쟁점임대주택이 소득세법 시행령 제155조 제20항 제2호의 사업자등록 요건을 충족하지 못하였다고 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부

요지「민간임대주택에 대한 특별법」에 따른 임대사업자등록과는 달리 「소득세법」제168조 및 제87조 등에서 공동 소유 주택에 관한 사업자등록에 대하여 공유지분비율대로 등록하도록 제한하고 있지는 아니한바, 청구인이 처분청에 한 사업자등록이 비록 공동소유자인 배우자의 단독 명의로 사업자등록이 되어 있다 하여 그 사업자등록이 「소득세법」제168조를 위배한 것이라고 단정하기 어려운 점, 청구인은 쟁점임대주택에 관하여 당초 2020.1.20. 처분청에 공동사업자로 등록하여 사업자등록증을 교부받았다가 2020.4.3. 처분청에 합의서를 제출한 후 단독 대표자로 변경된 사업자등록증을 교부받은바, 처분청도 사업자등록증상 대표자의 등록이 소유지분의 현황과 동일하지 않아도 된다고 평가한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점임대주택에 대한 사업자등록이 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨

주문시흥세무서장이 2024.2.13. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

이유1. 처분개요가. 청구인은 아래 ＜표1＞과 같이 주택을 소유하다가 2021.10.8. 경기도 시흥시 OOO, OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 OOO에 양도(취득가액은 OOO원임)한 후 2021.10.13. 2021년 귀속 양도소득세를 비과세로 예정신고하였다.나. 쟁점임대주택에 대하여 청구인과 그 배우자(A)는 2020.1.20. 공동사업자(주거용 건물 임대업)로 시흥세무서장에게 사업자등록하였다가 2020.4.3. 그 대표자를 청구인의 배우자 단독으로 변경하였다(청구인과 배우자는 2020.5.13. 지방자치단체에 공동명의로 임대사업자등록을 하였다).＜표1＞ 청구인의 주택 소유 현황ㅇㅇㅇ다. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용을 검토한 결과, 쟁점임대주택은 청구인과 그 배우자가 각각 50%의 지분을 소유하고 있음에도 불구하고 그에 대한 사업자등록증에는 청구인의 배우자가 단독 대표자로 되어 있어 쟁점임대주택은 「소득세법 시행령」제155조 제20항의 요건인 ‘「소득세법」제168조에 따른 사업자등록이 되어 있을 것’을 충족하지 못한다고 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 비과세의 적용을 배제하여 2024.2.13. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2024.5.9. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 단독 대표자로의 사업자등록 변경은 처분청의 확인을 거친 적법한 것이고, 「소득세법」상 사업자등록은 당사자 사이에 약정한 손익분배비율에 따르는 것일 뿐, 법령에서 공동사업자등록을 강제하고 있지 아니하므로, 청구인과 배우자 사이에 체결한 합의서에 따라 쟁점임대주택의 사업자등록을 단독 대표자로 한 것은 적법하다 할 것인바, 이 건 처분은 위법하다.(가) 쟁점임대주택에 대하여 공동사업자에서 단독 대표자 명의의 사업자로 변경한 것은 처분청의 확인절차를 거친 것으로, 청구인 배우자가 단독 대표자로 된 사업자등록도 적법하다.청구인은 2020.1.20. 처분청에 쟁점임대주택에 대하여 공동사업자로 사업자등록을 하였다가 2020.4.3. 청구인의 배우자 단독사업자로 변경하였는데, 그 당시 청구인은 처분청에 단독 대표자로 하는 사업자등록의 변경이 가능한지 문의하였고, 처분청은 모든 소득을 성실하게 신고ㆍ납부하겠다는 청구인 부부 간에 작성한 합의서를 제출하게 한 후 사업자등록증을 정정ㆍ발급해 주었다.

이유 2따라서 쟁점임대주택에 대한 사업자등록은 적법하게 변경된 것이고, 사업자등록번호도 그대로 유지된 것이므로, 청구인은 「소득세법」제168조에 따라 적법한 사업자등록을 하였다.(나) 청구인의 배우자는 사업자등록의 단독 대표자로 등록된 후에도 당초의 약정내용대로 계속하여 쟁점임대주택을 임대하고 있고, 그 임대수입 총액에 대하여 종합소득세를 신고ㆍ납부하고 있는바, 임대사업자로서의 의무를 충실하게 이행하고 있다.또한 청구인은 주택임대사업자 수입금액 검토표를 첨부하여 사업장 현황신고서를 매년 제출하면서 쟁점임대주택의 현황 및 임대차계약 내용을 1채 전체의 내역을 기재하였으므로, 단독 대표자로 된 사업자등록이라 하더라도 쟁점임대주택 전체의 현황이 적정하게 과세관청에 신고되었다.(다) 1세대 1주택의 비과세는 ‘1세대’를 기준으로 하는 것이고, 그 세대의 구성원이 공동소유자로서 적정하게 사업자등록을 하고, 공동소유자 사이에 임대소득의 귀속자를 어느 일방으로 하기로 정하였다면, 해당 1세대가 적법하게 사업자등록을 한 것으로 보는 것이 타당하다.(라) 「소득세법」제87조에서 공동사업자가 사업자등록을 할 때에는 약정한 손익분배비율 등을 관할 세무서장에게 신고하도록 규정하고, 같은 법 제81조의4에서 위 규정을 위반하면 가산세를 부과하도록 규정하고 있는데, 청구인은 배우자에게 임대수입 전액을 귀속시키도록 배우자와 합의하고 그 합의서를 처분청에 제출함으로써 위 규정에 따른 의무를 이행하였다.(마) 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자 등록은 각 법률의 취지와 내용이 달라 서로 다르게 등록되었다 하더라도 그 등록사항이 위법한 것이라고 볼 수 없다.「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」제4조 제1항 후문에서 공동 소유 주택에 대하여 공동 명의로 등록해야 한다고 규정하고 있는 반면, 「소득세법」에서 공동사업장에 대한 특례 규정을 두고 있을 뿐, 공동 소유 주택에 대하여 공동 명의로의 등록을 강제하는 규정은 별도로 없다.따라서 청구인은 「소득세법」상 사업자등록은 공동소유자 사이에 약정한 손익분배비율에 따라 단독 대표자로 변경하였고, 「민간임대주택에 관한 특별법」상 임대사업자 등록은 법령의 규정에 따라 공동명의로 등록하였는데, 이는 위 법령에 위배되지 않는 적법한 것이다.(2) 쟁점임대주택 대하여 그 공동소유자인 청구인 부부 중 1명의 명의로 사업자등록이 되어 있으므로, 쟁점주택의 양도에 따른 소득 중 50% 상당에 대하여는 비과세하는 것이 타당하다.나. 처분청 의견(1) 쟁점임대주택은 청구인과 그 배우자의 공동소유이므로 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록은 공동사업자로 하여야 하나, 대표자를 대표자 단독으로 한 사업자등록은 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록 요건을 충족하지 못한다 할 것인바, 이 건 처분은 적법하다.조세법률주의원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020.6.11.

이유 3선고 2017두36953 판결 등 참조).「소득세법」제168조 제1항은 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다고 규정하고 있고, 쟁점임대주택에 대하여 청구인과 배우자가 각각 2분의 1지분을 소유하고 있으며, 공동사업자로 사업자등록을 하고 있어야 장기임대주택 요건을 충족하는 것인바, 장기임대주택 특례 요건에 대하여 청구인이 「소득세법」상 공동사업에 대한 특례 규정(제43조, 제87조 등) 등이 적용되어야 한다고 주장하는 것은 확장해석으로 보인다.청구인 부부는 쟁점임대주택의 공동소유자이므로, 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 공동명의로 임대사업자등록을 해야 함은 물론 「소득세법」 제186조에 따라 공동임대사업자로서 사업자등록을 마쳐야 할 것이다. 그럼에도 불구하고 쟁점임대주택 양도 당시 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자 등록은 공동명의로 하였으나 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록 시에는 배우자 단독명의로 사업자등록을 하였다.따라서 청구인이 자신의 공유지분에 관하여 「소득세법」제168조에 따른 공동사업자 등록을 하지 않은 이상 같은 법 시행령 제155조 제20항 제2호의 요건을 충족하지 못하였음이 명백하다 할 것인바, 이 건 처분은 적법하다.(2) 청구인 배우자의 경우, 자신의 지분에 관하여만 위 요건을 충족한 것이고 나머지 공유지분에 관해서는 여전히 「소득세법」제186조에 따른 요건을 충족하지 못하였으므로, 청구인 본인을 기준으로 판단하든 아니면 세대 전체를 기준으로 판단하든 어느 경우에도 쟁점임대주택은 「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호에 규정된 「소득세법 제168조에 따른 사업자등록 요건을 충족하지 못했다고 할 것이므로, 이 건 처분은 적법하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점임대주택이 「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호의 사업자등록 요건을 충족하지 못하였다고 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 심리자료의 내용은 아래와 같다.(가) 「소득세법 시행령」제155조 제20항에서 거주주택과 장기임대주택(2020.7.10.

이유 4이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청을 한 주택으로 한정) 등을 보유하고 있는 1세대가 거주주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조 제1항(1세대 1주택 비과세)을 적용한다고 규정하고 있고, “장기임대주택”의 요건으로 ‘양도일 현재 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 등을 규정하고 있다.한편 처분청은 청구인과 그 배우자가 각각 2분의 1의 지분을 소유하고 있는 쟁점임대주택에 대하여 청구인의 배우자가 단독 대표자로 사업자등록되어 있는 것을 문제삼아 쟁점임대주택이 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록의 요건을 충족하지 못한다고 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세의 적용을 배제하여 이 건 처분을 하였다(쟁점임대주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록이 적정하게 되어 있다는 점에 대하여는 양 측의 이견이 없다).(나) 「소득세법 시행령」제150조 제3항에서 공동사업장의 사업자등록 시 제출하도록 규정한 공동사업장등이동신고서의 서식은 아래와 같다.＜표2＞ 공동사업장등이동신고서(별지 제19호의11서식) 공동사업장등이동신고서 처리기간 7일 대표공동 사 업 자 ① 성 명 ② 주민등록번호 － ③ 주 소 공 동 사 업 장 ④ 상 호 ⑤ 사업자등록번호 － － ⑥ 소 재 지 ☎ 공동사업자 구성 ⑦최초(당초) 약정내용 ⑧약정내용의 변동사항 . . . ∼ . . . . . . ∼ . . . ⑨ 구분 ⑩성명 ⑪주민등록번호 ⑫ 관계 ⑬ 변경 구분 ⑭ 손익분배비율 ⑮출자내역 ＜19＞ 변경 구분 ＜20＞ 손익분배비율 ＜21＞출자내역 ＜16＞대상 ＜17＞금액 ＜18＞지분 ＜22＞대상 ＜23＞금액 ＜24＞지분 「소득세법 시행령」 제150조 제3항 및 제4항에 따라 공동사업장등이동신고서를 제출합니다. 년 월 일 신 고 인 (서명 또는 인) 세 무 서 장 귀 하 ※ 작성방법 1. 이 서식은 공동사업자가 사업자등록을 하거나, 사업자등록사항 중 「소득세법」 제87조 제4항에 따른 신고내용에 변동이 발생한 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 종료일부터 15일 이내에 사업장관할 세무서장에게 신고하는 서식입니다.(이하 생략) (다) 쟁점임대주택에 관한 날짜별 사실관계는 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 날짜별 사실관계 날짜 내용 2018.5.25. 청구인과 배우자가 쟁점임대주택의 지분 1/2 각각 취득함 2020.1.20. 쟁점임대주택에 대하여 청구인과 배우자를 공동사업자로 하여 사업자등록함 2020.4.3. 위 사업자등록증상 대표자를 청구인의 배우자 단독으로 변경하여 사업자등록 내용을 정정함(처분청의 정정된 사업자등록증 발급) 2020.5.13. 쟁점임대주택에 대하여 경기도 시흥시장에게 공동명의로 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자등록(장기일반민간임대주택)함 ※ 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」제4조 제1항 후문에서 공동소유 주택에 대하여 공동명의로 등록하도록 규정하고 있음 2021.10.8. 청구인의 쟁점주택 양도 (라) 청구인은 2020.4.3.

이유 5사업자등록 정정신고 시 처분청의 요구에 따라 배우자와 함께 합의서를 작성하여 처분청에 제출하였다고 주장하고 있고, 그 합의서에는 쟁점임대주택의 사업자등록상 대표자를 공동대표에서 청구인의 배우자 단독으로 변경하는 것에 합의하고 임대소득에 대하여 성실 신고ㆍ납부하겠다는 내용이 기재되어 있으며, 청구인과 배우자의 서명이 되어 있다.(마) 청구인의 배우자는 2020~2023년 귀속에 대하여 쟁점임대주택에 대한 사업자현황신고를 제출하면서, 쟁점임대주택 1채에 대한 임대수입을OOO원으로 각각 신고하였고, 해당 임대수입금액을 각 연도의 종합소득세 과세표준 확정신고 시 주택임대 사업소득으로 신고하였으며, 쟁점임대주택의 전체 임대수입에 대한 청구인 배우자의 종합소득세 신고ㆍ납부세액은 OOO원으로 나타난다.(바) 청구인이 2023.12.11. 국세청장으로부터 받은 “서면질의 신청에 대한 회신” 공문(OOO)에는 아래의 내용이 기재되어 있다.귀 서면질의와 같이 거주주택과 동일세대원 간 공동으로 소유한 장기임대주택을 보유한 1세대가 「소득세법」제168조에 따른 장기임대주택의 사업자등록을 공동명의에서 그중 한 세대원의 단독명의로 변경한 경우, 공동명의 사업자등록에서 제외된 다른 세대원이 보유한 장기임대주택의 지분은 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록을 한 장기임대주택에 해당하지 않으므로 해당 1세대가 양도하는 거주주택은 「소득세법 시행령」제155조 제20항에 따른 거주주택 특례를 적용받을 수 없는 것입니다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.(가) 처분청은 청구인과 배우자가 공유지분으로 공동소유하고 있는 쟁점임대주택에 대한 사업자등록이 배우자의 단독 명의로 되어 있고, 이는 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록의 요건을 충족하지 못한다는 의견이다.(나) 법령의 규정 내용 등을 살펴보면 아래와 같다.「소득세법 시행령」제155조 제20항 제2호에서 장기임대주택은 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것 등을 요건으로 규정하고 있다.우선, 「민간임대주택에 관한 특별법」의 임대사업자등록과 관련한 규정을 보면, 제5조 제1항에서 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장등에게 등록을 신청할 수 있다라고, 같은 법 시행령 제4조 제1항 후문에서 2인 이상이 공동으로 건설하거나 소유하는 주택의 경우에는 공동 명의로 등록해야 한다라고 각각 규정하고 있다.다음으로, 사업자등록과 관련한 규정을 보면, 「소득세법」제168조 제1항에서 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다라고, 같은 법 시행령 제220조 제1항에서 법 제168조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사업자등록신청서를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출해야 한다라고, 같은 법 제87조 제4항에서 공동사업자가 그 공동사업장에 관한 제168조 제1항 및 제2항에 따른 사업자등록을 할 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공동사업자, 약정한 손익분배비율 등을 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다라고, 같은 영 제150조 제3항에서 법 제87조 제4항에 따른 공동사업장의 사업자등록은 대표공동사업자가 기획재정부령이 정하는 공동사업장등이동신고서에 따라 해당 사업장관할세무서장에게 하여야 한다라고 각각 규정하고 있다.

이유 6따라서 공동사업자의 경우에는 원칙적으로 공동사업을 영위하는 구성원의 손익분배비율 등을 신고하도록 되어 있고, 공동 소유 주택의 경우 반드시 그 공유지분비율대로 공동사업자의 사업자등록을 하거나 공동의 명의로 등록하여야 한다고 법률상 명문으로 제한하고 있지는 아니하다.(다) 살피건대, 「민간임대주택에 대한 특별법」에 따른 임대사업자등록과는 달리 「소득세법」제168조 및 제87조 등에서 공동 소유 주택에 관한 사업자등록에 대하여 공유지분비율대로 등록하도록 제한하고 있지는 아니한바, 청구인이 처분청에 한 사업자등록이 비록 공동소유자인 배우자의 단독 명의로 사업자등록이 되어 있다 하여 그 사업자등록이 「소득세법」제168조를 위배한 것이라고 단정하기 어려운 점, 청구인은 쟁점임대주택에 관하여 당초 2020.1.20. 처분청에 공동사업자로 등록하여 사업자등록증을 교부받았다가 2020.4.3. 처분청에 합의서를 제출한 후 단독 대표자로 변경된 사업자등록증을 교부받은바, 처분청도 사업자등록증상 대표자의 등록이 소유지분의 현황과 동일하지 않아도 된다고 평가한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점임대주택에 대한 사업자등록이 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령1. 소득세법제43조(공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례) ① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 “출자공동사업자”라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 “공동사업장”이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 “공동사업자”라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 “손익분배비율”이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.제81조의4(공동사업장 등록ㆍ신고 불성실 가산세) ① 공동사업장에 관한 사업자등록 및 신고와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 가산세로 해당 과세기간의 종합소득 결정세액에 더하여 납부하여야 한다.1. 공동사업자가 제87조 제3항에 따라 사업자등록을 하지 아니하거나 공동사업자가 아닌 자가 공동사업자로 거짓으로 등록한 경우 : 등록하지 아니하거나 거짓 등록에 해당하는 각 과세기간 총수입금액의 1천분의 52.