 받아 적합 판정을 받아왔고, 안전시설 등 완비 증명서는 필요 시 갱신하는 것으로, 매년 갱신할 필요가 없는 것으로 알고 있었으며, 쟁점부동산 양수 이전부터 전 소유자가 사용해 오던 고시원을 쟁점부동산 양수 후 그대로 인수받아 명의만 변경하여 사용해 왔는데 쟁점부분의 고시원을 주택으로 보는 것은 무리가 있다. 설령 청구인이 중간에 고시원을 사실상 원룸으로 임대하였다고 하더라도 양도 전에 고시원으로 원상회복한 후 양도하였으므로 쟁점부동산 양도 시 쟁점부분을 주택으로 보는 것은 적절하지 않다.처분청은 ‘쟁점부동산 양도소득세 신고서에 첨부된 임대내역서를 보면 쟁점부분을 원룸으로 임대하는 것으로 기재되어 있다’는 의견이나, 당초 양도소득세 신고서에 별첨으로 제출된 매매계약서(임대내역서 포함)는 세무대리인 직원의 실수로 제출된 당사자의 날인이 없는 ‘매매계약서 초안’으로, 이 계약서는 당사자의 날인이 없어 법적 효력이 없는 서류이다. 그 후 청구인은 법적 효력이 없는 서류가 제출되어 있음을 알고 당사자가 날인한 매매계약서를 제출하였으며, 해당 매매계약서의 부속서류에는 쟁점부분이 고시원으로 기재되어 있음을 알 수 있다. 따라서 처분청의 의견은 법적 효력이 없는 서류에 근거한 것으로 타당한 의견이 아님을 알 수 있다.(3) 쟁점부분을 근린생활시설로 보아 장기보유 특별공제액을 OOO원으로 계산하여 이 건 과세처분 중 OOO원을 취소하여야 한다.나.
이유 3처분청 의견(1) 매수인 A 외 2인은 쟁점부동산 취득 1년 후 근린생활시설이었던 쟁점부분 중 4∼5층의 용도를 다중주택으로 변경하였다. 매수인 A은 쟁점부동산 취득 후 상가부분을 다중주택으로 용도변경을 하기 위하여 별도 공사를 실시하지 않았다고 확인하였고, 처분청은 쟁점부동산의 매입 세금계산서 내역을 검토하였는바, 공사 관련 매입 세금계산서 수취내역 등이 확인되지 않는다. 또한, 2021.9.30. 쟁점부분 4, 5층 및 쟁점건물 6층의 용도변경 설계용역비 관련 세금계산서를 발행한 건축사사무소의 대표자 B도 ‘도면을 그려 구청에 제출했을 뿐 별도의 용도변경을 위한 공사는 없었다’고 구두 진술하였다.(2) 쟁점부분은 청구인 양도하기 전 독립된 화장실 겸 욕실, 독립된 주거공간에 냉장고, 세탁기, 전자레인지 등 생활가전이 갖추어져 있었고, 각 호수별로 초인종이 설치되고 전기와 도시가스 계량기가 구분되어 호수별로 요금이 청구되었다. 쟁점부동산은 대학생들의 원룸 수요가 많은 C 근처에 위치하고 있는바, 청구인은 1년의 임대계약을 약정하여 보증금(최대 OOO원)과 월세를 받고, 입주자들은 주민등록상 전입신고 후 대부분 1년 이상 거주하고 있음이 입주자들의 주민등록초본 및 청구인이 제출한 부동산임대공급가액 명세서에 의해 확인된다.청구인이 쟁점부분의 임대매출을 면세매출로 신고했던 기간에 거주했던 임차인들은, 청구인이 임대매출을 과세매출로 신고한 2020년 7월부터 양도일(2020년 9월)까지의 기간에도 같은 조건으로 거주하고 있었고, 고시원의 경우, 안전시설 등의 완비 증명서가 요구되어 사업자가 매년 안전진단을 의뢰하여 적합 판정을 받아야 함에도, 청구인은 2010.1.22. 재교부 이후 안전시설 등의 증명서를 갱신한 이력이 없고, 사업자등록상 청구인이 고시원 업종을 추가 정정한 이력도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 쟁점부분이 양도 당시 고시원이라는 청구인의 주장은 신빙성이 없다.청구인이 신고한 쟁점부동산 양도소득세 신고서에 첨부된 임대내역서를 보면, 쟁점부분 및 쟁점건물의 6층은 원룸으로 임대하는 것으로 기재되어 있다(청구인은 추후 조사 시 쟁점부분이 고시원으로 변경된 매매목적물 목록을 제출하였다).청구인은 쟁점부동산 취득 후 2012년 하반기부터 2013년 상반기까지 OOO원의 대수선 공사비를 지출하여 고시원을 원룸 주택으로 용도변경을 하였는바, 청구인이 쟁점부동산 양도 직전 단지 싱크대만을 철거한 것임에도 불구하고 쟁점부분이 대수선 공사 전의 고시원으로 원상복구되었다는 청구인의 주장은 설득력이 없으며, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조 기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거에 적합한 상태에 있고, 주거 기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우 이를 주택으로 보아야 한다는 대법원 판례(대법원 2005.4.28. 선고 2004두14960 판결 참조)에 비추어 보아 쟁점부분은 원룸형 주택으로 봄이 타당하다.(3) 청구인의 주장대로 청구인이 서울특별시 동작구청장으로부터 무단 용도변경에 대해 “시정완료” 통보를 받은 날부터 쟁점부분이 근린생활시설로 원상복구되었다고 보더라도, 다주택 중과 대상 주택을 상가로 용도변경을 한 경우 장기보유 특별공제의 적용 기간은 용도변경 시부터 양도일까지의 기간으로, 쟁점부분의 원상복구일인 2020.1.28.부터 양도일 2020.9.14.까지의 기간이 7개월이므로 청구인이 쟁점부분 양도차익 OOO원에 대하여 10년 보유로 신고한 장기보유 특별공제액 OOO원은 부인되어야 한다.3. 심리 및 판단가.
이유 4쟁점쟁점부분이 양도 당시 주택에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 등 : <별지> 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.(가) 청구인이 쟁점부동산 양도 당시 쟁점부동산 외에 서울특별시 강남구 OOO아파트를 보유하고 있었던 사실에 대해서는 당사자 간 다툼이 없다.(나) 청구인은 2009.7.31. 쟁점부동산을 취득하는 내용의 매매계약을 체결하였는바, 해당 계약서에 첨부된 ‘매매목적물 목록’, ‘임대차현황’상 쟁점부분이 고시원으로 기재되어 있고, 청구인은 같은 날 쟁점부동산 내 고시원 집기 및 비품류를 인수하는 계약을 체결한 것으로 나타난다.(다) 청구인은 2010.1.22. D으로부터 쟁점부분에 대한 안전시설 등 완비증명서를 재교부(단순명의 변경)받은 것으로 나타나고(업소명 : E), 해당 완비증명서에는 간이스프링클러설비 등 소방시설 등이 설치되어 있는 것으로 기재되어 있다.(라) 서울특별시 동작구청장은 2019.8.9. ‘근린생활시설을 주택으로 무단 용도변경하였다’는 이유로 청구인에게 이행강제금 OOO원의 부과를 예고하였고(문서번호OOO호), 2019.10.15. 청구인에게 이행강제금 체납에 따른 납부촉구 및 압류예고를 하였는바, 위반내용은 “무단 용도변경(위반면적 : 463.56㎡)”, 체납액은 OOO원으로 나타난다(문서번호OOO호).이와 관련하여, 건축물대장상 쟁점건물은 OOO호에 따라 위반건축물로 표기된 것으로 나타나고, 그 원인은 ‘근린생활시설을 주택으로 무단 용도변경’인 것으로 나타난다.(마) 서울특별시 동작구청장은 2020.1.28. 청구인에 대한 ‘위반건축물 시정완료 처리알림’ 공문(문서번호OOO호)을 시행하였는바, 해당 공문에는 ‘아래 건축물의 「주차장법」 위반사항에 대하여 시정완료 처리하였음을 알려드린다’고 기재되어 있다. 이와 관련하여, 건축물대장상 쟁점건물은 2020.1.28. OOO호에 따라 위반건축물 표기가 해제(OOO호 관련)된 것으로 나타난다.○○○(바) 처분청이 제출한 청구인의 시정완료보고서(2020.1.20.)에는 위반사항이 ‘싱크대 설치’로 기재되어 있고, 싱크대가 설치되어 있는 사진 및 철거된 사진이 첨부되어 있다.(사) 쟁점건물의 전축물대장에 따르면 2021.9.29. 쟁점부분 중 4층은 제2종 근린생활시설(사무소)에서 다중주택(6호)으로, 5층은 제2종 근린생활시설(한의원)에서 다중주택(6호)으로, 쟁점건물 중 6층은 단독주택에서 다중주택(1호)으로 각각 용도변경된 것으로 나타난다.(아) 아래 <표2>와 같이 청구인은 쟁점건물과 관련하여 2020년 제2기 부가가치세 과세기간부터 면세수입금액이 없는 것으로 부가가치세 신고를 하였다.<표2> 청구인의 쟁점건물 관련 부가가치세 신고 내역○○○(자) 이 건 양도소득세 조사종결 보고서(2024년 11월)상 쟁점부분의 2020년 제2기 부동산임대 공급가액 명세서 및 임차인의 주민등록 내역은 아래 <표3>과 같다.<표3> 쟁점부분의 2020년 제2기 부동산임대 공급가액 명세서 및 임차인 주민등록 내역○○○(차) 처분청 조사공무원이 쟁점부동산의 매수인(A)에게 문의한바, 매수인은 ‘쟁점건물 취득 후 상가를 다중주택으로 용도변경하기 위하여 별도 공사를 하지 않았다’고 답변한 것으로 나타나고, 처분청 조사공무원이 쟁점건물의 매입세금계산서를 검토한바, 공사 관련 매입세금계산서 수취내역은 없는 것으로 조사되었다.
이유 5한편, 처분청 조사공무원이 쟁점부분의 용도변경 설계용역 관련 세금계산서를 발행(2021.9.30.)한 건축사사무소에 문의한바, 건축사사무소에서는 ‘도면을 그려 구청에 제출했을 뿐 별도의 용도변경을 위한 공사는 없었다’고 진술한 것으로 나타난다.(카) 아래와 같이 처분청이 제출한 쟁점부동산 매매(양도)계약서(양도소득세 신고 시 첨부)상 임대내역서에는 쟁점부분이 원룸으로 기재된 것으로 나타나고, 청구인이 제출한 쟁점부동산 매매(양도)계약서상 임대내역서에는 쟁점부분이 고시원으로 기재(청구인 등의 신분증 첨부)된 것으로 나타난다.<사진1> 처분청 제출 쟁점부동산 매매(양도)계약서 및 임대내역서○○○<사진2> 청구인 제출 쟁점부동산 매매(양도)계약서 및 임대내역서○○○(타) 청구인은 이 건 심판청구 시 장기보유 특별공제액(OOO원)을 계산함에 있어 쟁점부동산의 취득일(2009.9.30.)부터 양도일(2020.9.14.)까지의 기간을 보유기간으로 보았다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부분이 양도 당시 주택이었다는 의견이나, 서울특별시 동작구청장은 2020.1.28. ‘청구인이 쟁점부분을 근린생활시설에서 주택으로 무단 용도변경한 것이 시정되었다’는 취지로 공문을 시행하였고, 그에 따라 쟁점건물의 위반건축물 표기가 해제된 것으로 보이며, 쟁점부분이 양도 당시 주택이었던 사실을 입증할 만한 다른 직접적인 증빙이 확인되지 않는 점, 「다중이용업소의 안전관리에 관한 특별법」 제9조 제1항 후단 및 같은 법 시행령 별표 1의2에 따르면 고시원의 영업장에는 간이스프링클러설비가 설치되어야 할 것인바, 안전시설 등 완비증명서상 쟁점부분은 2010.1.22. 간이스프링클러설비가 설치되어 있었던 것으로 나타나고, 청구인이 쟁점부분을 주택으로 용도변경하는 공사를 하면서 간이스프링클러설비를 철거하였다는 사실 등은 확인되지 않는 점, 건축물대장상 쟁점부분 중 3층은 청구인의 양도 후 주택으로 용도변경되지 않은 점, 쟁점부분이 양도 당시 원룸형 주택이었다는 처분청의 의견과는 달리 「주택법 시행령」 제10조 제1항 제1호 나목에 따르면 원룸형 주택은 세대별로 독립된 주거가 가능하도록 부엌을 설치할 것을 요건으로 하고 있으나, 쟁점부분은 싱크대가 철거된 상태로 양도된 것으로 보이는 점, 「소득세법」 제88조 제7호는 주택을 ‘허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물’로 규정하면서 ‘이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다’고 규정하고 있는 점 등에 비추어 쟁점부분은 양도 당시 주택이 아닌 근린생활시설이었던 것으로 판단된다.다만, 장기보유 특별공제를 적용함에 있어 청구인은 쟁점부동산의 취득일(2009.9.30.)부터 양도일(2020.9.14.)까지의 기간을 보유기간으로 보았으나, 장기보유 특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 「소득세법」 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간은 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것이고(대법원 2014.9.4. 선고 2012두28025 판결, 같은 뜻임), 쟁점부분은 2020.1.27.까지는 주택에 해당하였다가 2020.1.28. 이후 근린생활시설에 해당하게 되었는바, 쟁점부분이 주택이었던 기간에는 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상 주택에 해당하여 장기보유 특별공제 규정이 적용되지 않았던 반면, 근린생활시설이었던 기간에는 장기보유 특별공제가 적용되므로, 장기보유 특별공제에 있어서 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에 해당한다.
이유 6따라서 장기보유 특별공제 적용을 위한 보유기간을 산정함에 있어 청구인이 쟁점부분을 주택으로 보유한 기간을 통산할 수는 없다고 할 것이므로, 쟁점부분이 주택으로 무단 용도변경된 날을 처분청이 재조사한 후, 그날부터 쟁점부분이 근린생활시설로 원상회복되기 전날인 2020.1.27.까지의 기간을 장기보유 특별공제 적용을 위한 보유기간에서 제외하여, 그 결과에 따라 이 건 양도소득세 부과처분의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당할 것이다(처분청은 쟁점부분이 근린생활시설로 원상복구되었다고 하더라도, 쟁점부분의 보유기간을 원상복구일인 2020.1.28.부터 양도일인 2020.9.14.까지의 기간으로 보아야 한다는 의견이나, 「소득세법」 제95조 제4항은 장기보유 특별공제를 적용하기 위한 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있는 점, 청구인은 취득일부터 주택으로 무단 용도변경한 날의 전날까지 쟁점부분을 고시원으로 사용하였던 것으로 보이고, 해당 기간 쟁점부분의 용도는 양도 당시의 그것과 동일하므로 해당 기간을 통산함이 합리적으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점부분은 장기보유 특별공제액을 계산함에 있어 취득일부터 보유기간을 기산함이 타당한 것으로 판단된다).4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.<별지> 관련 법령 등(1) 소득세법(2020.12.29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것)제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득제95조(양도소득금액) ② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (<표1> 및 <표2> 생략)④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략)제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다.