보조사업 수행자가 지급받는 보조금의 부가가치세 과세표준액 포함 여부

문서번호사전-2026-법규부가-0285

요지보조금법에 따른 보조사업인 "초격차 스타트업 프로젝트"의 주관기관이 창업기업에 창업지원 프로그램을 제공하고, 중소벤처기업부의 위임을 받은 전담기관으로부터 보조금을 지급받는 경우, 해당 보조금은 국가가 반대급부 없이 지원한 것으로서 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금으로 부가가치세 과세표준에서 제외되는 것임

회신내용중소벤처기업부의 "초격차 스타트업 프로젝트"(이하 "해당 사업") 전담기관이 해당 사업 분야별 주관기관과 업무협약을 체결하고, 각 주관기관은 해당 사업의 지원대상 창업기업을 선발하여 창업지원 프로그램을 운영하는 경우, 주관기관이 해당 사업의 운영을 위하여 전담기관으로부터 지급받은 보조금은 「부가가치세법」 제29조제5항제4호에 따라 부가가치세 과세대상 공급가액에 해당하지 아니하는 것입니다.

재판경과사전-2026-법규부가-0285

관련법령부가가치세법 제29조 제5항

주제어국고보조금

상세내용1. 사실관계 ○ 신청법인 은 창업을 촉진하고 창업기업의 성장을 지원하기 위하여 설립된 중소벤처기업부 산하 공공기관으로 - 중소벤처기업부가 "6대 전략산업 12대 신산업 분야 " 창업기업을 육성하기 위해 '23년부터 연 단위로 시행하고 있는 "초격차 스타트업 프로젝트" (이 하 "본 사업") 의 전담기관으로 지정됨 ○ 본 사업은 ｢보조금 관리에 관한 법률｣에 따른 보조금의 교부대상이 되 는 보 조사업으로, 사 업비 지원은 중소벤처기업부가 전담기관 에 관련 예산을 교부하면, - 전 담기관이 대학, 출연연 등 공모 등을 통해 지정된 각 주관기관에 보 조금을 배정･지급하고, 주관기관이 지원대상 창업기업을 선발 및 직접 지원하는 구조로 운영됨 - 주 관기관은 사업 종료 후 전담기관에 사업비 정산보고서를 제출하고 집행 잔액 및 이자 등을 반납하여야 함 - 전담기관은 본 사업 추진을 위하여 대학교 산학협력단 등 12대 신산업 분야별 전담 주관기관과 업무협약을 각각 체 결하였음 2. 질의요지 ○ " 초 격차 스타트업 프로젝트" 주관기관이 전담기관으로부터 지급 받는 보조금이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부 3. 관련법령 ○ 부가가치세법 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 ○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 ○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】 ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세 기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다. ③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함 하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1. 금 전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따 라 환산한 가액 ⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다 . 4. 재 화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 ○ 보조금 관리에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “ 보조금”이란 국가 외의 자가 수행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가 ( ｢국가재정법｣ 별표2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관 리‧운용하는 자를 포함한다) 가 이를 조성하거나 재정상의 원 조를 하기 위하여 교부하는 보조금 (지방자치단체에 교부하는 것과 그 밖 에 법인‧단체 또는 개인의 시설자금이나 운영자금으로 교부하는 것만 해당한다). 부담금(국제조약에 따른 부담금은 제외 한다), 그 밖에 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다. 2. "보 조사업"이란 보조금의 교부 대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다. 3. "보조사업자"란 보조사업을 수행하는 자 를 말한다. 4. "간 접보조금"이란 국가 외의 자가 보조금을 재원(財源)의 전부 또는 일 부로 하여 상당한 반대급부를 받지 아니하고 그 보조금의 교부 목적에 따라 다시 교부하는 급부금을 말한다. 5. "간접보조사업"이란 간접보조금의 교부 대상이 되는 사무 또는 사업을 말한다. 6. "간접보조사업자"란 간접보조사업을 수행하는 자 를 말한다.

상세내용 2○ 중소기업창업 지원법 제51조 【창업진흥원】 ① 창업을 촉진하고 창업기업의 성장을 효율적으로 지원하기 위하여 창업진흥원을 설립한다. ④ 창업진흥원은 다음 각 호의 사업과 업무를 수행한다. 1. 창업활성화를 위한 정책의 조사연구 2. 창업기업에 대한 자금(정책자금 융자는 제외한다), 인력, 판로 및 입지 등에 관한 정보제공 및 지원 3. 창업촉진을 위한 교육모델 개발 및 운영ㆍ보급 4. 창업실태조사 및 분석 5. 창 업기업 및 창업생태계와 관련한 데이터의 수집, 가공, 분석, 활용 및 제공 등에 관한 사항 6. 국제기구 및 외국과의 창업 관련 교류 및 협력 7. 창업기업의 해외진출 지원 및 외국인의 국내창업 지원 8. 우수 예비창업자의 발굴 및 지원 9. 재창업기업의 교육 및 지원 10. 청년창업기업 및 중장년창업기업 교육 및 사업화 지원 11. 청소년 및 예비창업자 등에 대한 창업교육 등 기업가정신 제고 12. 대학 및 연구기관 등의 창업촉진 활동 지원 13. 창업분야 전문인력 육성 및 지원 14. 창업저변 확대 및 창업문화 조성을 위한 지원 15. 창업촉진을 위한 지원시설 등 창업기반 조성, 운영 및 지원 16. 제61조제2항에 따라 창업진흥원에 위탁한 업무 17.

상세내용 3그 밖에 중소벤처기업부장관 및 관계 중앙행정기관의 장이 위탁 하는 사업 및 업무 ⑥ 중앙행정기관의 장과 지방자치단체의 장은 제4항 각 호의 사업 및 업무를 창업진흥원으로 하여금 수행하게 할 수 있고, 이에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 출연 또는 보조할 수 있다.