주식매수청구권을 행사하고 조특법 제16조의4 납부특례 신청후 동일 과세기간에 해당 주식을 양도한 경우 조특법 제16조의3 적용여부

문서번호사전-2026-법규소득-0021

요지조특법§16의4 요건을 충족한 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례를 신청한 후 같은 과세기간에 양도하여 사후관리 요건을 충족하지 못한 경우라도 조특법§16의2 주식매수선택권 행사이익에 대한 납부특례를 적용할 수 있음

회신내용벤처기업의 임직원이 주식매수선택권을 행사하고, 행사이익에 대해「조세특례제한법」제16조의4에 따른 과세특례 적용 신청 후 사후관리 요건을 충족하지 못하여 근로소득세가 과세되는 경우로서,「조세특례제한법 시행령」제14조의3 제5항에 따른 특례적용신청서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 납세지 관할 세무서장에게 제출하는 경우에는 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(「조세특례제한법」제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외)에 대해 「조세특례제한법」제16조의3에 따른 납부특례를 적용받을 수 있는 것입니다.

재판경과사전-2026-법규소득-0021

관련법령조세특례제한법 제16조의3

주제어벤처기업 주식매수청구권 행사이익 납부특례, 과세특례

상세내용1. 사실관계 신청인은 ‘23.3경 ㈜○○○(이하 ’벤처기업‘)에 주식매수청구권(10,000주, 주당 행사가액 25,000원)을 부여받는 조건으로 최고기술책임자로 입사하였음 - 신청인의 주식매수청구권은 ’24년 해당 주식 5배 분할로 인해 50,000주(주 당 행사가액 5,000원)로 변동됨 - 신청인은 ’25.3.29 주식매수청구권 중 40,000주(이하 ‘쟁점주식’)를 행사함(행사일의 1주당 시가 70,300원) - 주식매수선택권 행사시 조특법§16의2 비과세 특례(2억원) 적용 후 남은 행사차익 241백만원에 대하여 조특법§16의4 과세특례 신청함 ○ 신청인은 ‘25.12경 쟁점주식을 모두 처분함(1년 미만 보유) 2. 질의요지 ○ 주식매수선택권을 행사하여 조특법§16의2 비과세특례 2억원 적용 후 초과하는 행사차익 24억원에 대하여 조특법§16의4 과세특례를 신청한 후 - 주식매수선택권 행사일과 같은 과세기간에 처분한 경우(1년 미만 보유) 조특법§16의3 납부특례를 적용받을 수 있는지 여부 3. 관계법령 ○ 조세특례제한법 제16조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례】 ① 벤처기업 임원 등이 2027년 12월 31일 이전에 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 ｢상법｣제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 ｢소득세법｣제127조, 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다. 2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 ｢소득세법｣제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세 표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 "분할납부세액"이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다. 3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 ｢소득세법｣제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다. ② 벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 ｢소득세법｣ 제74조제4항의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다.

상세내용 2③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 ○ 조세특례제한법 제16조의4 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】 ① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)가 2027년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 "적격주식매수선택권"이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 ｢소득세법｣제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 "시가 이하 발행이익"이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사시에 ｢소득세법｣제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다. 1. ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것 2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 "전체 행사가액"이라 한다)가 5억원 이하일 것 ② 적격주식매수선택권 행사시 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함 에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도 하여 발생하는 소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다) 에 대해서는 ｢소득세법｣제94조제1항제3호에도 불구하고 양도소득세 를 과세한다. ③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. ④ 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 ｢법인세법｣제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. ⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 같은 항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익(제1호의 경우에는 증여 또는 처분한 주식에 대한 벤처기 업 주식매수선택권 행사이익)을 ｢소득세법｣제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며, 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다. 1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다): 증여일 또는 처분일 2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우: 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날 3.

상세내용 3제8항에 따른 전용계좌를 통하여 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 거래한 경우: 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주 식을 최초로 거래한 날 ⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣제8조제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부 여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑦ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 제14조제1항제7호를 적용하지 아니한다. ⑧ 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 한다. ⑨ 제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다. ⑩ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청ㆍ운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제14조의3 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부 특례】 ① 법 제16조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 해당 과세기간의 종합소득금액과 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 계산할 때 법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다. 해당 과세기간의 종합소득 금액에 대한 결정세액 ‒ 해당 과세기간의 종합소득금액에서 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 제외하여 산출한 결정세액 ② 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 재정경제부령으로 정하는 특 례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)를 원천징수의 무자에게 제출하여야 한다. ③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 재정경제부령으로 정 하는 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 ｢소득세법｣제70조에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서의 사본을 납세지 관 할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑤ 제2항부터제4항까지의 규정에도 불구하고 제2항의 기간 내에 특례적용 신 청서를 제출하지 아니한 벤처기업 임원 등으로서 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 자는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 ｢소득세법｣제70조에 따른 종합소득과세 표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제 출하여야 한다. ⑥ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 벤처기업임원등이 주식매수선택권 행사로 취득한 주식이 입고된 계좌를 관리하는 금융회사등에 해당 주식의 주식매수선택권 행사 당시 시가 정보를 제공해야 한다.

상세내용 4○ 조세특례제한법 시행령 제14조의4 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】 ① 법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업"이란 벤처기업이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업을 말하며, 법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣제16조의3제1 항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(｢벤처기업육성에 관한 특 별법｣제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다. 1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자 2. 해당 법인의 주주로서 ｢법인세법 시행령｣제43조제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 자 3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주 4. 제3호의 주주와 ｢국세기본법 시행령｣제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자 ② 법 제16조의4제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 재정경제부령으로 정하는 특례적용신청서에 재정경제부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출해야 한다. ③ 제 2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행 사로 지급하는 주식을 제10항에 따른 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 재정경제부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 재정경제부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ④ ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣제8조제1항에 따른 금융투자업자 (이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)는 재정경제부령으로 정하는 주 식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑤ 법 제16조의4제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다. 1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ 매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기 업 임직원과 약정할 것 2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것 3. 사망, 정년 등 재정경제부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 ｢벤처기업육성에 관한 특별법｣제16조의3제1항에 따른 주주 총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것 4. 삭제 ⑥ 법 제16조의4제2항에 따라 양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 ｢소득세법｣제105조 및 제110조에 따라 양도소득과세표준을 신고하는 경우 제2항에 따른 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 재정경제부령으로 정하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑦ 법 제16조의4제4항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 약정된 주식매수 시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 말한다.

상세내용 5다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 주식매수선택권의 경우에는 본문에 따른 금액에서 법 제 16조의4제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 시가 이하 발행이익을 제 외한 금액을 말한다. ⑧ 법 제16조의4제5항제1호에서 "해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 사유를 말한다. 1. 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 파산하는 경우 2. ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생절차에 따라 법원의 허 가를 받아 주식을 처분하는 경우 3. 합병ㆍ분할 등에 따라 해당 법인의 주식을 처분하고 합병법인 또는 분 할신설법인의 신주를 지급받는 경우 ⑨ 법 제16조의4제6항에서 "대통령령으로 정하는 자료"란 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거 래현황신고서를 말한다. ⑩ 법 제16조의4제8항에 따라 벤처기업 임직원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 전용계좌를 개설해야 한다. 1. 벤처기업 임직원 본인의 명의로 개설할 것 2. 금융투자업자가 벤처기업 임직원의 다른 매매거래계좌와 구분하여 ‘주식매수선택권 전용계좌’의 명칭으로 별도로 개설ㆍ관리할 것 3. 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래할 것 4.

상세내용 6계좌 개설 이후 1개월 내에 주식이 입고되지 않을 경우에는 해당 계좌를 폐쇄하는 내용으로 사전에 약정할 것